Şeybani xanlığı (1428–1468, 1500–1599), Çingiz xanın oğullarından oğlu, Batının qardaşı Şeybanın sülaləsindən olan və özbəkləri idarə edən Əbu ül Xeyir tərəfindən qurulmuş xanlıqdır. 1428-ci ildə qurulan Buxara xanlığı 1468-ci ildə Teymur İmperatorluğu tərəfindən yıxılmışdır. Sonra 1500-cü ildə Məhəmməd Şeybani Xan (1451–1510) tərəfindən təkrar qurulan Şeybani xanlığı (1500–1599) 1506-cı ildə Buxaranı ələ keçirmiş, mərkəzi Buxaraya köçürmüş və Buxara xanlığı olaraq xatırlanmağa başlamışdı. Bu xanlıq Özbək xanlığı olaraq da tanınır. Şeybani, ya da Şibanoğulları xanlığı 1599-cu ildə Həştərxan xanlığı mənşəli olan Din Məhəmməd, Baqi Məhəmməd və Qubernator Məhəmməd qardaşları tərəfindən yıxılmış və Buxara xanlığı Həştərxan hakimiyyətinin (Canı hakimiyyətinin) əlinə keçmişdir.

Məhəmməd Şeybani (1500–1510)

Köçkuncu (1510–1531)

Müzaffərrəddin Əbu Səid (1531–1534)

Əbul Qazi Ubeydallah (1534–1539)

I Abdallah (1539–1540)

Əbdüllətif (1540–1552)

Novruz Əhməd (1552–1556)

I Pir Məhəmməd (1556–1561)

İsgəndər (1561–1583)

II Abdallah (1583–1598)

Abdül Mömin (1598–1598)

II Pir Məhəmməd (1598–1598)

Həştərxan hakimiyyəti (Canı hakimiyyəti) Buxara Xanlığı (1599–1785) kimi xatırlanır. Həştərxan hakimiyyəti 1599-cu ildə Canıbəyin oğlu Din Məhəmməd (Baqi Məhəmməd) tərəfindən qurulmuş və bu hakimiyyət 1804-cü ildə tamamilə yıxılmışdır. Bu hakimiyyət Xanlığın Fərqanə və Bəlx kimi əhəmiyyətli şəhərlərini tutmuşdur. Ancaq 1740-cı ildə Əfşar hakimiyyətini yaradan Nadir Şah əvvəl Mavərənnəhri ardından Bəlxi ələ keçirmişdir. Bu səbəbdən Buxara Xanı Əbul Faiz, 7 il müddətində Nadir Əfşarın hakimiyyətini tanımaq məcburiyyətində qalmışdı. Bu dövrdə Buxara Xanlığı 185 illik müstəqilliyi müddətində fəth siyasəti həyata keçirməyib, yalnız varlığını qorumağı məqsəd götürmüşdür. Bu dövr Buxara Xanlığı olaraq ayrıca araşdırılmaqdadır.

Həştərxan hakimiyyətinin son xanı olan Əbul Qazi zamanında, monqol mənşəli, ancaq Çingiz Xan soyundan olmayan Mangitlər 1747-ci ildə Buxaranı işğal edərək, 1753-cü ildə Əmrliklərini elan etmişdilər. O dövrün, Orta Asiyanın adətinə görə Çingiz Xan soyundan olmayan Xan ola bilmədiyi üçün 1756-cı ildə "Əmir əl-Möminin" adından istifadə etmişdilər. Bu əmirlik 1785-ci ildə Həştərxan hakimiyyətinin Buxara Xanlığını yıxmışdır.

Manqıtlər zamanında xanlığın sərhədləri daralmağa başladı və XIX əsrin sonlarına yaxın mərkəz olan Buxaranın da rus tərəfindən işğal edilməsi ilə Buxara Xanlığı Rus əsarətinə girdi və 1920-ci ildəki Sovet işğalına qədər yarı müstəqil qaldı. Xanlıq torpaqları 1860-cı ilə qədər bugünkü Türkmənistanı, Özbəkistanın qərbini və Qazaxıstanın cənub-qərbini əhatə etmişdir. Xivə xanlığı və Kokand xanlığı ilə birlikdə Özbək üç xanlığı olaraq xatırlanır.

Günahsız Şah Murad 1785–1800

Haydar Adət 1800–1826

Hüseyn 1826

Ömər 1826–1827

Döyənək Allah 1827–1860

Muzaffar al-Din 1860–18886

Abd al-Ahad 1886–1910

Məhəmməd Alim Xan 1910–1920