Yaqub bəy Kokand xanlığı zamanında Piskənt şəhərində doğuldu. Hokand əsgəri qüvvələrinə daxil olmağı bacaran Yaqub bəy 1845-ci ildə Kokand xanı Xudayar xanın xarici işlər məmuru oldu. Çin vasallı xidmətlərinin içindəki əsgəri başçısı, Kokand xanlığı və 1851-ci ildə Ağ-Məchit (Aq Masjid, Aq Məchət, ak məscit, sonra Fort-Perowski və ya Pərowsk (1925-ci ildən bəri Qızıl-Ordu) Xisar sərkərdəsi oldu.

1853-cü ildə Rusiyanın 26 gün sürən mühasirəsinə qarşı vuruşdu. Qaşqar hökmdarı Sadıq bəy Kokandda yaşayan oğlu Buzuruk xanı Qaşqar hökmdarı olaraq görmək istəyirdi.

Kokand hakimi Xudayar xan 1864-cü ildə Buzuruk və Yaqub xanı 1.000 nəfərlik bir ordu ilə Qaşqara göndərdi. Qısa bir savaşdan sonra Buzuruk, xan elan edildi.

1864-cü ilin içində, Çimkənd və Daşkənd hisarlarının ruslara qarşı müdafiəsinə qatılır. Şərqi Türkistanda qarşı üsyan edən və qırğızlar Kokand xanlığından yardım istəyirlər. Yaqub bəy dərin Kokand siyasətinin içinə çəkilir və Kokand xanı ondan qurtulması üçün 1865-ci ilin əvvəlində (Makhdum-i Azam al-Kasani al Dahbidi) tərəfdarı xocalarından biri olan Buzrug xan ilə birləşməsi əmrini verir.

Bunun üçün Alim Kuli, Cahangir Xocanın oğlu və qardaşı Buzrug Xoca və genəral Yaqub bəyi birlikləriylə birlikdə Şərqi Türkistana göndərmişdir. Yaqub bəy Tarım hövzəsi (塔里木盆地)nə daxil olaraq Qaşqar və Çing garnizonlarını məğlub etmişdi.

May 1865-ci ildə Çar Rusiyası Kokand xanlığına hücum edəndə Alim Kuli Daşkənddə ölmüş və 7.000 nəfərlik birlikləri Şərqi Türkistana sığınmışdır. Yaqub bəy bu birliklərini də əmr altına alaraq sentyabr 1865-ci ildə Yarkənd və Xotanı da işgal etməyi bacarmış və Tarım hövzəsinin qərb qisminı əldə etmişdir. Yaqub bəyə qarşı çıxan Buzrug Xocanı oyundan çıxardıqdan sonra Rəşidəddin Xocanı məğlub etmiş və Aksunu işgal etmişdir.

1867-ci ildə Buzuruk xanın iqtidarına son verərək Yaqub bəy "Badövlət xan" adını işlətməyə başlamış və Kuçar və işgal etmişdir. Şəriət ilə idarə etməyə başlamış və Buxara xanlığından "Atalıq Qazi" ünvanını almışdır. 1870-ci ildə Tarım hövzəsinin şərq hisəsində Turfan və Tanrı dağlarını aşaraq Urumçini, 1871-ci ildə Manas, və İli bölgəsini də işğal edərək bütün Şərqi Türkistandan Çing ordusunu süpürmüşdür.

Yaqub xan ölkədə əmin-amanlığı bərpa etdikdən sonra tarixi və mədəni bağları olan və hamisi sayılan Osmanlı dövlətinə elçi göndərmiş Sultan Əbdüləziz xandan yardım və himayə istəmiş; dövlətinin Osmanlı İmperiyasının bir parçası olaraq qəbul edilməsini diləmiş vəona biət etdiyini bildirmişdir. Osmanlı İmperiyası Yaqub xanın bu tələbini qəbul ətmiş və padişahın direktifi üzərinə Albay Kazım bəy başçılığında 5 muvazzaf və 3 əməkli Subaydan ibarət bir əsgər əğitim qrupunu 1200 piyada tüfəngi 6 səhra topu və cəpxanə yapımında kullanılan barıt və sursat ilə Hindistan üzərindən Şərqi Türkistana göndərmişdir. Həyət Qaşqarda büyük coşku və sevinc ilə qarşılanmış, hutbələr adına okunmuş və paralar da Sultan Abdulaziz Xan adına bastırılmıştır. Doğu Türkistan səmalarında Osmanlı sancağı dalgalandırılmıştır.

Britaniya, Çar Rusiyası ilə Orta Asiyanın hakimiyəti için "Böyük oyun (The Great Game)" oynamak olduğu için Yaqub bəyi kullanmak amacıyla 1868-ci ildə özəl əlçisini yollayarak kəndisini tanımış və Yaqub bəy Britanya himayəsindəki Hindistandan silah yardımını almıştır. 1874-cü ildə Britanya ilə antlaşma imzalanmış və Britanya Kaşgar açmıştır. Bu antlaşmada Yaqub bəy Qaşqar və Yarkəndın Əmiri olaraq adı gəçmiş və Britanya bu ölkəyə Qaşqar əmirliyi olarak hitap ətmiştir. Bu sırada Rusya Çarlığıda Kaşgarda bir konsolosluk açmıştır. Yaqub bəy Buxara xanlığı və Osmanlı dövləti ilə də diplomatik ilişikilərini kurmuştur. Osmanlı dövləti Yaqub bəyin kəndi üstünlüğünü kabul ətməsinin karşılığı olarak Yaqub Bəyi rəsmən Əmirliğə atanmıştır.

İslami dəyərlərə önəm verməklə xalqın dəstəklərini alamağa çalışmış və məscidlərə və türbələr (ziyarətgahlar)ı himayə altına almışdır. Fakat savaş nədəniylə gəlirlərinə ihtiyacı duyduğu için ağır vərgi yükləmiştir. O üzdən Türk xalqlar onu "Əndican quldurları" olarak adlandırmışlardır. Yönətim boyunca 200.000 ilə 50.000 Türkî halkların öldürüldüğü söylənməktədir. 1875-ci ildə fövqalədə hallar vəziri (钦差大臣/欽差大臣 qīnchāi dàchén, bir konuda İmparatorundan tam yətkiyi alan vəzir) Tso Tsung-tang (左宗棠 Zuǒ Zōngtáng) komutasındaki 40.000 kişilik orduyu yollamış və Kaşgar Əmirliğini yıxmışdır.

1877-ci ilin yılı ilkbaharında Turfan və yapılan Çin saldırısı üzərinə zayıflamış gücü ilə Yaqub bəy gəri çəkilir və orada 16 may 1877 (29 may) ildə öz adamları tarafından öldürülür (Brockhaus, 1894), bir başqa qaynaqlarda Yaqub bəyin ümidini kəsərək intihar əttiği söylənmiştir. (Encyclopaədia Britannica). Yaqub bəyin başarısız olmasına ən büyük nədən Dunganlardır. Onlar Yaqub bəyin hökmdarlığından çox da məmnun deyildilər, bu sırada taktik nədənlə Çinlilərin onlara iyi bir insan muamələsi yapmasından qaynaqlanır.

Yaqub bəyin oğulları aralarında anlaşamazlar, ancak savaşı sürdürürlər. 16 dekabr 1877-ci ildə Qaşqar, daha sonra 1878-ci ilin yanvar ayında Xotan (Khotan), 16 may 1878-ci ildə Şərqi Türkistanın tamamı Çinlilərin əlinə gəçər böyləcə Yabub bəyin hakimiyəti bitər. Yaqub bəyin hakimiyəti bittiktən sonra, Rusya 1881-ci ildə aparılan Sankt Petersburq sözləşməsi ilə bölgəsini tazminat qarşılığında Çinə geri verdi.

•  
  Yakub Beg'in korma birlikleri
•  
  Yakub Beg'in birlikleri
•  
  Tso Tsung-t'ang

• 2007-09-28 at the Wayback Machine  (ing.)
• Hodong Kim, Holy War in China: The Muslim Rebellion and State in Chinese Central Asia, 1864-1877., Stanford, California, Stanford University Press, 2004. ISBN 0-8047-4884-5.  (ing.)
• Boulger, Demetrius Charles, The life of Yakoob Beg; Athalik Ghazi, and Badaulet; Ameer of Kashgar, London, Wm.H. Allen & Co., 1878, 2007-09-27 at the Wayback Machine  (ing.)
• B.Babajanov. Biographies of Makhdum-i A'zam al-Kasani al-Dahbidi, Shaykh of the Sixteenth-Century Naqshbandiya 2012-12-10 at the Wayback Machine  (ing.)