Məzahir Pənahov 1951-ci il martın 13-də Tovuz rayonunun Qaraxanlı kəndində ziyalı ailəsində doğulub. 1967-ci ildə Azərbaycan Dövlət Universitetinin fizika fakültəsinə daxil olub və 1972-ci ildə universiteti fərqlənmə diplomu ilə bitirib.

1971–1972-ci illərdə Sankt-Peterburq şəhərində A. F. İoffe adına Fizika-Texnika İnstitutunun diplomçusu, 1973–1976-cı illərdə isə aspirantı olub. 1979-cu ildən elmlər namizədi, 1992-ci ildən elmlər doktorudur. 1977-ci ildən 1993-cü ilədək Bakı Dövlət Universitetində müəllim, baş müəllim və dosent işləyib. 1993-cü ildən Bakı Dövlət Universitetinin "Ümumi fizika və fizikanın tədrisi metodikası" kafedrasının professoru, 1996-cı ildən 2019-cu ilədək həmin kafedranın müdiri olub.

1982–1983-cü illərdə Böyük Britaniyanın Mançester Universitetində, Təbiət Elmləri və Texnologiya İnstitutunda (UMIST) elmi tədqiqatlar aparıb.

1998–2000-ci illərdə MSK-nın Beynəlxalq Əlaqələr İdarəsinin rəisi işləyib. 2000-ci il mayın 19-da Azərbaycan Respublikasının Prezidenti, ümummilli lider Heydər Əliyevin Sərəncamı ilə MSK üzvü təyin olunub və həmin gün Komissiyaya sədr seçilib.

MSK sədri kimi seçkilər sahəsində uzunmüddətli səmərəli fəaliyyəti ölkəmizdə yüksəkixtisaslı mütəxəssislərin hazırlanmasına, qanunvericilik bazasının təkmilləşdirilməsinə və institusional mexanizmlərin yaradılmasına əhəmiyyətli töhfələr verib. Azərbaycanda seçki sisteminin təkmilləşdirilməsi, müasir tələblərə uyğun seçki ənənəsinin formalaşdırılmasına hədəflənən bir sıra əsaslı islahatların aparılması və yeniliklərin, o cümlədən müasir texnologiyaların tətbiqində böyük uğurlar əldə edilməsində mühüm əhəmiyyətli rolu olub.

Seçki sisteminin formalaşdırılması məqsədilə nüfuzlu beynəlxalq qurumlarla Azərbaycan arasında sıx əməkdaşlığın həyata keçirilməsində və bir sıra xarici ölkələrin ali seçki qurumları ilə qarşılıqlı əlaqələrin yaradılmasında müstəsna rolu olub, onun rəhbərliyi altında MSK 2002-ci ildə Mərkəzi və Şərqi Avropa Seçki Rəsmiləri Assosasiyasına (ACEEEO) üzv qəbul edilib.

Elmi fəaliyyəti mürəkkəb strukturlu bərk cisimlərdə elektron və optik hadisələrin tədqiqi sahəsində olmuşdur. Metal-izotop heterokeçidli yarımkeçirici kontaktından ibarət mürəkkəb strukturlu bərk cisimlərdə elektron və optik hadisələrin nəzəriyyəsini işləyib və ilk dəfə bu tip mikrosistemlərin Volt-Farad xarakteristikasında Mott rejiminə uyğun məxsusiyyətin mövcud olduğunu aşkar edib. Az sonra təcrübədə təsdiqini tapan bu ideya belə strukturlar əsasında prinsipcə yeni növ müasir cihazların hazırlanması imkanını gerçəkləşdirməklə bərabər heterokeçidlərdə, digər parametrlərlə yanaşı, praktiki baxımdan müstəsna əhəmiyyət kəsb edən enerji sıçrayışını çox böyük dəqiqliklə təyin etmək üçün yeni metodun da əsasını qoyub.

Nüfuzlu beynəlxalq jurnallarda dərc olunan yüzə yaxın elmi məqalənin, iki dərs vəsaitinin müəllifi, bir neçə monoqrafiya və dərs vəsaitinin elmi redaktorudur. Böyük Britaniya, Almaniya, Rusiya, Ukrayna, İran və digər xarici ölkələrdə keçirilən beynəlxalq elmi konfranslarda iştirak edib.

Azərbaycan müstəqillik əldə etdikdən sonra 1992-ci ildə ABŞ-dən olan Azərbaycansevər həmfikirləri ilə birlikdə Los-Ancelesdə beynəlxalq standartlara uyğun iri həcmli "Azerbaijan International" jurnalının əsasını qoyanlardan biri olub və dünyanın əlliyə yaxın ölkəsinə yayılan, Azərbaycan həqiqətlərinin dünyaya çatdırılması kimi nəcib bir missiyaya xidmət göstərən bu jurnalın 2000-ci ilədək Bakıdakı rəhbərliyini həyata keçirib.

Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin 14 mart 2011-ci il tarixli Sərəncamı ilə Azərbaycanın ictimai-siyasi həyatında fəal iştirakına görə "Şöhrət" ordeni ilə təltif edilib.

Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin 30 mart 2021-ci il tarixli Sərəncamı ilə Azərbaycan Respublikasının ictimai-siyasi həyatında uzunmüddətli səmərəli fəaliyyətinə görə "Şərəf" ordeni ilə təltif edilib.

Evlidir, iki oğlu və bir qızı var.