I Əhmədin lələsi olan Aydınlı Mustafa Əfəndinin oğlu olduğu üçün Xocazadə ləqəbi ilə anılır. İlk təhsilini atasından almış, ardından 1619-cu ilin yanvar ayında Xocazadə Əsad Əfəndidən məzun oldu. Mədrəsə təhsilinin ardından 1621-ci ilin fevralında Şah Sultan mədrəsəsi müdərrisliyinə gətirildi. Yaxın adamı olan Mere Hüseyn Paşanın vəzifədən alınması səbəbilə, o da vəzifədən alındı (1622-ci ilin iyun ayı). 1624-cü ilin martında Ayşə Sultan mədrəsəsinə, 1626-cı ilin iyununda Sahn-ı Səman mədrəsəsinə göndərildi. 1628-ci ilin aprelində isə Ədirnədəki Bəyazid mədrəsəsi, 1629-cu ilin iyununda Əyyub Sultan məscidinə, 1631-ci ilin aprelində qardaşı Əli Əfəndinin yerinə Süleymaniyyə mədrəsəsinə müdərris seçildi.

Ardından qazılığa keçən Məsud Əfəndi 1632-ci ilin sentyabrında Hələb qazısı təyin olundu ancaq bir il sonra vəzifədən alındı və uzun müddət heç bir vəzifəyə gətirilmədi. 1640 tarixində ona təklif olunan Qalata qazılığını isə qəbul etmədi. Nəhayət, 1642-ci ilin avqustunda Bursa qazısı təyin olunsa da, iki ay sonra qeyri-qanuni inşa olunan kilsəni mərkəzdən qərar gözləmədən dağıtdığı üçün vəzifədən alındı. Məsud Əfəndiyə haqsızlıq edildiyini iddia edənlər Bursada böyük iğtişaş çıxarsa da, mərkəzdən göndərilən müfəttişlərin müdaxiləsi ilə hadisələr yatırıldı və Məsud Əfəndiyə iqta torpaqları verildi. 1645-ci ilin fevralında Rumeli başqazılığına, 1651-ci ilin avqustunda isə Anadolu başqazılığına gətirildi. Bu vəzifədə ikən divan məclislərində etdiyi hərarətli çıxışları səbəbilə dönəmin validə sultanı Turhan Sultanın gözünə girdi. Ancaq yeritdiyi yeni qanunlar və tədbiq etdiyi bəzi yeniliklər dönəmin qazıları tərəfindən qəbul edilmədi. Anadolu qazıları imtahan verməkdən imtina etdilər və şeyxülislam Qaraçələbizadə Əbdüləziz Əfəndiyə şikayət məktubu yazdılar. Məhz bu məsələyə görə, şeyxülislamla münasibətləri korlanan Məsud Əfəndi saray içində özünə güclü müttəfiqlər qazanmışdı. Hətta Turhan Sultan sədrəzəm Gürcü Mehmed Paşaya dövlət işlərində Məsud Əfəndiyə qulaq asmağını tapşırmışdı. Qazandığı bu gücünü artıq təyinatlarda və dövlət işlərində istifadə etməyə başlayan Məsud Əfəndi bəzi dövlət adamları və üləmadan bəzi şəxslərin etriazına səbəb oldu. Gürcü Mehmed Paşanın vəzifədən alınmasında və Tarhuncu Əhməd Paşanın sədarətə gətirilməsində önəmli rol oynadı. Gizlicə paytaxta çağırılan Əhməd Paşa sədarət möhürünü alana qədər məhz onun evində gizlədildi. İbşir Mustafa Paşa və Qara Murad Paşanın sədarət dönəmlərində isə gücünü itirdi. Ancaq 5-6 mart 1656 tarixində baş tutan Çinar hadisələri səbəbilə gücünü yenidən qazandı. Mənbələrin verdiyi məlumata görə, Məsud Əfəndi baş verən iğtişaşlar zamanı üsyan qaldıran sipahi və yeniçəriləri təhrik edərək şeyxülislam Məmikzadə Mustafa Əfəndi və sədrəzəm Zurnazən Mustafa Paşa əleyhinə ayaqlandırmış, nəticədə saraya hücum edən üsyançıların təzyiqi ilə şeyxülislam Mustafa Əfəndi 13 saatlıq vəzifəsindən sonra, sədrəzəm Zurnazən Mustafa Paşa isə 4 saatdan sonra vəzifədən alındı. Məsud Əfəndi isə 6 mart 1656 tarixində şeyxülislamlığa gətirildi.

Məsud Əfəndinin 4 ay 12 gün davam edən şeyxülislamlığı olduqca gərgin keçdi. Buna səbəb isə dövlət işlərinə və təyinat məsələlərinə müdaxiləsi oldu. Bu müdaxilə müəyyən dərəcədə həyata keçirdi. Belə ki, sırf Məsud Əfəndinin təkidilə Şam hakimi Boynuyaralı Mehmed Paşa sədrəzəm seçildi. Ancaq şeyxülislamın təsiri altına düşmək istəməyən yeni sədrəzəm sərbəst siyasət yürütməyə başladı. Bunun ardından Məsud Əfəndi Validə Turhan Sultandan sədrəzəmin vəzifədən alınmasını istədi. Ancaq validə sultan sədrəzəmin belə qısa müddətdə və səbəbsiz olaraq vəzifədən alınmasına razı olmadı. İstəklərini getdikcə artıran Məsud Əfəndinin saraydakı gücü artıq azalmağa başlamışdı. Hətta IV Mehmedin taxtdan salınıb, yerinə Şahzadə Süleymanın keçirilməsi ilə bağlı müşavirələrə qatıldığı şayələri yayılmış, sədrəzəm Mehmed Paşada bu şayələri validə sultan və padşaha xəbər vermişdir. Nəticədə Sənan Paşa köşkünə çağırılan Məsud Əfəndi 17 iyul 1656 tarixində vəzifədən alındı. Diyarbəkir qazısı təyin olunaraq bostançıbaşına təslim olundu və qayıqla Bursaya göndərildi.

Davam edən üsyanları səbəbilə yollar təhlükəli olduğundan bir miqdar əsgər tələb edən Məsud Əfəndinin bu hərəkəti dövlətə qarşı əsgər toplamaq kimi qəbul edilmiş, bu səbəblə mərkəzdən yollanılan edam qərarı ilə Bursa qazısı Ruhullah Əfəndinin evində edam edilmişdir. Cənazəsi Bursada dəfn olunmuşdur.