1630-cu ildə Batumidə dünyaya gəlmişdir. Atası Batumlu Əbdürrauf Əfəndidir. Osmanlı tarixində Əndərunda yetişmiş 3 şeyxülislamdan ilki olaraq yer alır. 1646-cı ildə İstanbula gələrək Qalata sarayına alındı, burada padşahın imamlarından Şami Hüseyn Əfəndi və Mehmed Əfəndidən dərslər aldı. Ardından Minkarizadə Yəhya Əfəndinin dərslərinə qatıldı və Sultan İbrahim səltənətinin son illərində Topqapı sarayına keçərək Əndərunda Kiçik bölüm, daha sonra isə Böyük bölüm tələbələrinin sırasına qatıldı. Qısa zamanda buradakı tələbələr arasında fərqləndi və Sultan Mehmedin xüsusi icazəsiylə şeyxülislam Minkarizadə Yəhya Əfəndi tərəfindən mülazim (məzun) edildi. Ardından Topqapı sarayında 16 il boyunca fərqli vəzifələrdə xidmət göstərdi. Ardından 1661-ci ildə elm sahəsinə keçdi və mədrəsələrdə dərs verməyə başladı. 24 avqust 1664-cü ildə Osman Əfəndi Darülhədisinə, 11 iyun 1670-ci ildə Qasım Paşa mədrəsəsinə, 23 may 1672-ci ildə isə Nişançı Paşa mədrəsəsinə təyin edildi. 1672-ci ilin iyununda Sultan Mehmedin Kamaniçe səfərinə Müsahib Mustafa Paşanın yanında səfərə qatıldı. Fəthin ardından həmin ilin noyabrında bölgənin qazılığına gətirildi. 31 oktyabr 1674-cü ildə vəzifəsini tamamladı və 24 iyul 1675-ci ildə Körpülü Fazil Əhməd Paşanın dəstəyiylə Yenişəhər qazısı təyin olundu. Bir il sonra vəzifədən alındı və 2 fevral 1681-ci ildə Misir, 24 fevral 1675-ci ildə Məkkə qazılığına gətirildi. Bir il sonra vəzifədən alındı.

1688-ci ilin fevralında İstanbul qazısı seçildi. Ancaq sədarət naibi Ömər Paşa ilə münasibətləri pis idi və bu məsələnin sultana çatması nəticəsində Mustafa Əfəndi 1689-cu ilin fevralında vəzifədən alındı və Midilliyə sürgün edildi. Bir müddət sonra bağışlanıb geri çağrılsa da, Sultan Süleymanı devririb Sultan Mehmedi yenidən taxta çıxarmaq istəyən üləmaların arasında adı hallandı və 1691-ci ilin mayında Limniyə, ordan isə Kipr adasına sürgün edildi. 1692-ci ilin aprelində İstanbula qayıtmasına icazə verildi. 24 noyabr 1693-cü ildə Anadolu başqazısı seçildi.

1695-ci ilin martında Rumeli başqazılığıa gətirilsə də, bir il sonra təqaüdə ayrıldı. 12 fevral 1698-ci ildə ikinci dəfə Rumeli başqazılığına gətirilsə də, 14 iyun 1699-cu ildə vəzifədən alındı və Əmirgandakı köşkünə çəkildi. Vəzifədən alındıqdan bir neçə gün sonra rüşvət almaqla təqsirləndirildi və Sinopa sürgün olundu (iyul 1699 tarixli əmrlə). 4 il boyunca burada ailəsiylə birlikdə qaldı və 1703-cü ilin noyabrında paytaxta qayıtmasına icazə verildi. Sultan Mustafanın taxtdan endirilməsi və şeyxülislam Seyid Feyzullah Əfəndi hadisəsinin ardından İstanbula gəldi ancaq uzun müddət hansısa bir vəzifəyə gətirilmədi. 7 fevral 1709-cu ildə üçüncü dəfə Rumeli başqazısı seçilsə də, 2 mart 1710-cu ildə təqaüdə ayrıldı.

Mirzə Mustafa Əfəndi 15 dekabr 1714-cü ildə İmam-i şəhriyari Mahmud Əfəndinin yerinə şeyxülislamlığa gətirildi. Sultanın verdiyi xüsusi əmrlə üləma sinifinin mülazimat probleminin həllində önəmli rol oynadı. Ancaq şeyxülislamlığı çox çəkmədi. Belə ki, həm Rumeli başqazısı Kürəkənzadə Əhməd Əfəndini, həm də Anadolu başqazısı Həmidzadə Abdullah Əfəndini özünə rəqib olaraq görən şeyxülislam Mirzə Mustafa Əfəndinin təşviqiylə hər ikisi vəzifədən alındı. Dövrün tarixi mənbələrinə görə, vəzifədən alınma səbəbi Sultan Əhmədə yazılan imzasız bir məktub oldu. Belə ki, məktubda həm Anadolu, həm də Rumeli başqazılarından şikayətlər qeyd edilirdi. Ancaq çox keçmədən bu məktubun yazılmasında şeyxülislamın əlinin olduğu anlaşıldı və hadisədən bir il belə keçmədən 27 iyun 1715-ci ildə Mirzə Mustafa Əfəndi də vəzifədən alındı. Ardından çıxarılan bir fərmanla Trabzona sürgün edildi. 1716-cı ilin sentyabrında Boluya gəlməyinə icazə verilən Mustafa Əfəndi daha sonra bağışlanaraq İstanbula qayıtdı. Vaxtilə Sultan Mustafa tərəfindən ona bağışlanan Əmirgandakı köşkünə çəkildi və geri qalan ömrünü burada keçirdi. 13 noyabr 1722-ci ildə burada vəfat etdi və cənazəsi Fateh məscidində qılınan namazın ardından inşa etdirdiyi məktəbin yaxınlığına dəfn edildi.

Şeyxülislamların verilən fətvaların cavab və imza bölümlərini şəxsən yazmaları ənənə olsa da, yaşlı və xəstə olması səbəbilə ilk dəfə Mirzə Mustafa Əfəndinin möhür istifadə etməyinə icazə verilmişdir. Oğlu Rumeli qazəsgəri Mirzəzadə Səlim Əfəndini sədrəzəm Rami Mehmed Paşanın qızıyla evləndirmişdir.

• Silâhdar, Târih, II, 569;
• Şeyhî, Vekāyiu’l-fuzalâ, II, 533–537;
• Râşid, Târih, II, 69, 155;
• Sâlim, Tezkire, İstanbul 1315, s. 30;
• Uzunçarşılı, Osmanlı Tarihi, IV/2, s. 462–464;
• a.mlf., İlmiye Teşkilâtı, s. 51, 204;
• Danişmend, Kronoloji2, V, 136;

1. Abdülkadir Altunsu, Osmanlı Şeyhülislâmları, Ankara 1972, s. 113–114.
2. Tayyarzâde Atâ Bey, Târîh-i Atâ, İstanbul, ts., II, 182–184;
3. İlmiyye Salnâmesi, s. 503–504 (fetva örneğinde imza yerine mühür kullanmıştır);