Azərbaycan 1991-ci ilin sonlarından etibarən beynəlxalq arena tərəfindən tanınan, SSRİ-dən müstəqillik qazanmış gənc bir respublika idi. Azərbaycan üçün müstəqillikdən sonrakı dövr xaotik olmuşdur. Yeni dövlət Azərbaycana məxsus olan, lakin ermənilərin yaşadığı Dağlıq Qarabağ anklavına nəzarət uğrunda Ermənistanla hərbi münaqişədə idi. 1992-ci ilin mayında Xalq Cəbhəsi hərbi uğursuzluq səbəbilə kommunist Ayaz Mütəllibov hökumətini devirir, həmin ilin iyununda isə milliyətçi Əbülfəz Elçibəy demokratik şəkildə prezident seçilir.

Azərbaycan 1993-cü ildə Ermənistanla Qarabağ müharibəsindəki hərbi uğursuzluqlar səbəbiylə vətəndaş müharibəsinin astanasında idi. Prezident Əbülfəz Elçibəy Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin komandiri və keçmiş kommunist Surət Hüseynovu hərbi uğursuzluqlarına görə ordudan uzaqlaşdırır. Doğulduğu Gəncə şəhərinə qayıdan Hüseynov üsyankar milisləri silahlandırır. Bəzi mənbələr Hüseynovun Rusiya hökuməti tərəfindən dəstəkləndiyini bildirir. Hər halda, Hüseynovun qüvvələri 4 iyun 1993-cü ildə həmin milisləri tərksilah etmək üçün göndərilən Milli Ordu qüvvələrini məğlub edir. Hüseynov əmrində olan əsgərlərlə Azərbaycanın paytaxtı Bakıya doğru hərəkət edərək ölkədə siyasi böhrana səbəb olur. Bu, siyasi hakimiyyətdə çaxnaşmaya gətirib çıxarır.

Əbülfəz Elçibəy Bakıdan ayrılır. Çevrilişin lideri Sürət Hüseynov ölkədəki başqa bir siyasətçi, Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri, əvvəllər KQB üzvü, Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Politbürosunun üzvü və SSRİ hökumət başçısının müavini olmuş Heydər Əliyev ilə ittifaq yaradır. Heydər Əliyev faktiki olaraq dövlət başçısı səlahiyyətlərini daşıyır və özünü yeni bir siyasi qüvvə kimi təsdiq edərək Azərbaycanın siyasi arenasında birinci sıraya qayıdır. O, 15 iyun 1993-cü ildə Azərbaycan Respublikası Ali Sovetinin sədri olur. Doqquz gün sonra bu məclis onu ölkənin müvəqqəti prezidenti seçir, Hüseynov isə baş nazir təyin olunur.

Heydər Əliyev 3 oktyabr 1993-cü ildə keçirilən ölkə miqyaslı prezident seçkiləri nəticəsində Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilir və oktyabrın 10-da rəsmi olaraq vəzifəyə keçir. O, potensial vətəndaş müharibəsinin qarşısını almaq, Qarabağdakı işğal olunmuş torpaqları azad etmək, Azərbaycanın ərazi bütövlüyünü təmin etmək, söz azadlığı və insan hüquqlarını qorumaq istədiyini bəyan edir.

Heydər Əliyev Azərbaycana davamlı siyasi sabitlik gətirir. O, 1993-cü ilin oktyabrından 2003-cü ilin oktyabrına qədər Azərbaycan Respublikasının Prezidenti olaraq qalır. Əliyev ölkədə xarici investisiyanı təşviq edir və siyasi müxalifəti sıxışdırır. Əliyev 1994-cü ildə Ermənistanla atəşkəs imzalayır. O, 1998-ci ildə böyük səs çoxluğu ilə yenidən prezident seçilir, lakin müxalifət partiyalarının əksəriyyəti bu seçkiləri boykot edir. Əliyevin səhhəti 1999-cu ildən pisləşməyə başlayır. O, 2003-cü ildə prezident seçkilərində iştirakdan imtina edir, yalnız oğlu İlham Əliyevi respublika prezidentliyinə namizəd adlandırır. İlham Əliyev 2003-cü ilin oktyabrında prezident seçilir. Heydər Əliyev 2003-cü ilin dekabrında vəfat edir.

Keçmiş prezident Əbülfəz Elçibəy əslən olduğu Naxçıvan regionuna sığınır. O, 1997-ci ildə Bakıya qayıdır və prezident Əliyevi tənqid edərək yenidən siyasi fəaliyyətə başlamağa çalışır. Elçibəy 1999-cu ildə Əliyevin PKK-ya dəstək verdiyini iddia etdiyi üçün ona qarşı məhkəmə işi açılır, lakin məhkəmə işi nəticəsiz başa çatdırılır. Prostat xərçəngi diaqnozu qoyulduqdan sonra Elçibəy ölkəni tərk edir və 2000-ci ilin avqustunda Türkiyənin paytaxtı Ankara şəhərində vəfat edir. Elçibəy siyasi baxımdan hər zaman Türkiyəyə yaxın olmuşdur.

Yeni baş nazir Hüseynov 1994-cü ilin oktyabrında onu dövlət çevrilişinə cəhddə ittiham edən prezident Əliyev tərəfindən vəzifəsindən azad edilir. Hüseynov Rusiyaya sığınır, lakin 1996-cı ildə yenidən Azərbaycana göndərilir. O, dövlət çevrilişinə cəhd, prezidentə sui-qəsd cəhdi, silah qaçaqmalçılığı, narkoticarət, silahlı milis yaratmaq, qiyam və nəhayət dövlətə xəyanət ittihamı ilə mühakimə olunur. Hüseynov 15 fevral 1999-cu ildə Azərbaycan Respublikası Ali Məhkəməsi tərəfindən ömürlük həbs cəzasına məhkum edilir. O, 2004-cü ildə əfv edilir.

Gəncədə baş verən qiyamdan sonra Milli Məclisin keçmiş sədri İsa Qəmbər, Milli Təhlükəsizlik nazirinin keçmiş müavini Sülhəddin Əkbər, Daxili İşlər nazirinin keçmiş müavini Qabil Məmmədov və keçmiş baş prokuror İxtiyar Şirin, Ədliyyə nazirinin keçmiş müavini Məmməd Zeynalov və digərləri həbs edilib. 1994-cü ildə məhkəmənin qərarı ilə bu şəxslər həbsdən azad edilib. 1995-ci il yanvarın 9-da Ali Məhkəmənin Hərbi Kollegiyası cinayət işinin obyektiv araşdırılması üçün təkrar ibtidai istintaqa qaytarıb. Keçmiş baş nazir Surət Hüseynova qarşı cinayət işi başlanıb. 1998-ci il avqustun 1-də bütövlükdə cinayət işinə xitam verilib. 1999-cu ilin iyununda xitamla bağlı qərar ləğv edilib və ləğvetmə barədə ittiham irəli sürülmüş şəxslərə məlumat verilməyib.