1639-cu ildə dünyaya gəlmişdir. Atası Mehmed Əfəndi 1682-ci ildə Üsküdar qazısı ikən vəfat etmişdir. Öncələri Əbdürrəhim Əfəndidən dərslər almış, onun şeyxülislam olmasının ardından isə ilk dini təhsilini başa vurmuşdur. Din təhsilini bitirdikdən sonra 1657-ci ildə müdərrisliyə başladı. 1667-ci ildə Həmid Əfəndi, 1673-cü ildə Bali Əfəndi, 1674-cü ildə Ümmüvələdzadə, 1675-ci ildə Heydər Paşa, 1680-ci ildə Qoca Murad Paşa, 1681-ci ilin iyulunda Mahmud Paşa, 1683-cü ilin oktyabrında Yavuz Sultan Səlim, 1686-cı ilin aprelində Süleymaniyyə mədrəsələrinə təyin edildi. Ardından qazılığa keçdi və ilk dəfə 1687-ci ildə Qüdsdə vəzifələndirildi. 1688-ci ilin mayında bu vəzifədən alındı və 2 il sonra Ədirnə qazılığına göndərildi. Həmin il naqibüləşraflığa (Peyğəmbər soyundan olan seyidlərin problemləri ilə məşğul olan şəxs) yüksəldi. 1691-ci ildə isə Anadolu başqazılığına gətirildi.

Mənbələrə görə, II Əhmədin taxta çıxarılmasına qarşı çıxan qrupa daxil idi. Buna görə də 22 iyun 1691 tarixində baş tutan II Əhməd cülusunda nakibüləşraf olaraq yeni sultana xeyir-dua edərkən II Əhməd tərəfindən olduqca sərt şəkildə danlanmışdır. Buna baxmayaraq vəzifədən alınmamış, 1692-ci ildə nakibüləşraflıqla yanaşı Rumeli başqazılığına gətirildi. Ancaq bir il sonra bu vəzifəsindən alındı və öncə Bursaya, daha sonra isə 1694-cü ilin dekabrında Qahirəyə sürgün edildi. Bunda sədrəzəm Sürməli Əli Paşanın böyük rolu olmuşdur. Qısa bir müddət Qahirədə qalan Əli Əfəndi II Mustafanın taxta çıxması ilə bağışlandı və 1695-ci ilin mayında İstanbula döndü. 4 il boyunca vəzifələrdən uzaq tutulan Əli Əfəndi 1699-cu ildə Əyyub Sultan məscidinə qazı, 1700-cü ildə isə ikinci dəfə Rumeli başqazılığına təyin olundu.

Ədirnə hadisələri əsnasında 23 iyul 1703 tarixində üsyançılar tərəfindən şeyxülislam seçilsə də, məsələnin sonunu yaxşı görmədiyi üçün Əli Əfəndi bu təklifi qəbul etmədi. Ancaq üsyançılar Ədirnədəki II Mustafaya artıq qərarlarını bildirmişdilər. Beləliklə, 31 iyul 1703 tarixində istəksiz də olsa Əli Əfəndi şeyxülislam seçildi. Ancaq üsyanın əsas məqsədinin II Mustafanı taxtdan endirilməsi olduğu bilinəndə gözdən düşən sultan bu qərarını ləğv etdi. Ancaq III Əhmədin hakimiyyəti gücləndikdən sonra Əli Əfəndi ikinci dəfə şeyxülislam təyin olundu. (26 yanvar 1704)

Əli Əfəndinin ikinci şeyxülislamlıq dönəmi siyasi cəhətdən olduqca gərgin keçdi. Xüsusilə Sədrəzəm Çorlulu Əli Paşa onu özünə rəqib gördüyü üçün, padşahın üzərindəki təsirindən çəkinirdi. Özündən öncəki 3 sədrəzəmin vəzifədən alınmasında mühüm rol oynayan Əli Əfəndidən tez-tez padşaha şikayətlənirdi. Ancaq bu qarşıdurmada Əli Əfəndi məğlub oldu və Çorlulu Əli Paşanın da təsiriylə vəzifədən alındı. Buna baxmayaraq hələ də padşah nəznində etibarını itirməyən Əli Əfəndi öncə Ədirnəqapı yaxınlığında, daha sonra isə Rumeli hasarı yaxınlığındakı köşkündə yaşamağa başladı. Ancaq paytaxtda qalması bəzilərini narahat etdi və 1707-ci ilin aprelində bütün ailəsi ilə birlikdə Sinopa sürgün edildi. Daha sonra Çorlulu Əli Paşanın sədarət dönəmində paytaxta geri dönməsinə icazə verildi. Artıq əvvəlki gücünün olmadığını anlayan Əli Paşa da sabiq şeyxülislama hədiyyələr göndərərək üzr istədi.

Bu hadisələrdən təqribən 1 ay sonra — 16 iyul 1710 tarixində Əbəzadə Abdullah Əfəndinin yerinə üçüncü dəfə şeyxülislamlığa gətirildi. Bu dəfə ölümünə qədər bu vəzifədə qalan Əli Əfəndi məhz bu illərdə köhnə düşməni olan Çorlulu Əli Paşa haqqında ölüm hökmü verdi. Prut müharibəsi onun şeyxülislamlığı illərində baş tutdu. 12 fevral 1712 tarixində vəzifədə ikən vəfat etmiş, cənazə namazı Fateh məscidində qılındı.