Ruse deputatı, Ələmdar Mustafa Paşa və ardıcılları 1807–1808-ci illərdə baş vermiş Kabakçı Mustafa üsyanı zamanı hakimiyyətdən salınmış Sultan III Səlimi yenidən taxta çıxarmaq üçün bəzi danışıqlar aparmağa başladılar. Nəhayət 16000 nəfərlik bir ordu ilə İstanbula gedən Ələmdar Mustafa Paşa Hacı Əli Ağanı İstanbula göndərdi və Kabakçı Mustafanı öldürdü (19 iyul 1808). Ordusu ilə İstanbula gələn Ələmmdar Mustafa Paşa, bir çox qiyamçını öldürdükdən sonra Babıalıya gəldi. Arif Əfəndini (Ərəbzadə) şeyxülislam etdikdən sonra saraya getdi. Sultan IV Mustafa, Ələmdar Mustafa Paşanın Sultan III Səlimi padşah etmək üçün gəldiyini söyləyən şeyxülislamı qovdu və qardaşı Şahzadə Mahmudun və əmisi Sultan III Səlimin öldürülməsi əmrini verdi. Sultan III. Səlim dərhal öldürüldü. Şahzadə Mahmud, cariyələrin və xidmətçilərinin köməyi ilə sarayın damına qaçırıldı. Ələmdar Mustafa Paşa, Sultan IV Mustafanı taxtdan endirərək taxta II Mahmudu gətirdi. Sultan II Mahmud, taxta çıxmasına səbəb olan Ələmdar Mustafa Paşanı sədrəzəm (böyük vəzir) etdi.

Yeni Sultan Ələmdar Mustafa Paşaya geniş səlahiyyətlər verdi. Böyük vəzir ilk iş olaraq Kabakçı qiyamı ilə əlaqəli hesab olunanları cəzalandırdı. Rusenin görkəmli şəxslərinə vacib vəzifələr verdi. İstanbulda Rumeliya və Anadolu deputatlarını toplayaraq onlarla İttifaq Sənədi bağladı. (29 sentyabr 1808). Bu sənədlə deputatlar, dövlət əmrlərinə qulaq asacaqlarına söz verirdilər. Nizami-cədid ordusunu Sekbani Cədid adı altında yenidən qurdu. Konyadan çağırılan Vəzir Kadi Əbdürrəhman Paşanı yeni orduya başçı təyin etdi. Esame adlı yeniçəri üzvlük sənədini (yeniçeri ulufe cüzdanları), satın alıb məhv etdirdi. Alına və satıla bilən bu sənədlər (cüzdanlar) sayəsində hərbi ilə əlaqəsi olmayanlar maaş ala bilirdilər. Minlərlə esame məhv etsə də, bu mövzuda tam uğur əldə edə bilmədi. Hadisələrin gedişatını diqqətlə və qəzəblə müşayiət edən IV Mustafa və Qapıqulu ocağının üzvləri 14 noyabr1808-ci ildə Ələmdar Mustafa Paşanın malikanəsinə basqın etdilər. Gələcək köməyi gözləyərək yeniçərilərlə döyüşən böyük vəzir, yeniçərilərin günbəzi dağıtdığını görəndə partlatdığı barıt baçoku ilə intihar etdi. Bundan sonra Ruse tərəfdən olan Dəftərdar Tahsin Əfəndi və Umur-i Cihadiyənin naziri Behiç Əfəndi İstanbuldan qaçdı; Sadaret kethudası olan Mustafa Rafiq Əfəndi üsyançılar tərəfindən parçalandı. Qiyamçılar II Mahmudu taxtdan salmaq üçün saraya hücum etdilər. Kadı Əbdürrəhman Paşa Topqapı sarayını Sekbanı Cədidin əsgərləri ilə müdafiə etdi. Məğlubiyyətə uğramış iğtişaşçıların üstünə hücuma keçən Əbdürrəhman Paşa 3000-dən çox yeniçəri və digər iğtişaşçıları qılıncdan keçirtdi. Bu vaxt donanma topları ilə İstanbulu atəşə tutdu. Dağıdılmış binalar və ölən insanların arasında baş verənləri anlaya bilməyən İstanbul xalqı, hücumu dayandıran uləma sayəsində həyat təhlükəsizliyinə qovuşdu. Heç bir tərəf bir-birilərinə üstün gələ bilmədi. Beləliklə Sultan II Mahmud 18 il hakimiyyətini çox incə bir tarazlıq üzərində qurmalı oldu. Ramiz Paşanı Rusedən Rumeliyə gizli şəkildə gətirdən Sultan II Mahmud 18 noyabr 1808-ci ildə, Sekbanı Cədidi dağıtdığını bildirdi. Kadı Əbdürrəhman Paşa Anadoluya qaçdı, ancaq onun barəsindəki hökm səbəbiylə edam edildi. Bu hadisə yeniçəri ocağının ləğv edilməsini uzun bir müddət təxirə saldı.

Yeniçəri Ocağının ləğvi Böyük Vəzir Bəndərli Mehmet Səlim Sırrı Paşanın dövründə həyata keçirilmişdir. 17 ildir bu ocağın ləğvini planlaşdıran II Mahmud bu fikrini 25 may 1825-ci ildə həyata keçirdi. Eşkinci ocağı adlanan yeni bir hərbi sinif qurulduğunu rəsmi olaraq elan etdi. Avropa üslubunda forma geyinmiş yeni ordu 11 iyun 1826-cı ildə təlimə başladı. 3 gün sonra üsyan edən yeniçərilər, qazanlarını Etmeydanına gətirərək nümayişlərə başladılar. Üləma ilə birlikdə II Mahmud Sancağ-ı Şərifi çıxardaraq xalqı yeniçərilərə qarşı mübarizəyə çağırdı. Yeniçəri ocağından başqa bütün ocaqlar sultana sadiq olduqlarını bildirdilər. Aksarayda olan Etmeydanındakı yeniçəri kazarmaları artilleriya atəşinə tutuldu. 6 mindən çox yeniçəri öldürüldü. 20 minə yaxın üsyançı da həbs edildi. 16 iyun 1826-cı ildə tarixə qarışan Yeniçəri Ocağının yerinə Asakiri Mənsurəyi Məhəmmədiyyə adlı yeni bir ocaq quruldu. Mənası isə "Məhəmmədin qalib orduları" deməkdir.

Ocaq ilə birlikdə Beşiktaş Elmi Cəmiyyəti də bağlandı və dərnək üzvləri sürgün edildi.