III Mehmed dönəminin alimlərindən Amasiyalı Mehmed Əfəndinin oğludur. Şeyxülislam Muid Əhməd Əfəndinin kürəkəni olaraq üləma təbəqəsində tanınmışdır. Təhsilini tamamladıqdan sonra müdərrisliyə başladı. 1622-ci ilin mayında Cəfər Çələbi, 1623-cü ilin avqustunda Nişançı Paşa-i Cədid, 1627-ci ilin mayında Rüstəm Paşa, 1629-cu ilin iyununda Xoca Xeyrəddin, 1633-cü ilin martında Ayşə Sultan mədrəsəsinə, 1634-cü ilin avqustunda Sahn-ı səman mədrəsəsinə, 1636-cı ilin yanvarında ikinci dəfə Ayşə Sultan mədrəsəsinə, 1640-cı ilin sentyabrında Qələndərxana mədrəsəsinə, 1641-ci ilin oktyabrında Süleymaniyyə mədrəsəsinə müdərris olaraq təyin olundu. 10 il davam edən təhsil həyatının ardından qazı olaraq çalışmağa başladı. İlk vəzifəsi isə 1643-cü ilin fevralında təyin olunduğu Qüds qazılığıdır. O dönəmlərdə Rumeli başqazısı olan Muid Əhməd Əfəndi və sədrəzəmin də köməyilə 1644-cü ilin aprel ayında Misir qazısı seçilsə də, həmin ilin avqustunda vəzifədən alındı. 1646-cı ilin sentyabrında Qalata qazısı, 11 mart 1647 tarixində İstanbul qazısı seçildi və 20 noyabr tarixində bu vəzifəsindən alındı. 1648-ci ilin iyun ayında Anadolu başqazısı olsa da, 3 ay sonra vəzifədən alındı. 15 oktyabr 1649 tarixində Rumeli başqazılığına gətirildi. 13 oktyabr 1650 tarixində vəzifədən alındı və 1651-ci ilin oktyabrında Antep qəzası arpalıq olaraq verildi.

1653-cü ilin sentyabrında yenidən Rumeli başqazısı seçilsə də, 24 sentyabr 1654 tarixində vəzifədən alındı. Həmin ilin oktyabrında IV Mehmedə üləmanın adından yazılmış və şeyxülislam Əbu Səid Mehmed Əfəndidən şikayət edən imzasız və möhrsüz məktublar təqdim olunmuş, bu məktublar haqqında aparılan araşdırmalar nəticəsində Mustafa Əfəndinin də adı çəkilmişdir. 2 noyabr 1654 tarixində Sədrəzəm Dərviş Mehmed Paşa və şeyxülislam IV Mehmedin hüzuruna çıxmış və padşah bu məktubu yazan şəxsin tapılaraq cəzalandırılmasını əmr etmişdir. Araşdırma nəticəsində Mustafa Əfəndi və Əsir Mehmed Əfəndi təqsirkar bilindi və hər ikisi sürgün olundu. Ancaq Məmikzadə Mustafa Əfəndinin sürgün həyatı qısa sürdü və yenidən İstanbula döndü.

5 mart 1656 tarixində baş verən Çinar hadisəsində adı çəkilən şeyxülislam Əbdürrəhman Əfəndinin vəzifədən alınması ilə Mustafa Əfəndi şeyxülislamlığa gətirildi. Ancaq bir çox tarixi mənbəyə görə, Xocazadə Məsud Əfəndinin adamları əsgərləri ayaqlandırmış və ordunun əli ilə 13 saatın ardından Mustafa Əfəndini vəzifəsindən aldırdı. Beləliklə, Məmikzadə Mustafa Əfəndi Osmanlı tarixinin ən qısa müddət vəzifədə qalan şeyxülislamı oldu. Vəzifədən alındıqdan sonra Bursaya sürgün olunsa da, Mustafa Əfəndi Bursada çox qalmamış, Məkkə qazısı seçilərək həccə getmişdir. Bir müddət Hələbdə qaldıqdan sonra burada vəfat etmiş, buradakı türbəsinə dəfn olunmuşdur.

1. . 2023-08-04 tarixində . İstifadə tarixi: 2017-06-27.