İsgəndər Məcid oğlu Həmidov 10 aprel 1948-ci il tarixində Azərbaycan SSR-nin Kəlbəcər rayonu ərazisində yerləşən Bağlıpəyə kəndində anadan olmuşdur. Onun atası Xalq Daxili İşlər Komissarlığı zabiti idi

. "İstiqlal" qəzeti kimi bəzi mənbədə Həmidovun mənşəcə kürd olduğu iddia edilsə də, o, bunu təkzib etmiş, türkəsilli və Kolanı tayfasına mənsub olduğunu bildirmişdir.

İsgəndər Həmidov evli idi, iki övladı var. Onun həyat yoldaşı Rəna Həmidova 2016-cı ildə xərçəngdən vəfat etmişdir. O, Tərtər ərazi özünümüdafiə batalyonunun sabiq komandanı, Tərtər rayonunun icra başçısı olmuş Sərdar Həmidov qardaşıdır. O, yuxarı tənəffüs yolları xəstəliyindən, hipertoniyadan, diabetdən əziyyət çəkirdi və 26 fevral 2016-cı ildə vəfat etmişdir. Həmidovun qardaşı oğlu Şəhriyar Məcidzadə jurnalistdir.

Həmidov orta təhsilini Tərtər rayonunda almış, 1965-ci ildə oradan məzun olmuşdur. Həmin il o, paytaxt Bakıya köçmüş, burada universitetə qəbul olmuş və hüquq ixtisası üzrə məzun olmuşdur. Həmidov 1980-ci illərdə Bakı şəhəri Sabunçu Rayon Xalq Daxili İşlər Komissarlığının Sosialist Əmlakının Oğurlanmasına Qarşı Mübarizə İdarəsinin (OBXSS) rəisi vəzifəsində çalışmışdır. Bu dövrdə o, Azərbaycan Kommunist Partiyasının üzvü idi. Sovet dövründə yığdıqları rüşvət hesabına şəxsi ordu yaradıb saxta yollarla polkovnik rütbəsi alanlardan fərqli olaraq, Həmidov həm dolanışığını, həm də rütbəsini özü qazanmış, hərbiləşdirilmiş polis təlimindən keçmişdi.

  Əsas məqalələr: Azərbaycan Milli Azadlıq Hərəkatı (1988-1991) və Qara Yanvar

İsgəndər Həmidov SSRİ-nin süqutu dövründə, 1988-ci ildə başlanan milli azadlıq hərəkatının liderlərindən olmuşdur. 19 yanvar 1990-cı ildə, gecə saatlarında İsgəndər Həmidov Sovet Ordusuna bağlı qoşunların Bakı şəhərinə daxil olacağı barədə məlumat gəlmişdir. O, çatdırılan məlumatı yoxlamaq üçün "Salyan" kazarmasına sifariş edilən çörəklərin sayını öyrənmiş və oradakı heyətin sayının kəskin şəkildə artdığını aşkar etmişdir. Növbəti gün Həmidov Leytenant Şmidt adına maşınqayırma zavoduna (indiki Səttarxan adına maşınqayırma zavodu) getmiş, oradakı aksiyaçılara Sovet Ordusunun şəhərə daxil ola biləcəyi barədə xəbərdarlıq vermişdir. Bundan sonra sovet qoşunları şəhər küçələrində qırğına başlamışdır. Həmidov qırğın zamanı yaralıları və meyitləri daşıyaraq yerli əhaliyə kömək etməyə çalışmışdır. O, 21 yanvarda Daxili İşlər Nazirliyinin həyətinə çağırılmışdır. Bu zaman SSRİ-nin Daxili İşlər naziri Vadim Bakatin gündüz saatlarında nazirlik binasına daxil olmuşdur. O, burada Həmidova əlini uzatmış, Həmidov isə onunla əl sıxmaqdan imtina etmiş, Bakatinə onun əllərinin Azərbaycan xalqının "qanına bulandığını" demişdir.

Bundan sonra Həmidovun xalq arasındakı nüfuzu artmışdı. O, artıq Azərbaycan Xalq Cəbhəsinin (AXC) liderlərindən birinə çevrilmiş, hərəkatın sədr müavini olmuşdu. O, 1991-ci ilin yazında keçirilmiş DİN-in həyata keçirdiyi "Halqa" əməliyyatında iştirak etmişdir. Həmidov mart ayında qarşı çıxmışdır. Həmidovun nə vaxt və necə siyasi hakimiyyətə gəldiyi məlum deyil. Şahidlərə görə, müstəqilliyin ilk dövründə Azərbaycan Prezidenti Ayaz Mütəllibov Moskvada müalicə olunarkən Sumqayıt Şəhər Partiya Komitəsinin birinci katibinə zəng edərək Həmidovun Sumqayıt dairəsindən Azərbaycan Respublikası Ali Sovetinə deputat seçməyi tapşırmışdır. Ali Sovetin sədri Elmira Qafarovanın imzaladığı 25 may tarixli qərara görə, İsgəndər Həmidov öz xahişi ilə nəqliyyat, rabitə və informatika məsələləri komissiyasının tərkibindən çıxarılmışdır.

Ələkrəm Hümbətovun başçılarından olduğu cəbhəçi dəstələr sovet binasını ələ keçirmişdi. "Lənkəran" batalyonunun rəhbərləri ilə yaxın əlaqəsi olan Hümbətovun öz hərbi hissəsi yox idi. Hümbətov çoxlu silah qurtarmışdı, ona görə də Azərbaycan Sosial Demokrat Partiyasının sədri Araz Əlizadə Mütəllibovun kabinetinə girmiş, Hümbətovun cənubda batalyon qurmağa icazə verilməsi nail olmuşdur. 1991-ci ilin dekabrında Azərbaycan Respublikası Müdafiə Nazirliyinin binası gedən Əlizadə İsgəndər Həmidov və digər cəbhəçilərin rəhbərlik etdiyi etirazçılarla rastlaşmışdır. Müdafiə naziri general-leytenant Valeh Bərşadlının vəzifəsindən azad edilməsini tələb edən etirazçılar Əlizadəni döymüş, başına ağır əşya ilə zərbə endirmişdir. Müdafiə Nazirliyinə bağlı qoşunlar etirazçılara müdaxilə etmiş, Əlizadə və ərazidə olan jurnalist Çingiz Mustafayevi hadisə yerindən çıxarmışdır. Buna baxmayaraq, Həmidov digər cəbhəçilər Rəhim Qazıyev, Etibar Məmmədov və Fəhmin Hacıyevlə birlikdə müdafiə nazirinin kabinetinə daxil olmuş, burada Bərşadlını təhqir edərək onun istefasını tələb etmişdir.

Çox keçməmiş, Mütəllibov 11 dekabrda Bərşadlını vəzifəsindən azad etmiş, onun yerinə respublika hərbi komissarı olmuş Tacəddin Mehdiyevi təyin etmiş, ona general-mayor rütbəsini vermişdir. Mehdiyev hərbi akademiyadan məzun olmuş, Sovet Ordusu sıralarında rütbəsi artmışdı. Buna baxmayaraq, 26 dekabrda cəbhəçilər yenə Müdafiə Nazirliyinin binasına daxil olmuş, Mehdiyevin istefasını tələb etmişdir. Müdafiə naziri cəbhəçiləri silahdan istifadə etməklə təhdid etmiş, İsgəndər Həmidov və siyasi müttəfiqləri binadan çıxmışdır. Bunun ardınca nüfuzunu artırmaq istəyən Mehdiyev Daşaltı əməliyyatını həyata keçirmiş, lakin uğursuz olmuşdur. Mehdiyev vəzifəsindən azad edilmiş, əvəzinə 1992-ci ilin fevralında Tahir Əliyev müdafiə naziri təyin edilmişdir.

  Əsas məqalə: 15 may dövlət çevrilişi (1992)

Fevralın 25-dən 26-na keçən gecə erməni dəstələri bir neçə zirehli texnikanın dəstəyi ilə Xocalı şəhərinə hücum etmiş, yerli əhaliyə soyqırım törətmişdir. Baş verən hadisələr mart ayına qədər ictimaiyyətdən gizli saxlanılmışdır. Həmin ay Azərbaycan Ali Sovetinin Milli Şurası jurnalist Çingiz Mustafayevin Xocalı soyqırımı ilə bağlı videoçarxının yayımlanmasına icazə vermişdi. Soyqırımın görüntüləri Azərbaycan ictimaiyyətini sarsıtmış, Mütəllibova qarşı nifrətə səbəb olmuşdu. Bir çox cəbhəçilər Mütəllibovu tənqid etmiş, İsgəndər Həmidov isə Mütəllibovun 20 Yanvar faciəsi nəticəsində hakimiyyətə gəldiyini və Rusiyanın maraqlarına xidmət etmək üçün Kreml tərəfindən Azərbaycan Kommunist Partiyasına rəhbər təyin edildiyini demişdir. Həmçinin, o, Mütəllibovu Azərbaycan Konstitusiyasını pozmaqda ittiham etmişdir, çünki Ali Sovetin milli ordu yaratmaq məqsədi daşıyan qanunu qəbul etməsinə baxmayaraq, Mütəllibov onu icra etməmişdi. Bu səbəblərdən Həmidov Mütəllibovun istefaya getməsini tələb etmişdir. Nəticədə, Mütəllibov müxalifətin təzyiqi ilə 6 martda prezident vəzifəsindən istefa vermişdir. Bu dövrdə İsgəndər Həmidov Bozqurd Partiyasını (sonralar Azərbaycan Milli Demokrat Partiyası) yaratmış və onun rəhbəri olmuşdur. Onun partiyası və milislərinin, adlanmaya baxmayaraq, Türkiyədəki türkçülər ilə əlaqələsi az idi və Həmidov özü Türkiyədəki ülkücü ocaqlarına bağlılıq təklifindən imtina etmişdir. O, Mütəllibovun devrilməsi prosesi əsnasında partiyasının üzvlərini avtobusa yığmış, Şamaxıya yollanmışdır. Burada Mütəllibovun həmyerliləri onun hakimiyyətə qayıtması üçün etiraz aksiyası keçirirdi, lakin Həmidov və dəstəsi etirazçılara hücum etmiş, onları döyərək susdurmuşdu.

Hər halda, 14 mayda Azərbaycan Ali Soveti yenidən iclas keçirmiş və Mütəllibovun vəzifəsi keçmiş kommunist deputatlar tərəfindən bərpa edilmişdir. Onlar Mütəllibovun istefasını konstitusiyaya zidd elan etmişdi, çünki Xocalı istintaqının ilkin nəticələri onun hər hansı qanunsuz hərəkətinin olmadığını göstərmişdi. AXC bunu dövlət çevrilişi kimi qiymətləndirmiş, Mütəllibovu yenidən vəzifəsindən uzaqlaşdırmağı planlaşdırırdı. Onlar əvvəlcə Mütəllibova ultimatum göndərmiş, lakin diplomatik mənbələr rus əsgərlərinin müdaxilə etməyəcəyini bildirdikdən sonra silahlı hücuma başlamışdır. Mütəllibov hakimiyyətdə qalmaq üçün rus qüvvələrinin köməyinə ümid bəsləsə də, Rəhim Qazıyevin səyləri nəticəsində ondan məhrum olmuşdu.

15 mayda, günorta saatlarında AXC-nin hərbi qolunun rəhbəri olan İsgəndər Həmidov zirehli texnika və əsgərlərdən ibarət kolonna ilə küçələrə axın etmişdir. 10 min etirazçı ilə Milli Məclisin binasına doğru irəliləyirdi. Moskva mehmanxanası yaxınlığında boş güllələrlə atəş açılmağa başlanılmışdır. Panikaya səbəb olan hadisəyə görə İsgəndər Həmidov huşunu itirmiş və Milli Təhlükəsizlik Nazirliyinin binasına aparılmışdır. Hər halda, Həmidov kollonanın önünə keçmiş və qolundan yaralanmışdır. O, ardınca dəstələri ilə birlikdə parlament binasına və televiziyaya basqın etmişdir. Baş tutan atışmada 10-a yaxın əsgər həlak olmuş, Mütəllibov isə yenidən devrilmişdi. Həmidov 7 iyunda keçiriləcək prezident seçkilərinə qədər hakimiyyətdə qalmağı nəzərdə tutulan müvəqqəti hökumət tərəfindən daxili işlər naziri təyin edilmişdir.

Həmidov vəzifəyə gələn kimi Bakı boyunca əməliyyatlar aparmağa başlamışdır. O, polisin müdafiə fonduna vergi ödəməkdən imtina edən mağazalarını bağlamış, şəhərin "Kubinka" adlanan ərazisində əməliyyat keçirərək qanunsuz formada əldə edilmiş tonlarla kürünü, eləcə də odlu silahı ələ keçirmişdir. Həmidov "Tövbə" Cəmiyyətinin rəhbəri Hacı Əbdülü və təşkilatın digər üzvlərinin arxasına düşərək onları həbs etmişdir. İddialara görə, Həmidov Maştağada müqavimət göstərən Hacı Əbdül ilə əlbəyaxa dava etmişdir. Onun polis qüvvələri Dağıstandan keçən qanunsuz silahları aşkar etmək üçün şəxsi avtomobilləri və taksiləri saxlayırdı. Həmidovun fəaliyyəti nəticəsində yayın sonuna yaxın Bakıda sakitlik yaranmışdı, lakin DİN-in əməllərində şəxsi həyatın toxunulmazlığı və insan hüquqları pozuntuları da müşahidə olunmuşdu. Həmidov həm cinayətkarlığa qarşı apardığı mübarizə, həm də cəbhədəki uğurlarına görə Azərbaycanda populyarlıq qazanmışdı.

AXC-nin sədri Əbülfəz Elçibəy 7 iyun 1992-ci il tarixində Azərbaycan Prezidenti seçilmiş və nəhayət, AXC hakimiyyətə gəlmişdir. Elçibəyin qələbəsi ölkədə uzun sürən siyasi böhranı aradan qaldırmış, cəbhədə əhval-ruhiyyəni yüksəltmişdir. İsgəndər Həmidovun bir alaydan ibarət "Bozqurd diviziyası" artıq dəstəklədiyi hakimiyyət üçün vuruşurdu. Əməliyyat əsnasında Həmidov Müdafiə Nazirliyi ilə məsləhətləşmədən öz qüvvələrinə keçmiş Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayəti və onun ətrafında əməliyyatların aparılması üçün döyüş əmrləri verirdi. 12 iyunda Azərbaycan Milli Ordusu Dağlıq Qarabağın şimalından hücuma keçərək "Goranboy" əməliyyatına başlamışdır. Hücum əməliyyatında İsgəndər Həmidovun komandanlıq etdiyi "Bozqurd" briqadası və XTPD polis bölmələri ön cəbhədə idi. Azərbaycan qüvvələri zirehli texnika və tanklarla irəliləyirdi, zəif silahlanmış erməni qoşunlarını darmadağın edirdi. Elçibəy xalq qarşısında çıxışında İsgəndər Həmidov və Surət Hüseynovu, eləcə də Qarabağ uğrunda döyüşlərdə iştirak edən hər kəsi yüksək qiymətləndirmişdir. Buna baxmayaraq, Rusiyanın dəstəyi ilə ermənilər əks-hücuma keçmiş, oktyabr ayına qədər Azərbaycanın hücumunu dayandırmışdır. Əməliyyat zamanı hökumət şəhər sakinlərini ailələrindən xəbərsiz cəbhə xəttinə aparmış, bu da əhalidə narazılığa səbəb olmuşdu. İsgəndər Həmidova sui-qəsd cəhdi edilmiş, Rəhim Qazıyevə atəş açılmışdı.

Həmidov Azərbaycanın neft siyasətinə də müdaxilə etmişdir. Oktyabrda ABŞ Konqresinin "Azadlığa Dəstək" Aktında qəbul etdiyi 907-ci düzəliş Azərbaycana ABŞ-nin birbaşa dövlət yardımını qadağa etmişdir. Akt Azərbaycanı hücumçu tərəf kimi göstərirdi və Ermənistan özü Müstəqil Dövlətlər Birliyi ölkələri arasında ABŞ-dən ən çox yardım alan ölkəyə çevrilmişdi. Həmidov tətbiq olunan qadağalara cavab olaraq ABŞ-nin neft şirkətləri ilə aparılan danışıqlara son veriləcəyini bildirmişdi. "Amoco" şirkətinin "Azəri" yatağına cəlb edilməsi layihəsi az qala həyata keçirilməyəcəkdi.

17 avqust 1992-ci ildə o, Siyavuş Mustafayevi Naxçıvan Muxtar Respublikasının DİN başçısı təyin etmiş, lakin Naxçıvan Ali Məclisi bu təyinatı təsdiqləməmişdi. Həmidov əvəzində ali məclisi "15 dəqiqəyə darmadağın" edə biləcəyini bildirmişdi. Ardınca Daxili Qoşunlara bağlı hərbi desant Naxçıvana göndərilmişdir. Onlar 24 oktyabrda zirehli vasitələrlə Naxçıvan MR DİN-in və regional televiziyanın binasını zəbt etmişdir. Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin Sədri Heydər Əliyev bir neçə gün sonra etdiyi çıxışda prezident Əbülfəz Elçibəylə əlaqə saxlayıb ondan qoşunları çəkməsini istəmiş, lakin Elçibəyin bunu qulaqardı etdiyini bildirmişdir. Daxili Qoşunların sabiq komandanı Fəhmin Hacıyev sonrakı illərdə Heydər Əliyevin ifadələrinə baxmayaraq Elçibəyin baş verənləri sülh yoluyla aradan qaldırdığını qeyd etmişdir. Hər halda, Naxçıvandakı yerli əhali mitinq təşkil etmiş, Həmidovun qoşunlarının tərkisilah edilməsini tələb etmişdir və çevriliş cəhdi uğursuz olmuşdur. Hadisədən sonra Əliyevin əmri Naxçıvan Beynəlxalq Hava Limanının uçuş-enmə zolağına təyyarə enməsin deyə ora yük maşınları yerləşdirilmişdir.

Zaman keçdikcə Həmidovun açıqlamaları qeyri-sabit xarakter daşımağa başlamışdır. Əvvəlcə o, Vaşinqtondakı hüquq firmasından ABŞ Prezidenti Bill Klintonun andiçmə mərasiminə dəvət aldığını, Azərbaycanı təmsil edən rəsmi nümayəndə heyətinin rəhbəri kimi ora gedəcəyini bildirmişdir. Məlumatın həqiqəti əks etdirmədiyi ictimaiyyətə sızdıqdan sonra müxalifət mətbuatı onu lağa qoymuşdu. Bundan başqa, Həmidov iki taktiki nüvə raketinə sahib olduğunu iddia etmiş, Ermənistan Qarabağ münaqişəsində təslim olmasa, bundan İrəvana qarşı istifadə edəcəyini açıqlamışdır. Həmçinin, İsgəndər Həmidov siyasi rəqiblərini də hədələyirdi. O, eks-prezident Ayaz Mütəllibovu asacağını, Naxçıvandakı Heydər Əliyevi güllələyəcəyini demişdi.

Onun əməlləri də daha zorakılaşmışdı. AXC iqtidarının səhvləri müxalifət mətbuatının tənqidi ilə qarşılanırdı. İsgəndər Həmidov "Aydınlıq" qəzetinin məsul katibi Mahal İsmayıloğlunu prezident Əbülfəz Elçibəyə hörmətsizlikdə ittiham edərək kabinetinə çağırmış, burada jurnalisti tapançası ilə döymüşdür. Tənqidinə davam edən İsmayıloğlu yenidən kabinetə çağırılmış, yenidən Həmidov tərəfindən döyülmüşdü. Həmidov sonra mühafizəçilərinin müşayiəti ilə şəxsən "Zerkalo" qəzetinin redaksiyası binasına getmiş, orada jurnalist Cahangir Hüseynovu döymüş, ağzına əzilmiş qəzet doldurmuşdu.

Azərbaycan Sosial Demokrat Partiyasının öncül üzvlərindən biri, partiya sədrinin qardaşı və onun mətbu orqanı olan "İstiqlal" qəzetinin baş redaktoru Zərdüşt Əlizadə əvvəlcə AXC hakimiyyətinə sadiq idi. O, daha sonra hakimiyyətin səhvlərini və AXC-nin Azərbaycan siyasətinə etnik faktorları gətirməsini tənqid etməyə başlamışdır. 1993-cü il martın sonunda "İstiqlal" qəzetində müxbiri Nadir Fərəczadənin yazdığı sərlövhə dərc edilmişdir. Burada iki qardaş, İsgəndər Həmidov və Sərdar Həmidovdan bəhs edilirdi; Fərəczadə İsgəndər Həmidovu Bakıda hakimiyyət uğrunda mübarizə aparan və özünə türk deyən, qardaşı Sərdar Həmidovu isə Tərtərdə hakimiyyət uğrunda mübarizə aparan və özünə kürd deyən şəxslər kimi qələmə vermişdi. Bunu oxuyandan sonra baş nazir Pənah Hüseynov Həmidova zəng etmiş, qəzetdə onun anasının iki əri olduğunu nəzərdə tutulduğunu demişdir. Həmidov 4 polis əməkdaşı ilə birlikdə qəzetin redaksiya binasına gələrək Zərdüşt Əlizadəni döyməyə başlamış, dava zamanı Həmidova da bir neçə zərbə endirilmişdir. Buna baxmayaraq, Həmidov daha sonra verdiyi müsahibədə Əlizadənin ona və mühafizəçilərinə hücum etdiyini iddia etmişdir. Jurnalist bunun ardınca Banditizmə və Terrorizmə qarşı Mübarizə İdarəsinə aparılaraq zirzəmidəki kameraya salınmışdır. Həmin idarə məhz İsgəndər Həmidov tərəfindən təsis edilmişdir ki, sonrakı illərdə tənqid olunmuşdur. Zərdüşt Əlizadə sonradan azadlığa buraxılmışdır. O, hadisə ilə bağlı prokurorluğa, polisə, məhkəmələrə müraciət etsə də, Elçibəyin hakimiyyəti dövründə bunlar cavabsız qalmışdır.

Bu hərəkətlərə cavab olaraq jurnalist Nəcəf Nəcəfov "Azadlıq" qəzetinin redaksiyası binasına bütün jurnalistləri toplayıb iclas keçirmiş, prezident Əbülfəz Elçibəyə mətbuat azadlığının qorunması barədə müraciət etmişdir. Prezident bu əməllərə görə jurnalistllərdən üzr istəmişdi, lakin eyni zamanda İsgəndər Həmidov prezident sərəncamı ilə general-leytenant rütbəsinə layiq görülmüşdü. Prezidentin mətbuat katibi Niyazi İbrahimov Həmidovun əməllərini və ümumilikdə AXC hökumətində korrupsiya ilə bağlı xəbərlərdən narahat olduğu üçün istefa vermişdi. Vəkil Adil İsmayılovun sözlərinə görə, Həmidov onunla görüşdə hərəkətlərinə o vaxtlar Naxçıvanda olan Heydər Əliyevin Bakıda hakimiyyətə gəlməsi təhlükəsini qeyd edərək bəraət qazandırmışdır.

1993-cü ilin əvvəllərində Qarabağ müharibəsində müxtəlif uğursuzluqlar yaşanırdı. Müdafiə naziri Rəhim Qazıyev və hərbi komandir Surət Hüseynov bu uğursuzluqlarda günahkar bilinirdi. 8 fevralda İsgəndər Həmidov AzTV-də birbaşa efirə çıxmış, lakin Rəhim Qazıyev dəstələri ilə birlikdə studiyaya başqın etmişdir. AXC hökuməti bunu dövlət çevrilişinə cəhd kimi qiymətləndirmiş, həm Qazıyevi, həm də Hüseynovu vəzifələrindən azad etmişdi. Buna baxmayaraq, Hüseynov özünə sadiq əsgərləri ilə birlikdə Gəncəyə çəkilmişdir. Bunun nəticəsində erməni qüvvələri hücum əməliyyatına başlamış, bir çox kəndi işğal etmişdir. İsgəndər Həmidov aprel ayında Kəlbəcərin işğalına görə travma qazanmışdı, Kəlbəcərdə yaşanan hadisələr ona çox təsir etmişdi. Buna görə də 30 martda İsgəndər Həmidov və dəstəsi AzTV-nin önünə gəlir, girişdə dayanan polis çavuşunu döymüşdür. Həmidov ardınca jurnalist Çingiz Sultansoyun aparıcılıq etdiyi veriliş efirdə olarkən studiyaya daxil olmuş, verilişin qonaqlarını təhqir etmişdir.

Həmin vaxt Türkiyə Prezidenti Turqut Özal Bakıda səfərdə idi. Özalın gedişindən sonra İsgəndər Həmidov daxili işlər naziri vəzifəsindən uzaqlaşdırılmışdır. Həmidovun sözlərinə görə, o, Əbülfəz Elçibəyə istefa ərizəsi təqdim etmişdir. Prezident bunu qəbul etməmiş, lakin Həmidovun pəncərəni açaraq özünü 5-ci mərtəbədən atmaqla təhdid etdikdən sonra onun istəyini qəbul etmişdir. Bir versiyaya görə, Həmidovun istefasına buna səbəb Kəlbəcərin işğalı idi. Elçibəy hakimiyyəti dövründə prezidentin mətbuat katibi işləmiş Arif Əliyevə görə, Həmidov hakimiyyətin nüfuzuna pis təsir etməsi səbəbindən bir neçə yüksək vəzifəli şəxsin təzyiqi ilə istefaya göndərilmişdir. Əlavə olaraq, daxili işlər nazirinin istefasının ertəsi günü Turqut Özal ürək tutmasından vəfat etmişdir. Bunun ardınca dedi-qodular yayılmış, İsgəndər Həmidovun Özalın istəyi ilə vəzifəsindən kənarlaşdırıldığı və Həmidov onu öldürərək qisas aldığı iddia edilmişdir. Hər halda, bir neçə ay sonra Hüseynov Gəncədə qiyam qaldırmış, Heydər Əliyevlə birlikdə hakimiyyətə gəlmişdir. Əliyevin hakimiyyətdə olduğu ilk vaxtlardan AXC, o cümlədən İsgəndər Həmidov televiziyada tez-tez tənqid olunmuşdur.

1995-ci ilin martında XTPD rəhbəri Rövşən Cavadov Bakıda bir kazarmanı ələ keçirmiş və tərksilah çağırışlarını rədd etmişdir. Artıq prezident olmuş Heydər Əliyev üsyanı yatırmaq üçün hökumət qoşunlarını göndərmiş, nəticədə Cavadov həlak olmuşdur. Aparılan istintaq işində məlum olmuşdur ki, AXC-ni Əliyevi devirməyə çağıran Cavadov cəhd zamanı İsgəndər Həmidovla da əlaqə saxlamışdır. Həmidov 17 mart 1995-ci ildə Həmidov 1992-ci ilin avqust-oktyabr aylarında 701 nəfər məhbusun həbsdən azad etmək, "İstiqlal" qəzetinin redaktorunu və əməkdaşını döymək, 400 min ABŞ dollarını mənimsəmək və israf etmək ittihamları ilə 14 il müddətinə azadlıqdan məhrum edilmişdir. Onun yaratdığı Bozqurd Partiyasının qeydiyyatı Azərbaycan Ali Məhkəməsi tərəfindən ləğv edilmişdir. Bəzi azərbaycanlı hüquq müdafiəçiləri hakimiyyət istintaqa Həmidovun törətdiyi cinayətlərdən daha ağır cinayətlərdə ittiham etmələri üçün təzyiq göstərmişdir. "Amnesty International" və Avropa Şurası onu siyasi məhbus hesab etmiş, lakin həbsi Azərbaycan ictimaiyyətində diqqətəlayiq reaksiyaya səbəb olmamışdı.Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 1 mart 1996-cı il tarixli Sərəncamı ilə o, general-leytenant ali hərbi rütbəsindən məhrum edilmiş və 16 oktyabr 1997-ci ildə Bakı şəhəri Suraxanı Rayon Məhkəməsinin qərarı ilə "həbsxanada rejimi qəsdən pozduğuna görə" 3 il müddətinə Qobustan həbsxanasına köçürülmüşdür. "Memorial" təşkilatının hesabatına görə, hüquq-mühafizə rəsmiləri bəzi məhbuslara Həmidovun onları ona qulluq etməyə məcbur etməsi barədə arayış imzalatdırmışdır.

Azərbaycan 2001-ci ildə Avropa Şurasına qəbul olunan zaman bütün siyasi məhbusların işlərinə baxmağı və Avropa Şurasının siyahısında olanları azad etməyi öhdəsinə götürmüşdür. 2003-cü ilin yayında Həmidovun ikinci məhkəməsi hökmün dəyişməsinə səbəb olmamış, o, yenidən təqsirli bilinmişdir. Yerli analitiklərin əksəriyyəti Həmidovun Əliyev hakimiyyətinə qarşı açıq hədə-qorxularına görə həbsdə qaldığını hesab edirdi. Həmçinin, "Milli Demokratlar" seçicilərin təşəbbüs qrupu tərəfindən Həmidovun oktyabrda keçiriləcək prezident seçkilərinə namizədliyini irəli sürmüş, lakin Mərkəzi Seçki Komissiyası bunu təsdiqləməmişdir. O, dekabrda Prezident İlham Əliyevin sərəncamı ilə əfv edilmişdir. Azərbaycanlı siyasətçi Məlahət İbrahimqızı əfv qərarının onların günahlarını etiraf edərək prezidentə müraciət etməsindən sonra qəbul olunduğu iddia etmişdir. Əfv olunanlar siyahısında olan keçmiş müdafiə naziri Rəhim Qazıyev bu iddiaları təkzib etmişdir.

Həmidov azadlığa buraxılandan sonra AzMDEP-nin sədrliyinə davam etmişdir. O, 2005-ci ilin əvvəllərində polis tərəfindən saxlanılmış, barmaqları qırılmışdır. Həmidov həmçinin, Elmar Hüseynovun qətlini "siyasi qətl" adlandırmış və cinayətkarların aşkar olunmadığı halda prezidentin istefa etməli olduğunu bildirmişdir. O, həmin il parlament seçkilərindən sonra "Azadlıq" seçki bloku ilə birlikdə etiraz aksiyası keçirmişdir. 2008-ci ilin fevralında Həmidovun partiyasının da daxil olduğu "Demokratiya Uğrunda İttifaq" Bərdədə zona müşavirəsi keçirmək istəmiş, Bərdəyə yollanan İsgəndər Həmidov daha 16 nəfərlə birlikdə rayon polisi tərəfindən saxlanılmışdır. Onlar Bərdəyə buraxılmamış, daha sonra azadlığa buraxılaraq Bakıya göndərilmişdir. Həmidov bir neçə gün sonra bir neçə şəxslə birlikdə Yardımlıya, Sabir Rüstəmxanlının anasının yasına gedərkən Salyanda polis tərəfindən yenidən saxlanılmışdır. Həmin ilin avqust ayında partiya sədri kimi Tufan Kərim tərəfindən əvəzlənmiş və siyasi fəaliyyətini dayandırmışdır. Həmin il o, dinə üz tutduğunu bildirmiş və Məkkə şəhərinə Həccə ziyarətinə getmişdir.

Çox keçməmiş Həmidov yenidən siyasi arenaya qayıtmış, AzMDEP-in rəhbər simalarından biri kimi qalmışdır. Bundan əlavə, o, 2013-cü ildə Demokratik Qüvvələrin Milli Şurasına qoşulmuşdur. 28 may 2013-cü ildə Novxanıda Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin qurucularından olan Məhəmməd Əmin Rəsulzadənin abidəsi önündə keçirilən mitinqdə Həmidov müxalifəti radikallaşmağa çağırmış, hakimiyyəti tənqid və təhqir etmişdir. Növbəti gün o, "Montin bağı"nda naməlum şəxslər tərəfindən naməlum istiqamətdə aparılmışdır. Həmidovun sözlərinə həmin şəxslər onu 4 saat gözü və qolları bağlı şəkildə saxlamış, onun mitinqdəki çıxışımla bağlı suallar vermişdir. O, axşam saatlarında yenidən "Montin bağı" gətirilərək azadlığa buraxılmışdır. Növbəti il o, səbəbini açıqlamadan Milli Şuradan istefa vermiş və siyasi fəaliyyətinə müstəqil şəkildə davam etmək qərarını almışdır.

2015-ci ildə keçirilmiş parlament seçkilərində 123 saylı Kəlbəcər Seçki Dairəsindən namizədliyini irəli sürmüşdür.Müsavat Partiyasının üzvü olmamasına baxmayaraq oradan namizəd olan Həmidov oktyabrda təşviqat aparılmasına imkan yaradılmamasından, seçicilərlə görüş keçirməsinə polis əməkdaşlarının mane olduğunu deyərək Mərkəzi Seçki Komissiyasına şikayət ünvanlamışdır. Həmin ay Müsavat Partiyası Azərbaycanda azad və ədalətli seçki üçün mühit olmadığını, çox sayda siyasi məhbusların azad edilməsi üçün tələblərinin qulaqardına vurulduğunu əsas gətirərərk seçkiləri boykot etdiyini açıqlamışdır. Həmidov boykotu qəbul etməmiş, seçkilərdə mübarizəsinə davam edəcəyini qeyd etmişdir. O, namizədliyini irəli sürdüyü seçki dairəsində 2,189 səs yığaraq ikinci yeri tutmuşdur.

Həmidov 2019-cu ilin yanvarında Həmidov jurnalist Mehman Hüseynovun azadlığa buraxılması üçün çağırış etmişdir. O, 26 yanvarda Azərbaycan Xalq Hərəkatı (AXH) adlı ictimai qurumun təsisçilərindən biri olmuşdur. Bundan başqa, həmin ayın axırında o, keçmiş müdafiə naziri Rəhim Qazıyevin anasının vəfatının ildönümü ilə bağlı hüzr mərasiminə Şəkiyə getmiş, lakin rayonda yerli polis şöbəsinin əməkdaşları tərəfindən saxlanılmış, sorğu-suala çəkilmişdir.

İsgəndər Həmidov 2019-cu ilin mayında səhhəti ilə bağlı Türkiyəyə aparılmış, orada bir müddət müalicə aldıqdan sonra Azərbaycana qayıtmışdır. Buna baxmayaraq, 2020-ci ilin yanvarında onun səhhəti yenidən ağırlaşmış, huşunu itirərək yıxılmışdır. Həmidov 24 yanvarda "City Hospital"a gətirilmişdir. Ona ilkin olaraq "aorto-koronar şuntlama əməliyyatından sonrakı vəziyyət, beyin qan dövranının pozulması, ikitərəfli pnevmoniya ilə ağırlaşmış kəskin respirator, septik şok" diaqnozu qoyulmuşdur. Mərkəzi Klinik Xəstəxanaya aparılmış Həmidovun vəziyyəti 5 fevralda kritikləşmiş, lakin maliyyə sıxıntıları səbəbilə yenidən "City Hospital"a köçürülmüşdür. 14 fevralda o, ağır koma dərəcəsində qalmış və süni aparata yerləşdirilmişdir. İsgəndər Həmidov 26 fevral 2020-ci ildə insultdan vəfat etmişdir.

İsgəndər Həmidov milliyətçi, antikommunist və Türkiyə meyilli idi. O, Rusiya əleyhdarı idi, eləcə də Azərbaycanın hansısa xarici qüvvə tərəfindən idarə edilməsi fikrinə qarşı idi. Amerikalı jurnalist Tomas Qoltzun sözlərinə görə, Həmidov Azərbaycanda türkçülük və ülküçülük ən çox bağlı olan şəxsə çevrilmişdi. Həmidov özünün siyasi partiyasını, polis qüvvələrini və qəzetini "Bozqurd" adlandırmışdı. O, ofisində totem kimi boz canavar müqəvvası saxlayırdı. Həmidov Türkiyənin Milliyətçi Hərəkat Partiyasının lideri Alparslan Türkeşin antikommunist və milliyətçi ideyalarına bağlı idi. İsgəndər Həmidov daxili işlər naziri olduğu dövrdə "demokratiya oynamağın" lazım olmadığını qeyd etmişdir.

İsgəndər Həmidov 2003-cü ildə azadlığa buraxıldıqdan sonra fərqli mövqelər tutmağa başlamışdır. O, köklü islahatlar adı altında seçki qanunvericiliyinin təkmilləşdirilməsi, məhkəmələrin müstəqilliyinə nail olunması, mətbuat azadlığına təminat verən qanunvericiliyin qəbulu, səhiyyə, təhsil sistemində normal vəziyyətin yaradılması, icra hakimiyyətlərinin səlahiyyətlərinin bələdiyyələrin xeyrinə azaltmaq, iqtisadiyyatda məmur monopoliyasına və korrupsiyasına son qoymaq üçün struktur islahatlarının keçirilməsi, Dağlıq Qarabağla bağlı siyasi iradə nümayiş etdirməyi nəzərdə tutduğunu bildirmişdir. Həmidovun fikirlərinə görə, rüşvətxorluğa qarşı mübarizə tək repressiv qaydada aparılmamalı, rüşvəti yaradan amilləri aradan götürülməlidir. O, Yeni Azərbaycan Partiyası hakimiyyətinin Qarabağ siyasətini tənqid etmiş, Qarabağı azad etməyi bacarmadığı bildirmişdir. Həmidov əlavə olaraq qeyd etmişdir ki, "Azərbaycanda ermənilərin sayı, Zəngəzurda yaşayan azərbaycanlıların sayı qədər olmalıdır".