Başkəndin əsası 1845-ci ildə qoyulmuşdur. İlk adı Başkənd olan kəndin adı 1890-cı ildə dəyişdirilərək Arsvaşen adlandırılmışdır. Sovet dövründə Başkənd Ermənistanın Azərbaycan–Ermənistan sərhədindən 18 kilometr (11 mil) aralıda yerləşən eksklavına çevrilmişdi. Təqribən 50 kv. metkilor (5,000 ha) ərazini əhatə edən kənddə 1991-ci ildə 3 minə yaxın erməni yaşayırdı.

1991-ci ilin mayında Ermənistan Daxili İşlər Nazirliyi Başkənd sakinlərinin Çaykənd əməliyyatı çərçivəsində hansısa bir əməliyyatın qarşısını almaq üçün silahlarını təhvil verməsi barədə məlumat yaymışdır. 1992-ci ilin yayında Azərbaycan qüvvələri Qarabağda böyükmiqyaslı əməliyyata başlamışdır. Goranboy əməliyyatı çərçivəsində Ağdərə işğaldan azad edilmiş, Azərbaycan keçmiş Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayəti ərazisinin təxminən 40%-nə nəzarəti bərpa etmişdir.ATƏT-in Minsk Qrupunun təklifi ilə Azərbaycan 9 iyul 1992-ci ildə 30 günlük atəşkəsə razı olmuş, lakin Ermənistandan cavab gəlməmişdir. 5 avqustda 60 günlük atəşkəs təklif edilmişdi. Ermənistan tərəfi bunu dərhal qəbul etsə də, Azərbaycandan cavab gəlməmişdir. Azərbaycanın ATƏT-in Minsk Qrupundakı nümayəndə heyətinin üzvü Nadir Mehdiyev münaqişəyə son qoymaq üçün bir sıra təkliflərlə çıxış etmişdi. 7–8 avqust tarixlərində Azərbaycan və Ermənistan prezidentlərinin şəxsi nümayəndələri Nadir Mehdiyev və David Şahnəzəryan Rusiya Xarici İşlər Nazirliyinin binasında görüşdülər. Növbəti gün saziş layihəsi təsdiq olunmaq üçün Bakı və İrəvana göndərilmişdi.

5 avqust 1992-ci ildə Çəmbərək və Başkənd ətrafında döyüşlər baş vermişdir. Növbəti gün Ermənistan Silahlı Qüvvələri Başkənd ilə əlaqə yaratmaq üçün Gədəbəy rayonunun Mutudərə və Qasımağalı kəndlərini işğal edir. Növbəti gün İsgəndər Aznaurovun artilleriya bölmələri və Eldar Salmanovun rəhbərlik etdiyi tankçılar bölüyü əraziyə cəlb olunur. Planlaşdırılan əməliyyatlara xüsusi təyinatlı qüvvələr də cəlb edilir.

Azərbaycanın hücum əməliyyatı 8 avqustda başlayır. Dilqəm Əliyevin komandanlığındakı qüvvələr Mutudərə və Qasımağalı kəndlərini işğaldan azad edir. Qalan azərbaycanlı qüvvələr Başkəndə doğru irəliləyir. Azərbaycan qüvvələri Ermənistan Daxili İşlər Nazirliyinin sərhəd alayının bölmələrini anklavdan qovaraq kəndi azad edir, lakin Ermənistan mənbələri yerli əhalinin təslim olaraq kəndi Azərbaycana təhvil verdiyini bildirir.

Azərbaycan mənbələri döyüş zamanı 300 erməni hərbçisinin öldürüldüyünü, bir neçə tankın məhv edildiyini bildirmişdir. Ermənistan mənbələri döyüş zamanı erməni tərəfindən ölüm halının olmadığını qeyd etmiş, lakin 29 nəfərin itkin düşdüyünü əlavə etmişdir. Kəndin erməni əhalisi məcburi olaraq Ermənistana köçmüş, əsasən Çəmbərəkə yerləşdirilmişdir. Başkənd erməniləri həmçinin, azərbaycanlı sakinlərinin qovulduğu Cıvıxlı kəndinə, o cümlədən Qubadlı və Zəngilan rayonlarına da köçmüşdür. Arsvaşenin adı dəyişdirilərək yenidən Başkənd adlandırılmışdır. 1992-ci ildən sonra kəndin sakinləri azərbaycanlılardan ibarətdir.

Ermənistan Prezidenti Levon Ter-Petrosyan 10 avqustdakı çıxışında Azərbaycanı Ermənistan Respublikası ilə elan olunmamış müharibəyə başlamaqda günahlandırmışdı. O, kömək üçün Müstəqil Dövlətlər Birliyinin digər üzvlərinə də müraciət etmişdi. Başkənd Dağlıq Qarabağ münaqişəsi zamanı xarici qüvvə tərəfindən ələ keçirilən eksklavlardan biridir. Azərbaycanın Kərki, Yuxarı Əskipara, Sofulu və Barxudarlı kəndləri Ermənistan Silahlı Qüvvələri tərəfindən işğal edilmişdir.

Bu məsələ İkinci Qarabağ müharibəsindən sonra gündəmə gəlmiş, yeni mübahisələrə səbəb olmuşdur. 2021-ci ildə keçirilən seçkilər zamanı Ermənistanın baş naziri Nikol Paşinyan Başkəndin Azərbaycanın işğal altında olan eksklavları ilə dəyişdirilməli olduğunu bildirmişdi.