Kənd 1897-ci illərdə yaradılmışdır. Mutudərə Yaşayış məntəqəsinin əsasını 1895–1897-ci illərdə Gədəbəy rayonunun Düz Rəsullu və Gərməşöylü kəndlərindən köçmüş Sərdarlı və Nəbilər nəslinin nümayəndələri geniş ərazisi olan Qarağac yaylağında qoymuşlar. Mutudərədə ilk olaraq "Sərdarlı" nəslindən — Sərdarlı-Məcid, Sərdarlı-Mirzə, Sərdarlı-Müseyib, Məmmədli-Mehdi, Məmmədli-Həmid, "Nəbilər" nəslindən — Göyüş və Kalveyi Əsgərli-Cəlil, İsauşaqlaindan-Zeynalabdın məskunlaşmışlar. Mutudərə Qarağac yaylağının, Qonaqgörməz adlanan köç yerinin qarşı tərəfində yerləşən Kəmərqaya və Yurdlar dağlarından axan Axınca çayının Təndirli-Gürnəc qolunun mənbəyində yerləşir. Bu ərazilər 1650–1700-cü illərdən Sərdarlı nəslinin əsasını qoyan birinci Sərdarın qardaşı Rəhmın nəvəsi olmuş Qara Rəhimin və eləcə də İsalı camaatının yaylaq yeri olmuşdur.

1992-ci ilin 6 avqust tarixdə Ermənistan silahlı qüvvələrinin hücumu nəticəsində Mutudərə kəndi işğal olunaraq yandırılmışdır. Lakin Azərbaycanın Milli ordusunun mərd və mübariz əsgərləri 8 avqust 1992-ci il tarixdə erməni quldurlarını Mutudərə kəndindən və Şınıx bölgəsinin işğal olunmuş hissəsindən təmizlədilər və kəndi yenidən bərpa etdilər

Qarabağ müharibəsi başlayandan sonra ermənilər Mutudərənin ətrafını güclü istehkama çevirmişdilər və kəndin ətrafındakı yüksəkliklərdən Gədəbəyin kəndlərinə daim təhlükə yaradır, dinc əhaliyə qarşı silahlı hücumlar edirdilər. Qanlı hadisələrdən biri 1990-cı il yanvarın 30-da törədildi, erməni yaraqlıları Başkənddən keçib Şınıx tərəfə gedən yolun Mutudərəyə yaxın hissəsində 6 azərbaycanlını qətlə yetirdilər. 1992-ci ilin yay aylarında Erməni silahlı qüvvələri 1991-ci ilin noyabırından başlamış və 1992-ci ilin mayında Şuşa və Laçının işğalı, keçmiş DQMV-ni Ermənistanla quru yolla birləşdirməklə bitmiş planlı işğallarının davamını, Gədəbəy- Gəncə istiqamətində ki, ərazilərin işğalı ilə planlaşdırmışdılar. Bu baxımdan Mutudərə olduqca mühüm strateji yer olduğundan ermənilər buranı işğal etmək istəyirdilər. 1992-ci il avqustun əvvəlində vəziyyət daha da gərginləşdi. Ermənistan hərbi birləşmələri avqustun 5-də Mutudərəni ələ keçirmək üçün hücuma keçdilər. Ermənilər bu istiqamətdə minə yaxın canlı qüvvə, 4 tank, 14 zirehli maşın və digər texnika yeritmişdilər. İlk zərbəni baş leytenant Məzahir Rüstəmovun dəstəsi öz üzərinə götürdü. Məzahir öz cəsur döyüşçüləri ilə kəndin müdafiəsinə qalxır. Onlar dinc əhalinin kənddən çıxmasına şərait yaradırlar. Məzahir son nəfəsinə qədər döyüşür, ümid etdiyi əlavə kömək isə gəlib çatmır. Bu döyüşdə Məzahir Rüstəmov qəhrəmancasına həlak olur; düşmən əlinə diri-diri düşməsin deyə, axırıncı qumbarası ilə özünü partladır. Son nəfəsinəcən vuruşan komandir Məzahir Rüstəmov Mutudərədə böyük faciənin qarşısını ala bilir. Göstərdiyi qəhrəmanlığa və igidliyə görə Rüstəmov Məzahir İzzət oğlu ölümündən sonra Azərbaycan Respublikası prezidentinin 5 fevral 1993-cü il tarixli 457 saylı fərmanı ilə "Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı" adına layiq görülmüşdür. 1992-ci ilin 6 avqust tarixdə Ermənistan silahlı qüvvələrinin hücumu nəticəsində Mutudərə kəndi işğal olunaraq tam yandırılmışdır.

Azərbaycanın Milli ordusunun mərd və mübariz əsgərləri 8 avqust 1992-ci il tarixdədə Mutudərənin işğaldan azad olunması istiqamətində hücum başladı. Düşmənin ciddi müqavimətinə baxmayaraq axşama yaxın Mutudərə azad edildi, düşmənin 200-dən çox canlı qüvvəsi, 4 topu,3 tankı, 1 BMP və və digər texnikası məhv edildi. Mutudərəni yenidən tutmaq üçün erməni terror-quldur birləşmələri bir neçə uğursuz cəhd etdi, lakin itkilər verərək geri çəkilməli oldular. Hal hazırda Mutudərə kəndi yenidən qurularaq bərpa olunub və Milli ordumuzun nəzarətində və dinc əhalinin istifadəsindədir.

Şahdağ silsiləsinin ətəyindədir. Kəndin ağsaqqallarının ata-babalarından eşitdiklərinə görə Mutu dərə sözünün mənası motmotu sözündən yaranıb. Kənd salındığı ərazidə əvvəllər çox miqdarda motumotu meyvəsi olduğuna görə kəndin adı da Motu dərə kimi qalıb. Yerli tələffüz forması hal-hazırda Mutudərədir. 2-ci bir variantda Mutu qədim türk dilində və indiki Qaqavuz türk dilində səssiz mənasındadır. Bu ehtimala baxsaq Mutudərə — Səssiz dərə mənasını verə bilir. Qədim yerləri: Badyabulaq, Aralıq, Təndirli, Yurdlar, Armudun boynu, Nərgiz yurdu, Koroğlu mağarası, Nalbənd, Ərdağının ətəyindəki qədim qəbiristanlıq, Camışölən, Ər dağı, Rəhimlidüşən, Daşçıxan, Mehdibiçən, Məşhur bulaqları:Badyabulaq, Dəllək bulağı, Beşbulaq, Qurdlu bulaq, Koroğlu bulağı, Əşrəf bulağı, Cəlil bulağı, Xanım bulağı, Zeynəb bulağı, Lala bulagı.

2009-cu ilin siyahıyaalınmasına əsasən kənddə 130 nəfər əhali yaşayır.

Əhalinin əsas məşğuliyyətini kənd təsərrüfatı-əkinçilik, maldarlıq və heyvandarlıq təşkil edir.

• Alınmaz qalanın qəhrəmanları (film, 2013)

Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı