Şəhərin adının mənşəyi ilə bağlı bir neçə nəzəriyyə var. Versiyalardan birinə görə, şəhər ilkin olaraq qədim türkcə "çayların yuxarı axarında qala" (kevli – "çayın yuxarı axarları", çər – "qala") mənasını verən "Kevliçer" adlanırdı.

XVIII əsrin ortalarında Kəlbəcər Qarabağ xanlığının tərkibində idi. XIX əsrin ortalarında ərazi kürdlər tərəfindən məskunlaşmışdır. tərəfindən lentə alınan bölgədən kürd xalq nağılları kürdlərin bölgəyə gəlişindən bəhs edir. Şəhər 7 iyul 1923-cü ildən 23 iyul 1930-cu ilə qədər Azərbaycan SSR-in Kürdüstan mahalı (sonralar Kürdüstan qəzası) tərkibində olmuşdur. 1930-cu ildə Azərbaycan SSR-in tərkibində 1936 km² ərazisi olan Kəlbəcər rayonu təşkil edilmiş, onun inzibati mərkəzi 1980-ci ildə şəhər statusu almış Kəlbəcər şəhəri olmuşdur.

Şəhər 3 aprel 1993-cü ildə, Birinci Qarabağ müharibəsinin sonuna yaxın Ermənistan Silahlı Qüvvələri zamanı işğal edilmişdir. Kəlbəcərin bütün azərbaycanlı və kürd əhalisi qovulmuşdur. Mülki sakinlər hələ də qarla örtülmüş dağların arasından qaçmağa məcbur olmuş, nəticədə yüzlərlə insanın donaraq həlak olmuşdur. "Human Rights Watch"ın hesabatında belə nəticəyə gəlinmişdir ki, Kəlbəcərə hücumu zamanı Ermənistan Silahlı Qüvvələri çoxsaylı müharibə qaydalarını pozmuşdur. Bunlara mülki əhalinin məcburi köçürülmüş, ayrı-seçkilik edilmədən atəş açılması və girov götürülüməsi daxildir. 1993-cü ilin aprelində Birləşmiş Millətlər Təşkilatının Təhlükəsizlik Şurası bütün işğalçı qüvvələrin Kəlbəcər rayonundan, o cümlədən Kəlbəcər şəhərindən çıxarılmasını tələb edən 822 saylı qətnaməni qəbul etmişdir.

2000-ci illərin əvvəllərindən başlayaraq, şəhərə yavaş-yavaş əslən Aşağı Ağcakənd və Gülüstan kəndlərindən olan etnik ermənilər köçürülmüşdür. Bu dövrdə infrastrukturun yenidən qurulmasına cəhd edilmişdir. Şəhərin yaxınlıqlarında onu Ermənistanla birləşdirən avtomobil yolu çəkilmişdir.

İkinci Qarabağ müharibəsinə son qoyan atəşkəs bəyanatının bir hissəsi olaraq, şəhər və ətraf rayon ilkin olaraq 2020-ci il noyabrın 15-dək Azərbaycanın nəzarətinə qaytarılmalı idi, lakin sonradan bu müddət 25 noyabr 2020-ci ilə qədər uzadılmışdır. Şəhər və rayon 25 noyabr 2020-ci ildə Azərbaycana qaytarılmışdır.

Şəhərin Azərbaycanın nəzarətinə verilməsinə hazırlıq məqsədilə Ermənistan Silahlı Qüvvələri və mülki əhali Kəlbəcər rayonunu tərk etməyə başlamışdı. Onlar bu müddətə qədər evləri, məktəbləri və meşələri yandırır, meyvə ağaclarını və elektrik xətlərini kəsirdilər.

Kəlbəcər Azərbaycanın nəzarətinə qaytarıldıqdan qısa müddət sonra Kəlbəcərə səfər edən "Amnesty International" təşkilatının böhran məsələləri üzrə müşaviri Donatella Roveranın sözlərinə görə, "27 illik işğal zamanı hər şey talan edilib – 1993-cü ildə qaçmağa məcbur olan azərbaycanlıların evlərində nə bir qapı, nə bir pəncərə, nə də bir dənə də olsun kirəmit qalıb". O, həmçinin Kəlbəcər qəbiristanlığında "1993-cü il erməni işğalından əvvəl burada basdırılmış azərbaycanlıların dağıdılmış məzarları"nı müşahidə etdiyini bildirmi.dir. Rovera əlavə etmişdir: "Bəzi qəbirlər, görünür, 27 illik işğaldan sonra keçən həftə ərazini tərk edən ermənilər tərəfindən təzəcə dağıdılıb".

16 avqust 2021-ci ildə Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev şəhərə gələrək Azərbaycan bayrağını şəhərdə dalğalandırmışdır. Həmin ilin sentyabrında Kəlbəcərdə hərbi prokurorluğun binası, o cümlədən çörək sexi istifadəyə verilmişdir. 26 iyun 2022-ci ildə Kəlbəcərdə İstisu mineral su zavodunun təməli qoyulmuşdur.

• Kəlbəcər rayonu haqqında olan bu məqalə bu məqalə qaralama halındadır. Məqaləni redaktə edərək Vikipediyanı zənginləşdirin.