1639-cu ildə Ərzurumda dünyaya gəlmiş, əsl adı Mehmeddir. Atası Ərzurum müftüsü Seyid Mehmed Əfəndi, anası isə Şərifə Xatundur. İlk təhsilini atasından almışdır. Ərzurumda ikən ərəbcə, farsca və din təlimi dərslərini almışdır.

Müəllimi Mehmed Vani Əfəndinin təkidiylə 1664-cü ildə İstanbula, daha sonra Ədirnəyə gələn Feyzullah Əfəndi ardından müəlliminin kürəkəni oldu. Şeyxülislam Minkarizadə Yəhya Əfəndinin müdərrislik təklifini müəllimi və qaynatası olan Mehmed Əfəndinin rəyi ilə qəbul etməyərək həccə getdi. (1687–1688) Döndükdən bir müddət sonra Mehmed Əfəndinin vasitəsiylə IV Mehmedin oğlu Şahzadə Mustafaya lələ təyin olundu. (1669) Bundan sonra Feyzullah Əfəndi üləma zümrəsində sürətli bir şəkildə irəliləməyə başladı. Üsküdar Mihrimah Sultan, Sahn-ı Səman və Aya Sofiya mədrəsələrində müdərrislik etdi. 1674-cü ildə İstanbul qazısı olaraq Sultanəhməd məscidinə, 1678-ci ildə isə Rumeli başqazısı olaraq Şahzadə Əhmədin lələsi seçildi. 7 noyabr 1686 tarixində naqibüləşraf, IV Mehmedin taxtdan endirilişi və II Süleymanın cülusu ilə 14 fevral 1688 tarixində şeyxülislam oldu. Feyzullah Əfəndinin 17 günlük ilk şeyxülislamlığı hərbi çalxantılar səbəbilə sona çatdı. 2 mart çərşənbə axşamı günü Sədrəzəm Siyavuş Paşa əleyhinə ayaqlanan yeniçərilər sədrəzəmi qətlə yetirib, Feyzullah Əfəndidən də şeyxülislam möhürünü alıb, Ərzuruma sürgün etdilər.

7 il burada yaşayan Feyzullah Əfəndi vaxtıyla lələliyini etdiyi Şahzadə Mustafanın taxta çıxmasının (1695) ardından onun dəvəti ilə Ədirnəyə gələrək ikinci dəfə şeyxülislam seçildi. (25 may 1695) Bu dəfə 8 il boyunca bu vəzifədə qalan Feyzullah Əfəndinin II Mustafa üzərində olduqca güclü nüfuzu vardı. Bundan faydalanaraq dövlət işlərinə qarışmağa başlayan Feyzullah Əfəndi yüksək dini rütbələrə oğlanlarını və öz yaxın adamlarını gətirdi. Hətta Osmanlı tarixində ilk dəfə olaraq oğlu Fətullah Əfəndinin özündən sonra şeyxülislam olması üçün padşahdan xüsusi bir fərman almışdı. Ancaq Feyzullah Əfəndinin dövlət işlərinə və vəzifə təyinatlarına qarışması xalq arasında və sarayda yaxşı qarşılanmadı. Onsuz da pis vəziyyətdə olan maliyyə və sosial vəziyyət, Ədirnənin paytaxt funksiyası daşımağa başlaması ilə daha da şiddətləndi. Nəticədə İstanbul əhalisi ordunun böyük bir qismi ilə birləşərək üsyan başlatdı. (1703, Ədirnə hadisələri)

Tarixdə Ədirnə hadisələri vəya Feyzullah Əfəndi hadisələri adlanan bu üsyan əvvəlcə İstanbulu, ardından Ədirnəni əhatə etdi. Ədirnədə olan Şeyxülislam Feyzullah Əfəndi və oğlu naqibüləşraf Fətullah Əfəndi üsyançıların təkidiylə vəzifələrindən alındı. (27 iyul 1703) Feyzullah Əfəndi qaçmaq istəsə də, Pravadi yaxınlarında ələ keçirilərək yarı çılpaq vəziyyətdə döyülərək Ədirnəyə gətirildi. İşgəncə edilə-edilə eşşək üzərində gəzdirilən Feyzullah Əfəndi ardından qətlə yetirildi. Kəsilən başı taxtaya keçirildi və Ədirnə küçələrində gəzdirildi. Cəsədi isə ayaqlarına ip bağlanaraq xristian keşişləri tərəfindən sürükləndi və ardından Tunca çayına atıldı. (3 sentyabr) Bir rəvayətə görə, daha sonra cəsədi çaydan çıxarıldı və Sitti Xatun məscidinə dəfn olundu.

9 oğlu və çoxlu sayda qızı olan Feyzullah Əfəndinin nəslindən daha sonra şeyxülislamlığa yüksələnlər də olmuşdur. Qızlarını isə məşhur vəzir ailələrinə ərə verən Feyzullah Əfəndi daha çox Körpülü və Minkarizadə ailələri ilə yaxınlıq qurmuşdu. Oğullarından Murtuz Əfəndi və Mustafa Əfəndi özü kimi şeyxülislam, digər oğlu Seyid İbrahim Əfəndi isə Rumeli qazəsgərliyinə qədər yüksəlmişdir. Bir digər oğlu Çələbi Mehmed Əfəndi (ö. 6 aprel 1748) 1732-ci ildə Ədirnə və 1741-ci ildə İstanbul qazısı oldu.

• Şefik Mehmed, Şefiknâme, İstanbul 1282;
• Silâhdar, Târih, II, 242, 323–324;
• a.mlf., Nusretnâme, II, 140 vd.;
• Şeyhî, Vekāyiu’l-fuzalâ, II–III, 247–249, ayrıca bk. tür.yer.;
• Râşid, Târih, II, 586;
• Murâdî, Silkü’d-dürer, IV, 6;
• Devhatü’l-meşâyih, s. 74–76;
• İlmiyye Salnâmesi, s. 491–493;
• Sicill-i Osmânî, IV, 33–34;
• Osmanlı Müellifleri, I, 393–394;
• Osman Nuri Peremeci, Edime Tarihi, İstanbul 1939, s. 136;
• Uzunçarşılı, Osmanlı Tarihi, III/2, s. 482-.485;
• Huriye Gerçek, Feyzullah Efendi, Âilesi, Ecdâdı, Evlâdı ve Akrabaları (lisans tezi, 1950), İÜ Ed. Fak.;
• S. F. Messervey, Feyzullah Efendi: An Ottoman Şeyhülislâm (doktora tezi, 1966), Princeton University;
• Fahri Ç. Derin, "Şeyhülislâm Feyzullah Efendi’nin Nesebi Hakkında Bir Risâle", TD, X/14 (1959), s. 97–104;
• a.mlf. — Ahmed Türek, "Feyzullah Efendi’nin Kendi Kaleminden Hal Tercümesi", a.e. sy. 23 (1969), s. 205–218;
• Orhan F. Köprülü, "Feyzullah Efendi", İA, IV, 593–600;
• Abdülkadir Özcan, "Edirne Vak’ası", DİA, X, 445–446