Yaqub Mahmudov 1939-cu il fevralın 10-da Şəki rayonunun Baş Göynük kəndində anadan olub. 1962-ci ildə Azərbaycan Dövlət Universitetinin (indiki Bakı Dövlət Universiteti) Tarix fakültəsini fərqlənmə diplomu ilə bitirib. 1966-cı ildə "Ağqoyunlu dövlətinin Venesiya ilə qarşılıqlı əlaqələri (XV əsrin 60–70-ci illəri)" mövzusunda namizədlik dissertasiyası, 1989-cu ildə isə M. V. Lomonosov adına Moskva Dövlət Universiteti Tarix fakültəsinin Elmi Şurasında "Ağqoyunlu və Səfəvi dövlətlərinin Qərbi Avropa ölkələri ilə qarşılıqlı əlaqələri (XV əsrin II yarısı – XVII əsrin əvvəlləri)" mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə edib.

O, 1966–1975-ci illərdə Azərbaycan Ensiklopediyasında elmi redaktor, böyük elmi redaktor, redaksiya müdiri, elmi işlər üzrə baş redaktor müavini, 1968–1981-ci illərdə Azərbaycan Dövlət Pedaqoji İnstitutunda (indiki ADPU) baş müəllim, dosent və 1981–2004-cü illərdə isə BDU-nun Tarix fakültəsində dosent, kafedra müdiri, dekan müavini və dekan işləyib.

1986–1990-cı illərdə onun təşəbbüsü ilə Respublika Tarix Liseyi yaradılıb, Tarix fakültəsində yeni ixtisaslar – "tarixçi‐arxivşünas", "tarixçi‐şərqşünas", "çinşünas", "tarixçi‐arxeoloq", "tarixçi‐etnoqraf", "beynəlxalq münasibətlər", "sosiologiya", "psixologiya", "etnopsixologiya", "etnososiologiya" və "sosial psixologiya" ixtisasları açılıb, "Azərbaycanın maddi‐mədəniyyət tarixi", "Dünya azərbaycanlıları: tarixi‐demoqrafiya" elmi‐tədqiqat laboratoriyaları, "Tarixi tədqiqatlarda elektron‐hesablama maşınları və riyazi üsulların tətbiqi" tədris laboratoriyası yaradılıb, qədim türk dili və folklorunun tədrisinə başlanılıb.

1991-ci ildən BDU-nun Tarix fakültəsinin Qədim dünya və orta əsrlər tarixi kafedrasının müdiridir və həmin kafedranın formalaşması onun adı ilə bağlıdır.

Yaqub Mahmudov Azərbaycan Respublikasının yeni təhsil sisteminin yaradılması işində, o cümlədən qəbul proqramlarının tərtibində və təkmilləşdirilməsində, test bankının yaradılmasında, fənlər üzrə metodiki vəsaitlərin hazırlanmasında fəal iştirak edib. 1991–1992‐ci illərdə Təhsil Konsepsiyası və Təhsil Qanununu hazırlayan ekspert‐işçi qrupuna rəhbərlik edib.

1992–1993-cü illərdə Azərbaycan Respublikasının Nazirlər Kabineti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının (indiki Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyası) sədr müavini və "Azərbaycan Ensiklopediyası" Nəşriyyat-Poliqrafiya Birliyinin baş direktoru vəzifələrində çalışıb.

O, 2004–2021-ci illərdə AMEA-nın Tarix İnstitutunun (indiki Tarix və Etnologiya İnstitutu) direktoru olub. 2007-ci ildə AMEA-nın müxbir üzvü, 2017-ci ildə isə AMEA-nın həqiqi üzvü seçilib. 1000-dən çox elmi əsərin müəllifidir. Diplomatiya tarixi, itirilmiş torpaqlar və soyqırımları tarixi istiqamətləri üzrə elmi məktəblər yaradıb. Onun elmi rəhbərliyi ilə 73 nəfər fəlsəfə və elmlər doktoru yetişib.

Yaqub Mahmudovun həmmüəllif və naşiri olduğu fundamental tədqiqatlar – "Qarabağ: real tarix, faktlar, sənədlər", "Naxçıvan: tarixi və abidələri" və "İrəvan xanlığı: Rusiya işğalı və ermənilərin Şimali Azərbaycan torpaqlarına köçürülməsi" kitabları Dövlət Mükafatına layiq görülüb. O, "Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Ensiklopediyası"nın (2 cilddə) baş redaktoru və Azərbaycan Milli Ensiklopediyası redaksiya heyətinin üzvüdür. 20 cildlik "Seçilmiş əsərləri" çapdan çıxıb. Əsərləri bir çox xarici ölkələrdə (Türkiyə, Pakistan, Rusiya, Böyük Britaniya, ABŞ, Qırğızıstan, Almaniya, Gürcüstan, Macarıstan, Rumıniya, Polşa, Ukrayna, İtaliya, Misir, Cənubi Koreya, İsveç və Meksika) nəşr olunub.

O, Yeni Azərbaycan Partiyası (YAP) Siyasi Şurasının üzvü olub və YAP‐ın I və III qurultaylarında çıxış edib. II, III, IV və V çağırış Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin deputatı seçilib. Prezident seçkilərində Heydər Əliyevin, sonra isə İlham Əliyevin vəkili olub və onların bir sıra rəsmi dövlət səfərlərində iştirak edib. YAP Veteranlar Şurasının üzvüdür.

Ulu Öndər Heydər Əliyev Yaqub Mahmudovun elmi fəaliyyətini yüksək qiymətləndirərək, onu Azərbaycanın "böyük alimi", "böyük tarixçisi" adlandırıb.

Evlidir, 3 övladı var.

• Azərbaycanın Avropa ölkələri ilə əlaqələri. Bakı: ADU, 1986.
• Взаимоотношения государств Аккоюнлу и Сефевидов с западноевропейскими странами (II половина XV – начало XVII века). Баку: Издательство Бакинского университета, 1991.
• Azərbaycan diplomatiyası: Ağqoyunlu və Səfəvi dövlətlərinin Avropa ölkələri ilə əlaqələri (XV–XVII yüzilliklər). Bakı: Azərbaycan Universiteti, 1996. (türk, ingilis, rus və italyan dillərində də nəşr olunub)
• Azərbaycan tarixində Heydər Əliyev şəxsiyyəti. Bakı: "Təhsil", 2002.
• Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Ensiklopediyası. 2 cilddə. Bakı: "Lider nəşriyyat", 2004–2005. (baş redaktor)
• Azərbaycan: qısa dövlətçilik tarixi. Bakı: "Təhsil", 2005. (rus, ingilis, urdu və ukrain dillərində də nəşr olunub)
• Qarabağ: real tarix, faktlar, sənədlər. Bakı: "Təhsil", 2005. (türk, rus, ingilis, ərəb, fransız və alman dillərində də nəşr olunub — həmmüəllif)
• Naxçıvan: tarixi və abidələri. Bakı: "Təhsil", 2007. (Azərbaycan və ingilis dillərində — həmmüəllif)
• Azərbaycan tarixi atlası. Bakı: Bakı Kartoqrafiya Fabriki, 2007. (baş redaktor)
• İrəvan xanlığı: Rusiya işğalı və ermənilərin Şimali Azərbaycan torpaqlarına köçürülməsi. Bakı: "Çaşıoğlu", 2009. (türk, ingilis, rus, rumın, italyan, ərəb, ispan və alman dillərində də nəşr olunub — baş redaktor, giriş məqaləsi və son sözün müəllifi)
• Heydər Əliyev ideyalarının zəfər yürüşü. Bakı: "Təhsil", 2011. (rus və ukrain dillərində də nəşr olunub)
• Şuşa‐Pənahabad. Bakı: "Təhsil", 2012. (layihə rəhbəri və ön sözün müəllifi)
• Heydər Əliyev. 2 cilddə. Bakı: Turxan NPB, 2013. (layihə rəhbəri, elmi redaktor, giriş məqaləsi və son sözün müəllifi)
• İlham Əliyev və Azərbaycan tarix elmi. Bakı: Turxan NPB, 2014.
• Real tarix və "böyük Ermənistan" uydurması. Bakı: Turxan NPB, 2014. (türk, rus, ingilis, gürcü, ərəb, fars, alman, ispan, fransız və ibri dillərində də nəşr olunub)
• Azərbaycan xalqının İrəvan və ətrafındakı torpaqlara tarixi varislik hüququ bərpa olunmalıdır. Bakı: Turxan NPB, 2015. (Azərbaycan, rus və ingilis dillərində)
• Azərbaycan Respublikasının tarixi. 2 cilddə. Bakı: Azərbaycan Tarixçiləri İctimai Birliyi, 2016. (layihə rəhbəri və elmi redaktor)
• Azərbaycan xalqına qarşı 1918‐ci il soyqırımları. Bakı: Azərbaycan Tarixçiləri İctimai Birliyi, 2016. (elmi redaktor və ön sözün müəllifi)
• Saxtakarların yalançı elmi, yaxud ermənisayağı "tarix". Bakı: Turxan NPB, 2019. (rus, ingilis və gürcü dillərində də nəşr olunub)
• Azərbaycan tarixi xəritələrdə. Atlas. Bakı: Azərbaycan Tarixçiləri İctimai Birliyi, 2022. (elmi redaktor, ön sözün müəllifi və naşir)

1. Xavər Əbdülrəhman qızı Qambayzadə. Səfəvi dövlətinin Qərbi Avropa ölkələri ilə qarşılıqlı əlaqələri (XVI əsrin sonu – XVII əsrin əvvəlləri). — 1991. — /namizədlik/

2. Rövşən Arif oğlu Muğanlinski. XV–XVI əsrlər Azərbaycan dövlətləri ingilis tarixşünaslığında. — 1997. — /namizədlik/

3. Yeganə Hafiz qızı Gözəlova. IX–XII əsrlərdə Azərbaycanın beynəlxalq ticarət əlaqələri (ərəb mənbələri əsasında). — 2000. — /namizədlik/

4. Yılmaz Hüseyn oğlu Polat. Alixan Törə Saquni və onun Şərqi Türküstanın azadlığı uğrunda mübarizəsi. — 2000. — /namizədlik/

5. Şirinbəy Hacıəli oğlu Əliyev. İngiloylar: tarixi-etnoqrafik tədqiqat. — 2001. — /namizədlik/

6. Elvira Məhəmməd qızı Lətifova. İlisu sultanlığı: tarixi-etnoqrafik tədqiqat. — 2001. — /namizədlik/

7. İbrahim Feyzulla oğlu Kazımov. Naxçıvan bölgəsinin tarixi-demoqrafik tədqiqi (1828–1920-ci illər). — 2003. — /namizədlik/

8. Zərinə Ələkbər qızı Cavadova. Şimal-Qərbi Azərbaycan: tarixi-demoqrafik tədqiqat. — 2004. — /namizədlik/

9. Rəhimə İltifat qızı Dadaşova. Səfəvi dövlətinin tarixi ingilisdilli tarixşünaslıqda (XVII əsrin sonlarından süqutunadək). — 2005. — /namizədlik/

10. Məleykə Cəmşid qızı Əlizadə. Azərbaycanda türk-müsəlman soyqırımını öyrənmək üçün mənbələr (1918–1920-ci illər). — 2005. — /namizədlik/

11. Məlahət İbrahim qızı Həsənova. Azərbaycanda gender siyasətinin həyata keçirilməsində dövlətin rolu. — 2005. — /namizədlik/

12. Füzuli Cahangir oğlu İsmayılov. Ermənistan-Azərbaycan, Dağlıq Qarabağ münaqişəsi və ABŞ-ın mövqeyi. — 2005. — /namizədlik/

13. Aynur Əlövsət qızı Bəşirova. Azərbaycan-ABŞ münasibətləri Amerika mətbuatında ("Nyu-York Tayms" qəzetinin materialları əsasında: 1991–2001-ci illər). — 2007. — /namizədlik/

14. Salman Ərzuman oğlu İbişov. Quba xanlığının əhalisi: tarixi-demoqrafik tədqiqat. — 2007. — /namizədlik/

15. Nuru Ələkbər oğlu Quliyev. Naxçıvan xanlığının əhalisi: tarixi-demoqrafik tədqiqat. — 2007. — /namizədlik/

16. Telli Vidadi qızı Axundova. Əhməd Rəsmi Əfəndinin "Xülasətül-etibar" əsəri XVIII əsr Türkiyə diplomatiyası tarixinə dair ilk mənbə kimi. — 2008. — /namizədlik/

17. Fəridə Qara qızı Namazova. Qəhrəmanlıq dastanlarımız tarixi mənbə kimi ("Kitabi-Dədə Qorqud" və "Koroğlu" dastanları əsasında). — 2008. — /namizədlik/

18. Ataxan Əvəz oğlu Paşayev. XIX–XX əsrlərdə ermənilərin azərbaycanlılara qarşı törətdikləri soyqırımları və deportasiyalar (arxiv sənəd və materialları əsasında). — 2008. — /doktorluq/

19. Hüseyn İsmayıl oğlu Yəzdi. Səfəvilər dövründə İran. — 2008. — /namizədlik/

20. Aygün Abbas qızı Abbasova. XVIII əsrdə Rusiyanın Cənubi Qafqaza qarşı işğalçılıq siyasətində dini-etnik amillər. — 2009. — /namizədlik/

21. Yunis Rza oğlu Hüseynov. "Qarabağnamələr" Azərbaycan tarixini öyrənmək üçün mənbə kimi. — 2009. — /namizədlik/

22. Almas Sabir qızı Cavadova. Azərbaycanın Osmanlı imperiyası ilə ipək ticarəti problemi müasir türk tarixşünaslığında (XV əsrin II yarısı – XVII əsrin əvvəlləri). — 2010. — /namizədlik/

23. Arzu Əşrəf qızı Məmmədova. Car-Balakən camaatlığı XVII əsrin sonları – XIX əsrin 30-cu illərində (tarixi-demoqrafik tədqiqat). — 2010. — /namizədlik/

24. Dilavər Mirzəkişi oğlu Əzimli. Azərbaycanın Qərbi Avropa ölkələri ilə ticarət əlaqələri və Türkiyə (XV əsrin II yarısı – XVII əsrin I yarısı). — 2010. — /namizədlik/

25. Mehriban Fəxrəddin qızı Əliyeva. XX əsrdə Azərbaycana qarşı erməni terrorizmi. — 2011. — /namizədlik/

26. Gülzar Tofiq qızı Novruzova. Rusiya Federasiyasında Azərbaycan diasporu: tarixi-demoqrafiya problemləri (1989–2002-ci illər). — 2011. — /namizədlik/

27. Zəhmət Əbülfət oğlu Şahverdiyev. XIX əsrdə və XX əsrin əvvəllərində Naxçıvanda siyasi vəziyyət, regionun sosial-iqtisadi və mədəni inkişafı. — 2011. — /doktorluq/

28. Tahirə Dadaş qızı Həsənzadə. XVIII–XIX əsrlər Əfşarlar və Qacarlar dövrünün azərbaycanlı ictimai-siyasi xadimləri (Mehdi Bamdadın "Tarixi-Ricali-İran" əsəri əsasında). — 2012. — /doktorluq/

29. Asəf Adil oğlu Hacıyev. Dərbənd əhalisi XIX–XX əsrin əvvəllərində (tarixi-demoqrafik tədqiqat). — 2013. — /namizədlik/

30. Sona Səbəddin qızı Məhərrəmova. Azərbaycan Respublikasının Almaniya Federativ Respublikası ilə əlaqələri (1991–2011-ci illər). — 2013. — /namizədlik/

31. Sitarə Oruc qızı Mustafayeva. Cənubi Qafqazda ərazi və sərhəd dəyişiklikləri (1917–1922-ci illər). — 2013. — /namizədlik/

32. Sevinc Sabir qızı Rəhimova. Dərbənd şəhəri XII–XV əsrlərdə. — 2013. — /namizədlik/

33. Ahmet Adem oğlu Çamalan. Azərbaycan Respublikası ilə Türkiyə Cümhuriyyəti arasında təhsil əlaqələri (1991–2010). — 2014. — /namizədlik/

34. Leyla Əhliman qızı Hüseynova. Heydər Əliyev irsində Azərbaycan tarixi məsələləri (Müstəqillik dövrü). — 2014. — /namizədlik/

35. Səidə Zakir qızı Quliyeva. Heydər Əliyevin əsərləri Azərbaycan Respublikasının İslam Konfransı Təşkilatı ilə əlaqələrini öyrənmək üçün mənbə kimi. — 2014. — /namizədlik/

36. İradə Hacıəli qızı Əliyeva. Çar Rusiyasının Şimal-Qərbi Azərbaycanda dini siyasəti və ingiloylar (XIX əsr). — 2014. — /namizədlik/

37. Vidadi Aydın oğlu Muradov. Azərbaycanın İrəvan bölgəsində xalçaçılıq sənətinin inkişaf tarixindən: XVIII əsrin II yarısı – XX əsrin əvvəlləri (bölgəyə aid 100 orijinal xalça əsasında). — 2014. — /namizədlik/

38. Nazim Yusif oğlu Mustafayev. 1905–1906-cı illərdə İrəvan quberniyasında və Zəngəzur qəzasında ermənilərin azərbaycanlılara qarşı törətdikləri kütləvi qırğınlar. — 2014. — /namizədlik/

39. Rəşad Əziz oğlu Mustafa. Tiflis əmirliyi. — 2015. — /namizədlik/

40. Rəna Şamil qızı Şahbazova. Azərbaycanın orta əsrlər tarixi məsələləri V. V. Bartoldun tədqiqatlarında. — 2015. — /namizədlik/

41. Sayad Çingiz qızı Mehtizadə. Azərbaycanın mədəni həyatı Qərbi Avropa səyyahlarının gündəliklərində (XV–XVII əsrlər). — 2015. — /namizədlik/

42. Təranə Gəray qızı Behbudova. Şimali Azərbaycanda 1877-ci il üsyanları. — 2015. — /namizədlik/

43. Akif Əlavəddin oğlu Məmmədli. Azərbaycanın Şimal-Qərb bölgəsinin tarixi abidələri (təsviri və təsnifatı). — 2016. — /namizədlik/

44. Fəxri Valeh oğlu Hacıyev. Azərbaycan xalqının XIX–XX əsrin əvvəllərində yadelli işğallarına və ermənilərin törətdikləri soyqırımı cinayətlərinə qarşı mübarizəsi tarixindən (Borçalı və ətrafındakı bölgələrə aid materiallar əsasında). — 2016. — /doktorluq/

45. İlqar Heydər oğlu Abdullayev. Orta əsrlərdə Azərbaycanın xarici ölkələrlə əlaqələri (Folklor materialları əsasında). — 2016. — /namizədlik/

46. Sevinc Əmirəhməd qızı Hüseynova. XIX–XX əsrin əvvəllərində Şimali Azərbaycanın qərb bölgəsinin sosial-iqtisadi və ictimai-siyasi həyatında köçkünlərin iştirakı tarixindən (Gəncəbasar, Gədəbəy, Allahverdi və Şəmkir materialları üzrə). — 2016. — /namizədlik/

47. Tofiq Hümbət oğlu Nəcəfli. Azərbaycan Səfəvi dövlətinin xarici siyasəti Türkiyə tarixşünaslığında. — 2016. — /doktorluq/

48. Akif Abduləzim oğlu Vəliyev. Qafqaz İslam Ordusu Cümhuriyyət dövrü mətbuatında. — 2016. — /namizədlik/

49. Mehmet Alauddin Ahmed oğlu İslamoğlu. İrəvan əyalətinin "Müfəssəl dəftəri"ndə Azərbaycan tarixi məsələləri. — 2017. — /namizədlik/

50. Tahirə Məmmədbağır qızı Salmanipur. İran Qacarların hakimiyyəti dövründə. — 2017. — /namizədlik/

51. Həbib Yusif oğlu Şiri Azər. Qacarlar dövründə İran-Rusiya müharibələri (farsdilli qaynaqlar əsasında). — 2017. — /namizədlik/

52. Rəşad Yaşar oğlu Şirəliyev. Səfəvi dövlətinin xarici siyasəti sovet tarixşünaslığında. — 2017. — /namizədlik/

53. Şöhrət Rüstəm oğlu Mustafayev. İrəvan xanlığının Osmanlı imperiyası ilə əlaqələri. — 2017. — /namizədlik/

54. Vaqif Şirin oğlu Abışov. Şimali Azərbaycanda sovet hakimiyyəti qurulmasının tarixşünaslığı. — 2018. — /doktorluq/

55. Bəxtiyar Şahvələd oğlu Əhmədov. XX əsrdə Göyçə mahalı azərbaycanlılarına qarşı deportasiyalar və soyqırımlar. — 2018. — /namizədlik/

56. Bəhruz Vidadi oğlu Baba. Azərbaycan Səfəvilər dövlətinin Şirvan bəylərbəyiliyinin inzibati və sosial-iqtisadi tarixi. — 2018. — /namizədlik/

57. Elmir Zakir oğlu Əliyev. Çar Rusiyasının işğalından sonra Şimali Azərbaycanın tarixi ərazi sistemində aparılan dəyişikliklər (XIX–XX əsrin əvvəlləri). — 2018. — /namizədlik/

58. Hacı Nəriman oğlu Abdulla. Azərbaycanın Zəngəzur bölgəsinin demoqrafik vəziyyətində dəyişikliklər (XIX əsr – XX əsrin 20-ci illəri). — 2018. — /namizədlik/

59. Tural Süleyman oğlu Məmmədov. İrəvan xanlığında sosial-iqtisadi münasibətlər və dövlət quruluşu (1747–1828). — 2018. — /namizədlik/

60. Eynulla Yadulla oğlu Mədətli. XX əsr Azərbaycan tarixi məsələləri İran tarixşünaslığında. — 2018. — /doktorluq/

61. Günel Mobil qız Aslanlı. Azərbaycan Respublikasında bədən tərbiyəsi və idmanın inkişafında dövlət siyasəti (2003–2013-cü illər). — 2018. — /namizədlik/

62. Nihat Fethi oğlu Büyükbaş. Türk orta məktəblərində tarixin öyrənilməsi məsələləri (Azərbaycan və Türkiyə nümunəsi üzrə). — 2018. — /namizədlik/

63. Aslan Xası oğlu Xəlilov. Azərbaycan SSR-də sovet nomenklaturası: hakimiyyətdaxili mübarizə (XX əsrin 20–30-cu illəri). — 2018. — /doktorluq/

64. Vüsalə Elşad qızı Əfəndiyeva. Azərbaycan-Norveç əlaqələri (1991–2011-ci illər). — 2018. — /namizədlik/

65. Sevil Şivəxan qızı Bəhrəmova. Heydər Əliyev və Azərbaycan Respublikasında din siyasəti. — 2018. — /namizədlik/

66. Sevinc Məlikməmməd qızı Məlikzadə. İtalyan "Karmelitlərin xronikası"nda Azərbaycan tarixi məsələləri. — 2022. — /namizədlik/

67. Firuzə Akif qızı Həyatova. 1914–1919-cu illərdə Böyük Britaniyanın Cənubi Qafqaz siyasətində erməni amili. — 2022. — /namizədlik/

68. Vasif Vaqif oğlu Qafarov. Birinci Dünya müharibəsi illərində Osmanlı imperiyasının Azərbaycan siyasəti. — 2022. — /doktorluq/

69. İlqar Vahid oğlu Niftəliyev. Azərbaycan SSR-də milli məsələ və kadr siyasəti (XX əsrin 20–30-cu illəri). — 2022. — /doktorluq/

70. Lamiyyə Səxavət qızı Namazova. Azərbaycan Səfəvi dövlətinin tarixi müasir Böyük Britaniya tarixşünaslığında (R. M. Seyvorinin tədqiqatları əsasında). — 2022. — /namizədlik/

71. Ramil Əyyub oğlu Ağayev. Ərəb xilafəti dövründə Azərbaycan əhalisinin etnik və sosial tərkibi (VII–IX əsrlər). — 2023. — /doktorluq/

72. Könül Qabil qızı Əliyeva. İrəvan quberniyasının İqdır (Sürməli) bölgəsində ermənilərin türk-müsəlman əhalisinə qarşı törətdikləri soyqırımları (XX əsrin əvvəlləri). — 2023. — /namizədlik/

73. Raminə Məmməd qızı Hüseynli. Azərbaycan və ABŞ beynəlxalq terrorizmə qarşı mübarizədə. — 2023. — /namizədlik/

• Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının həqiqi üzvü (2017)
• Türk Dünyası Araşdırmaları Beynəlxalq Elmlər Akademiyasının həqiqi üzvü (2019)
• Beynəlxalq Aytmatov Akademiyasının həqiqi üzvü (2009)
• Lütfi Zadə adına Beynəlxalq Müasir Elmlər Akademiyasının həqiqi üzvü (2001)
• İtaliyanın Beynəlxalq İqtisadi və Sosial Elmlər Akademiyasının həqiqi üzvü (2022)
• Avropa Təbiət Elmləri Akademiyasının həqiqi üzvü (2020)
• İtaliyanın Bonifasiana Akademiyasının həqiqi üzvü (2021)
• Elmlərin İnkişafı üzrə Müstəqil İsrail Akademiyasının həqiqi üzvü (2022)
• Türk Tarix Qurumunun fəxri üzvü (2013)

• "Azərbaycan: tarixdən səhifələr" sənədli filmi (ssenari müəllifi, 4 seriya: 2006‐2008)
• "Tariximizin keşiyində" sənədli filmi (ssenari müəllifi və aparıcı, 2011)
• "Tarixin izi ilə… Yaqub Mahmudov" sənədli filmi (2011)
• "Şuşa‐Pənahabad" sənədli filmi (ideya müəllifi və elmi məsləhətçi, 2012)
• "İrəvan xanlığı" sənədli filmi (elmi məsləhətçi, 2012)
• "Dahi azərbaycanlı" sənədli filmi (ssenari müəllifi və aparıcı, 2013)
• "İrəvan: gizlədilmiş həqiqətlər" sənədli filmi (Azərbaycan, türk, rus, ingilis və fransız dillərində — baş məsləhətçi, 2016–2021)
• "Zəngəzur" sənədli filmi (Azərbaycan, rus və ingilis dillərində — baş məsləhətçi, 2017)
• "Sürgün" sənədli filmi (elmi məsləhətçi, 2018)
• "Qarabağ: əcdadlarımızın mirası" sənədli filmi (Azərbaycan, türk, rus, ingilis və fransız dillərində — baş məsləhətçi, 2018–2021)
• Real TV-nin "Tarixi Yaqub Mahmudov danışır" layihəsi (50 buraxılış: 2020–2022)

• Azərbaycan Respublikasının əməkdar elm xadimi
• Azərbaycan Respublikasının "Şöhrət", "Şərəf" və 1‐ci dərəcəli "Əmək" ordenləri
• Azərbaycan Respublikasının Dövlət Mükafatı
• "Elmdə ad" ("The Name in Science") fəxri titulu
• "Dünya elminə töhfə" ("For contribution to world science") medalı
• Dağıstan Respublikasının əməkdar elm xadimi
• Türk Dünyası Araşdırmaları Beynəlxalq Elmlər Akademiyasının "Beynəlxalq Qızıl Ulduz" medalı
• Türk Dünyası Araşdırmaları Beynəlxalq Elmlər Akademiyasının Beynəlxalq Atatürk Mükafatı
• Türk Dünyası Araşdırmaları Beynəlxalq Elmlər Akademiyasının 2019-cu il üçün "Türk dünyasında ilin elm adamı" Beynəlxalq mükafatı
• Türk Dünyası Araşdırmaları Beynəlxalq Elmlər Akademiyasının "İstiqlal" ordeni
• Türk Dünyası Araşdırmaları Beynəlxalq Elmlər Akademiyasının 2022-ci il üçün "Türk dünyasında ilin adamı" Beynəlxalq mükafatı
• Avropa Təbiət Elmləri Akademiyasının "Qotfrid Vilhelm Leybnits" medalı
• Avropa Təbiət Elmləri Akademiyasının "Fəxri Legion" ordeni
• Avropa Təbiət Elmləri Akademiyasının "Fenomen" ("Leonardo da Vinçi") ordeni
• Avropa Təbiət Elmləri Akademiyasının 2022-ci il üçün "Avropada ilin alimi" Beynəlxalq mükafatı
• "Simurq" beynəlxalq medalı
• Alman‐Azərbaycan Cəmiyyətinin "Dostluq" medalı
• "Ən yaxşı baş menecer" fəxri adı
• Azərbaycan Kazakları İcmasının "Ataman Anton Qolovatıy" ordeni
• Millətlərin Birləşmiş İctimai Təltif Şurasının "XXI əsrin lider şəxsiyyəti" Beynəlxalq mükafatı
• Millətlərin Birləşmiş İctimai Təltif Şurasının "Lider", "Avropa xidmət" və "Avropa lideri ulduzu" ordenləri
• Millətlərin Birləşmiş İctimai Təltif Şurasının "Sülh səfiri" fəxri titulu
• "Heydər Əliyevin 100 illiyi (1923–2023)" yubiley medalı
• "Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin 100 illiyi (1918–2018)" yubiley medalı
• "Azərbaycan Polisinin 100 illiyi (1918–2018)" yubiley medalı
• "Azərbaycan Ədliyyəsinin 100 illiyi (1918–2018)" yubiley medalı
• "Azərbaycan Respublikası dövlət təhlükəsizliyi və xarici kəşfiyyat orqanlarının 100 illiyi (1919–2019)" yubiley medalı
• "Azərbaycan Sərhəd Mühafizəsinin 100 illiyi (1919–2019)" yubiley medalı
• Milli Məclisin "Parlament" medalı
• "Bakı Dövlət Universitetinin 100 illiyi (1919–2019)" yubiley medalı
• "General Səməd bəy Mehmandarov" yubiley medalı
• AMEA‐nın Abbasqulu ağa Bakıxanov adına mükafatı
• "Yusif Məmmədəliyev", "Rəsul Rza", "Qızıl qılınc", "Qızıl qələm", "Samir Əsgərxanov", "Humay", "Gənclərin dostu" və "Ekologiyanın dostu" mükafatları
• "Gənclərin dostu" Milli Mükafatı

• Yaqub Mikayıl oğlu Mahmudlu (Mahmudov). Biblioqrafiya. Bakı: "Altay", 1998.
• AMEA Tarix İnstitutu. Elmi əsərlər. XXX cild (Görkəmli tarixçi alim Yaqub Mahmudovun 70 illiyinə həsr edilmiş xüsusi buraxılış). Bakı, 2009.
• Yaqub Mikayıl oğlu Mahmudlu (Mahmudov). Biblioqrafiya. Təkmilləşdirilmiş və yenidən işlənilmiş 2‐ci nəşri. Bakı: "Təhsil", 2012.
• Yeganə Gözəlova. Tarix elmində Yaqub Mahmudov məktəbi. Bakı: "Təhsil", 2013.
• Лятиф Шамхал. Во имя Азербайджана. Беседы журналиста с историком. Баку: ИПО Турхан, 2017.
• Nazim Məmmədov. Akademik Yaqub Mahmudov elmi yaradıcılığında Qarabağ mövzusu. Bakı: "Avropa", 2018.
• Yaqub Mikayıl oğlu Mahmudlu (Mahmudov). Biblioqrafiya. Təkmilləşdirilmiş və yenidən işlənilmiş 3‐cü nəşri. Bakı: Turxan NPB, 2019.
• Şərəfli ömrün bir səhifəsi: Tarix fakültəsi (1986‐1990). Bakı: Turxan NPB, 2019. (ideya müəllifi, tərtibçi və ön sözün müəllifi: Güntəkin Nəcəfli)
• Yaqub Mahmudovun tarixçilər məktəbi. Bakı: Turxan NPB, 2019. (tərtibçilər: İradə Əliyeva və Zakirə Əliyeva)
• Tanıdığımız və tanımadığımız Yaqub Mahmudov. Bakı: Turxan NPB, 2019. (tərtibçilər: İradə Əliyeva və Zakirə Əliyeva)
• Akademik Tarih ve Düşünce Dergisi, Prof. Dr. Yakup Mahmudov 80. Yıl Armağanı Özel Sayısı, Yıl: 2019, Cilt: VI, Sayı: 5.
• Nazim Məmmədov. Akademik Yaqub Mahmudov irsində Qarabağda ermənilərin azərbaycanlılara qarşı törətdikləri soyqırımları tarixi. Bakı: "Avropa", 2021.
• Nazim Xəlilov, Elnur Nəciyev. Ağır sınaqlarda sınmayan böyük alim: Yaqub Mahmudov. Bakı: "Zərdabi‐Nəşr" MMC, 2022.

• (az.). YouTube. 2022-03-13. İstifadə tarixi: 2023-02-21.
• (az.). ikisahil.az. 2023-01-14. 2023-01-18 tarixində . İstifadə tarixi: 2023-02-21.
• Басти Паша. (rus). br.az. 2022-07-14. Archived from the original on 2023-02-21. İstifadə tarixi: 2023-02-21.
• (ingilis). azertag.az. 2022-07-27. 2022-08-07 tarixində . İstifadə tarixi: 2023-02-21.
• (az.). YouTube. 2022-07-27. İstifadə tarixi: 2023-02-21.
• (türk). YouTube. 2022-09-02. İstifadə tarixi: 2023-02-21.
• (az.). YouTube. 2022-08-15. İstifadə tarixi: 2023-02-21.
• (az.). YouTube. 2022-09-03. İstifadə tarixi: 2023-02-21.
• (az.). olaylar.az. 2023-02-11. 2023-02-12 tarixində . İstifadə tarixi: 2023-02-21.
• (az.). archive.org. 2022-12-09. İstifadə tarixi: 2023-04-16.
• (az.). ek.anl.az. İstifadə tarixi: 2023-04-16.
• (az.). azertag.az. 2023-10-25. 2023-10-27 tarixində . İstifadə tarixi: 2023-10-28.
• (rus). azertag.az. 2023-05-01. 2023-05-03 tarixində . İstifadə tarixi: 2023-05-04.
• (ingilis). azertag.az. 2023-05-01. 2023-05-03 tarixində . İstifadə tarixi: 2023-05-04.
• Qafar Ağayev. (az.). modern.az. 2019-02-10. 2023-12-16 tarixində . İstifadə tarixi: 2023-12-17.
• (alman). azertag.az. 2023-05-22. 2023-05-26 tarixində . İstifadə tarixi: 2023-05-27.
• (ispan). azertag.az. 2023-05-20. 2023-05-26 tarixində . İstifadə tarixi: 2023-05-27.
• (fransız). azertag.az. 2023-05-24. 2023-05-26 tarixində . İstifadə tarixi: 2023-05-27.
• (az.). YouTube. 2023-05-26. İstifadə tarixi: 2023-05-27.
• Абульфаз Бабазаде. (rus). science.gov.az. 2023-07-12. 2023-07-12 tarixində . İstifadə tarixi: 2023-07-13.

• Əliyevşünaslıq
• Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Ensiklopediyası
• Azərbaycan Respublikasının Milli Atlası
• İrəvan xanlığı (film, 2012)
• Gülnur Mahmud
• AAK-ın tərkibi haqqında Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin Qərarı (26 may 1992-ci il)
• Azərbaycan Respublikası Dövlət Mətbuat Komitəsinin əmri (6 oktyabr 1992-ci il)