1637-ci ildə Amasiyanın Vəzirkörpü qəsəbəsində dünyaya gəlmişdir. Körpülü Mehmed Paşanın oğludur. 4 yaşında ikən atasıyla birlikdə İstanbula getdi. Böyük qardaşı Fazil Əhməd Paşa kimi mədrəsə təhsili və xüsusi müəllimlərdən dərslər aldı. Atasının sədarəti dövründə 1660-cı ildə saray xidmətinə alındı. Kiçik qardaşı Əli bəylə birlikdə böyük qardaşı Fazil Əhməd Paşanın Uyvar səfərinə qatıldı və Yeniqalanın fəthində iştirak etdi. Anası və bacısıyla birlikdə Kritə getdi və burada ikən qardaşının Kandiyə mühasirəsində vəzifələndirildi. Burada ikən anasıyla birlikdə həccə getdi. Bacısının yoldaşı olan sədrəzəm Mərzifonlu Mustafa Paşanın istəyilə 1680-ci ilin iyulunda yeddinci vəzir olaraq divana daxil oldu. Həmin il Validə Turhan Sultanın və padşahın qardaşlarının Ədirnəyə səyahəti əsnasında onların mühafizəsi ilə vəzifələndirildi və rütbəsi artırılaraq altıncı vəzir oldu. İkinci Vyana mühasirəsi əsnasında dördüncü vəzir kimi Ədirnə naibliyinə gətirildi.

Mərzifonlu Mustafa Paşanın edamından sonra 1683-cü ilin mayında paytaxta çağırılaraq üçüncü vəzirliyə gətirildi. Çox keçmədən sədrəzəm Qara İbrahim Paşanın Körpülülərə olan nifrəti və padşahın bu ailəyə olan incikliyi səbəbilə vəzifədən alınaraq təqaüdə göndərildi, lakin təqaüd illəri çox çəkmədi və 1685-ci ilin sonlarında Saqqız adası, bir neçə ay sonra isə Çanaqqala boğazının mühafizəsi ilə vəzifələndirildi.

1687-ci ilin sentyabrında baş tutan qapıqulu üsyanı əsnasında mərkəzə çağırıldı və ikinci vəzirliklə İstanbul naibliyinə gətirildi. İlk vəzifəsi isə çıxan üsyanı yatırmaq idi. Ancaq əksi oldu. Belə ki, Sultan Mehmedin taxtdan endiriliməsi və qardaşı Sultan Süleymanın cülusunda önəmli rol oynadı. Ancaq Körpülülərə qarşı nifrət bəsləyən yeniçərilər Fazil Mustafa Paşanın yüksəlməsini istəmirdilər və bu səbəblə 1688-ci ilin fevralında onu paytaxtdan uzaqlaşdırdılar. Paytaxtda sabitliyin təmin edilməsiylə mart ayında Hanya mühafizəsi ilə vəzifələndirildi. Bir neçə ay sonra Kandiyə, həmin ilin sonunda isə ikinci dəfə Saqqız adasının mühafizəsi ilə vəzifələndirildi. Bu əsnada Avstriya cəbhəsindən gələn məğlubiyyət xəbərləri, Balkan yarımadasına qədər irəliləyən düşmən ordusunun yerli əhalini Osmanlılara qarşı üsyana təşviq etməsi yeni bir sədrəzəm axtarışına səbəb olmuşdu. Nəhayət, şeyxülislam Dabbaqzadə Mehmed Əfəndinin tövsiyəsiylə Körpülü Fazil Mustafa Paşa sədarətə gətirildi (25 oktyabr 1689).

8 noyabrda Ədirnəyə gələrək sədarət möhürünü alan Fazil Mustafa Paşa əvvəlcə daxili məsələləri tənzimlədi. Əyalət rəhbərlərinə fərmanlar göndərərək əhali üzərinə qoyulan ağır vergiləri ləğv etdi. O əsnada dövlət iqtisadi, siyasi və hərbi böhran keçirirdi. 1683-cü ildən bəri davam edən müharibələr xəzinə məsrəflərinin artmasına səbəb olmuşdu. Müvəqqəti çarə olaraq sədrəzəm öz köşkündəki gümüş əşyaları zərbxanaya göndərərək tam əyarlı sikkələr kəsdirdi. Onun bu davranışı padşaha və bəzi dövlət adamlarına nümunə oldu.

Fazil Mustafa Paşa Rumelində gedən müharibələr səbəbilə əziyyət çəkən qeyri-müsəlman əhalinin vəziyyətini yaxşılaşdırdı. Belə ki, 1691-ci ilin fevralında qəbul edilən fərmanla aparılan cizyə islahatlarına görə, artıq cizyə vergisi qədim ənənələrə uyğun olaraq adambaşına toplanmağa başlandı. Vergiyığanların qeyri-qanuni fəaliyyətinin qarşısını almaq üçün vergi alınan şəxslərə xüsusi qəbzlər paylandı. Cizyə toplayan məmurların müvafiq məsrəfləri dövlət tərəfindən qarşılandı və bu verginin vahid mərkəzə yığılması təmin edildi. Paşanın tədbiq etdiyi yeniliklərdən biri də vəziyyəti yaxşı olan kilsə məmurlarından da vergi tutulmasıdır. Buna qarşılıq olaraq isə gömrük və tütün vergiləri artırıldı, dövlət məmurlarının maaşları da vergiyə cəlb olundu.

Paşa dövlət strukturunda da dəyişiklik apardı. Dəftərdarlığa gətirilən İsmayıl Əfəndi vasitəsilə apardığı islahatlar 3 başlıq altında toplandı. Bunlardan ilki gəlir vergisinin azaldılaraq sərbəst ticarətin inkişaf etdirilməsi idi. Bu tədbiqi dini qaydalara uyğun icra edən Paşa çox keçmədən əhalinin və bəzi tacirlərin etirazlarına səbəb oldu. Yaranan qarışıqlıq səbəbilə bəzi malların qiyməti olduqca yüksəldi və bəziləri qara bazara düşdü. İkinci məsələ isə 1688-ci ildən dövriyyəyə buraxılan manqır adlı mis pulun səbəb olduğu inflyasiyaya qarşı tədbirlər oldu. Üçüncü olaraq isə saray mətbəxi, naxırları və digər saray müəssisələrinin büdcəsi müəyyənləşdirildi və xəzinəyə illik 500 kisədən çox qızıl qənaət edildi.

Fazil Mustafa Paşa aparılan iqtisadi islahatların ardından idarəni ələ aldı. Hökumətin və ordunun əsas vəzifələrinə güclü və nüfuzlu şəxsləri yerləşdirdi. Yeniçəri ocağında islahatlar apararaq, saylarını azaltmış, bunula da xəzinəyə yüklü miqdarda gəlir gətirmişdir. Bundan başqa səfər hazırılğı görən Fazil Mustafa Paşa padşahın üzərində mənfi təsir göstərən Darüssəadə ağası Mustafa ağanı və padşah lələsi Ərəbzadə Əbdülvəhab Əfəndi saraydan uzaqlaşdırdı.

Skopyeyə qədər irəliləyən Avstriyalılara qarşı ilk səfərinə 13 iyul 1690 tarixində çıxdı. İlk başlarda Osmanlı ordusu önəmli qələbələr qazandı. Niş qalası mühasirəyə alındı və Ərdəldə olan general Heissler əsir alındı. Dunay çayındakı Osmanlı donanması isə Vidin, Niş və Belqradı geri aldı (8 oktyabr 1690). Böyürdələn qalası işğal edildi və sədrəzəm 25 dekabrda paytaxta qayıtdı. Mehmed Paşa köşkündə sərdar-ı əkrəmi qarşılayan və belindəki kürklə xəncəri ona hədiyyə edən Sultan Süleyman əlini qaldırıb ağlayaraq dua etdi, ertəsi gün sədrəzəmdən cəbhə və ordu haqqında məlumat aldı.

1691 qışını paytaxt İstanbulda keçirən Fazil Mustafa Paşa dəftərdar İsmayıl Əfəndinin də köməyilə planlaşdırılan ikinci Avstriya səfəri üçün maliyyə vəziyyətini sabitləşdirdi. Ancaq bir müddət İstanbulda qalaraq əyalətlərdəki vəziyyəti sabitləşdirmək istəyirdi. Mərkəzdən uzaqlaşmaq istəməməsinin əsl səbəb isə vəziyyəti ağırlaşan Sultan Süleymanın yerinə böyük qardaşı və hökmdar sələfi Sultan Mehmedin və ya onun övladlarından birinin taxta çıxarılma təhlükəsi idi. Bu təhlükənin qarşısını almaq üçün ağır vəziyyətdəki Sultan Süleymanı, qardaşı Sultan Mehmedi və övladlarını əvvəlki paytaxt Ədirnəyə aparmağa nail oldu. Nəhayət, dövlət adamlarının təkidiylə ikinci səfərə də sərdar olan Fazil Mustafa Paşa səfərə çıxmazdan əvvəl silahdar ağaya padşahın vəfatı halında kiçik qardaşı Şahzadə Əhmədin taxta çıxarılmasını tapşırdı.

15 iyun 1691 tarixində Ədirnədən ayrılan sədrəzəm hələ Sofiya şəhərinə çatmamış Sultan Süleymanın öldüyünü və qardaşı Sultan Əhmədin taxta cülus etdiyini öyrəndi. Yeni sultan tərəfindən vəzifədə saxlanılan Fazil Mustafa Paşa səfərə davam etdi. Belqrada gəldikdən sonra Krım ordusunu və əyalətlərdən yola çıxan dəstək qüvvələrini gözləmədən ordunu çayın digər tərəfinə keçirdi. 19 avqustda Avstriya qüvvələrinin ani basqını ilə darmadağın edilən Osmanlı ordusu geri çəkildi. Həlak olan Fazil Mustafa Paşanın cənazəsi isə tapılmadı.

Adı bilinən 2 xanımla evlənmişdir. Sultanzadə Mehmed Paşanın oğlu Süleyman bəyin qızı Ayşə xanım və Əbdülmənnan qızı saraylı Həkimə Xatun.

Libabə, Aqilə, Xədicə, Rəfiha, Beyhan və Ümmügülsüm adlı qızları, Numan, , Feyzullah və Əsad adlı oğulları doğulub. Böyük oğlu Numan Paşa III Əhməd dövründə sədrəzəm olmuş, digər oğlu isə müxtəlif dövlət vəzifələrində xidmət göstərmiş, 1735-ci ilin iyununda İrəvan yaxınlığında baş verən döyüşdə həlak olub. Digər oğlu Əsad bəy isə 2 yanvar 1718-ci ildə vəzir rütbəsilə Mosul bəylərbəyi təyin edilmişdir.

• Behcetî, Silsiletü’l-Âsafiyye, Köprülü Ktp., Ahmed Paşa, nr. 212, vr. 164a vd.;
• Fahri Çetin Derin, Abdurrahman Abdi Paşa Vekāyi‘nâme’si (doktora tezi, 1993), İÜ Sosyal Bilimler Enstitüsü, s. 400, 420;
• Anonim Osmanlı Tarihi (nşr. Abdülkadir Özcan), Ankara 2000;
• Mustafa Zühdî, Târîh-i Uyvâr, İÜ Ktp., TY, nr. 2488, vr. 70a vd.;
• Mevkufatî Abdullah b. İbrâhim, Vâkıât-ı Rûzmerre, I, Süleymaniye Ktp., Esad Efendi, nr. 2437, tür.yer.;
• II–III, TSMK, Revan Köşkü, nr. 1223–1224, tür.yer.;
• Rycaut, The Turkish History, London 1704, II, 336–388;
• Defterdar Sarı Mehmed Paşa, Zübde-i Vekāyiât (nşr. Abdülkadir Özcan), Ankara 1995;
• D. Kantemir, Osmanlı İmparatorluğu’nun Yükseliş ve Çöküş Tarihi (trc. Özdemir Çobanoğlu), Ankara 1980, III;
• Silâhdar, Târih, I, 734;
• Hadîkatü’l-vüzerâ, s. 116–118;
• Marsigli, Osmanlı İmparatorluğu’nun Askerî Vaziyeti, s. 224–225, 269–270;
• Şeyhî, Vekāyiu’l-fuzalâ, I, 520;
• Râşid, Târih, I, 362, 425, 441, 526–527;
• Îsâzâde Tarihi (haz. Ziya Yılmazer), İstanbul 1996;
• Ayvansarâyî, Vefeyât-ı Selâtîn, s. 88; a.mlf., Mecmûa-i Tevârîh (haz. Fahri Ç. Derin — Vahid Çabuk), İstanbul 1985, s. 347–348;
• Ferâizîzâde Mehmed Said, Gülşen-i Maârif, İstanbul 1252, II, 984 vd.;
• Hammer, HEO, XII, 236, 257–258, 296, 301–333, 368–369;
• Zinkeisen, Geschichte, V, 186–187, 299;
• Mustafa Nuri Paşa, Netâyicü’l-vukūât (nşr. Mehmed Gālib Bey), İstanbul 1327, III, 4–10, 97, 100, 111;
• Sicill-i Osmânî, IV, 406–407;
• Amasya Tarihi, IV, 212;
• Necati Tacan, Eski Osmanlı Seferlerinden Niş, Belgrad, Slankamen, Petrovaradin, Lugoş, Tımışvar Kuşatma ve Meydan Muharebeleri (1690–1696), İstanbul 1939, s. 10–53;
• Uzunçarşılı, Osmanlı Tarihi, III/1, s. 492, 500–501, 522–537, 585, 595;
• Danişmend, Kronoloji2, III, 464, 468–472; V, 46–47;
• Ch. Morawitz, Türkiye Maliyesi (der. Maliye Tetkik Kurulu), Ankara 1979, s. 11;
• Ahmet Tabakoğlu, Gerileme Dönemine Girerken Osmanlı Maliyesi, İstanbul 1985, s. 21, 137–141, 262, 288–289, 296;
• Cengiz Orhonlu, Osmanlı İmparatorluğu’nda Aşiretlerin İskânı, İstanbul 1987, s. 1–6, 27–28, 33–34, 46, 107;
• Vahid Çabuk, Köprülüler, İstanbul 1988, s. 159–177;
• Zeynep Aycibin, Köprülüzâde Mustafa Paşa ve Dönemi (yüksek lisans tezi, 2001), Mimar Sinan Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü; B. C. Nedkoff, "Osmanlı İmparatorluğu’nda Cizye" (trc. Şinasi Altundağ), TTK Belleten, VIII/32 (1944), s. 633–635;
• R. Mantran, "Un document sur la cizye à la fin du XVIIe siècle", JTS, sy. 11 (1987), s. 11–15;
• S. Lászlo, "A Szágad Legkeményebb, Legvéresebb Csatája, Dokumentumok A Szalánkemeni Csata Történetéhez", Baranyai Történetiraz (Pécs 1992), s. 259;
• Fehmi Yılmaz, "The Life of Köprülüzâde Fazıl Mustafa Paşa and his Reforms", Osm. Ar., XX (2000), s. 165–221;
• Tayyib Gökbilgin, "Köprülüler", İA, VI, 903–905;
• a.mlf. — R. C. Reep, "Köprülü", EI² (Fr.), V, 259–260.