4 iyul 1546 tarixində atası II Səlimin Manisa sancaqbəyliyi dövründə Manisanın Bozdağ yaylağında dünyaya gəlmişdir. Əsl adı Cecilia Baffo olan Venesiya əsilli Nurbanu Sultanın oğludur. İlk təhsilini Manisa sarayında aldı və 1557-ci ilin aprelində sünnət mərasimi burada keçirildi. Atasının 1558-ci ildə Qaraman əyalətinə göndərilməsi ilə onunla birlikdə getdi və babası Qanuni Sultan Süleymanın xeyir-duası ilə Akşehir sancaqbəyi seçildi. Burada ikən atası ilə əmisi Şahzadə Bəyazid arasında gedən Konya döyüşü əsnasında Konya qalasının mühafizəsi ilə vəzifələndirildi. Babası Sultan Süleymanın onu görmək istəməsi səbəbilə qısa müddətliyinə İstanbula gəldi. Onun mərkəzə çağırılması qardaşlar arasında gedən taxt mübarizəsində Sultan Süleymanın böyük oğlu Şahzadə Səlimə tərəfdar olması kimi başa düşülür. Belə ki, taxt mübarizəsinin sonunda atası Şahzadə Səlim Kütahya sancaqbəyi, özü isə 1562-ci ilin martında Manisa sancaqbəyi təyin olundu və taxta çıxanadək bu vəzifədə qaldı. 12 il davam edən bu vəzifəsi əsnasında əvvəlcə Fərrux bəy, ardından isə Cəfər bəy ona lələ olaraq təyin olundu. Uzun müddət bağlı olacağı hasəkisi alban əsilli Safiyə Sultan ilə burada tanış oldu və ondan dünyaya gələn oğlu Şahzadə Mehmed 1566-cı ildə burada dünyaya gəldi. Bundan başqa digər oğlu Mahmud və qızları Ayşə və Fatma Sultan da Manisada dünyaya gəlmişdir. Manisadakı şahzadəliyi dövründə müəllimi Xoca Sadəttin Əfəndi, dəftərdarı Qara Üveys Çələbi və hərəmini idarə edən Raziyə kalfanın təsirində qalmışdı. Xüsusilə də Raziyə kalfa padşahlığı dövründə də öz nüfuzunu qoruyub saxlamışdır. Şahzadəlik dövründə dövlət işlərinə çox qarışmadı və taxtın yeganə varisi olaraq rahat bir həyat yaşadı. Bu əsnada şəhərdə Muradiyə məscidinin inşasına başladı. Jacopo Ragozzoninin 1571 tarixli qeydinə görə, Şahzadə Murad bacarıqlı, yaxşı təhsil almış, dinə son dərəcə bağlı, atası və digər dövlət adamları tərəfindən çox sevilən bir şahzadə idi.

Atasının vəfatı xəbərini sədrəzəm Sokollu Mehmed Paşa və anası Nurbanu Sultan tərəfindən göndərilən Həsən çavuşdan alan və böyük oğul olaraq taxta dəvət edilən Şahzadə Murad dərhal yola çıxaraq Mudanya limanına gəldi. Burada onu gözləməli olan kaptan-ı dərya Qılınc Əli Paşanı tapmadı və çıxan fırtınaya baxmayaraq sahildə Firidun Əhməd bəyə aid olan kiçik gəmiyə minib dərhal İstanbula yola düşdü. Sarayburnu sahilində sədrəzəm Sokollu Mehmed Paşa ilə görüşüb gecə yarısı saraya girdi. Ertəsi gün 22 dekabr 1574 tarixində II Səlimin ölümü və III Muradın taxta çıxdığı rəsmi şəkildə elan olundu. Saraya gəldiyi gecə boğdurduğu 5 qardaşı və atasının cənazə mərasimi eyni gündə keçirildi. Atasının cənazə namazına qatılan Sultan Murad ardından 25 dekabrda əsgərə cülus bəxşişi paylatdırdı və ilk iş olaraq Kəbənin divarlarının təmir edilməsini əmr etdi. İlk cümə namazını böyük bir mərasimlə Aya Sofya məscidində qılan Sultan Murad 5 yanvar 1575 tarixində əvvəlcə Əyyub Sultan məscidinə gedərək burada qılınc qurşandı, ardından Ədirnəqapı səmtindən şəhərə daxil olaraq sırayla Yavuz Sultan Səlim, Fateh Sultan Mehmed, Şahzadə Mehmed, Sultan Süleyman, II Bəyazid və atasının məzarlarını ziyarət etdi.

Səltənətinin ilk illərində uzun müddətdir sədarətdə olan Sokollu Mehmed Paşanın əleyhdarlarının təsirində qalır və babaları kimi hakimiyyəti ələ alması üçün təşviq edilirdi. Xüsusilə də, Şəmsi Əhməd Paşa və Darüssəadə ağası Qəzənfər ağa ona bu yolda təsir edirdilər. Buna baxmayaraq Sokollu Mehmed Paşanı vəzifədə saxlayaraq təcrübəsindən istifadə etdi ancaq zaman keçdikcə gücünü zəiflədərək sədrəzəmi təsirsiz hala saldı.

Sultan Muradın taxta çıxması ilə müxtəlif dövlətlər İstanbulda olan vəya bu münasibətlə göndərdikləri elçiləri vasitəsilə əvvəlcə padşahı təbrik etdi, ardından əvvəlki müqavilələri yenilədilər. Məsələn Venesiya elçisi Soranza Venesiya başhersoqunun təbrikləriylə birlikdə divana 50 min qızıl, Xorvat hakimi 12 min qızıl və gümüş qab-qacaq hədiyyə etmişdir. Bu elçilər arasında Səfəvi elçisi Məhəmməd xan Ustaclı həm gətirdiyi hədiyyələr, həm də elçi heyətinin çox olması ilə digərlərindən fərqlənirdi. Ancaq hələ elçi İstanbulda ikən Səfəvi taxtında qarışıqlıqlar baş vermiş, Şah Təhmasibin vəfatı və gedən taxt mübarizəsi tərtib olunan yeni səfərin istiqamətini müəyyənləşdirdi. II İsmayılın Anadoludakı siyasi və dini fəaliyyətini artırması və sərhəd zonasındakı bəylərin çatışmaları bu səfərə bəhanə göstərildi. II İsmayılın anidən öldürülməsi ilə çıxan qarışıqlığı da nəzərə alsaq, sədrəzəm Sokollu Mehmed Paşanın etirazlarına baxmayaraq yeni bir səfərə çıxılmasına dəqiq qərar verildi. Ancaq bu səfərə kimin rəhbərlik edəcəyi haqda mərkəzdə güclü rəqabət başlamışdı. Yaz aylarında Ərzurum sərhəddinə göndəriləcək olan orduya Lələ Mustafa Paşanın, Bağdada göndəriləək olan orduya isə Qoca Sənan Paşanın rəhbərlik etməsi qərarlaşdırılsa da, bu iki vəzir arasında güclü rəqabət gedirdi. Nəhayət, padşahın müdaxiləsi ilə Lələ Mustafa Paşa Gürcüstan istiqamətində Şirvanın fəthi ilə vəzifələndirildi və Qoca Sənan Paşa vəzifədən azad olundu. Sultan Murad isə Səfəvilər üzərinə hazırlanan bu mükəmməl planı diqqətlə izləyirdi. Osmanlı ordusu Çıldır gölü yaxınlığında Səfəviləri məğlub edərək Gürcüstana daxil oldu, ardından Qanıx çayı sahilində Səfəvilərin geridə qalan qüvvələrini məğlub edərək Şirvan zonasındakı qalaları bir-bir ələ keçirməyə başladı. Lələ Mustafa Paşanın ikinci hücumu 1579-cu ildə baş tutdu və bu hücumla Osmanlı ordusu ələ keçirilən torpaqlarda möhkəmləndi. Lələ Mustafa Paşanın qışlamaq üçün Ərzuruma geri döndüyü əsnada paytaxtdan gələn xəbərlə Sokollu Mehmed Paşanın sui-qəsdlə öldürüldüyü öyrənildi.

Sokollu Mehmed Paşanın məruz qaldığı bu sui-qəsddə Lələ Mustafa Paşanın saraydakı tərəfdarlarının rolu olduğu və şəxsən padşahdan dəstək aldıqları iddia edilirdi. İbrahim Peçəviyə görə, Sultan Murad sədrəzəmin təqdim etdiyi sənədləri belə təsdiq etmirdi. Sokollu Mehmed Paşanın ölümündən sonra yerinə qarşı tərəfdən padşahın himayəsindəki Şəmsi Əhməd Paşa sədarətə gətirildi. Qazandığı qələbələrin ardından sədarətə gətiriləcəyini ümid edən Lələ Mustafa Paşa sərdarlıqdan alınaraq paytaxta çağırıldı və yerinə əzəli rəqibi olan Qoca Sənan Paşa göndərildi. Şəmsi Əhməd Paşanın vəfatından sonra sədarət üçün ümidlənən Lələ Mustafa Paşa Qoca Sənan Paşa ilə girişdiyi mübarizədə uduzdu. Sədarət möhürü səngərdə vuruşan Qoca Sənan Paşaya göndərildi, Lələ Mustafa Paşa isə sədarət naibi olaraq paytaxtda saxlanıldı. Sultan Murad isə dövlət işlərindəki ikibaşlılıqdan narazı idi və bu narazılığı Lələ Mustafa Paşanın ani vəfatı ilə başa çatdı (7 avqust 1580).

Sənan Paşa cəbhəyə gəldikdən sonra Səfəvi heyətilə sülh müzakirələrinə başladı və heyətlə birlikdə İstanbula doğru yola düşdü. Sədrəzəmin paytaxta gəlişindən dərhal sonra isə Sultan Murad oğlu Şahzadə Mehmed üçün böyük bir sünnət mərasimi keçirdi. 29 may 1582-ci il tarixində başlayıb 55 gün davam edən möhtəşəm mərasimdə sarayın bütün şan-şöhrəti nümayiş olundu. Ardından çıxdığı səfərdə heç bir nailiyyət qazanmadığı bəhanə edilərək Sənan Paşa sədarətdən alındı. Rəvayətə görə, Sənan Paşa səfərə şəxsən padşahın çıxmasını məsləhət görmüş, padşah üzərindəki nüfuzlarının azalmasından çəkinən saraydakı qadınlar isə bu qərara qarşı çıxaraq padşahı paytaxtda qalmağa və Sənan Paşanı vəzifədən almağa razı saldılar. Sultan Murad Sənan Paşanın yerinə bacısı Fatma Sultanın əri Siyavuş Paşanı sədarətə (24 dekabr 1582), Səfəvi cəbhəsinin sərdarlığına isə Fərhad Paşanı gətirdi. Bu əsnada Səfəvi cəbhəsində Osmanlı ordusunun mövqeyi zəifləmiş, Şirvanda qalan Özdəmiroğlu Osman Paşa isə Dərbəndə çəkilmişdi. Çıxılan yeni səfərdə əsas məqsəd Şirvanın tamamilə işğal edilməsi idi. Gələn əlavə qüvvə ilə yola çıxan Özdəmiroğlu Osman Paşa Şirvanda sabitliyi təmin edərək Kəfəyə yola çıxdı. Əvvəlcə İslam Gərayı Krım xanı təyin etdi, ardından paytaxta qayıdaraq ikinci vəzirliyə gətirildi. Qazandığı qələbələr səbəbilə 28 iyul 1584 tarixində sədrəzəm təyin olunan Özdəmiroğlu Osman Paşa rəvayətə görə, paytaxta gəldikdən dərhal sonra padşahın qəbulunda olmuş, 4 saat boyunca padşahla söhbət etdikdən sonra Sultan Murad tərəfindən hədiyyələr almışdır.

Bu əsnada Sultan Murad üzərində güclü nüfuza malik olan anası Nurbanu Sultanın vəfat etməsi (7 dekabr 1583) saraydakı tarazlığı pozdu. Artıq saraydakı əsas güc Sultan Muradın hasəkisi Safiyə Sultan və hərəmxana kəndxudası Canfəda Xatun idi. Nurbanu Sultan oğlunun Safiyə Sultana olan sevgisini azaltmaq üçün oğluna müxtəlif kənizlər təqdim etsə də, Safiyə Sultanın saraydakı gücünü azalda bilməmişdi. Çünki Şahzadə Mahmudun 1581-ci ildə vəfatı səbəbilə taxtın yeganə varisi olaraq Safiyə Sultanın oğlu Şahzadə Mehmed qalmışdı. Ardından Sultan Murad taxt varisi olan oğlu Şahzadə Mehmedi Manisa sancaqbəyi təyin etdi (17 dekabr 1583). Venesiya elçisinin qeydlərinə görə, Sultan Murad əhalinin oğluna olan sevgisindən çəkinirdi. Hətta padşahın paytaxt küçələrinə çıxmamasının da səbəbi olaraq bu qorxunu göstərir.

Yeni sədrəzəm Osman Paşa 9 aprel 1585 tarixində Təbrizin işğalı və mühafizəsi ilə vəzifələndirildi. Nəticədə Təbriz ələ keçirildi və 27 sentyabrda burada Sultan Murad adına xütbə oxundu. Ancaq şəhərin idarəedilməsi çətin idi və Osman Paşa bu əsnada xəstələnərək vəfat etmişdi (29–30 oktyabr gecəsi). Təbrizi 11 ay boyunca mühasirədə saxlayan Səfəvi qüvvələri Sərdar Fərhad Paşanın şəhərə yaxınlaşdığını öyrəndikdən sonra geri çəkildi.

Fərhad Paşanın 1588-ci ildə Gəncəyə hücumu və 1 sentyabrda şəhərə girişi, bu əsnada taxta çıxan Şah Abbasın çətin vəziyyətdə olması yeni bir sülhün bağlanması məsələsini gündəmə gətirdi. Şah Abbas Heydər Mirzəni böyük bir heyətlə İstanbula göndərdi (18 yanvar 1590) və ələ keçirilən torpaqların Osmanlılarda qalması şərtilə sülh bağlandı. Beləliklə, 1578-ci ildə başlayan bu uzun və yorucu müharibə başa çatdı. Müharibənin maliyyəyə vurduğu zərbə iqtisadiyyatı zəiflətmişdi. Əyarı aşağı salınmış sikkə səbəbilə qapıqulu əsgəri İstanbulda ayaqlanmış, saraya gedərək təqsirkarların cəzalandırılmasını tələb etmişdir. Bəylərbəyi hadisəsi adlanan bu ixtişaşlarda üsyançıların tələb etdiyi Anadolu bəylərbəyi Mehmed Paşa və başdəftərdar Mahmud Əfəndini təslim etmək istəməyən Sultan Murad dövlət adamlarının müdaxiləsi ilə yola gətirildi və üsyançıların tələb etdiyi şəxslər edam olundu (2 aprel 1589). Hadisənin ardından sədrəzəm Siyavuş Paşa və şeyxülislam Əbdülqədir Əfəndi təqsirkar hesab edilərək vəzifədən alındı.

Sultan Murad dövründə Osmanlı-Səfəvi müharibələrindən başqa ölkənin uzaq sərhədlərində də siyasi dəyişikliklər baş vermişdi. Səfəvilərlə gedən müharibənin ilk illərində Şeybani xanı Abdullah xanla ittifaq qurulmuşdu. Rusların Qafqaza və Sibirə qədər irəliləməsi iki dövlət arasındakı münasibətləri korlamışdı. 1587-ci ilin avqustunda İstanbula gələn özbək və noqay elçiləri Astraxandakı rus təzyiqini bildirərək ittifaq təklif etmişdi. Rusların Krım xanlığı üzərindəki planları səbəbilə yeni bir Astraxan səfəri gündəmə gəlsə də, qərb dünyasında baş verən proseslər bu səfəri təxirə saldı. Bu illərdə Osmanlı siyasəti daha çox Lehistana yönəlmişdi. III Henrinin Fransa taxtına çıxması ilə boş qalan Lehistan krallığına ruslaın və avstriyalıların müdaxiləsinin qarşısı alındı. Sultan Murad dövründə xüsusilə İngiltərə ilə münasibətlər yaxşılaşdı. Əvvəlcə 1579-cu ilin martında ingilis bir tacirə ticarət imtiyazı verildi. Ardından 1580-ci ilin martında bu imtiyaz bütün ingilis tacirlərinə verildi. Münasibətlərin qurulmasında Xoca Sadəttin Əfəndinin rolu önəmlidir. Sultan Murad və kraliça I Elizabeta arasında rəsmi yazışmalar oldu. Xüsusilə də, İspaniyaya qarşı müttəfiq siyasət yeridildi. Mərakeşdə ispan və portuqallarla mübarizə aparan Osmanlı ordusu 1578-ci ildə onları məğlub etdi. Gedən döyüşdə portuqaliya kralı həlak oldu.

Sultan Murad dövrünün ikinci böyük cəbhəsi qərbdə Habsburqlara qarşı açıldı. Bu müharibə Osmanlı tarixində ictimai, siyasi və iqtisadi dəyişikliklərə səbəb oldu. Müharibə Bosniya sərhədlərində baş verən kiçik çatışmalarla başladı. 20 iyun 1593 tarixində Bosniya və Macarıstan bəylərbəyliyinin orduları Kulpa çayı sahilində Avstriya orduları tərəfindən hücuma məruz qaldı. Sisak döyüşü adlanan bu döyüşdə Bosniya bəylərbəyi Telli Həsən Paşa, sancaqbəylərindən Sultanzadə Mehmed bəy (Aişə Hümaşah Sultanın oğlu, Mihrimah Sultanın nəvəsi) və digər bəzi dövlət adamları şəhid edildi. Bu hücumun ardından ikinci vəzir Fərhad Paşa və şeyxülislamın etirazlarına baxmayaraq, xüsusilə də Sənan Paşanın təkidilə Sultan Murad Avstriyaya qarşı səfər elan etdi. Sənan Paşa idarəsindəki Osmanlı ordusu bir neçə qələbə qazansa da, Avstriyalıların əks-hücuma keçməsi ilə bəzi qalalar itirildi. Mərkəzdən gələn əmrlə irəliləyən Sənan Paşa dərhal hücuma keçdi və 27 sentyabr 1594 tarixində Yanıqqalanı ələ keçirərək Komorn qalasını mühasirəyə aldı. Sənan Paşa ordunun bir qismini sərhəddə qoyub Belqrada gedərkən, Transilvaniya, Valaxiya və Boğdan hakimlərinin Osmanlı əleyhinə qurulan müqəddəs ittifaqa daxil olduğu xəbərini eşitdi. 1595-ci ilin yanvarında ələ keçirilən İbrail qalası Valaxiya ordusu tərəfindən yandırıldı və Silistrəyə irəlilədi. Bu əsnada Sultan Murad vəfat etdi (17 yanvar 1595) və Aya Sofiya məscidinin həyətindəki türbəsinə dəfn olundu.

Mənbələrin dediyinə görə, Sultan Murad ölümündən 20 gün əvvəl soyuq dəymədən xəstələnmişdi. Dövrün tarixçisi Selaniki, padşahın ifrazat orqanlarının işləmədiyini və xəstəliyi səbəbilə şəhərdə şaiyələrin gəzdiyini, yanvarın əvvəllərində isə vəziyyətin gərginləşdiyini və padşahın səhhətinin guya düzəlməsi xəbərinin şəhərdə elan olunduğunu qeyd edir. Sultan Muradın ani vəfatı saray əhalisini də heyrətləndirmişdi. Ölüm xəbəri gizli saxlanılmış, dövlət işləri davam etdirilmiş və bu əsnada Şahzadə Mehmedə xəbər göndərilmişdi.

Cülusunun ardından 5–6 il boyunca Safiyə Sultana bağlı olan Sultan Murad anası Nurbanu Sultan və bacısı Əsməhan Sultanın təşviqilə digər kənizlərə də rəğbət bəsləmişdir. Tarixçi Schweigger onun 1579-cu ildə xristian bir kənizdən oğlu olduğunu yazır. Ümumiyyətlə, Sultan Muradın hasəkiləri, kənizləri və övladlarının sayında mübaliğə edilir. Bu şaiyələr görə, padşahın vəfat etdiyi əsnada 49 övladı və 7 hamilə kənizi var idi. Tarixi mənbələrə görə, qumral və orta boylu olan Sultan Murad cəngavərlikdə və at minməkdə bacarıqlı idi. Schweigger isə onu soluq üzlü, uzun burunlu və nasaz səhhətli olaraq təsvir edir. Əyləncəyə maraqlı olduğu, daima musiqiçiləri, şairləri himayə etdiyi bilinir.

• Safiyə Sultan
• Şəmsi Ruhsar Xatun
• Mehriban Xatun
• Şahuban Xatun
• Nazpərvər Xatun
• Fəxriyə Xatun

• III Mehmed
• Şahzadə Mahmud (1573 – 24 fevral 1587).
• Şahzadə Mustafa (1578 – 27 yanvar 1595).
• Şahzadə Bəyazid (1579 – 27 yanvar 1595).
• Şahzadə Abdullah (1580 – 27 yanvar 1595).
• Şahzadə Səlim (1581 – 27 yanvar 1595).
• Şahzadə Süleyman (1585 – avqust 1585)
• Şahzadə Cahangir (1585 – 27 yanvar 1595).
• Şahzadə Osman (1585 – 27 yanvar 1595).
• Şahzadə Əbdürrəhman (1585 – 27 yanvar 1595) — Nazpərvər Xatundan doğulma
• Şahzadə Yəhya (1585–1649)
• Şahzadə Həsən (1586 – 27 yanvar 1595)
• Şahzadə Əhməd (1586 – 27 yanvar 1595).
• Şahzadə Yaqub (1587 – 27 yanvar 1595).
• Şahzadə Aləmşah (? – 27 yanvar 1595)
• Şahzadə Yusif (? – 27 yanvar 1595) — Nazpərvər Xatundan doğulma
• Şahzadə Hüseyn (? – 27 yanvar 1595)
• Şahzadə Qorqud (? – 27 yanvar 1595)
• Şahzadə Əli (? – 27 yanvar 1595)
• Şahzadə İshaq (? – 27 yanvar 1595)
• Şahzadə Ömər (? – 27 yanvar 1595)
• Şahzadə Əlaüddin (? – 27 yanvar 1595)
• Şahzadə Davud (? – 27 yanvar 1595)

Qeyd. Oğlan uşaqlarının sayının 25 olduğu bilinir.

• Ayşə Sultan (1570–1605) – Safiyə Validə Sultanın qızıdır
• Fatma Sultan – Safiyə Validə Sultanın qızıdır.
• Xadicə Sultan (1583–1639/1640) — 1598 tarixində Kürəkən Sokulluzadə Lələ Mehmed Paşa. Onun üç övladı (bir qızı və iki oğlu) var idi və onlar gənc dünyasını dəyişdi. 1599-cu ildə Kerç qalası daxilində Bayezid Vəli məscidinin minarələrinin təmirində iştirak etmişdir.
• Fəxriyə Sultan (1594–1656) – Şəmsi Ruhsar Xatunun qızıdr.
• Ruqiyə Sultan (1586–?) — Şəmsi Ruhsar Xatunun qızıdır. 21 fevral 1613 tarixində Kürəkən Nəqqaş Həsən Paşa ilə evlənmişdir. 1623-cü ildə ölümündən sonra onun həyatı məlum deyil.
• Mihrimah Sultan – Şəmsi Ruhsar Xatunun qızıdır.
• Mehriban Sultan (1596–?) — Nazpərvər Xatunun qızıdır. 21 fevral 1613 tarixində Kürəkən Topal Mehmed Paşa ilə evləndi.
• Fethiye Sultan