8 sentyabr 1779-cu ildə dünyaya gəlmişdir. Atası 27. Osmanlı sultanı I Əbdülhəmid, anası isə bolqar əsilli Aişə Səniyəpərvər Sultandır. Həmyaşıd qardaşı Şahzadə Süleymanla birlikdə 29 fevral 1784-cü ildə təntənəli bir mərasimlə ilk dini təhsilinə başladı. Şahzadəlik illərində sarayda klassik təhsil almış, qardaşı Şahzadə Mahmudla birlikdə atasının şəhərdəki təftişlərində iştirak etmişdir. Atasının vəfatının ardından (7 aprel 1789) taxta çıxan əmisi Sultan Səlim övladı olmadığı üçün qardaşı uşaqlarına nəvaziş göstərmişdir. Bu dönəmdə sarayda rahat bir həyat sürmüşdür.

Sultan Səlim tərəfindən başladılan hərbi və bürokratik islahatlar yeniçəri və üləmaların müxalifətiylə yarımçıq qaldı və tərtiblənən bir saray çevrilişi ilə (Qabaqçı Mustafa üsyanı) taxtdan endirilərək Şimşirlik bölümünə həbs edilən Sultan Səlimin yerinə IV Mustafa taxta çıxarıldı (29 may 1807). Üsyanın ardından sədarət naibi Kösə Musa Paşa, Qabaqçı Mustafa, şeyxülislam Mehmed Əfəndi, başqazılar və yeniçəri ocağının öndə gələn zabitlərinin iştirakıyla bir məclis toplandı. Məclisin sonunda üsyançıların dövlət işlərinə qarışmamaq şərtiylə, bağışlanacaqlarına dair söz verildi və fərman hazırlandı (31 may 1807). Ertəsi gün fərmanı təsdiqləyən Sultan Mustafa üsyançıları bağışlayacağına dair and içdi. Ancaq çox keçmədən bunun heç bir faydasının olmadığı aşkarlandı və bütün dövlət idarəsi saray çevrilişini tərtibləyənlərin əlinə keçdi. Beləliklə, Sultan Mustafa səltənəti qısa zamanda peşmançılıq, dövlət strukturunda axsama və islahat tərəfdarları ilə əleyhdarları arasındakı mübarizə meydanına çevrildi.

O əsnada 1806-cı ildə başlayan Rusiya-Osmanlı müharibəsi davam edirdi və sədrəzəm İbrahim Hilmi Paşa orduyla birlikdə cəbhədə idi. Buna baxmayaraq İstanbulda baş tutan hadisələrin sədası bura qədər gəlib çıxmışdı. Belə ki, ayaqlanan yeniçərilər sədrəzəmi ordugahdan qovmuş, önəmli ordu zabitləri cəbhədən qaçmış, üsyanı tərtibləyənlərdən yeniçəri ağası Pəhlivan ağa öz tərəfdarları tərəfindən öldürülmüş, sədarət möhürü verilsə də, ordudakı iğtişaşların önü alına bilməmişdi. Ordunun bu vəziyyəti isə rusların cəbhədə irəliləməsinə səbəb olmuşdu. 24 avqust 1807-ci ildə bağlanan bir illik atəşkəs müddəti isə paytaxtda baş tutan saray çevrilişinin orduda çıxardığı iğtişaşlarla keçdi. İstanbulda Sultan Səlimin taxtdan endirilməsiylə nəticələnən üsyanın memarlarından Kösə Musa Paşa və şeyxülislam Mehmed Əfəndi isə üsyanın idarəsini əlindən çıxarmış, Musa Paşanın istehfasının ardından sabiq sultanın can düşməni Təyyar Mahmud Paşa sədarət naibliyinə gətirilmişdi (noyabr 1807). Ancaq çox keçmədən şeyxülislamla münasibətləri pisləşən Təyyar Mahmud Paşa vəzifədən alındı (mart 1808). Digər yandan Sultan Səlim tərəfdarlarını ətrafında toplamağa başlayan Rusçuk (indiki Ruse) əyanlarından Ələmdar Mustafa Paşa paytaxta doğru irəliləməkdə idi. 19 iyul 1808-ci ildə İstanbula daxil olan Ələmdar Mustafa Paşa şəhərdakı əmin-amanlığı təmin etdi. Qabaqçı Mustafa edam edildi və şeyxülislam vəzifədən alınaraq yerinə gətirildi. Ələmdar Mustafa Paşanın yanında toplananlar Sultan Səlimi yenidən taxta çıxarmaq, Sultan Mustafanın ətrafındakılar isə ondan dərhal qurtulmağın yollarını axtarırdılar. Nəhayət, vəziyyəti ələ alan Ələmdar Mustafa Paşa basqın tərtibləyərək sədrəzəmi həbs etdi və Sultan Səlimi taxta çıxarmaq məqsədilə saraya yönəldi. Şeyxülislam Arif Əfəndi ağsaqqal olaraq saraya göndərildi və Sultan Səlimin sülh və əmin-amanlıqla taxta çıxarılması tələb edildi. Ancaq Sultan Mustafanın əmriylə saray qapıları bağlandı və Sultan Səlimlə, sülalənin yeganə şahzadəsi olan Şahzadə Mahmudun otaqlarına cəlladlar göndərildi. Sultan Səlim vəhşicəsinə şəhid edilsə də, Şahzadə Mahmud saray xidmətçilərinin yardımıyla xilas edildi və Sultan Mustafanın yerinə taxta çıxarıldı (28 iyul 1808). Sultan Mustafa və anası saray çevrilişini qəbul etmədilər və "Mən taxtdan enmədim ki, Mahmudu taxta çıxarasınız" deyə qışqıran Sultan Mustafa yeni padşahın imamlarından Əhməd Kamil Əfəndi tərəfindən sakitləşdirildi və Şimşirlik bölümünə həbs edildi. Otağa zorla daxil olan üsyançıları təhqir etməyə başlayan anası Səniyəpərvər Sultan isə zorla hərəm otaqlarından birinə həbs edildi.

Bu hadisələrin ardından başlayan Ələmdar Mustafa Paşanın qısa sədarəti dönəmində həbs tutulan Sultan Mustafa yenidən taxta çıxarılması üçün gizli yazışmalar aparmışdır. Ələmdar Mustafa Paşanın 3 ay sonra sui-qəsdlə öldürülməsi və ayaqlanan yeniçərilərin saraya yönəlməsinin ardından Sultan Mustafa qardaşının əmriylə dərhal edam edildi (17 noyabr 1808). Abdullah Ramiz Əfəndi, Qazı Əbdürrəhman Paşa, Seyid Əli Əfəndi və İncə Mehmed bəy tərəfindən belindəki qurşaqla boğulan Sultan Mustafanın cənazəsi mərasimlə saraydan çıxarıldı və Sultan Əbdülhəmid türbəsinə atasının yanına dəfn edildi.

• Şevkinur Başqadınəfəndi (d. 1784 — ö. 1812) — Məzarı Sultan Əbdülhəmid türbəsindədir.
• Dilpəzir Qadınəfəndi (d. 1784 — ö. 1809)
• Səyyarə Qadınəfəndi (d. 1786 — ö. 1817) — Məzarı Sultan Əbdülhəmid türbəsindədir.
• Peykidil Sultan (ö. 29 iyul 1808) — Saray çevrilişi əsnasında Sultan Səlimin qatillərini hərəmə alaraq onlara yol göstərmiş, bu səbəblə sabiq padşahın xanımlarından Rüfət Qadınəfəndinin istəyi və II Mahmudun əmriylə Qız qalasına aparılaraq edam edildi. Cəsədi İstanbul boğazına atıldı.

• Şahzadə Əhməd (d. 1809) — 1 sutka sonra vəfat etmişdir.

• Əminə Sultan (d. 6 may 1808 — ö. 13 noyabr 1809)