Birinci Qarabağ müharibəsi zamanı rayon müharibənin baş verdiyi əsas ərazilərdən biri idi. 1991-ci il noyabrın 26-da Azərbaycan Respublikası Ali Sovetinin qanunu ilə Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayəti inzibati ərazi vahidi ləğv olunmuşdur. Qanuna əsasən Mardakert rayonunun adı dəyişdirilərək Ağdərə rayonu adlandırılmış və respublika tabeli rayonların sırasına daxil edilmişdi.

Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin 25 avqust 1992-ci il tarixli, 287 saylı Qərarı ilə Ağdərə rayonunun Leninavan (Leninavan qəsəbəsinin indiki adı Şıxarx) qəsəbə Soveti, Həsənqaya, Çaylı, Seysulan və Talış kənd Sovetləri, Ağdərə şəhər Sovetinin Qarmiravan (indiki adı Qızıloba), və Mağavuz (Mağavuz kəndinin indiki adı Çardaqlı) kənd Sovetinin Cerabert (indiki Çiləbürt) kəndləri Tərtər rayonunun tərkibinə verilmişdir.

Erməni işğalına qədər Ağdərənin 14 kəndində 14 mindən çox azərbaycanlı yaşayıb. Ağdərə rayonu Dağlıq Qarabağdakı bir çox ərazilər kimi Qarabağ müharibəsinin başlanğıcında erməni silahli qüvvələrinin nəzarəti altına keçir. 1992-ci ildə Azərbaycan ordusunun hücumu nəticəsində Ağdərə rayonu ərazisinin bir çox hissəsi erməni işğalçılarından azad edilir. 1 il boyunca Ağdərə şəhəri ətrafındakı kəndlərdə və yüksəkliklərdə aramsız döyüşlər gedir. Lakin 1993-cü ildə Azərbaycanda 4 iyun Gəncə qiyamı baş verir. Qarabağ cəbhəsində döyüşən orduya rəhbərlik edən Surət Hüseynov mərkəzi hakimiyyətə qarşı qiyam edərək Bakıya doğru hücuma keçir. Onun rəhbərlik etdiyi ordu bölmələri öz mövqelərini qoyaraq Bakıya doğru hücuma qoşuldular. Bundan məharətlə istifadə edən erməni ordusu 7 iyul 1993-cü ildə Ağdərə şəhərini və rayonun bir çox kəndlərini yenidən işğal etmişdi.

Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin 13 oktyabr 1992-ci il tarixli qərarı ilə Ağdərə rayonu ləğv edilmiş, ərazisi Ağdam, Kəlbəcər və Tərtər rayonları arasında bölüşdürülmüşdu. Həmin qərara əsasən rayonun Xatınbəyli, Qazançı, Maniklu (indiki Məlikli), Baş Güneypəyə, Orta Güneypəyə, Sırxavənd, Yeni Qaralar, Kiçan (indiki Ballıqaya) kəndləri və onlara məxsus torpaq sahələri Ağdam rayonunun; Çərəktar, Vaquas (indiki Qozlu), Kotavan (indiki Qozlukörpü), Verin Oratağ (indiki Yuxarı Oratağ), Arutunaqomer (indiki Qızılqaya), Qoçoqot (indiki Yayıcı), Poqosaqomer (indiki Dəvədaşı), Drombon (indiki Heyvalı), Çıldıran, Mehmana, Araçadzor (indiki Dovşanlı), Hayad, Tomaqahoğ (indiki Bazarkənd), Şahmasur (indiki Şahmansurlu), Vənkli (indiki Vəngli), Qarnakar (indiki Çormanlı), İmarət Qərvənd, Zardaxaç, Çapar, Aterk (indiki Həsənriz), Nareştar (indiki Narınclar), Damğalı, Kolatağ kəndləri və onlara məxsus torpaq sahələri Kəlbəcər rayonunun; Ağdərə şəhəri, Umudlu, Zəylik, Metsşen (Ulu Qarabəy), Möhrətağ (Kiçik Qarabəy), Ağabəyələnc (Ağabəyyalı), Mağavuz (Çardaqlı), Akop Kamari (Lüləsaz), Minqrelsk (Meqrelalay), Nerkin Oratağ (Aşağı Oratağ), Qasapet, Canyataq, Dəmirli, Gülyataq, kəndləri və onlara məxsus torpaq sahələri Tərtər rayonunun inzibati tərkibinə verilmişdir.

2020-ci ilin oktyabrın 3-də Suqovuşan, Talış, oktyabrın 9-da Çaylı kəndi işğaldan azad edilmişdir. 19–20 sentyabr 2023-cü il tarixlərində Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin anti-terror tədbirləri nəticəsində Ağdərə şəhəri və digər məntəqələr Azərbaycan nəzarətinə qayıtmışdır. Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev oktyabrın 15-də Ağdərə şəhərində Azərbaycan Respublikasının Dövlət Bayrağını ucaldıb.

2023-cü ildə Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisinə Ağdərə rayonunun yaradılması ilə bağlı qanun layihəsi daxil olmuşdur. Layihəyə əsasən, rayonun ərazisi Kəlbəcər, Tərtər və Ağdam rayonlarının ərazisindən təşkil edilir. 5 dekabr 2023-cü il tarixli Azərbaycan Respublikasının Ağdərə rayonunun yaradılması haqqında Azərbaycan Respublikasının Qanunu № 1043-VIQ ilə Ağdam, Kəlbəcər və Tərtər rayonlarının inzibati ərazi bölgüsündə qismən dəyişikliklər edilərək mərkəzi Ağdərə şəhəri olmaqla Ağdərə rayonu yaradılması və Azərbaycan Respublikasının ərazi vahidlərinin Dövlət reyestrinə daxil edilməsiməsinə dair Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisi qərara alır, və qərar görə Ağdam rayonunun Baş Güneypəyə kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Baş Güneypəyə kəndi, Xatınbəyli kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Xatınbəyli kəndi, Məlikli kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Məlikli və Qazançı kəndləri, Orta Güneypəyə kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Orta Güneypəyə kəndi, Sırxavənd kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Sırxavənd, Ballıqaya, Bəşirlər və Qaraşlar kəndləri, Yeni Qaralar kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Yeni Qaralar kəndi; Kəlbəcər rayonunun Çərəktar kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Çərəktar kəndi, Çıldıran kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Çıldıran, Dəvədaşı və Mehmana kəndləri, Dovşanlı kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Dovşanlı, Bazarkənd və Hayad kəndləri, Heyvalı kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Heyvalı və Yayıcı kəndləri, Həsənriz kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Həsənriz kəndi, İmarət Qərvənd kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki İmarət Qərvənd, Çapar və Zardaxaç kəndləri, Kolatağ kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Kolatağ və Damğalı kəndləri, Qızılqaya kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Qızılqaya və Yuxarı Oratağ kəndləri, Qozlu kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Qozlu kəndi, Qozlukörpü kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Qozlukörpü kəndi, Narınclar kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Narınclar kəndi, Vəngli kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Vəngli, Çormanlı və Şahmansurlu kəndləri; Tərtər rayonunun Ağdərə şəhər inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Ağdərə şəhəri, Ağabəyyalı kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Ağabəyyalı kəndi, Canyataq kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Canyataq və Gülyataq kəndləri, Çardaqlı kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Çardaqlı, Lüləsaz və Meqrelalay kəndləri, Çaylı kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Çaylı, Suqovuşan və Təpəkənd kəndləri, Həsənqaya kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Həsənqaya, Çiləbürt, Göyarx və Maralyansarov kəndləri, Kiçik Qarabəy kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Kiçik Qarabəy kəndi, Qızıloba kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Qızıloba, Seysulan və Yarımca kəndləri, Aşağı Oratağ kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Aşağı Oratağ, Qasapet və Dəmirli kəndləri, Şıxarx qəsəbə inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Şıxarx qəsəbəsi, Talış kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Talış kəndi, Ulu Qarabəy kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Ulu Qarabəy kəndi, Umudlu kənd inzibati ərazi dairəsi tərkibindəki Umudlu və Zəylik kəndləri Ağdərə rayonunun inzibati ərazi bölgüsünə ərazi vahidləri daxil edilir.

• Fəxrəddin Haqverdiyev (6 iyul 1992 – 19 oktyabr 1992)

1989-cu ildə SSRİ tərəfindən aparılmış son əhalinin siyahıya alınmasına əsasən rayonun 14 kəndində 14 min azərbaycanlı əhali yaşayırdı.

İşğala qədər azərbaycanlılar Ağdərənin əsasən 14 kəndində — Sırxavənd, Bəşirlər, Qaraşlar, Qaralar, Baş Güneypəyə, Orta Güneypəyə, Xatınbəyli, Maniklu, , Narınclar, Çərəktar, İmarət-Qərvənd, Umudlu, Yeni Qaralar kəndlərində və Gəncxana sovxoz qəsəbəsində yaşayıb.

Dövlət Statistika Komitəsinin məlumatlarına görə 2024-cü il aprel ayının 1-nə olan göstəricilərə əsasən, Ağdərə rayonunda 12 min 100 nəfər qeydiyyatdadır.

Səthi əsasən dağlıq, şərq hissəsi isə düzənliklərdən ibarətdir. Faydalı qazıntıları – Mehmana polimetal yatağı, əhəngdaşı və gipsdən ibarətdir. Mehmana yatağının filizlərinin tərkibində sink, qurğuşun və digər qiymətli metallar var (Asan saflaşır, sənaye əhəmiyyətlidir). Əsas çayları Tərtər çayı və Xaçınçaydır. Tərtər çayı üzərində 1976-cı ildə Sərsəng su qovşağı yaradılmışdır. Tərtər kompleksi həm elektrik enerjisi almaq, həm də suvarma məqsədilə qurulmuşdu. Anbarda suyun həcmi 560 min kub metr, ildə 125 milyon kilovat/saat elektrik enerjisi verirdi və düzən Qarabağın və dağətəyi zonanın 120 min hektar torpaq sahəsinin suvarılması onunla təmin edilirdi. İşğaldan əvvəl 78 min hektar əkin sahəsi suvarılırdı. Rayon ərazisinin 75,59 min hektarını və yaxud 44 faizini meşələr tuturdu.

Ağdərə Dağlıq Qarabağın mühüm kənd təsərrüfatı rayonlarından idi. İqtisadiyyatında üzümçülük, taxılçılıq, tütünçülük və heyvandarlıq əsas yer tuturdu (1988-ci il). Kənd təsərrüfatına yararlı torpaqlar 53324 hektar idi. Bunun 21189 hektarı əkin yeri, 5931 hektarı çoxillik bitkilər, 1892 hektarı biçənək, 22863 hektarı örüş idi. Suvarılan torpaqlar 15 min hektar idi. Əkin sahəsinin 9,7 min hektarı dənli-paxlalı bitkilər (buğda, arpa, qarğıdalı) və kartof, 11,3 min hektarı yem bitkiləri əkinləri idi. Rayonda üzümlüklər 3,4 min hektar sahəni tuturdu. Tərtər çayı dərəsi boyunca Azərbaycanın yuxarı və aşağı Qarabağını birləşdirən karvan və avtomobil yolları var idi.

Rayon Goranboy, Tərtər, Ağdam, Xocalı, Kəlbəcər rayonları ilə həmsərhəddir.

• 1 yanvar 1977-ci il tarixinə rayon ərazisində 24 Sovetlikdə (2 qəsəbə Sovetliyi, 22 kənd Sovetliyi) 3-ü qəsəbə və 57-i kənd olmaqla 60 yaşayış məntəqəsi mövcud olmuşdur:

• 1. Mardakert qəsəbə Sovetliyi (Mardakert qəsəbəsi, Karmiravan kəndi)
• 2. Leninavan qəsəbə Sovetliyi (Leninavan qəsəbəsi, Levonarx kəndi, Həsənqaya kəndi, Maralyansarov kəndi)
• 3. Araçadzor kənd Sovetliyi (Araçadzor kəndi, Tomaqahoğ kəndi, Hayad kəndi)
• 4. Arutyunaqomer kənd Sovetliyi (Arutyunaqomer kəndi, Verin Oratağ kəndi)
• 5. Aterk kənd Sovetliyi (Aterk kəndi)
• 6. Vaqaus kənd Sovetliyi (Vaqaus kəndi)
• 7. Vəngli kənd Sovetliyi (Vəngli kəndi, Şahmasur kəndi, Qarnakar kəndi)
• 8. Verin Çaylı kənd Sovetliyi (Verin Çaylı kəndi, Nerkin Çaylı kəndi, Dostagir kəndi, Suqovuşan kəndi, Tonaşen kəndi)
• 9. Canyataq kənd Sovetliyi (Canyataq kəndi, Gülyataq kəndi, Maniklu kəndi, Xatınbəyli kəndi)
• 10. Drmbon kənd Sovetliyi (Drmbon kəndi, Qoçoqot kəndi)
• 11. İmarət Qərvənd kənd Sovetliyi (İmarət Qərvənd kəndi, Zardaxaç kəndi, Çapar kəndi, Getavan kəndi)
• 12. Qazançı kənd Sovetliyi (Qazançı kəndi)
• 13. Kolatağ kənd Sovetliyi (Kolatağ kəndi, Damğalı kəndi)
• 14. Mağavuz kənd Sovetliyi (Mağavuz kəndi, Akop Kamari kəndi, Minqrelsk kəndi, Cerabert kəndi)
• 15. Metsşen kənd Sovetliyi (Metsşen kəndi)
• 16. Möhrətağ kənd Sovetliyi (Möhrətağ kəndi, Ağabəyələnc kəndi)
• 17. Nareştar kənd Sovetliyi (Nareştar kəndi)
• 18. Nerkin Oratağ kənd Sovetliyi (Nerkin Oratağ kəndi, Qasapet kəndi, Dəmirli kəndi)
• 19. Seysulan kənd Sovetliyi (Seysulan kəndi, Yarımca kəndi)
• 20. Sırxavənd kənd Sovetliyi (Sırxavənd kəndi, Kiçan kəndi)
• 21. Talış kənd Sovetliyi (Talış kəndi)
• 22. Umudlu kənd Sovetliyi (Umudlu kəndi, Zəylik kəndi)
• 23. Çərəktar kənd Sovetliyi (Çərəktar kəndi)
• 24. Çıldıran kənd Sovetliyi (Çıldıran kəndi, Mehmana kəndi, Poqosaqomer kəndi)

Memarlıq abidələrindən Vəngli kəndindəki məşhur Gəncəsər alban məbədi, Xanabert qalası, Herabert qəsəbəsində Hermuk qalası, kilsə, Kolatağ kəndində müqəddəs İako məbədi (635-ci il) var idi. Talış kəndi yaxınlığında, Urek məbədi (XII əsr), Tərtər çayının yuxan axarında məbəd (XIII əsr), Qasapert kəndində Hatəm Məlik qalası, Madagiz kəndində Yegiş Arakel məbədi (XII əsr) və qədim körpülər dağıdılıb. (Oradakı Qafqaz alban dinastiyaları və katolikoslarının son istinadgahı olan məşhur Gəncəsar məbədinin əsası 1240-cı ildə Həsən Cəlal tərəfındən qoyulmuşdur. Sonuncu Gəncəsar alban məbədi 1837-ci ildən erməni katolikosluğuna tabe edilmişdir).

İşğal edilmiş ərazidə 8036 hektar sanitariya-gigiyena və sağlamlaşdırma funksiyalı meşələr mövcud idi ki, bunun 628 hektarı şəhərətrafı yaşıllıq zonası, 7408 hektarı isə su təchizatı mənbələrinin sanitar mühafızə zonalarına aid meşələr idi. Rayonda 75059 hektar meşə sahələri var idi ki, bu da ərazinin 44%-ni təşkil edirdi. Ağdərə rayonunda, Tərtər çayı vadisində Şərq çinarı meşəliyi xüsusi olaraq qorunurdu. Ağdərə rayonunda zəngin faydalı qazıntı yataqları var idi: Qızılbulaq qazıntı yatağında 13,6 ton vahid sənaye ehtiyatı olan qızıl və 47,9 milyon ton mis, Mehmana yatağında sənaye ehtiyatları 37,3 milyon ton olan qurğuşun, 40,4 milyon ton olan sink, 100 milyon ton olan Dəmirli mis yatağı, Canyataq-Gülyataq qızıl yatağı vardı. Sənaye ehtiyatları 38080 min kub metr olan Ağdərə, 6423 min kub metr olan Şorbulaq-I, 2129 min kub metr olan Şorbulaq – II mişar daşı yatağı, 200 min kub metr olan Ağdərə gəc yatağı düşmənlərə qaldı.

Onu da qeyd edək ki, işğal olunmuş ərazilərimizin qızıl yataqları bir qayda olaraq ABŞ-nin, Kanadanın, İsveçrənin, Fransanın iş adamları tərəfindən talan olunur. Ağdərənin Mehmana mis yatağı Türkiyəli iş adamı Mehmət Abdullaoğluna satılıb. 2004-cü ildən türk iş adamı Mehmana ərazisindən mis çıxarmaqla məşğuldur. Maraqlıdır ki, ərazidən çıxarılan mis Rusiya Federasiyasındakı Almaniyadan olan iş adamına satılır. 2005-ci ilin mart ayından iş adamı M. Abdullaoğlu ərazidəki digər mis və qurğuşun yataqlarını da satın alıb.

80-ci illərin sonlarında, Dağlıq Qarabağda erməni separatizminin aktiv fazaya keçməsi ərəfəsində rayonun ərazisində zəngin daş kömür yataqlarının da olduğu aşkarlanmışdı. 2011-ci ildə isə Ermənistanın Azərbaycanın işğal altındakı ərazilərində yeraltı təbii sərvətlərin talan edilməsinə dair daha bir planı açıqlanıb. Düşmən ölkənin Energetika və Təbii Ehtiyatlar naziri Ermənistan İctimai Televiziyasına verdiyi müsahibədə bildirib ki, Ağdərə rayonundakı daş kömür yataqlarında ehtiyatların həcmini araşdırmaq üçün tədqiqat işləri gedir. Onun sözlərinə görə, işlərin hələ başa çatmamasına və bir neçə il davam edəcəyinə baxmayaraq artıq indidən aydındır ki, Dağlıq Qarabağda daş kömür ehtiyatları İrəvan İstilik Elektrik Stansiyasının köhnə enerji blokunu yenidən işə salmaq üçün yetərlidir.

• Составители: Мельников С. А., Ибрагимов Ч. Г.: Азербайджанская ССР. Административно-территориальное деление на 1 января 1977 года/ редколлегия: Исаев А. М., Будагов Б. А., Гейбуллаев Г. А.. — 4-е издание. — Баку: Азернешр, 1979. , , ,

• Ağdərə toqquşması (2008)