Azərbaycan tarixinin kompleks şəkildə araşdırılmasına və tarixi tədqiqatların məqsədyönlü surətdə təşkilatlandırılması işinə hələ 1923-cü ildə Azərbaycanı Tədqiq və Tətəbbö Cəmiyyətinin yaradılması ilə başlanılmışdır. Bununla, əslində, Azərbaycan tarixi problemlərinin elmi surətdə araşdırılması və ümumiləşdirilməsi işini həyata keçirə biləcək akademik elmi-tədqiqat institutunun – bugünkü Abbasqulu Ağa Bakıxanov adına Tarix və Etnologiya İnstitutunun özülü qoyulmuşdur.

Elmi-tədqiqat işlərinin xeyli genişlənməsi nəticəsində 1929-cu ildə həmin cəmiyyətin bazasında yaradılan Azərbaycan Dövlət Elmi Tədqiqat İnstitutunun tərkibində Tarix və Etnoqrafiya şöbəsi yaradılmışdır. 1932-ci ildə həmin İnstitut SSRİ Elmlər Akademiyası Zaqafqaziya Filialının Azərbaycan Sektorunun tərkibinə daxil edilmişdir. 1935-ci ildə bu sektorun bazasında SSRİ Elmlər Akademiyasının Azərbaycan Filialı nəzdində müstəqil Tarix, Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutu yaradılması barədə qərar qəbul olunmuşdur. İnstitut 1936-cı ildən fəaliyyətə başlamışdır. SSRİ Elmlər Akademiyası Azərbaycan Filialı tərkibində Tarix İnstitutu ayrıca bir elmi-tədqiqat müəssisəsi kimi 1940-cı ildən fəaliyyətə başlamışdır. 1945-ci ildə Azərbaycan SSR EA təşkil olunarkən Tarix İnstitutu müstəqil elmi müəssisə kimi onun tərkibinə daxil edilmişdir. Sonradan 1951-ci ildə Tarix İnstitutu Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyası Tarix və Fəlsəfə İnstitutuna çevrilmiş və 1956-cı ildə Azərbaycan EA Rəyasət Heyəti yanında Fəlsəfə sektoru yaradıldıqdan sonra yenidən əvvəlki adı ilə müstəqil institut kimi fəaliyyət göstərməyə başlamışdır. 1974-cü ildə Tarix İnstitutunun müvafiq şöbələri əsasında institutun nəzdində Arxeologiya və Etnoqrafiya Sektoru yaradılmış, 1993-cü ildən isə həmin Sektor Azərbaycan EA tərkibində müstəqil Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutuna (indiki Arxeologiya və Antropologiya İnstitutu) çevrilmişdir. 2024-cü ildə Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərarı ilə Abbasqulu Ağa Bakıxanov adına Tarix İnstitutu Abbasqulu Ağa Bakıxanov adına Tarix və Etnologiya İnstitutu adlandırılmışdır.

28 yanvar 2021-ci ildən etibarən AMEA A. A. Bakıxanov adına Tarix və Etnologiya İnstitutunun direktoru tarix elmləri doktoru, professor Kərim Şükürovdur.

• İvan İvanoviç Meşaninov (1936–1937)
• Artur Rudolfoviç Ziffeld-Simumyaqi (8 may 1937 – 1 iyun 1937)
• Əhməd Əli oğlu Əhmədov (1 iyun 1937 – 11 iyul 1937)
• İdris Məşədi Zaman oğlu Həsənov (19 iyul 1937 – 17 fevral 1938)
• Aleksey Alekseyeviç Klimov (17 fevral 1938 – 1 yanvar 1939; direktor vəzifəsini icra edib)
• Yakov Dmitriyeviç Kozin (9 yanvar 1940 – 28 oktyabr 1940)
• Aleksey Alekseyeviç Klimov (29 oktyabr 1940 – 10 aprel 1941)
• İsmayıl Abbas oğlu Hüseynov (10 aprel 1941 – 25 fevral 1944)
• Əbdülkərim Əli oğlu Əlizadə (25 fevral 1944 – 16 iyun 1950)
• Məmmədəli Xəlil oğlu Şərifli (16 iyun 1950 – 16 fevral 1951; direktor vəzifəsini icra edib)
• Vitali Yunus oğlu Səmədov (16 fevral 1951 – 14 iyun 1952)
• Məmməd Salman oğlu İskəndərov (14 iyun 1952 – 5 may 1953)
• Əliövsət Nəcəfqulu oğlu Quliyev (5 may 1953 – 16 yanvar 1958)
• İsmayıl Abbas oğlu Hüseynov (17 yanvar 1958 – 12 noyabr 1960)
• Zülfəli İmaməli oğlu İbrahimov (12 noyabr 1960 – 6 iyun 1967)
• Əliövsət Nəcəfqulu oğlu Quliyev (6 iyun 1967 – 6 noyabr 1969)
• Əlisöhbət Sumbat oğlu Sumbatzadə (16 aprel 1970 – 24 mart 1972; direktor vəzifəsini icra edib)
• Cəmil Bahadur oğlu Quliyev (27 mart 1972 – 17 yanvar 1978)
• İqrar Həbib oğlu Əliyev (17 yanvar 1978 – 11 iyun 2004)
• Yaqub Mikayıl oğlu Mahmudov (13 sentyabr 2004 – 22 yanvar 2021)
• Kərim Kərəm oğlu Şükürov (28 yanvar 2021-ci ildən)

• Sergey Karpov
• Dərya Örs
• Quram Marxuliya
• Rudolf İvanov
• Seyit Sertçelik
• Xəlil İnalcık
• Yusuf Halaçoğlu
• İlbər Ortaylı
• İsmayıl Seragəldin
• Şuxrat Salamov
• Mehmet Saray
• Rauf Munçayev
• İqor Viktoroviç

Tarix və Etnologiya İnstitutunun əsas fəaliyyət istiqaməti "Azərbaycan tarixinin ümumi konsepsiyası"dır. Bu konsepsiya 4 problem və 26 mövzunu əhatə edir.

"Azərbaycan tarixinin ümumi konsepsiyası"nın əhatə etdiyi problemlər:

• Azərbaycan tarixi üzrə ümumiləşdirici tədqiqatlar;
• Tarixşünaslıq və mənbəşünaslıq;
• Azərbaycanın siyasi tarixi;
• Azərbaycanın sosial-iqtisadi tarixi.

AMEA A. A. Bakıxanov adına Tarix və Etnologiya İnstitutunun strukturuna rəhbərlik, elmi-tədqiqat şöbələri və digər şöbələr daxildir.

• Direktor
• Elmi işlər üzrə direktor müavini
• Ümumi işlər üzrə direktor müavini
• Elmi katib

• "Əliyevşünaslıq" şöbəsi
• "Tarixin nəzəriyyəsi, mənbəşünaslıq və tarixşünaslıq" şöbəsi
• "Qədim tarix" şöbəsi
• "Azərbaycanın eramızdan əvvəl IV – eramızın VII əsrinin ortaları tarixi" şöbəsi
• "Azərbaycanın VII–XIV əsrlər tarixi" şöbəsi
• "Azərbaycanın XV–XVIII əsrlər tarixi" şöbəsi
• "Şimali Azərbaycanın XIX–XX əsrin əvvəlləri tarixi" şöbəsi
• "Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti tarixi" şöbəsi
• "Azərbaycanın Sovet dövrü tarixi" şöbəsi
• "Azərbaycan Respublikasının tarixi" şöbəsi
• "Qərbi Azərbaycan tarixi" şöbəsi
• "Azərbaycanın beynəlxalq əlaqələr tarixi" şöbəsi
• "Dünya tarixi" şöbəsi
• "Türk xalqlarının etnoqrafiyası" şöbəsi
• "Tarixi etnoqrafiya" şöbəsi
• "Müasir dövr etnoqrafiyası" şöbəsi

• Mühasibatlıq
• İnsan Resursları şöbəsi
• Təhsil şöbəsi
• Beynəlxalq əlaqələr şöbəsi
• İctimaiyyətlə əlaqələr şöbəsi
• Sənədlərlə iş şöbəsi
• Təchizat və xidmət şöbəsi
• Elmi informasiya və nəşriyyat işləri şöbəsi

1997–2003-cü illərdə Azərbaycan tarixinin müxtəlif problemlərini əks etdirən 50 monoqrafiya və kitab, 300-dən artıq məqalə çapdan çıxmışdır. Bunlardan ən mühümləri: "Azərbaycan tarixi" (7 cilddə), "XX əsrin əvvəllərində Azərbaycanın siyasi partiyaları (1900–1917-ci illər)" (rus dilində), "Azərbaycan Xalq Cumhuriyyəti" (Azərbaycan və rus dillərində), "Türklərə qarşı erməni terrorizmi" (ingilis dilində), "Azərbaycan Respublikası. Əsrə bərabər on il (1991–2001)", "Bərdə şəhərinin tarixi (b.e.ə. III əsr — b.e. XVIII əsri)", "Quba tarixi" və s.

2004–2019-cu illərdə isə 500-ə yaxın tədqiqat əsəri və sənəd toplusu nəşr olunmuşdur. Bunlardan ən mühümləri: "Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Ensiklopediyası" (2 cilddə), "Qarabağ: real tarix, faktlar, sənədlər" (7 dildə), "İrəvan xanlığı: Rusiya işğalı və ermənilərin Şimali Azərbaycan torpaqlarına köçürülməsi" (9 dildə), "Naxçıvan: tarixi və abidələri" (Azərbaycan və ingilis dillərində), ilk "Azərbaycan tarixi atlası", "Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin tarixi Böyük Britaniyanın arxiv sənədlərində" (ingilis və rus dillərində), "Azərbaycan xalqına qarşı 1918-ci il mart soyqırımı" (3 cilddə), "İrəvan əyalətinin müfəssəl dəftəri", "İrəvan əyalətinin icmal dəftəri", böyük Azərbaycan tarixçisi İsgəndər bəy Münşinin "Tarixe-aləmaraye-Abbasi" ("Dünyanı bəzəyən Abbasın tarixi") əsərinin Azərbaycan dilinə tərcüməsi, "Azərbaycan Respublikasının tarixi" (2 cilddə), "Quzey və Güney Azərbaycan türklərinin tarixi", "Real tarix və "böyük Ermənistan" uydurması" (11 dildə), "Ermənilərin Azərbaycan torpaqlarında törətdikləri əməllər barədə tarixi həqiqətlər" (ingilis və rus dillərində), "Azərbaycan SSR ermənilərin ekspansionist planlarında (XX əsrin 20-ci illəri)" (rus dilində) və s.

• Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası

• 2020-04-05 at the Wayback Machine
• 2018-07-17 at the Wayback Machine