Samsunda dünyaya gəlmişdir. Doğum tarixi dəqiq olmasa da 1576 olaraq göstərilir. Həyatının ilk illəri haqqında məlumat yoxdur. Gənc yaşda vəzir Xəlil Paşanın xidmətinə girdi və onun kəndxudası olaraq çalışdı. IV Muradın İrəvan və Bağdad səfərlərinə qatıldı. Bu səfərlərdən birində zəhərli oxla yaralandı və bu səbəblə tarixi mənbələrdə Boynuəyuri vəya Boynuyaralı olaraq qeyd olunur.

Xəlil Paşanın vəfatından sonra padşahın müsahibi Silahdar Mustafa Paşanın kəndxudası oldu. Ardından sırayla Kastamonu sancaqbəyi, Hələb, Dəməşq və 1648-ci ildə Anadolu bəylərbəyi təyin olundu. Bu vəzifədə ikən İbşir Mustafa Paşa, Abxaz Həsən ağa və Topal Mehmed Paşanın üsyanlarını yatırdı. Bu əsnada bəzi hadisələrə adı qarışdı ancaq Körpülü Mehmed Paşanın məsləhəti ilə validə Turhan Sultana məktublar yazaraq bağışlanmasını istədi. 1650-ci ildə paytaxta çağırılaraq qübbə vəzirliyinə gətirildi. Ertəsi il qalasının müdafiəsi ilə vəzifələndirildi. Ardından ikinci dəfə Dəməşq bəylərbəyi təyin olundu. Bu əsnada yaşı 80-ə yaxın idi. 1656-cı ildə şeyxülislam Xocazadə Məsud Əfəndinin tövsiyəsilə sədarətə gətirildi. Bu tarixdə venesiyalılar Çanaqqala boğazını tutmuş, Bozcaada, Limni və Səmadirək adalarını işğal etmişdi. Mehmed Paşanın ilk işi bəzi dövlət vəzifələrini ən yaxın adamlarını gətirmək oldu. Ancaq onun sədarətə gətirilməsində önəmli rol oynayan şeyxülislama üz çevirdi. Çanaqqala boğazının işğal altında olması İstanbulda əşya və qida məhsullarının bahalaşmasına səbəb olmuşdu.

Əhali arasında Mehmed Paşanın rüşvətxor və zalım olduğu haqda şaiyələr gəzməyə başladı. Şeyxülislam Xocazadə Məsud Əfəndi isə validə sultana gedərək sədrəzəmi şikayət edirdi. Ancaq bu əsnada IV Mehmedə qarşı hazırlanan saray çevrilişinə şeyxülislamın da adı qarışdı və Bursaya sürgün edilərək burada edam edildi. Beləliklə, Mehmed Paşa ən böyük düşmənini aradan qaldırmış oldu.

Nəhayət 14 sentyabr 1656 tarixində davam edən Osmanlı-Venesiya müharibəsindəki acizliyi səbəbilə sədarətdən alındı və yerinə Körpülü Mehmed Paşa gətirildi. Bir müddət Yeddiqüllə zindanlarında həbs olunan Mehmed Paşa ardından Təkirdağa sürgün edildi. Lakin çox keçmədən bağışlandı və paytaxta qayıtmasına icazə verildi. Ömrünün son 10 ilini Əyyubsultan səmtindəki köşkündə yaşayan Mehmed Paşa 1666-cı ilin yanvarında burada vəfat etdi.

• Vecîhî Hüseyin, Târih, TSMK, Emanet Hazinesi, nr. 1425, vr. 52b, 54ª;
• Naîmâ, Târih, IV, 459–460;
• Silâhdar, Târih, I, 410–411;
• Hadîkatü’l-vüzerâ, s. 103–104;
• Ayvansarâyî, Hadîkatü’l-cevâmi‘, I, 150;
• a.mlf., Vefeyât-ı Selâtîn, s. 19;
• Sicill-i Osmânî, IV, 175–176;
• Danişmend, Kronoloji, III, 421–422;
• Uzunçarşılı, Osmanlı Tarihi, III/1, s. 294–302;
• Canan Doruk, Boynuyaralı Mehmed Paşa (lisans tezi, 1968), İÜ Ed. Fak. Tarih Seminer Kitaplığı, nr. 1645