1930-cu illərdə Sincan valisi Şen Şitsai Çindəki hadisələr səbəbiylə mərkəzi hakimiyyətin uzaq Sincana diqqət yetirməməsindən istifadə edərək, faktiki olaraq müstəqil siyasət yürüdürdü. Sincanın əsas qonşusunun SSRİ olması səbəbindən Şen Şitsai onunla aktiv ticarət apararaq Sovet yönümlü siyasət yürüdürdü. Üstəlik Şen Sovet İttifaqı ilə bağladığı müqaviləyə əsasən sovet tərəfi maneəsiz şəkildə vilayət ərazisində faydalı qazıntıların kəşfiyyatını və hasilatını apara bilərdi. 1936-cı ildə Böyük Yürüşün sonunda Çan Qatounun ordusunun qalıqları Sincana çatdıqda, Şen Şitsai gələn kommunistləri qoşunlarında vəzifə ilə təmin etdi.

1937-ci ildə Çin-yapon müharibəsi başladı və Çinin sahil əyalətlərini itirməsindən sonra Sincan xarici dünya ilə yeganə əlaqə kanalı oldu. Sovet İttifaqından hərbi təchizat Sincan vasitəsilə gəlirdi. Bu, Çin lideri Çan Kayşiyə Sincana ciddi diqqət yetirməyə sövq etdi. Bununla belə, Şen Şitsai müstəqil statusunu itirməsindən qorxaraq, paytaxtda hər hansı bir müşavirəyə qatılmaqdan imtina edirdi.

1942-ci ilin avqust ayının sonunda Çan Kayşinin arvadı Sonq Meilinq Şen Şitsai ilə danışıqlar aparmaq üçün Urumçiyə gəldi. Bu zaman Böyük Vətən müharibəsi davam edirdi, Üçüncü Reyx qoşunları ən böyük uğurlarına Moskvaya çatmışdılar. Bütün bunları nəzərə alan Şen Şitsai SSRİ-ylə əməkdaşlıqdan imtina etməyin vaxtının gəldiyinə qərar verdi. Urumçidə Homindan partiyasının əyalət nümayəndəliyi açıldı və Homindan qoşunlarından ibarət on briqada Sincana gəldi.Çan Kayşinin SSRİ ilə əlaqələri kəsməyi, vilayətin kommunistlərdən təmizlənməsini və demokratik hərəkatı darmadağın etməsini tələb edəcəyini bilən Şen 1942-ci ilin birinci yarısında repressiyalara başladı. 1942-ci ilin yayına Sincanda demokratik hərəkatdan heç bir əlamət qalmadı. Şen Şitsainin siyasəti qazaxların 1942-ci ilin yazında Altayda üsyan etməsinə gətirib çıxardı. 1943-cü ildə Homindan qarnizonlarına qarşı sistematik mübarizə aparan beş partizan dəstəsi fəaliyyət göstərirdi. Əvvəlcə qazaxlara məşhur qaçaq Osman Batur rəhbərlik edirdi. Çox qısa zamanda Osman Baturun dəstəsindəkilərin sayı 30 minə çatır. 1943-cü il iyulun 22-də Osman Batur Bulğun şəhərində Qazax türklərinin xanı elan edilir. O, usanmadan, yorulmadan düşmənə qarşı mübarizəsini davam etdirir. Bir müddət sonra isə Müvəqqəti Altay Xalq Cümhuriyyətinin prezidenti seçilir. Lakin Sovet İttifaqı hadisələrə müdaxilə edir və həbsxanadan qaçan Dalelxan Suqurbayev qazax partizanlarının lideri olur.

1942-ci ilin avqust ayında Şen Sovet İttifaqının Üçüncü Reyxdəki keçmiş səfiri və SSRİ Xarici İşlər Komissarının müavini Dekanozovla Ürümcidə görüşür. O, bu görüşdə Sovet İttifaqından üç ay ərzində bütün hərbi qüvvələri və siyasi zabitləri Sincandan geri çəkməsini və bütün SSRİ təbələrini çıxartmasını tələb edir. Sovet konsesiyaları ərazisindən avadanlıq, o cümlədən Duşanzidəki (Cunqariya) Sovet neft sahələrinin və Ürümçidəki Sovet Təyyarə Yığma Zavodunun (Kənd Təsərrüfatı Alətləri İstehsalat Fabriki adı altında fəaliyyət göstərirdi) bağlanması da daxil olmaqla birdəfəlik getməsində israr göstərir.

Ümumilikdə, 1937-1944-cü illər arasında Sincanda vergi yükü 7-8 dəfə artmışdı. SSRİ ilə ticarətin dayandırılması sənaye malları qıtlığına səbəb oldu və heç kəs kənd təsərrüfatı məhsullarını almırdı. Bütün bunlara əlavə olaraq, Şen Şitsai ordunun ehtiyaclarını ödəmək üçün köçərilər tərəfindən on min cins atın dövlətə təhvil verilməli olduğunu elan etdi. Atı təslim etməyən ailəyə iki atın dəyərinə bərabər pul cəriməsi tətbiq edilirdi. Altay qazaxları partizan müharibəsi apardığından atların səfərbərliyi İli və Çuquçaq bölgələrinin köçərilərinin üzərinə düşürdü, bu da ümumi qəzəbə gətirib çıxardı. Şen Çitsai o qədər nüfuzsuz şəxsiyyətə çevrilir ki, Çan Kayşi vilayət qubernatoru vəzifəsini təmamilə ləğv etdi və Şeni Çuntsinə sürgün etdi. Əyalət hökumətinə Homindan Mərkəzi Komitəsinin üzvü, general Vu Sin rəhbərlik etməyə başladı. Vu Sin vəziyyəti normalaşdırmaq üçün addımlar atmağa başladı və siyasi məhbuslar üçün əfv elan etdi, lakin artıq çox gec idi.

1944-cü ildə SSRİ bölgədəki nüfuzunu bərpa etmək üçün əyalətdəki Homindan hakimiyyətinə qarşı üsyana dəstək vermək qərarı verdi. Bunu üçün o, Şimali Sincanda İli bölgəsindəki türk xalqları arasındakı narazılıqdan istifadə etmək yolunu seçdi .

1944-cü ilin sentyabrında Nilka bölgəsində Külçə tatarı Fatih, uyğur Qəni Mamatbakiyev, qazax Əkbər Esbosin və kalmık Fuçinin rəhbərliyi altında üsyan qalxdı. Hakimiyyət orqanları sentyabrın 4-də süvari alayının bir eskadronunu üsyançıların üzərinə göndərdi. Dəstə sentyabrın 16-da bölgəyə çatdı, ancaq üsyançıları məğlub edə bilməyib geri çəkildi. Vəziyyət, Şen Şitsainin gedişi ilə əlaqədar, əyalət rəhbərliyində olan qeyri-müəyyənliklə daha da ağırlaşdı. Oktyabrın 8-də 1000-ə qədər üsyançı Nilka rayon mərkəzinə hücum etdi. Oktyabrın 12-də qarnizon şəhəri tərk edərək Mazar kəndinə tərəf qaçdı.

Üsyançılar bölgəni Homindan qoşunlarından təmizlədi və müstəqilliyini elan etdi. Külçənin özündə heç bir təhlükənin olmadığını düşünən İli mahal rəisi, üsyanı yatırmaq üçün Külçə şəhər qarnizonunu Nilkaya göndərdi. Bundan istifadə edən Külçə inqilabçılarının gizli şəkildə qurulmuş təşkilatı üsyan qaldırdı. Onlar əvvəlcədən Nilka bölgəsindəki üsyançılara məktub göndərərək cəza dəstəsi ilə döyüşə girməməyi, dərhal başqa yolla Külçəyə gəlməyi tapşırdılar. Üsyançılar üç böyük dəstəyə bölündülər: Qəni Mamatbakiyevin rəhbərliyi altında uyğurları dəstəsi, Əkbər Esbosinin rəhbərliyi ilə qazaxların dəstəsi və İvan Şutovun komandanlığı altında rusların dəstəsi. Hər üç dəstə Külçəyə doğru yola düşdü. Qeyd edək ki, XIX əsrdən Sincanda yaşayan ruslar və kommunist olmayan rus köçkünləri Sovet Qırmızı Ordusuna və İli üsyançılarına kömək etdilər. Onlar bu mübarizədə ağır itkilər də verdilər.

1944-cü il noyabrın 7-də Külçənin özündə üsyan başladı. Bəzi məlumatlara görə, üsyana başlamaq üçün işarə Sovet konsulluğundan pulemyotdan fasiləsiz atəş açılması ilə verildi. Külçə qarnizonu 19-cu alayın iki taborundan və 21-ci alayın bir taborundan ibarət idi; əlavə olaraq, şəhərdə zəif silahlanmış və lazımi təlim keçməmiş ehtiyat qoşunlarının xeyli hissəsi də cəmləşmişdi. Qonşu qəsəbələrdə də əlavə qoşunlar yerləşmişdi. Üsyan zamanı ümumilikdə İli vadisində 10 minə qədər Homindan əsgəri var idi ki, bunların da 8 mini Külçənin özündə idi. Homindan vəziyyəti nəzarətə almaq üçün huey zabiti Liu-Bin-Dini Urumçiyə göndərdi. Lakin rəsmi hökumət gec reaksiya verdiyindən, onun qoşunları türk üsyançılara qarşı heç bir tədbir görə bilmədi.

Üsyançılar şəhərin üç fərqli nöqtəsində Homindan ordu birləşmələrini mühasirəyə almağa və sıxışdırmağa müvəffəq oldular. Şəhərin hələ düşməndən tamamilə təmizlənməməsinə baxmayaraq, 1944-cü il noyabrın 12-də (bəzi mənbələrdə noyabrın 15-də göstərilir) üsyançılar Şərqi Türküstan Cümhuriyyətinin yaradıldığını elan etdilər. Amerika Birləşmiş Ştatları konsulluğunu əməkdaşlarının dediyinə görə üsyançıların lideri və İslam alimi Əlixan Törə şəxsən "Türküstan İslam Hökuməti"ni elan etmişdi:

İli bölgəsi müsəlmanlarının ən yüksək dini lideri olan Əlixan Törə Şərqi Türküstan Respublikasını hökumətinin başına gətirildi. Hökumətə uyğurlar Əhmədcan Qasimi (Əhmədcan Qasimov), Hakimbəy-Xoca və Rəhimcan Sabirxocayev, tatarlar Ənvər Musabəyov və Nabiyev, qazaxlar Uraxan və Abdulxair, ruslar İ.Q.Polinov və F.İ.Leskin və kalmık Fuça daxil oldular. Üsyanın faktiki lideri uyğur Əhmədcan Qasimi sayılırdı. Cümhuriyyətin qurulmasından dərhal sonra hökumət Sincanda yaşayan xalqların bərabərliyi, iqtisadiyyatı və mədəniyyətinin inkişafı, İslama və digər dinlərə dəstək və bütün dövlətlərlə dostluq əlaqələri qurmaq üçün demokratik bir proqram elan etdi. Proqramda ayrıca bir maddə Sincan xalqlarının hamısının nümayəndələrindən nizami ordunun yaradılması idi.

Noyabr, dekabr və yanvar aylarında üsyançılar çətinliklə də olsa, Külcənin ətrafını Homindan qüvvələrindən təmizlədilər. Tyan-Şanda üsyançılar turqutlar tərəfindən dəstəklənirdilər. Üsyançılar həyati əhəmiyyət daşıyan Airambəy hava limanını çinlilərdən almağa çətinlik çəkəndə, Sovet hərbi qüvvələri bir başa müdaxilə edərək, Airambəyi minaatanlardan atəşə tutaraq, Çin istehkamında müqaviməti zəiflətdilər. 1945-ci ilin martına qədər bütün İli bölgəsi Homindan qoşunlarından təmizləndi.

Homindan komandanlığı Böyük İpək Yolu boyunca yerləşən yaşayış məntəqələrində müdafiə xətti yaratmağa başladı. Yaya qədər Jinqe, Sihe və Manas boyu güclü eşelonlu müdafiə xətti inşa edildi. 1945-ci ilin yazında Homindan komandanlığı Qızıl-Üzən çayı dərəsindən çıxışı nəzarət altına almamaqla mühüm hərbi fürsəti əldən verdi. Belə ki, üsyan qaldıran Qalibəyin rəhbərliyi altında qazaxlar bu mühüm strateji nöqtəni ələ keçirdilər.

Əhmədcan Qasiminin səyi ilə könüllü üsyançı qruplardan ibarət Şərqi Türküstan Cümhuriyyətinin ordusu quruldu. İkinci Şərqi Türküstan Respublikası Ordusunun yaradılması 1945-ci il aprelin 8-də rəsmən elan edildi. Çinlilər istisna olmaqla, respublikanın bütün millətlərinin nümayəndələri orduya cəlb edildi. Şərqi Türküstan Cümhuriyyətinin ordusuna rəhbərliyi milliyətcə qırğız general İsaq bəy, ağ qvardiyaçılar İ.Q.Polinov və F.İ.Leskin edirdilər. Orduya hərbi ləvazimat SSRİ-dən gəlirdi. Üstəlik hərbi formalarda sovet nümunəsi əsasında hazırlanmışdı.

Əsgərlərin əksəriyyəti uyğur, qazax və ruslar idilər. Orduda dunqanlardan ibarət süvari diviziyası və monqol süvari diviziyası da mövcud idi. Sonradan isə sibolardan ibarət alay və eskadron təşkil edildi. Ordunun qurulasında sovet zabitləri kömək edir və türk üsyançılarına Çin ordusuna qarşı mübarizədə yardım göstərirdilər. Hətta Homindan hökuməti 1945-ci ilin oktyabrında Çin mövqelərinə hücum edən təyyarələrin Şərqi Türküstan Respublikasına yox, SSRİ-yə məxsus olmasından şübhələnirdilər.

Şərqi Türküstan Respublikasının Milli Ordusu aşağıdakı birliklərdən ibarət idi:

1. 1-ci Süydin piyada alayı;
2. 2-ci Külçə Piyada Alayı;
3. 4-cü Külçə ehtiyat alayı;
4. 1-ci Təkəş süvari alayı
5. 2-ci Təkəş süvari alayı
6. 1-ci Külçə süvari alayı
7. 2-ci Külçə süvari alayı
8. 3-cü Kensay süvari alayı
9. Xüsusi süvari diviziyası
10. Xüsusi topçu taboru
11. Monqol süvari diviziyası
12. Dunqan süvari diviziyası
13. Təhlükəsizlik batalyonu
14. Sibo süvari eskadrilyası

Yeni mahal və rayonlar azad edildikdən sonra yerli partizanlardan ibarət alaylar qurulurdu.

General İsaq bəyin diviziyası Qaşqardan respublikaya hücum təhlükəsinin qarşısını almaq üçün Müzart keçidini qoruyurdu. General İ.Q.Polinov komandanlığı ilə ikinci diviziya əsas cəbhəni tuturdu. Polkovnik F.L.Leskinin komandanlığı altında xüsusi süvari alayı 1945-ci ilin may ayında Boro-Tala üzərindən Tarbaqatay dairəsi üzərinə hücum etdi. Qeyd edək ki, orada Durbulcin və Çuquçaqda qazax və rus partizan dəstələri fəaliyyət göstərirdi. Çuquçakda Leskin səfərbərlik apardı və tam heyətli süvari briqadası və ayrıca tüfəng taboru yaradaraq dərhal Şihe bölgəsindəki 2-ci diviziyaya kömək üçün göndərdi.

İyulun ortalarında Leskinin süvari briqadası Altay dairəsinə doğru yürüş etdi. Kobukun böyük Homindan qarnizonunu məğlub edən briqada, Qara İrtışın sağ sahilinə keçərək, sentyabr ayının əvvəlində Burçunu ələ keçirərək Şara-Sümeyi hədəf aldı.

Eyni zamanda Dalelxan Suqurbayevin partizanları Homindan qarnizonlarını möhkəmləndirilmiş şəhərlərdən çıxara bilməsələr də, tədarük xətlərini kəsərək Urumçi ilə əlaqəni pozdular. Ospan 200-300 nəfərlik dəstəsi ilə iki il ərzində Çingil dərəsində Köykay və Çingildəki Homindan qarnizonlarının yanında idi. Lakin Ospan onları narahat etməməyə çalışır və döyüşlərdə iştirak etmirdi. Ancaq Suqurbayevin partizanlarının son döyüşləri Ospanı hərəkətə gətirdi və o, Urumçiyə maneəsiz keçid təmin etdiyi Homindan ilə danışıqlara başladı və Çingilla Köktayı döyüşsüz ələ keçirdi. Burçunun təslim olması xəbəri partizanlar tərəfindən mühasirəyə alınan Şara-Sümədə çaxnaşmaya səbəb oldu. Sentyabrın 5-də Leskin və Suqurbayevin birləşmiş qüvvələri qərbdən, cənubdan və şərqdən mühasirəyə alınmış rayon mərkəzinin kənarında döyüşməyə başladılar. İŞTR qüvvələri qəsdən mühasirədə olanlar üçün Monqolustan Xalq Respublikasına doğru keçid qoymuşdular. Homindan qoşunları bu keçidlə şəhəri tərk etdilər, lakin əvvəlcə onlar şəhəri qarət etdilər. Şəhərdən çıxarkən qarnizon pusquya düşdü və təslim oldu. Şəhərə ilk girənlər 1943-cü ildə Ospanla döyüşən və talanlara başlayan birliklər idi. Leskin və Suqurbayev asayişi və sakitliyi bərpa etmək üçün müttəfiqlərinə qarşı silahdan istifadə etmək məcburiyyətində qaldılar. Bundan sonra digər yaşayış məntəqələrinin kiçik Homindan qarnizonları da təslim oldu.

1945-ci ilin iyununda general Polinovun diviziyası Çinqheyə hücum etdi. Uzun sürən qanlı döyüşdən sonra Homindan qoşunları şəhərdən qovuldu və Şiheye doğru geri çəkildi. Külçə və Leskinin Çuquçaq taborundan yeni qüvvələrlə möhkəmlənən diviziya Şihe uğurunda döyüşməyə başladı. Bu vaxt Qalib bəyin partizanları Şihe ilə Urumçini birləşdirən yolu kəsdilər və Homindan komandanlığını Manas çayınln sağ sahili boyunca müdafiə xətti təşkil edərək Manas çayı üzərindəki körpünü yandırmağa məcbur etdilər.

Sentyabrın ortalarında Polinovun diviziyası Şihedəki Homindan qruplaşmasını məğlub etdi və Manasın sol sahili boyunca müdafiə xətti təşkil edərək, partizanları əvəz edib, onların yerini tutdu. Qazax partizanları evlərinə göndərildi və onlarla partizanlıq edən ruslar isə nizami ordu sıralarına yazıldılar. Nəticədə cənubdan Tyan-Şan ətəklərindən, şimala Altaya qədər cəbhə xətti meydana gəldi.

Homindan hökuməti də hadisələrə sakit baxmır, üsyanı yatırmaq üçün tədbirlər görməyə çalışırdı. Hökumət Sinxaylı Ma ləqbli huey Ma Bufanqı 1945-ci ildə huey süvariləri ilə Urumçini İlidən olan uyğur üsyançılarından qorumaq üçün 1945-ci ildə Sincana göndərdi. 1945-ci ildə hueylərdən ibarət 5-ci və 42-ci süvari qoşunları Sinxaydan Sincana göndərildi. Onlar orada olan Homindanın dörd diviziyadan ibarət İkinci Ordunun sıralarına qatıldılar. 1945-ci ildə Sincanda Homindanın komandanlığı altında xidmət edən 100.000 huey və handan ibarət qoşun var idi. SSRİ-nin Ma Bufanqı aradan götürməyə çalışdığı xəbərləri gəlirdi. Huey Ma ləqəbli Ma Bufanqın qardaşı oğlu general Ma Çensyan əvvəllər Qansu Beşinci süvari ordusu olan Homindanın nəzdindəki Sincanda Birinci süvari diviziyasına rəhbərlik edirdi.

Tərəflər arasında 1946-cı ildə atəşkəs elan edildi. Atəşkəsdən sonra İkinci Şərqi Türküstan Cümhuriyyəti İli, Homindan isə Urumçi daxil Sincanın qalan hissəsinə nəzarət edirdi.

1945-ci ilin sentyabrında generalsimus Çan Kayşi radio ilə müraciət edərək inqilabın özəyini təşkil edən "Üç Bölgə"nin "yerli muxtariyyət" hüququnu tanıdığını bildirdi. O, Sincanda vahid koalisiya hökuməti yaratmaq üçün danışıqlara başlamağa çağırdı. Şərqi Türküstan Cümhuriyyətinin rəhbərliyi 12000 nəfərlik ordusunun Sincandakı 100.000 nəfərlik Homindan qrupu ilə qarşı-qarşıya qaldığını və döyüş əməliyyatları davam edərsə, düşmənin say və texniki üstünlüyünün gec-tez rol oynayacağını anlayaraq, generalsimusun təklifini qəbul etmək qərarına gəldi. 1945-ci ilin oktyabrında Şərqi Türküstan Cümhuriyyəti hökuməti adından nümayəndə heyəti Urumçiyə gəldi.

Sincandakı mürəkkəb vəziyyəti nəzərə alaraq, Çan Kayşi Homindanın danışıqlardakı heyətinə Sincan hökumətinin sədri general Zjan Zjanqı rəhbər təyin etdi. Şərqi Türküstan Cümhuriyyətinin nümayəndə heyətinə isə Əhmədcan Qasimi başçılıq edirdi. Üç ay davam edən danışıqlardan sonra, 1946-cı il yanvarın 2-də koalisiya hökuməti yaratmağı nəzərdə tutan “11 bəndlik razılaşma” imzalandı. Razılaşmaya görə hökumətdə 15 nəfər yerli sakinləri, 10 nəfər isə Homindan rəhbərliyini təmsil etməli idi. Xalqların dil bərabərliyi, söz, mətbuat, toplaşma, təşkilat, daxili və xarici ticarətin sərbəst inkişafı və s. azadlıqları elan edildi. Şərqi Türküstan Cümhuriyyəti ordusunu qorumaq hüququnu saxladı.

1946-cı ilin iyun ayında 11 bəndlik Saziş Çan Kayşi tərəfindən təsdiq edildi. Şərqi Türküstan Cümhuriyyətindən koalisiya hökumətinə, xüsusən Əhmədcan Qasimi, Əbdülkərim Abbasov və Dalelxan Suqurbayev daxil idilər. Əhmədcan Qasimi hökumətdə ikinci şəxs oldu. Altayda Şərqi Türküstan Cümhuriyyəti rəhbərliyi Osman Baturu dairə valisi təyin etmişdi. Lakin Osman Batur bəzi müxalifət siyasətçilərin kommunist yönlü istiqaməti seçdiklərini gördükdə, digər üsyançılardan ayrıldı. Zjan Zjanq gizli şəkildə Osmanı silah və hərbi texnika ilə təmin etməyə başladı və tərəf dəyişdirməyə inandırdı. Artıq 1946-cı ilin noyabrında Osmanın dəstələri ilə Altayda Şərqi Türküstan Cümhuriyyəti qoşunları arasında toqquşmalar baş verdi. 1947-ci ildə Qalibəy də tərəfini dəyişdirdi. Üstəlik koalisiya hökumətində, Homindan tərəfindən oraya salınmış bir neçə mühüm uyğur "üç əfəndi" ləqəbli Məhəmməd Əmin Buğra, İsa Yusif Alptəkin və Məsud Səbri kimi kommunistlərin əleydarı olanlar da var idi. Bu "üç əfəndi" danışıqlar başlayanda 1945-ci ildə Zjan Zjanq ilə birlikdə Sincana qayıtdılar.

Çətinliklər çox olduğundan koalisiya hökumətinin sədri Zjan Zjanq Sincandan qaçmağa qərar verdi. Çinin Müdafiə Naziri və huey Bai Çonqxi 1947-ci ildə Sincan qubernatoru vəzifəsinə təyin edildi. Lakin Zjan Zjanqın tövsiyəsinə görə, koalisiya hökuməti vəzifəsi müstəqillik tərəfdarı, qatı antisovet mövesi ilə fərqlənən Məsud Səbriyə verildi.

1947-ci il mayın 21-də mərkəzi hökumət Məsud Səbrini yeni hökumət başçısı, İsa Yusif Alptekini isə koalisiya hökumətinin baş katibi təyin etdi. Sincan vilayətinə daxil olan üç bölgə bu təyinata qarşı çıxsa da, yeddi bölgə bu qərarı dəstəklədi. Məsud Səbri Homindan Mərkəzi Komitəsindəki mühafizəkarlarla yaxın idi və Zjan Zjanqın azadlıq islahatlarını ləğv etdi, bu da 1947-ci ilin iyulunda Turfan (yeddi bölgədən biri) kimi vahilərdə uyğurlar arasında üsyanlara səbəb oldu. 1947-ci il avqustun 12-də Əhmədcan Qasimi (koalisiya hökuməti sədrinin müavini və üç bölgənin lideri) "11 maddəlik razılaşma" şərtlərinin kobud şəkildə pozulmasını göstərərək Urumçidən ayrılıb İliyə qayıtdı. Tezliklə Şərqi Türküstan Cümhuriyyətindən olan koalisiya hökuməti üzvlərinin bütün nümayəndələri Külçəyə qayıtmaq məcburiyyətində qaldılar. Beləliklə koalisiya hökuməti çökdü.

1947-ci ilin sentyabrında Osman Batur (1500 döyüşçü) və Qalibəy (900 döyüşçü) dəstələri Altay bölgəsini şərqdən qərbə doğru keçərək, basqınlar törətdilər. Onlar yol boyu əhalini talan edərək və qarətlə məşğul oldular. General Dalelxan qazax süvarilərini bir yerə topladı, xalq arasından könüllülər cəlb etdi və əks hücum həyata keçirdi. O, soyğunçuları demarkasiya xəttinin o biri üzünə qovdu. Noyabr ayında Osman basqını təkrarlamağa çalışdı, ancaq onun cəhdi dəf edildi. Məğlubiyyətdən özünə gələ bilməyərək, ətrafında qalan az sayda tərəfdarı ilə şərqə getdi. Qalibəy yalnız 50 ailəni özü ilə aparmağı bacararaq cənuba doğru yola düşdü.

1948-ci ildə Çində vətəndaş müharibəsi son mərhələyə qədəm qoydu, Homindan qoşunları bütün cəbhələrdə məğlubiyyətə uğramağa başladılar. Bu səbəbdən onların Şərqi Türküstan Cümhuriyyəti ilə məşğul olmağa vaxtları qalmadı. Bu vaxt ərzində Şərqi Türküstan Cümhuriyyəti hökuməti iqtisadiyyatın inkişafı və dövlətin daxili işlərinin yoluna qoyulması məsələsi ilə məşğul olmağa başladı. 1947-ci ildə respublikanın nəzarət etdiyi ərazidəki qiymətlər Sincanın qalan hissəsindəki qiymətlərdən 5-12 dəfə aşağı idi.

1945-ci ildə Yalta konfransının nəticəsi olaraq SSRİ, Çinin ərazi bütövlüyünün bərpasına dəstək verəcəyini bildirdi. Ancaq real vəziyyətdə İ.Stalin, bu vəzifəni yerinə yetirməyə tələsmirdi, çünki o zaman Çinin rəsmi lideri olan Çan Kayşinin Mao Tszedunla mübarizədə mövqeyini gücləndirməkdə maraqlı deyildi. 1949-cu ilin avqust ayının ortalarında Çin kommunistlərinin Homindan üzərində qazandığı son qələbədən sonra, İŞTR-nın nümayəndə heyəti Çin Xalq Siyasi Məşvərət Şurasının iclasında iştirak etmək üçün Pekinə yola düşdü.

Nümayəndə heyətinin rəhbəri İŞTR-nı Çinin tərkibində yox, müstəqil dövlət kimi görmək istəyən prezident Əhmədcan Qasimi idi. olmuşdur. Nümayəndə heyətinin Pekinə getməsi üçün fərqli marşrut seçilmişdi. Belə ki, təyyarə Külçədən Pekinə birbaşa yox, Alma-Ata və İrkutsk üzərindən uçaraq getməli idi. Çox güman ki, bu marşrut Sovet rəhbərliyinin nümayəndələri ilə görüşmə ehtiyacı ilə diktə edilmişdi. Onlar Moskvanı İŞTR-nın müstəqilliyini qorumağa inandırmağa ümid edirdilər. Lakin nümayəndə heyəti Pekinə çatmadı. Bir neçə gün sonra nümayəndə heyətini aparan təyyarənin qəzaya uğradığı açıqlandı..

1948-ci ilin dekabrında Çan Kayşi milliyyətcə tatar olan Burhan Şəhidini Sincan hökumətinin rəhbəri təyin etdi. Şəhidi Sincandakı status-kvoya əməl edirdi və Pekinlə sıx əlaqələr saxlayırdı. Pekindən kommunistlərin tərəfinə keçən Çjan Çjiçjun ona Şərqi Türküstan Respublikasının nümayəndə heyətini Urumçiyə dəvət edilməsini tövsiyə edən teleqram göndərdi.

1949-cu ilin yayında Homindan vətəndaş müharibəsində məğlub oldu və payızda Kommunistlər Çin Xalq Respublikasını elan etmək məqsədi ilə Xalq Siyasi Məşvərət Şurasının ümum Çin toplantısını çağırdılar. Mao Tszedun Sincanın üç bölgəsindəki inqilabı Çin inqilabının bir hissəsi olaraq xarakterizə etdi və Şərqi Türküstan Respublikasından da nümayəndələr Pekinə dəvət edildi. Əhmədcan Qasiminin rəhbəri olduğu heyət avqustun 27-də yola düşdü Lakin müəmmalı şəkildə Hamar-Daban üzərindən uçuş zamanı təyyarə qəzaya uğradı, sərnişinlər və heyət həlak oldu.

Pekinə ikinci heyətin göndərilməsi qərara alındı. Lakin Qasiminin heyətindən fərqli olaraq, Seyfuddin Əzizinin başçılığı ilə gedən nümayəndələr Şərqi Türküstan Respublikasının Çin Xalq Respublikasının tərkibinə daxil olmasına razılıq verməyə hazır idilər.

1949-cu il sentyabrın 19-da Burhan Şəhidi şəxsən Mao Tszeduna teleqram göndərərək Sincan xalqının Homindan ilə əlaqələrini kəsdiyini və Çin Kommunist Partiyasına üzv olduğunu bildirdi. 1949-cu il oktyabrın 1-də Pekində Çin Xalq Respublikası elan edildi. Oktyabrın 20-də Çin Xalq Azadlıq Ordusu birlikləri Urumçiyə daxil oldu. Pekin Burhan Şəhidinin Sincan hökumətinin başçısı olaraq səlahiyyətlərini təsdiqlədi. Seyfuddin Əzizi İkinci Şərqi Türküstan Respublikasının nümayəndəsi olaraq hökumətin tərkibinə daxil oldu. 1950-ci ilin yanvarında Şərqi Türküstanın silahlı qüvvələri F.İ.Leskinin komandanlığı 5-ci korpus olaraq Çin Xalq Azadlıq Ordusunun tərkibinə qatıldı.

1955-ci il oktyabrın 1-də Çin Xalq Respublikasının tərkibində Sintszyan-Uyğur Muxtar Rayonu bölgəsi yaradıldı.

İkinci Şərqi Türküstan Respublikasının fəaliyyət göstərdiyi müddətdə onun iki prezidenti olmuşdur. Onun ilk prezidenti Əlixan Törə seçilmişdir. 1944-cü il noyabrın 12-də İkinci Şərqi Türküstan Respublikası elan edildikdə, Əlixan Törə prezident seçildi. O, 1946-cı il 28 iyula qədər prezident vəzifəsini icra etmişdir.

Respublikanın ikinci prezidenti isə Əhmədcan Qasimi olmuşdur. O, 1946-1949-cu illər aralığında İkinci Şərqi Türküstan Respublikasına başçılıq etmişdir.

Alixan Törədən fərqli olaraq, Qasimi həm milliyyətcə uyğur, həm də kommunist idi. O, İosif Stalinlə də yaxın əlaqələrə sahib şəxs kimi də tanınırdı. Stalinin əmri ilə Əlixan Törə oğurlanaraq, Özbəkistana gətirildikdən sonra Qasimi respublikaya rəhbərlik edəcək ilk namizəd oldu.

1946-cı ilin iyununda Qasimi Dihua (indiki Urumçi) şəhərində koalisiya əyalət hökuməti qurmaq üçün milliyyətçi Çin lideri Zanq Zizhonq ilə siyasi razılaşma əldə etməyə çalışdı. Razılaşmaya əsasən respublika buraxılmalı, lakin üç rayon muxtariyyət saxlanılırdı. Prezident olaraq Qasimi hökumətini birlik və dəstək olmağa çağırdı və koalisiya əyalət hökumətini rədd etdi. O, Şərqi Türküstan xalqının yalnız Çin konstitusiyasına əsasən hüquqlarını təmin etmək üçün üsyana qalxdıqlarını izah etdi. İŞTR ilə Çin Respublikası arasında ikitərəfli münasibətləri müzakirə etmək üçün Çin Milli Məclisi Nankində nümayəndə heyətinə rəhbərlik etmişdir. Qeyd edək ki, Əhmədcan Qasimi bölgənin Çinə birləşməsinin qəti əleyhdarları sayılırdı.

Lakin bir neçə gün sonra onun İL-12 təyyarəsinin göyərtədəki İŞTR hökuməti ilə qəzaya uğradığı açıqlandı. Qeyd edək ki, rəsmi açıqlamaya görə o, 1949-cu il avqustun 17-də Pekinə getmək üçün mindiyi təyyarənin Baykal gölü ətrafında qəzaya düşməsi nəticəsində həlak olmuşdur..

İkinci versiya (qeyri-rəsmi) görə - İŞTR nümayəndə heyəti Sovet dövlət təhlükəsizlik orqanları tərəfindən həbs olunmuş və sonra bütün nümayəndələr öldürülmüşdü və təyyarə qəzası ölümündən sonra hazırlanmışdır. Ancaq bu versiyanı təsdiq edən heç bir sənədli sübut aşkar edilməmişdir. Qəzada həlak olanların cəsədləri İŞTR nümayəndələrinə təhvil verildi və onlar Külçə şəhər parkında dəfn edildi.

Sovet İttifaqı Pəhləvilər sülaləsi dövründə İranda bu kimi oxşar dövlətləri Azərbaycan Milli Hökuməti və Məhabad Cümhuriyyətini dəstəkləyirdi. SSRİ həm Kürd Məhabad Cümhuriyyəti, həm də Azərbaycan Milli Hökumətinə qarşı münasibətdə həm Sincanda, həm də İranda müqayisə edilə bilən metod və taktikalardan istifadə etmışdir.ABŞ-nin SSRİ-dəki səfiri Vaşinqtona göndərdiyi teleqramda İran Azərbaycandakı və Sincandakı vəziyyətin oxşarlığını qeyd etmişdir.

• Şərqi Türküstan İslam Respublikası
• Şərqi Türküstan İstiqlaliyyət hərəkatı