1514-cü ildə Moğolustandan ayrılma nəticəsində meydana gəlmişdir. Dövlətin əsasını qoyan Sultan Səid xan olmuşdur. 1514-cü ildə Yunus xanın nəvəsi və I Sultan Əhməd xanın üçüncü oğlu Sultan Səid xan kiçik bir qüvvə ilə taxtı ələ keçirdi və yeni bir sülaləsinin Səid-Tuğluq Teymur nəslinin əsasını qoydu. Bu hakimiyyətin Duqlat qəbiləsindən Tuğluq Teymur nəslinə keçməsi ilə Şərqi Türkistandakı dövlət quruluşunun Moğolustandan müstəqilliyini qoruyaraq dəyişməz qalmasıdır. Onun hakimiyyətini hətta doğma əmisi Moğolustan hakimi Mənsur xanda tanıdı. Həmin anda onun dövləti Moğolustanın şərq hissəsini (Turfan, Kumul, Calış) əhatə edirdi. Yarkand xanlığının qurucusu Səid xanın və onun sonrakı varisləri olan I Əbdürrəşid xanın və Əbdülkərim xanın hakimiyyət illərində yəni 1514-1593-cü illər aralığında ölkə böyük müharibələrdə iştirak etmədi və bu xanlar əsasən dinc quruculuq işləri ilə məşğul oldular. Bu dövlət də Orta Asiyadakı Şeybanilər və Həştərxanilər dövlətləri ilə oxşarlıq təşkil edərək, özünə xas olan atributları və təsisatlarıyla tipik bir feodal quruluşlu xanlıq idi. İlk vaxtlar Yarkənd xanlığı tərkibinə Qaşqar, Yangihisar, Yarkənd, Xotan, Aksu və Uç kimi şəhərlər daxil idi. Mənsur xanla barışıq bağlandıqdan (1516) sonra ölkənin şərq bölgəsi - Bai, Kuşan (Kuçar), Çhalış (Qaraşəhər), Turfan və Kumul ta Cayquna (Böyük Çin səddi) qədər Yarkənd xanlığına birləşdi. 1529-cu ildə Səid Bədəxşana hücum etdi. 1531-ci ildə isə Ladax işğal olundu. Hərbi yürüş zamanı Səid xan dağ xəstəliyi ilə xəstələndi və 1533-cü ilin iyul ayında geri dönərkən yolda öldü.

Sultan Səid xanın yerinə duqlat ailəsinin üzvlərindən birinin edamı ilə hökmranlığına başlayan I Əbdürrəşid xan (1533-1559) gətirildi. Xan duqlat nəsili ilə qarşıdurmaya girdi və onların liderlərindən biri Seyid Məhəmməd mirzənin təqibinə başladı. Əbdürrəşid xan da Qərbi Moğolustanda hakimiyyət uğrunda qırğızlar və qazaxlara qarşı mübarizə aparırdı. Lakin Qərbi Moğolustan monqollar Tarım hövzəsində sıxışdırılıb çıxarıldıqdan sonra birdəfəlik itirildi. Atasının ölümündən sonra taxta çıxan Əbdürrəşid xan xanlığın xarici siyasət istiqamətini qəfildən dəyişdirdi. O, özbək və qazaxlarla ənənəvi müttəfiqlikdən imtina etdi və uzun müddət düşmənçilik etdikləri Mavəraünnəhr şeybaniləri ilə ittifaqa girdi. 1537-ci ildə müttəfiq qoşunlar Keles çayın yaxınlığındakı Çağat bölgəsində qazaxlar üzərində böyük bir qələbə qazandılar. Nəticədə Əbdürrəşid xanın hakimiyyəti Orta Moğolustana yayıldı. Təxminən 1553-cü ildə böyük oğlu Əbdül-Lətif sultanı qazax və qırğızların basqınlarının qarşısını almaq üçün Mərkəzi Moğolistana (mərkəzi Aksu) hakim təyin etdi. Onlara qarşı mübarizədə Abd əl-Latif-sultan təqribən 1555/6-ci illərdə 29 yaşında öldürüldü. Buna cavab olaraq Əbdürəşid xan İssık-Kul gölünün yaxınlığında qazaxlara sarsıdıcı məğlubiyyətə uğratdı. Lakin nəticədə o, İli bölgəsinin qırğızlar və qazaxlar tərəfindən ələ keçirilməsinin qarşısını ala bilmədi.

Əbdürrəşid xandan sonra hakimiyyətə gələn Əbdül-Kərim xan 1559-cu ildə paytaxtı Yarkəndə köçürdü. Əbdül-Kərim xanın hakimiyyəti dövrü əsasən qırğız tayfalarını Orta Mogolustan ərazisində sıxışdırıb saxlamaq məqsədilə olan müharibələrlə yadda qaldı. Əbdül-Kərim xanın hərbi uğurlarına baxmayaraq, onun hökmranlığının sonuna qədər qırğızlar artıq şimal Tyan-Şanda möhkəm şəkildə qərarlaşmış və Çalışdan Çu-Talas çayaralığına qədər ərazidə məskunlaşmışdılar. Xanlığın özündə, Əbdül-Kərim xanın hakimiyyətinin sonlarına doğru, xanın ölkədən qovduğu İşan Məhəmməd-İshak Vəlinin (1599-cu ildə vəfat edib) rəhbərlik etdiyi qaradağ xocaları tərəfindən separatçı meyllər gücləndi.

XVI əsrin 70-ci illərində Mənsur Xan sülaləsinin devrilməsindən sonra Moğolustanın qalıqları Məmləkət-i Moğoliyəyə daxil edildi. Gələcəkdə bu torpaqlarda (Turfan, Kumul, Calış) dəfələrlə Moğol sultanlarının rəhbərlik etdiyi müstəqil dövlətlər qurulurdu.

Əbdül-Kərim xanın yerinə 1591-ci ildə I Abdulla xanın rəhbərliyi altında Buxara xanlığının hücumunu dəf edən qardaşı Məhəmməd xan keçdi. 1594-cü ilin yayında Şeybanilər gözlənilmədən müttəfiqlik münasibətlərini kəsdilər və Əbdül-Kərim xanın oğlu Şahheydər Məhəmməd sultanın hüquqlarını qorumaq bəhanəsi ilə III Məhəmməd xan dövlətini işğal etdilər. Lakin nəzərəçarpacaq dərəcədə uğur qazana bilməyən özbəklər, çoxlu qənimət və məhbusları ələ keçirərək geri döndülər. Məhəmməd xan 1610-cu ildə öldü, yerinə 1618-ci ildə öldürülən Şücaəddin Əhməd xan keçdi. Əbdül-Lətif (Apak) xan isə onun yerinə xan oldu. Əbdül-Latif xandan sonra hakimiyyət 1630-cu ildə qardaşı oğlu Sultan Əhməd xana (Fulat xan) miras qaldı. Fulat xan 1636-cı ildə Abdulla tərəfindən devrildi. Abdulla sarayın vəziyyətini sabitləşdirdi və bir neçə yaşlı saray əyanını Hindistana sürgün etdi. O, Xotan və Aksu bölgələrində оyratların basqınlarını dəf etdi və 1655-ci ildə Sin sülaləsi ilə vassal əlaqələrinə girdi. Həmçinin Buxara və Böyük Moğol İmperiyası ilə də dostluq əlaqələri quruldu. 1640-1641-ci illərdə Abdulla xan Bədəxşanı və Baloru fəth etdi.

XVI əsrin sonlarından başlayaraq, Yarkənd xanlığı Xocaların təsiri altına düşməyə başladı. Xocalar müsəlman idilər və nəsil şəcərələrinin Məhəmməd peyğəmbərdən və ya ilk dörd ərəb xəlifədən gəldiyini iddia edirdilər. XVI əsrin əvvəllərində Sultan Səidin hakimiyyəti dövründə Xocalar artıq sarayda və xan üzərində güclü təsirə malik idilər. 1533-cü ildə Məhdumi Əzəm adlı xüsusilə nüfuzlu bir Xoca Qaşqara gəldi, burada yerləşdi. Onun burada iki oğlu da dünyaya gəldi. Bu iki oğul bir-birlərindən nifrət edir və qarşılıqlı nifrətlərini övladlarına ötürmüşdülər. Bu iki xətt xanlığın iki hissəyə bölünərək əhəmiyyətli bir hissəsinə hakim olmağa başladı: Qaşqardakı "Ağ Tağlıq" (Ağ Dağ) və Yarkənddəki "Qara Tağlıq" (Qar Dağı).

Abdulla xanın hakimiyyət illəri müharibə nəticəsində dağıdılmış şəhərləri bərpa etməsi ilə əlamətdar oldu. O, bir çox mədrəsələr və digər obyektlər tikdirdi, iqtisadiyyatı yaxşılaşdırdı və ölkənin hərbi gücünü gücləndirdi. Abdulla xan otuz il hökmdar taxtında oturdu. Bununla belə, 50-ci illərdə kalmıklar ölkəyə soxulmağa başladı. Hərbi cəhətdən daha güclü olan kalmıklar Səidiyyə dövlətinin bir çox torpaqlarını ələ keçirdilər. O dövrdə qurulan Cungar xanlığı Şərqi Türkistan və Orta Asiyada yaşayan xalqları təhdid etməyə başladı. Cunqar xanlığı yarandığı gündən başlayaraq, Yarkənd və Qazax xanlıqlarına qarşı hərbi yürüşlər təşkil edirdi.

Moğolustan hökmdarı Abdulla xan, XVII əsrin ortalarında Sümər, Seren və Konjin noyonların rəhbərlik etdiyi oyratların basqınlarının qarşısını müvəffəqiyyətlə alırdı. Eyni zamanda Moğolustanda Abdulla xan və qardaşları İbrahim sultan, İsmayıl sultan və Həsən bəy arasında taxt uğrunda güclü mübarizə gedirdi. Nəticədə qardaşlar qaçaraq oyrat noyonu Elden-taijinin yanında sığınacaq tapdılar. Onlar Elden-taiji ilə hərbi ittifaqa girərək birlikdə Abdulla xana qarşı çıxdılar. Buqaç aşırımında, bir tərəfdən Abdulla xanın qoşunları ilə digər tərəfdən Seren və Elden-taijinin rəhbərlik etdiyi, Abdulla xanın qardaşlarının dəstələri tərəfindən dəstəklənən оyratlar arasında döyüş baş verdi. Abdulla xan bu döyüşdə məğlub oldu.

1664-cü ildə Abdulla xan və Senge-taijinin rəhbərlik etdiyi beş minlik oyrat dəstəsi arasında başqa bir böyük döyüş baş verdi. Bu döyüşdən əvvəl Abdulla xan oğlu, 1665-ci ildə qaçaraq oyratlara sığınan Qaşqar valisi Yulbars ilə mübahisə etdi. Bundan sonra Yulbars qardaşı Nurəddinin idarə etdiyi Qaşqara dəfələrlə basqın etdi. 1667-ci ildə Nurəddinin vəfatından sonra Abdulla xan, qırğız qoşunlarının köməyi ilə oyrat torpaqlarına bir neçə dəfə uğursuz yürüşlərə çıxdı. Eyni zamanda Moğolustanda taxt uğrunda yeni mübarizə başladı. Bu müddətdə Abdulla xan taxtdan salındı və 1668-ci ildə Hindistana qaçaraq Böyük Moğol padşahı Övrəngzibin himayəsi altına sığınacaq tapdı.

Atasının yerinə taxta oturan Yulbars xanın hakimiyyəti dövrü qarışıqlıq və xaosla müşayiət olunur. Xanlıq viran qalır. Hər yerdə ona qarşı yönəlmiş kütləvi çıxışlar baş qaldırır və iki il sonra o, öldürülür. Hakimiyyətə gələn Abdulla xanın kiçik qardaşı İsmayıl xan ölkədə nizam-intizamın bərpası üçün çox səy göstərirdi, lakin xocaların pozucu fəaliyyəti onun bütün səylərini boşa çıxardı. Şeyx Məhdumi Əzəmin (1401-1542) davamçıları, özlərini "ağ dağlar" və "qara dağlar" adlandıran iki barışmaz dini qrup arasında amansız mübarizə başladı. Bu işdə xüsusi canfəşanlıq göstərən Xoca Hidayatulla 1676-cı ildə İsmayıl xanı taxtdan devirməyi və onu əsir götürməyi bacardı.. Appak Lhasaya qaçaraq, V Dalay Lamadan Qaşqar üzərində yenidən hakimiyyəti ələ almasına kömək etməsini istədi. V Dalay Lama, Cunqar hökmdarı Qaldandan Appakı Qaşqar xanı olaraq hakimiyyətə bərpa etməsini xahiş etdi.. Appak Xoca, cunqarlar 1678-1680-ci illərdə Tarım hövzəsini fəth edəndə Qaldanla əməkdaşlıq etmişdi. Qaldan xan Appakı formal hökmdar kimi taxta oturtmuşdu.. Dalay Lama Qaldanın Tarim və Turfan vadisini fəth etməsinə xeyir-dua verdi.. Dalay Lama Qaldan tərəfindən müsəlmanlardan alınan döyüş qənimətlərini qəbul etdi. Onun bu hərəkəti müsəlmanlar tərəfindən “kafirlik” adlandırıldı."

Bu dövrdə baş verən hadisələrlə bağlı fərqli baxışlar var. Məsələn, tarixçi İbrahim Niyazın yazdığına görə, İsmayıl xan Xoca Hidayətullanın qovulmasında israr etməyə başladıqda, ikincisi Cungar xanı Qaldana kömək üçün müraciət etdi və onun ordusuna arxalanaraq Yarkənd xanlığını işğal edərək xanı əsir aldı.. Digər bir tarixçi, uyğur xalqının XX əsrin əvvəllərində milli azadlıq mübarizəsinin fəal iştirakçılarından olan Məhəmməd Əmin Buğra isə Yarkənd xanlığının süqutundan sonra Hidayətullanın hakimiyyətinin uzun sürmədiyini bildirir.

Üç-dörd aydan az müddət sonra xan sülaləsinin üzvlərindən olan Məhəmməd Əmin xan böyük qüvvələr toplayaraq Xoca Hidayətullanı taxtdan devirdi. Xoca Hidayətulla əsir aldığı İsmayıl xan və ailəsi ilə birlikdə İli bölgəsinə getdi və oyrat xanı Qaldandan sığınacaq və Məhəmməd Əmin xana qarşı mübarizədə kömək istədi. Qaldan ona kalmıkların fəxri adını - "Abak" ləqəbini verdi. 1679-cu ildə isə 60.000 qoşunla Yarkənd xanlığını işğal etdi. 1680-ci ildə qara-qırğızlar ölkəni işğal edərək Yarkəndi ələ keçirdilər. Yarkənd əhalisi kömək üçün Qaldana müraciət etdi. Qaldan böyük bir ordu ilə Qaşqar və Yarkəndə gələrək əhalinin öz hökmdarlarını seçməsinə imkan verdi. Növbəti il ​​Qaldan Turfan və Kumulu işğal etdi.

1680-ci ildə Qaldan xan 120.000 cungar ilə Yarkənd xanlığına hücum etdi. Artıq cunqarlara tabe olan "ağ dağ"lar Kumul və Turfanı tutmaqda onlara kömək etdilər. İsmayılın oğlu Sultan Baba xan Qaşqar uğrunda döyüşdə onlara müqavimət göstərərkən öldü. Xanlığın ordusunun başçısı Eyvaz bəy Yarkəndin müdafiəsində həlak oldu. Cungarlar Yarkənd qoşunlarını asanlıqla məğlub edərək İsmayılı və ailəsini əsir götürdülər. Çağatay II Əddürrəşid xan Qaldan tərəfindən formal hökmdar təyin olundu. Lakin Hidayətulla (Apak) Xoca bu seçimlə razılaşmır yeni xana fəaliyyətində maneələr törədirdi. Appak Xoca və əbdürrəşid xan arasındakı mübarizə Appakın ikinci qovulmasına gətirib çıxardı. Əbdürrəşid 1682-ci ildə Yarkənddə şiddətli çıxışlar başladıqdan sonra İliyə qaçmaq məcburiyyətində qaldı. Onun yerinə isə kiçik qardaşı Məhəmməd Əmin xan gətirildi. Çini idarə edən Sin sülaləsi Turfan vasitəsi ilə iki dəfə Məhəmməd Əmin xandan xərac aldı. 1690-cı illərdə Hindistan Moğallarına xüsusi elçi göndərildi. Xüsusi elçi vasitəsilə 1691-ci ildə Məhəmməd Əmin "kafir qırğızlardan" (cungarlar) xilas edilməsini xahiş etmişdi. Bu müddət ərzində Məhəmməd Əmin tərəfindən xarici ölkələrdən (Sin dövləti, Moğol İmperiyası və Buxara xanlığı) müstəqilliyini bərpa etmək üçün cungarlara qarşı kömək istəməyə cəhdlər edildi. Baxura xanı Sübhanqulu xan da Məhəmməd Əmin xanın elçilərini qəbul etmişdi. 1693-cü ildə Məhəmməd Əmin xan Cunqar xanlığına uğurlu yürüş etdi. O bu yürüşdən 30.000 əsir ilə qayıtdı.

"Ağ dağ"cərəyanının rəhbəri Apak Xocanın tərəfdarları, 1694-cü ildə Məhəmməd Əminə qarşı üsyan qaldıraraq onu qətlə yetirdilər. Xanlıqda Apak Xocanın və oğlu Yəhya Xocanın hakimiyyəti quruldu. Ancaq Apakın hakimiyyəti onun və oğlunun öldürülməsi ilə bitdi. Bu da iki il ərzində daxili qanlı çəkişmələrə gətirib çıxardı. Əbdürrəşidin başqa kiçik bir qardaşı Məhəmməd Mumin xan, 1696-cı ildə xan oldu. Lakin Qaşqar bəyləri və qırğızlar üsyan edərək Yarkəndə, daha sonra cunqarlara hücum əsnasında Məhəmməd Mümini tutdular. Sonra Yarkənd bəyləri cunqarlardan müdaxilə etmələrini xahiş etdilər. Cunqarlar bu istəyə müsbət cavab verdilər və qırğızları məğlub etdilər. Onlar Mirzə Alim Şah bəyi Yarkənddə xan taxtına oturtmaqla, cağatay sülaləsinin hökmranlığına tamamilə son qoydular..

1680-ci ildən başlayaraq, cunqarlar Tarım hövzəsini qəyyum kimi idarə etdilər. Onlar daha 16 il cağatay sülaləsinin nümayəndəsini formal hökmdar olaraq taxtda saxladılar. Cungarlar, İli bölgəsində Xocalar və xanlarla girov müqaviləsi bağladılar. Bu müqaviləyə görə xoca və xanlar övladlarını cunqarlara girov kimi verirdilər. Cunqarlardan bundan istifadə edərək Tarım hövzəsini idarə edirdilər. Uyğurların mədəniyyəti və dininə toxunmasalarda, cunqarlar onları iqtisadi cəhətdən istismar edirdilər.

Yarkənd dövləti 1678-ci ildə daxili müstəqilliyini qoruyaraq Cungar xanlığının vassalı oldu. Akbaş xanın ölümündən sonra, Xocaların iki cərəyanının Aktağlılar (Ağ dağlılar) və Karatağlılar (Qara dağlılar) növbə ilə bir-birini əvəz edərək hakimiyyətə gəlirlər. Bu müddət də yerli mənbələr "Tarihi Amniyye", "Tarihi Rəşidi"nin (XIX əsrin yenilənmiş nəşri) məlumatına görə dövlətin adı Məmləkət və Moğuliyə olaraq qalır və dəyişmir.

Eyni zamanda formal olaraq mövcudluğunu qoruyan dövlət üç yerə bölünür. Şərqdə Kumul və Turfanda cağatayların yerli qolları hökm etməkdə davam edir. Bu xanlıqlar 1930-cu ilə qədər Sin İmperiyasının vassalı olaraq mövcud olurlar.

Qaşqar və xanların divanının yerləşdiyi Yarkənddə bir çox məscid, mədrəsə, saray, karvansara var idi. Burada həyat intensivliyi ilə seçilirdi. Orta Asiyanın bir çox şəhərindən tacirlər buraya gəlirdi. Qaşqar və Yarkənd bazarlarında hər cür şərq şirniyyatları, paltarları, ev əşyaları, dərman bitkiləri, ədviyyat və s. satan hindli, əfqan və farsla rastlaşmaq olurdu. Yarkənd xanlığı böyük şəhərlərdə fəaliyyət göstərən mədrəsələrdə elmi kadr hazırlığına xüsusi diqqət yetirirdi. Xanlığın paytaxtı Yarkənddə, bütün ölkədə və xaricdə məşhur olan "Rəşidiyyə" mədrəsəsi də daxil olmaqla təxminən on mədrəsə var idi. Qaşqarda köhnə fəaliyyət göstərən mədrəsələrlə yanaşı yeniləri də açılırdı. Mədrəsələrdə riyaziyyat, astronomiya, coğrafiya, tibb, fəlsəfə, ərəb, fars və uyğur dilləri, ədəbiyyat, şəriət, dinşünaslıq, xəttatlıq və digər fənnlər tədris olunurdu. Orada məşhur şair-mütəfəkkirlərin əsərlərini araşdırırdılar: Lütfi, Əbdürrəhman Cami, Əlişir Nəvai, Fəridəddin Əttar, Mövlana Cəlaləddin Rumi, Hafiz Şirazi və başqaları. Ölkədə həm təbiət, həm də humanitar elmlər inkişaf edirdi. Xalq təbabəti ən yüksək səviyyəyə çatmışdı..

O, dövrdə məşhur tarixçi və şair Mirzə Heydər Duqlat (1500-1551), məşhur "Tarix-i Rəşidi" əsərinin və tarixə dair digər əsərlərin müəllifi Yarkənd Xanlığında yaşayır və çalışırdı. Həmçinin "Tarix-i Rəşidi (Zail)" əsərinin müəllifi Şah Mahmud Çurasın (1626-1696) da adını qeyd etmək lazımdır. Onun digər məşhur əsəri "Bilim havaskarliri dosti" (Bilik həvəskarlarının dostları) kitabıdır. Elm adamları ölkənin paytaxtı Yarkənd şəhərində mədrəsələrdən birində tarixin öyrənilməsi üzərində işləyirlər. Yarkənd xanlığı dövründə ölkədə məşhur şairlər yaşayırdı və çalışırdı. Onların arasında Xupiki, Hənifi, Axun Mulla Şah Xoca, Baba Xoca Axun Xotandi, Məhəmməd İmin Zuxni, Mulla Həbib, Mulla Atip, Mulla Cuni Xoca, Mulla Fazil, Mirzə Şah Xocanı göstərmək olar..

Böyük Moğol İmperiyasıından Kataya (tabe olduğu rəhbərliyin fikrincə Çinlə eyni yer ola bilər, ya da olmaya bilər) bir yol axtaran yezuit Bento de Qoiş, 1603-cü ilin sonunda Kabildən karvanla Yarkəndə gəldi. Təxminən bir il orada qaldı və bu müddət ərzində Xotana qısa bir səyahət etdi. Avropaya göndərdiyi hesabatlarında o, bildirirdi:

Yarkənddən Kataya səyyahət zamanı Qoiş, yol boyunca iri mərmər karxanalarının olduğunu da qeyd edirdi. Bu haqda o, belə yazırdı:

XVI əsrin birinci yarısında mədənçilik və metallurgiyanın inkişafı sayəsində ölkədə sənətkarlıq xeyli canlandı. Mədən sənayesi və metallurgiyanın mərkəzləri Qaşqar, Yarkənd, Aksu, Xotan, Bugra şəhərləri idi. Buradan qızıl, gümüş, mis, dəmir, civə, ammonyak, duz, yəşim çıxarılırdı. Tekstil sənayesi geniş yayılmışdır. Bu tip sənayenin inkişafı üçün toxuculuq dəzgahlarının mükəmməlliyi böyük əhəmiyyət kəsb edirdi. Məhsuldar qüvvələrin inkişafı istehsalın ixtisaslaşmasının əsas səbəblərindən biri olmuşdur. Xotan bölgəsi yeşim, xalça istehsalı və emalı ilə məşhur idi. Qaşqar və Yarkənd sənətkarları zərgərlik məmulatlarının istehsalında yüksək peşəkarlığı ilə seçilirdi.

Sənətkarlığın və kənd təsərrüfatının inkişafı daxili və xarici ticarətin canlanmasına səbəb oldu. Ticarət əlaqələrinin inkişafı üçün yollar tikilib təmir edildi və yeni körpülər salındı. Çox sayda şəhər və ticarət mərkəzi meydana gəldi. Ticarət və əmtəə-pul münasibətlərinin inkişafı iri zərbxanaların, qızıl, gümüş və mis dirhəmlərin tədavülə buraxılmasına səbəb oldu. Ölkənin müxtəlif bölgələri arasında ticarət intensivləşdi, qonşu ölkələrlə xarici ticarətin həcmi artdı. Əvvəllər alış-veriş mərkəzləri böyük kəndlərdə və qışlaqlarda yerləşirdisə, indi sənətkarlığın inkişafı ilə şəhərlərdə ticarət intensivləşdi. Sənətkarlar, inşaatçılar, memarlar, tacirlər, elm adamları, ədəbiyyat və incəsənət nümunələri böyük şəhərlərdə yaşayırdılar. Xanlıqda əsas ticarət mərkəzləri Qaşqar, Yarkənd, Xotan, Aksu, Kumul kimi şəhərlər idi.

Yarkənd xanlığının mövcudluğu dövründə xarici ticarətə dövlət rəhbərlik edirdi. Çin, Hindistan, Əfqanıstan, İran, Orta Asiya, İraq və digər ərəb ölkələri ilə aktiv ticarət əlaqələri qurulmuşdu. Karvanlar qonşu ölkələrə Yarkənd xanlığından ənənəvi mallarla: civə, yeşim, qızıl, gümüş, ammonyak, Xotan xalçaları, ipək və pambıq məhsulları, qiymətli metallardan hazırlanmış zərgərlik əşyaları və digər əşyalarla göndərilirdi. Əvəzində başqa ölkələrdən xanlığa lazımi mallar gətirilirdi.

XVII əsrdə Yarkənd xanlığı ordusu hətta orta əsrlərin standartlarına görə müstəsna rəngarəngliyi ilə seçilirdi. Onun tərkibi qırğızlar, qazaxlar, oyratlar, taciklər, qaşqarlılar, yarkəndlilər və həmçinin Şərqi Türkistanda yaşayan çoxsaylı köçəri və oturaq qəbilələrin üzvlərindən ibarət idi. Lakin bu qoşunlar xüsusi etibarlıqla seçilmişdi. Xan hakimiyyətinə ən sadiq olanlar zirehli süvari birləşmələr (Şah-Mahmud Çurasın onların şəninə söylədiyi "əmirin oğulları") və monarxın şəxsi qvardiyasından olan atlılar sayılırdı.

1. Sultan Səid xan, I Sultan Əhməd xanın oğlu (1514—1533)
2. I Əbdürrəşid xan, Sultan Səid xanın oğlu (1533—1559)
3. Əbdül-Kərim xan, I Əbdürrəşid xanın oğlu (1559—1591)
4. III Məhəmməd xan, I Əbdürrəşid xanın beşinci oğlu (1592—1610)
5. Şücaəddin Əhməd xan, III Məhəmməd xanın oğlu (1610—1618)
6. II Qureyş xan Sultan Yunisin oğlu (1618)
7. I Əbdüllətif xan (Apaq-xan), Şücaəddin Əhməd xanın oğlu (1618—1630)
8. II Sultan Əhməd xan (Fulad-xan), Şücaəddin Əhməd xanın böyük oğlu Ziyaəddin Sultan Əhmədin oğlu (Sultan Teymur) (1630—1632), (1635—1638)
9. II Sultan Mahmud xan (Qılınc xan) Şücaəddin Əhməd xanın böyük oğlu Ziyaəddin Sultan Əhmədin oğlu (Sultan Teymur) (1632—1635)
10. Abdulla xan Əbdülrəhim xanın oğlu (1638—1668)
11. Yulbars xan Abdulla xanın oğlu (1668—1669)
12. II Əbdüllətif xan Yulbars xanın oğlu (1669—1670)
13. İsmayıl xan, Turfan hakimi Əbdürrəhim xanın oğlu (1670—1678)
14. II Əbdülrəşid xan, Sultan Səid Baba xanın oğlu (1680—1682)
15. Məhəmməd Əmin xan Sultan Səid Baba xanın oğlu (1682—1694)
16. Məhəmməd Mumin xan (Ağbaş xan) Sultan Səid Baba xanın oğlu (1694—1696)

1. Hidayətullah Həzrət-i Afaq (? -1693/4)
2. Danyal Xoca, Ubeydulla Xocanın oğlu (1720-1754)
3. Yusif Xoca, Danyal Xocanın oğlu (1754-1757)
4. Danyal Xocanın oğlu Abdulla Bədşah Xoca (1757)
5. Yəhya Xocanın oğlu Burhanədin Xoca (? -1759)

Sultan Səid xan dövründə 1514-cü ildən duqlat tayfasından Yarkənd xanlığının Ulusbəyi Seyid-Məhəmməd-Mirzə. 1533-cü il iyulun 23/4-də I Əbdürrəşid xanın əmri ilə öldürülmüşdür.

Yarkənd xanlarının və onların ailə üzvlərinin qəbirləri və məqbərələri (Yarkənd)