24 dekabr 1761-ci ildə dünyaya gəlmişdir. Atası 26. Osmanlı sultanı III Mustafa, anası isə Mihrişah Sultandır. Əslən gürcü olan anası, dövrün şeyxülislamlarından Vəliüddin Əfəndi tərəfindən sultana hədiyyə edilmişdi. III Əhməddən sonra taxta çıxan I Mahmud və III Osmanın övladları olmamış və aradan keçən 40 il müddətində Osmanlı sülaləsində oğlan övladı dünyaya gəlməmişdi. Məhz bu səbəblə Səlimin dünyaya gəlişi bir həftə davam edən şənliklərlə qeyd edilmişdir. 5 yaşında ilk təhsilini almağa başlayan Səlimin təhsil həyatına, xüsusilə atasının səltənətində xüsusi diqqət göstərilmişdir. Kiçik yaşlarından etibarən dövlət mərasimlərində və rəsmi görüşlərdə iştirak edən Səlim, atasının sahil tərsanələrinə etdiyi təftişlərə tez-tez qatılırdı.

Atasının vəfatının ardından (21 yanvar 1774) taxta əmisi I Əbdülhəmid çıxdı və 13 yaşlarındakı qardaşı oğluna yaxşı davrandı. Atasının səltənətində başlayan rus müharibəsi (1768) əmisinin taxta çıxmasından qısa müddət sonra ağır məğlubiyyətlə sonlandı. 1774-cü ildə bağlanan Kiçik Qaynarca sülhü ilə müstəqil elan edilən Krım xanlığı, çox keçmədən Çar Rusiyası tərəfindən ilhaq edildi və bu işğal prosesini rəsmiləşdirmək məqsədilə tərəflər arasında 8 yanvar 1783-cü ildə sözləşmə imzalandı. Məhz bu sözləşmədə Rusiya tərəfinin tələbi ilə Osmanlı taxtının varisi olaraq Şahzadə Səlimin də imzası alınmış, bunun ardından şahzadənin həm saray, həm də əhali arasındakı mövqeyi güclənmişdir. Kiçik Qaynarca sülhünün ardından itirilən torpaqlar, xüsusilə də Krım yarımadasının tərk edilməsi əmisi Sultan Əbdülhəmid əleyhdarlarını hərəkətə keçirdi və Şahzadə Səlimin taxta çıxarılması müzakirə edilməyə başlandı. Səlim tərəfdarlarından olan sədrəzəm Xəlil Həmid Paşa və yaxın adamlarından vəzir Raif İsmayıl Paşanın vəzifədən alınması və edamının (1785) səbəbi də məhz belə bir cəhdin qarşısının alınması olaraq göstərilir. Bu edamlarda xüsusi rolu olan tərsanə əmini Səlim ağa və oğlu Əhməd Nəzif Əfəndini unutmayan Səlim, taxta çıxdıqdan sonra ilk ölüm hökmünü də məhz onlar üçün verdi. Belə ki, taxta çıxarılması cəhdi barədə gəzən şaiyələr səbəbilə üzərindəki təzyiqlər artmış, 15 il boyunca yaşadığı Şimşirlik bölümündəki pəncərə hörülərək bağlanmışdır. Taxta çıxmasının ardından baş çuxadar, ardından kaptan-ı dərya təyin etdiyi, ən güclü dəstəkçisi və süd qardaşı olan Kiçik Hüseyn Paşa ilə olan dostluğu da bu illərdə başlamışdır. Bu dönəmdə şahzadəni zəhərləyərək öldürmə cəhdinin olduğu da bilinir. "İlhami" təxəllüsü ilə şeirlər yazmağa başlayan Səlim, əmisinin imamlarından Krımlı Əhməd Kamil Əfəndidən aldığı musiqi dərslərinin ardından bu dönəmdə mükəmməl əsərlər bəstələdi. Ancaq bu sıxıntılı dönəm çox keçmədən bitmiş, Fransa kralı XVI Lüdoviklə yazışmalar aparmışdır (1786). Bu məsələdə fransız səfiri Comte de Choiseul-Gouffier ilə danışıqlar aparılmış və İshaq bəy vasitəsilə məktublar Fransaya göndərilmişdir. Bu məktubları "səltənət varisi" və "səltənət vəliəhdi" ünvanlarıyla imzalayan Səlim bu ünvanları rəsmi olaraq istifadə edən ilk Osmanlı şahzadəsidir.

1787–1788-ci illərdə eyni anda Çar Rusiyası və Avstriya ilə davam edən müharibə Osmanlının əleyhinə davam edirdi. Sultan Əbdülhəmid məğlubiyyətin ardından iflic keçirərək vəfat etdi. Nəticədə 28 yaşlı Şahzadə Səlim 7 aprel 1789-cu ildə taxta çıxdı. İlk işi isə 15 ildir ki görmədiyi anasını möhtəşəm bir mərasimlə Köhnə saraydan Topqapı sarayına gətirmək oldu. 17 apreldə baş tutan qılınc qurşanma mərasiminin ardından hər cümə salamlığının ardından bacıları Şah Sultan, Xədicə Sultan və Beyhan Sultanın saraylarını ziyarət etdi.

Sultan Səlim dünyaya gəldiyindən bəri dövləti xilas edəcəyi, düşmənlərə qarşı qələbə qazanacağı ümidiylə böyüdülmüşdü. Taxta çıxmasının ardından hər iki cəbhədə davam edən müharibənin pis gedişinə əngəl olmağa çalışdı, hətta şəxsən səfərə çıxmağa təşəbbüs göstərdi. Ancaq müharibənin gedişatını dəyişdirəcək güclü komandanlar hazırlayıb sədarətə təyin etməkdə çətinlik çəkirdi və təsadüfi olaraq təyin etdiyi zəif xaralterli komandanlarla ona olan bu etimadı itirməyə başladı. Məscidlərdə oxudulan toplu dualara baxmayaraq cəbhədə baş verən məğlubiyyətlərin ardından, "Pulla edilən duadan xeyir gəlməz" deyəcək dərəcədə açıq düşüncəli və real insan idi. Bütün gücüylə ordunun yenidən təchizatı ilə məşğul oldu. Prussiya ilə ittifaq qurmağa meyilli idi və bu uğurda güclü mübarizə apardı. Belə ki, xristian bir dövlətlə qurulan bir ittifaqın dini baxımdan uyğun olmadığına iddia edən bir qisim ordu mənsubunu, şeyxülislamdan aldığı bəzi fətvalarla geri püskürtdü (1790). Krımı geri almadan və qələbə qazanmadan müharibəni bitirmək istəməyən Sultan Səlim, Prussiyanın da təşviqiylə Avstriyanın sülhə yanaşmasının ardından (1791), bütün ordunu rus cəbhəsinə yönəltdi. Ancaq cəbhədəki vəziyyəti real olaraq bilən ordu mənsubları başda sədrəzəm Qoca Yusif Paşa olmaqla, qələbəyə olan ümidlərini itirmişdilər. Bu isə Osmanlı tarixində daha öncə görülməmiş bir iş idi və nizamsız vəziyyətdə ordu döyüşməkdən imtina etdi. Bütün ordu və dövlət mənsublarının imzaladığı ortaq bir ərizə ilə vəziyyət Sultan Səlimə bildirildi və bu halda gənc sultan sülhə məcbur oldu.

III Səlimi topdan bir yenilənməyə həvəsləndirən də məhz bu hadisə oldu. Belə ki, hələ ordu cəbhədən qayıdarkən görüləcək işləri əhatə edən layihələrin hazırlanması barədə əmrlər verdi. Rus müharibəsinin sona çatması, eyni zamanda Sultan Səlim dönəmini simvolize edən Nizam-i Cədid yenilənməsinin başlanğıc tarixi oldu (1792). Avropa ölkələrindəki dövlət qurumlarının üstünlüyü və nümunə olaraq alınma zəruriliyi öncəki illərdə də dilə gətirilmiş, ancaq Sultan Səlim bunu ilk dəfə açıq şəkildə ifadə edərək bu istiqamətdə addımlar atmağa başlamışdı. Bütün bu islahatları, düşmənlə döyüşdən qaçmış ordu və dövlət mənsublarıyla apara bilməyəcəyini görən Sultan Səlim bu işdə özünə yaxın olan və bu yolda canını belə fəda edə biləcək adamları seçməyə başladı. Cəbhədən qayıdan ordu komandanlarının, demək olar ki, hamısı dəyişdirildi və orduya yeniçəri ocağından olmayan şəxslər təyin olunmağa başlandı. Hərbi islahatların ən önəmli hissəsi olaraq əsgərlərə verilən timar torpaqlarını nizama saldı və yararsız olanarı ləğv edərək boşalmış torpaqları dövlət xəzinəsinə müsadirə etdi. Beləliklə, islahat və reformasiya hərəkətlərinə olan ilk müxalifət meydana çıxmağa başladı. Avropa tərzində təlim görmüş bir ordu (Nizam-i Cədid ordusu) qurulması və yeni bir donanmanın təşkili işi sürətlə davam edirdi. Ordu və donanmanın külli miqdardakı xərclərinin qarşılanması məqsədilə ayrıca bir dəftərdarlıq və xüsusi bir fond quruldu, yeni vergilər təyin edildi və itkilərin qarşısı alındı. Müsrifliyin qarşısı alınmış, lüks idxal mallarının alınması məhdudlaşmış, dövlət gəlirlərinin artırılması istiqamətində addımlar atılmışdır. Qeyri-müsəlman əhali arasından istəyən şəxslərə Avropa tüccarı imtiyazı verilərək xarici ticarət əlaqələri gücləndirildi. Bu şəxslərdən biri də 82 gəmilik bir ticarət donanması quran, dönəmin siyasi güclərindən Osmanlı ermənisi İqnatius Tosunyan idi.

Mövcud Mühendishane-i Bahrinin (Dəniz Mühəndislik mədrəsəsi) gücləndirilməsi, qumbaracı və lağımcı ocaqlarının qurulması ilə Hərb məktəblərinin açılması (1795), burtada mətbəənin açılması (1797), Üsküdarda böyük ordu qışlalarının inşası əslində bu islahatların hərbi yöndə olduğunu göstərirdi. Əslində bu hərbi islahatlar qaçınılmaz idi və bunların nəticəsidir ki, gələcək illərdə dövlət idarəsi hərbiləşmişdir. Ancaq bu islahatların tutarlı olması üçün yeniliklər mülki idarənin bütün bölümlərinə aid edilməli idi.

Mətbəə işi isə Sultan Səlimin böyük məsrəflərlə ərsəyə gətirdiyi bir iş oldu. Tez-tez yoxlamalarda iştirak edir, nəşr olunacaq kitabları müəyyənləşdirir, usta və sənətkarları təltif edirdi. Atası kimi o da, hərbi qurumları ziyarət edirdi. Gördüyü əskiklikləri isə yazıb müvafiq şəxslərə bildirir, hətta qırx dəfə yazdığı bir şeyinhələ də düzəldilmədiyini gördükdə sədrəzəmə "Bu yazdıqlarımı toplasam kitab olardı" deyərək şikayət də etmişdir. Yumşaq və üzüyola xasiyyətə malik olan Sultan Səlimin bu davranışları, köklü bir reform hərəkatından heç də arzu olunmayan bir xüsusiyyət idi.

Sədrəzəmi ikinci plana ataraq divan-ı hümayunu reform hərəkatında söz sahibi olmaqdan uzaqlaşdırdı və özünə bağlı bəzi şəxslərdən (Prussiya elçisi Knobelsdorfun 25 sentyabr 1792 tarixli raportuna görə, 40 nəfər) ibarət bir "daxili kabinet" qurdu. Ancaq sultanın bu hərəkəti dövlət idarəsində ikibaşlılıq yaratdı və sədrəzəmlərin bu şəxslərlə ziddiyyətli mövqeyi nəticəsində divan aparılan bu islahatları rəsmi olaraq dəstəkləmədi.

Bu illərdə islahat işlərindən başqa digər daxili problemlər də baş qaldırmışdı. İslahat işləri davam edərkən bəzi yerli əyanlara göz yumması əyalətlərdə iğtişaşların artmasına səbəb olmuşdu. Vəhhabilərin Məkkə və Mədinəni ələ keçirməsi, burada qətliamlar törətməsi (1806), Balkan yarımadasındakı quldurluq hərəkətləri (1796) və serblərin ilk milli azadlıq hərəkatı (1804) məhz bu dönəmə təsadüf edir.

Xarici siyasətdəki hadisələr isə daha pis nəticələndi. Fransız inqilabı 1792-ci ildən etibarən bütün Avropanı öz təsiri altına almışdı. Davam edən siyasi böhrandan istifadə edən Sultan Səlim Avropalı alim, hərbçi və texnikləri mühacir olaraq ölkəyə dəvət etdi. London (1792), Paris, Berlin və Vyanada (1797) açılan daimi səfirliklər bu məsələylə yaxından məşğul oldu. Ancaq bir müddət sonra bu vəziyyət Osmanlının əleyhində irəliləməyə başladı. Napolyon Bonapartın İtaliyanı işğal etməsi və Venesiyanın ələ keçirilərək bölüşdürülməsi (oktyabr 1797) Adriatikdə Fransa ilə həmsərhəd olmağa gətirib çıxardı. İngilis-fransız mübarizəsinin bir hissəsi olaraq Fransanın Misirə hücumu (iyul 1798) və qısa zamanda ələ keçirməsi Osmanlı imperiyasını Çar Rusiyasının da daxil olduğu Fransa əleyhdarı bir ittifaqa sürüklədi (yanvar 1799). İngilis və rus ittifaqının da yardımıyla fransızlar 1802-ci ildə sülh bağlamağa və Misiri tərk etməyə məcbur oldular. Bu isə Sultan Səlimin yeni nizamdakı ordusunun uğuru olaraq görüldü.

Sultan Səlim 1805-ci ilin martında ümumi səfərbərlik elan etdi və 20–25 yaşarası bütün gənclər üçün icbari hərbi mükəlləfiyyət tətbiq etməyi təklif etsə də, cəmiyyətdə yaratdığı mənfi əks-sədanın ardından bu fikrindən daşındı. Ertəsi il isə bu qərarında təkidi və bunun Rumelində də tətbiqinə qərar verməsi Sultan Səlim səltənətinin dönüm nöqtəsi oldu. Anadoludakı hərbi yenilənmə işlərində uğur qazanan Qazı Əbdürrəhman Paşa məhz bu işlə vəzifələndirildi və əmrindəki Nizam-ı Cədid ordusuyla birlikdə yola çıxdı ancaq Silivri, Təkirdağ və Çorluda güclü müxalifətlə qarşılaşdı. Qərarın tətbiqi isə buradakı əyanların narazılığına səbəb oldu və bölgədə silahlı çatışmalara yol açdı. Bu hadisələrin baş verməsində şəxsən sədrəzəm xəyanəti və əl atından gizlicə onları dəstəkləməsi önəmli meyar idi. Sonda bu cəhd II Ədirnə hadisələri ilə nəticələndi və tətbiq edilmədən ləğv olundu. Yumşaq xasiyyəti səbəbiylə sədrəzəmi sadəcə vəzifədən alıb sürgünə göndərməklə kifayətlənən Sultan Səlim, vəziyyəti ələ almaq məqsədilə yenilik tərəfdarı olan şeyxülislam Əsad Əfəndini də vəzifədən aldı. Ardından üsyançı əyanların təzyiqi ilə yeniçəri ağası İbrahim ağanı sədarətə, islahat hərəkatının amansız düşməni olan Ataullah Əfəndini isə şeyxülislamlığa təyin etdi (14 sentyabr 1806). Sonun başlanğıcı olan bu təyinatlar səltənətinə ağır zərbə vurdu və bütün siyasi qüdrətini itirməsinə səbəb oldu.

Napolyon Bonapartın imperator elan edilməsi və Avropada yürütdüyü ikitərəfli siyasətin nəticəsində Osmanlı keçmiş müttəfiqləri olan İngiltərə və Çar Rusiyası ilə düşmən oldu (1806). İngilis donanmasının Çanaqqala boğazına qədər irəliləməsi (fevral 1807) və bölgəni blokadaya alması nəticəsində İstanbulda başlayan qıtlıq və bahalıq əhalinin reform səbəbilə yaranan narazılığını daha da artırdı. Gələn düşmən donanmasının yeniçəri ocağını məhv etmək üçün xüsusi olaraq dəvət edilməsi barədə yayılan şaiyələr isə meydanı daha da qızışdırdı.

Fevral ayının sonlarında ingilis donanmasının geri çəkilməsinin ardından 12 aprel 1807-ci ildə ordu yeni bir rus səfərinə çıxdı və Nizam-ı Cədid əleyhdarı olub Şahzadə Mustafayla gizlicə ittifaq qurduğu iddia edilən Kösə Musa Paşa sədarət naibi təyin edildi. Ordu Ədirnəyə çatanda İstanbulda Sultan Səlimə qarşı tərtiblənən ayaqlanmanın hazırlığı başa çatmışdı. Sədrəzəm İbrahim Paşa və digər önəmli dövlət adamları yeniçərilərlə birlikdə səfərdə olduğundan bu ayaqlanma məhz idarəetmənin ikinci pilləsi tərəfindən tərtiblənmişdir. Kösə Musa Paşa və şeyxülislam Ataullah Əfəndi tərtiblənən üsyan 4 gün davam etdi və Sultan Səlimin taxtdan endirilməsi ilə nəticələndi (25 – 29 may 1807). Üsyançılar sədrəzəm və şeyxülislamın seçdiyi 11 nəfərin edamıyla kifayətləndi. Üsyanın ilk günü Mahmud Raif Əfəndi və Xəlil ağa öldürüldü. Sultan Səlim taxtda qalacağı ümidiylə olduqca çətinliklə qurduğu və islahatların maddi bünövrəsini təmin edən dəftərdarlığı ləğv etdi. Üsyançıların tələb etdiyi bəzi şəxsləri gizlicə saraydan qaçırdıb digərlərini cəllada təslim etsə də, qaçanlar daha sonra ələ keçirilib meydanlarda edam edildi. Çox keçmədən Şahzadə Mustafanın adı hallanmağa başlandı. Bundan qəlbən inciyən Sultan Səlim qardaşı oğlunu öz əlləriylə taxta oturtduqdan sonra 18 il öncə tərk etdiyi Şimşirlik bölümünə geri döndü. IV Mustafa isə taxtda çox qala bilmədi və 14 ay sonra yenə bir saray çevrilişi ilə taxtdan endirildi. Bu əsnada əmisini saray həkimi Lorenzo vasitəsilə zəhərləmək istəsə də, Lorenzo bundan imtina edib gizlicə saraydan qaçdı.

Ələmdar Mustafa Paşa ətrafında toplanan Sultan Səlim tərəfdarlarının tərtiblədiyi çevriliş cəhdi də uğursuz nəticələndi. 28 iyul 1808-ci ildə səhər saatlarında baş tutan bu çevrliş gün sonunadək davam etdi. Saray qapılarını qırıb içəri girənlər isə sultanın qapı önündə bir şiltə üzərinə buraxılan cəsədi ilə qarşılaşdılar. Sabiq sultanın cəlladları arasında vaxtilə anası Mihrişah Sultanın kəndxudası olan Yusif ağa da vardı.

Günorta saatlarında Sarayburnu sahilindən top atəşləri atılmağa başlandı. Bu səltənət dəyişikliyinin rəmzi idi ancaq bütün İstanbul əhli taxta kimin çıxdığını bilmirdi. Hamı Sultan Səlimin yenidən taxta çıxarıldığını zənn edirdi. Ancaq bir neçə saat sonra dəllallar taxtın yeni sultanının II Mahmud olduğunu elan etdilər. Belə ki, Sultan Səlim qətlə yetirilmiş, vəliəhd Şahzadə Mahmud isə çətinliklə xilas edilərək taxta çıxarılmışdı. Aralarında baş çuxadar Əbdülfəttah ağa, kəndxuda Əbə Səlim, xəzinə vəkili Nəzir ağanın da olduğu 20-yə yaxın şəxs anidən hücum edərək sabiq sultanı şəhid etdilər. Ertəsi gün geniş bir xalq kütləsi ilə cənazəsi saraydan çıxarıldı və Sultan Mustafa türbəsində atasının yanına dəfn edildi.

Olduqca yenilikçi bir padşah olan Sultan Səlim səltənəti boyunca bir çox ilklərə imza atmışdır. Belə ki, 1797-ci ildə Avropadan gələn bir qrup sənətçi tərəfindən ilk dəfə İstanbulda opera səhnələşdirilmişdir. Əslən fransız olan səyyah və memar Antuan İgnas Melling bu illərdə İstanbulda yaşamış və burada bir çox əsər inşa etmişdir. Bunlardan ən önəmlisi isə Sultan Səlimin bacısı Xədicə Sultan üçün inşa etdirdiyi saray idi. Sultan Səlim vaxtının çoxunu məhz burada keçirirdi.

Eyni zamanda bəstəkar da olan Sultan Səlimin günümüzə qədər gəlib çatan və sevilən bir çox əsəri bəstələdiyi bilinir.

Əhməd adlı bir oğlu olsa da, bir neçə gün sonra vəfat etmişdir.

• Nafizər Başqadınəfəndi (d. 1770 — ö. 30 may 1792)
• Hüsnümah Başqadınəfəndi (d. 1772 — ö. 1814) — Məzarı Sultan Mustafa türbəsindədir.
• Zibifər Qadınəfəndi (d. 1773 — ö. 30 yanvar 1817)
• Afitab Qadınəfəndi (d. 1773 — ö. 1807)
• Rüfət Qadınəfəndi (d. 1780 — ö. 22 oktyabr 1867) — Məzarı .
• Nurişəms Qadınəfəndi (d. 1781 — ö. may 1826) — Məzarı Sultan Mustafa türbəsindədir.
• Dimxoş Qadınəfəndi (ö. 1807)
• Qönçənigar Qadınəfəndi (ö. 1807)
• Məhbubə Qadınəfəndi (ö. 1806)
• Tabısəfa Sultan (ö. 15 mart 1855) — Məzarı Sultan Mustafa türbəsindədir.
• Mehriban xanım
• Nəfisə xanım (ö. 1809)
• Pakizə xanım
• Fatma Firicahan xanım
• Aynısəfa xanım
• Safizər xanım (ö. 30 may 1792) — Məzarı Sultan Mustafa türbəsindədir.
• Məryəm xanım (ö. 1807)