Fatma Sultan 1574-ci ildə Manisada dünyaya gəlmişdir. Atası o illərdə Manisa sancaqbəyi olan III Murad, anası isə Safiyə Sultandır. 8 dekabr 1593-cü ildə atasının istəyilə dövrün Anadolu bəylərbəyi Xəlil Paşayla evləndi. Toy mərasimi Köhnə sarayda keçirildi. Tarixçi Mustafa Əfəndi və Xoca Sadəttin Əfəndinin qeydlərinə görə, 7 gün davam edən möhtəşəm toy mərasimində əhaliyə ovuc-ovuc qızıl paylandı. Qırmızı tül pərdəli kəcavəylə ərinin sarayına aparılan Fatma Sultana mehr olaraq 300 min qızıl pul hədiyyə verilmişdi. Toy mərasimi səbəbilə divan üzvlərinə 7 gün boyunca davam edən mükəmməl ziyafət verildi.

Ancaq çox keçmədən atası vəfat etmiş və qardaşı Sultan Mehmed taxta çıxmışdı. Taxta çıxan yeni sultan bütün vəzifələrdə dəyişiklik etmiş, bunlar arasında Fatma Sultanın əri Xəlil Paşa da vardı. Bu isə Fatma Sultanı və anası Safiyə Sultanı narahat edirdi. Çünki Fatma Sultan hamilə idi. Nəhayət, Safiyə Sultanın oğluna təlkinləri nəticəsində Xəlil Paşa kaptan-ı dəryalığa keçirilərək vəzifədə qaldı. Ardından Mahmud bəy adlı bir oğlu dünyaya gəldi ancaq körpə 1597-ci ildə vəbadan vəfat etdi.

Ancaq çox keçmədən 1603-cü ilin dekabrında Xəlil Paşa vəfat etdi. Tam bir il sonra 1604-cü ilin dekabrında Cəfər Paşayla evləndirilsə də, 1610-cu ildə paşa vəfat etdi və Fatma Sultan ikinci dəfə dul qaldı. 1620-ci ildə vəfat etdi və atasının Ayasofya məscidi həyətindəki türbəsinə (Sultan Murad türbəsi) dəfn edildi.

• Blake, Stephen P. (February 11, 2013). Time in Early Modern Islam: Calendar, Ceremony, and Chronology in the Safavid, Mughal and Ottoman Empires. Cambridge University Press. ss. 103. ISBN 978-1-107-03023-7
• Tezcan, Baki (November 2001). Searching for Osman: A reassessment of the deposition of the Ottoman Sultan Osman II (1618-1622). ss. 328 n. 18
• Necdet Sakaoğlu, Bu Mülkün Kadın Sultanları, Oğlak Yayınları, 4. baskı, s. 217