Yeparxiya, Erməni Qriqorian Kilsəsinin rəhbəri II Vazgen tərəfindən 1989-cu ildə Dağlıq Qarabağ bölgəsinə arxiyepiskop təyin edilməsindən sonra yaradılmışdır. Bu tarixə qədər Qarabağda yerləşən kilsələr Alban Həvari Kilsəsi və Erməni Qriqorian Kilsəsinin keşişləri tərəfindən idarə olunurdu. 1830-cu illərdə erməni kilsəsi, fəaliyyətsiz qalmış alban kilsələrinə sahib çıxmaqdan ötrü, Rus sinoduna müraciət edir və edilmiş müraciət əsasında İmperator I Nikolay tərəfindən 1836-cı ilin 10 aprel tarixində bölgədə yerləşən bütün dini obyektlərin Erməni Qriqorian Kilsəsinin tabeçiliyinə verilməsi barədə qərar qəbul edilir. Ağdərə rayonunun Vəngli kəndində, Xaçınçayın sol sahilində yerləşən XIII əsrə aid alban kilsəsi Gəncəsər monastırı müvafiq fərman verilənə qədər Alban Həvari Kilsəsinin mərkəzi olmuşdur.

Dağlıq Qarabağ bölgəsində yerləşən bütün kilsələr 1930-cu ildə SSRİ hökumət rəhbərlərinin göstərişi ilə qapadılmış və bəzilərindən yem anbarı kimi istifadə olunmuşdur. Kilsələrin təkrar fəaliyyəti Mixail Qorbaçovun rəhbərliyi dövründə mümkün olmuşdur. Artıq bu dövrdə kilsələr özünün ilkin alban mənşəyini itirərək, tamamilə erməniləşmişdir. 1989-cu ildə bölgədə erməni yeparxiyasının yaradılması və Qarabağda yaşayan ermənilərin artan millətçilik tələbləri fonunda kilsələrin erməniləşdirilməsinə və aktiv olmayan kilsələrin belə işlək vəziyyətə gətirilməsi siyasəti aparılmış, bu məqsəd üçün diasporada yaşayan ermənilərin maddi imkanlarından istifadə olunmuşdur.

Erməni Qriqorian Kilsənin Qarabağ yeparxiyasının mərkəzi ofisi Şuşa şəhərində, Qazançetsosts 72 ünvanında yerləşir. Burada yerləşən Qazançetsots kafedralı yeparxiyanın mərkəzi sayılır və arxiyepiskop iqamətgahıda bu kafedraldadır.

2006-cı ildən etibarən Xankəndi şəhərində Müqəddəs Ana kafedralının tikinti işlərinə başlanılıb və kilsənin tikintisi üçün 2 milyon ABŞ dolları vəsaitin ayrıldığı bildirilir. Maliyyə çatışmazlığı səbəbindən kilsənin tikintisi yarımçıq vəziyyətdədir. Müqəddəs Ana kafedralı tamamlandıqdan sonra Erməni Qriqorian Kilsəsinin Qarabağ yeparxiyasının mərkəzi Şuşa şəhərindən buraya köçürürləcək.

Aşağıdakı siyahıda Erməni Qriqorian Kilsənin Qarabağ yeparxiyasının nəzarəti altında fəaliyyət göstərən kilsələr, monastrlar və şapellərin siyahısı, onların yerləşdiyi yer və təqdis ili göstərilmişdir:

•  
  Beşikdaş kilsəsi, Ağdərə yaxınlığında.
•  
  Müqəddəs Diriliş Kilsəsi, Hadrut
•  
  Kanaç Zam, Şuşa
•  
  Müqəddəs Vəftizçi İohann kilsəsi, Ağdərə
•  
  Müqəddəs Xilaskar Məsih kilsəsi, Şuşa
•  
  Müqəddəs Tanrı anası Kilsəsi, Əsgəran
•  
  Müqəddəs Nerses Kilsəsi, Ağdərə
•  
  Müqəddəs Ceyms Kilsəsi, Xankəndi

• Amaras monastırı, (Sos, IV əsr)
• Ağoğlan monastırı, (Ağoğlançayın sahilində, Azərbaycan-Ermənistan sərhəd xətti yaxınlığı), VI əsr
• Gəncəsər monastırı, (Vəngli, X–XIII əsr)

•  
  Amaras monastırı, Sos kəndi
•  
  Ağoğlan monastırı, Ağoğlançayın sahili
•  
  Gəncəsər monastırı, Vəngli kəndi

Dağlıq Qarabağ bölgəsində yerləşən, qeyri-aktiv və yaxud xarabalıqları qalmış kilsə və monastrıların natamam siyahısı;

• , (Hadrut, IV əsr)
• Müqəddəs Yelisey monastırı, (Ağdam, V əsr)
• Xudavəng monastır kompleksi, (Kəlbəcərdən şərqdə, Bağlıpəyə kəndindən aşağı, Kəlbəcər rayonunun 29 kilometrliyində, IX–XIII əsrlər.)
• Ktişvəng monastırı, (Tuğ kəndi, 1248)
• , (Zar, 1301)
• Üç körpə monastırı, (Ağdərə, 1691)

•  
  Katarovank monastırı, Hadrut
•  
  Müqəddəs Yelisey monastırı, Ağdam yaxınlığı
•  
  Xudavəng monastır kompleksi, Kəlbəcər
•  
  Ktişvəng monastırı, Tuğ kəndi
•  
  Üç körpə monastırı, Ağdərə yaxınlığı