1813-cü il Gülüstan sülh müqaviləsi ilə Bakı xanlığının Rusiya imperiyasına birləşdirilməsindən sonra Lənkərandan bir az şimalda yerləşən Sarı adasında dəniz stansiyası salınmışdı. Bu eskadranın gəmiləri İrandan Bakıya, oradan isə Həştərxana və geriyə üzən gəmilərə sərhəd nəzarətini, həmçinin qaçaqmalçılıq daşımalarının yoxlanışını həyata keçirirdi. Həmin illərdə Xəzər dənizində əsasən sahilboyu kabotaj üzmə üstünlük təşkil edirdi. Xəzər donanması eskadrasının donanma ekipajı üçün Sarı adasında kazarmalar tikilmiş, qərargah, ərzaq anbarı və xəstəxana yaradılmışdır. 1822-ci ildə orada xidmət edən zabitlərin və digər dəniz rəsmilərinin təşəbbüsü ilə adada "Müqəddəs Tanrıdoğuran, onun şərəfli vəfatı naminə" kilsə tikilmişdir.

1843-cü ildə əlverişsiz iqlim şəraiti ilə əlaqədar olaraq adada ölüm hallarının yüksək olması səbəbindən Rusiya imperatoru I Nikolay Pavloviçin fərmanı ilə Sarı adası yanında Xəzər donanması eskadrası ləğv edilmiş, eskadra Bakı qalasına köçürülmüşdür. 1844-cü ilə qədər Sarı adasında binalara, o cümlədən dindarsız qalan kilsəyə nəzarət etmək üçün kiçik bir qaravul var idi.

29 iyul 1844-cü ildə Həştərxan limanının və Xəzər donanmasının baş komandiri kilsənin kassasında saxlanılan kilsə pullarının hesabına kilsənin Bakıya, xəstəxanaya köçürülməsi barədə sərəncam verməsi üçün ordu və donanmaların baş keşişi, protoiyerey Vasili Kutneviçə müraciət etmişdir. Ordunun və donanmanın baş keşişinin müxtəlif idarələri ilə sonrakı yazışmaları nəticəsində köçürmə məsələsi həll olunmuşdur. Kilsə Bakıya, dövlət binalarından aşağı dəniz rütbələrinin iqamətgahı olan Donanma həyəti və ya Dəniz həyəti adlanan yerdəki lazarətə, yerləşən ikimərtəbəli karvansarayın binasına köçürülmüşdü. Bina Pskov memarlıq üslubunda dizayn edilmişdir və ibadət otağı gəmi göyərtəsini xatırladır.

Kilsə ilk dövrlərdə Donanma kilsəsi adlandırmışdır. Protoiyerey Yunitski öz kitabında kilsənin artıq 1845-ci ildə mövcud olduğunu qeyd edir, lakin məbədin kim tərəfindən və nə vaxt inşa olunduğu bilinmir. Hərbi ruhani, 45-ci donanma ekipajının keşişi Vasili Kudryaşevin ordu və donanmaların baş keşişi, protoiyerey Vasili Kutneviçə təqdim edilən "1847-ci il üçün onun tabeliyində olan kilsələr və keşişlər barədə məlumatı"ında bildirilmişdir ki, kilsə binası daşdandır. Kilsəyə 45-ci dəniz donanmasının heyətində ilahiyyat elmləri kursunu bitirmiş keşiş və ruhani Vasili Kudryaşev təyin edilmişdir. 1854-cü ildə Bakı yaxınlığında hidroqrafik tədqiqatlar aparan İmperator Rus Coğrafiya Cəmiyyətinin üzvü, baş leytenant Nikolay Makaroviç Filippovun məlumatına görə, Dəniz Departamentinin bütün rütbələrinin istifadəsi üçün Bakı yerləşən kilsəyə bitişik ona bitişik bir xəstəxana var idi.

"Kavkaz" qəzetinin 1855-ci il tarixli, 39 saylı nəşrinin məlumatına görə, məbəd Xəzər dəniz idarəsinin bütün rütbəli şəxsləri tərəfindən, Rusiya könüllü donanmasının və polkunun şefi şərəfinə tikilmişdir.Bakı qalasının 1854-cü il tarixli baş planının məlumatlarına əsasən kilsə Müqəddəs Məryəmin ölüm gününə həsr olunmuşdur.

XIX əsrin sonlarına qədər Bakıda və onun forştadtında demək olar ki, iki və daha çox mərtəbəli binalar yox idi və buna görə də digər tikililərin üstündə ucalan Donanma kilsəsinin günbəzi aydın formada müşahidə edilirdi. Bundan əlavə, kilsənin Şamaxı yolunun keçdiyi gələcək Bazarnaya (indiki Azərbaycan prospekti) yaxınlığında yerləşməsi Bakıya gələn vəzifəli şəxslərin onu ziyarət etməsi üçün uyğun şərait yaratmışdır.

1850-ci ildə Cənubi Qafqaz regionuna səfəri zamanı Rusiya vəliəhdi Aleksandr Nikolayeviç, gələcək imperator II Aleksandr başqa şəhərlərlə yanaşı Bakıda olmuş, burada dəniz kilsəsini də ziyarət etmişdir. Bundan başqa, 1858-ci ildə Gürcüstan ekzarxı, mitropolit Bakıda tikilmiş üçüncü məbədi – Nikolay kilsəsini təqdis etmək üçün keçirdiyi səfərdə Donanma kilsəsini də ziyarət etmişdir.

1868-ci ildə 21 saylı Qafqaz sıra batalyonunun adı dəyişdirilərək 66-cı Bakı quberniya batalyonu adlandırılmışdır və Lənkərandan Bakıya köçürülmüşdü. Batalyon İçərişəhərdə yerləşdirilmişdi. 1833-cü ildən o zaman 8-ci gürcü sıra batalyonu adlanan və Lənkəran qalasında yerləşən bu batalyonun ştatında keşiş var idi. Batalyon kilsəsi Müqəddəs Arxangel Mixailin adına idi. Əsasən məbədin kilsə bayramı olan Arxangel Mixail batalyon bayramı 8 noyabrda qeyd olunurdu. Lənkəranda ləğv edilmiş batalyon kilsəsindən kilsə əşyaları, ikonalar, doğum dəftərləri və digər kilsə sənədləri Bakıya gətirilmişdi. Batalyonun ştatında keşiş Pavel Puzanov var idi və kilsə binası üçün Qız qalasının yanında Nikolay kilsəsinin binasından istifadə olunurdu, lakin bu, əlvərişsiz idi. Bu səbəbə görə, 15 avqust 1873-cü ildə II Aleksandrın əmri ilə qab-qacaq və ikonasız qalmış kilsə 66-cı Bakı quberniya batalyonunun (sonradan ) ehtiyaclarının qarşılanması üçün həmin hərbi idarənin tabeliyinə verilmişdir. Bu dövrdə kilsə Batalyon kilsəsi, sonralar Alay kilsəsi adlandırmışdır, baxmayaraq ki, şəhərdə hələ də Donanma kilsəsi adlanırdı. Əlavə olaraq, kilsə Dəniz kilsəsi və ya Köhnə dəniz kilsəsi adları ilə də xatırlanırdı.

1874-cü ildə forştadtda yerləşən uçuq-sökük tikililər, Donanma kilsəsinin binası istisna olmaqla onların altındakı torpaq sahəsi (donanma həyəti) ilə birlikdə həyətin ona əlavə edilmiş bir hissəsi lazımsız hesab olunaraq Dənizçilik İdarəsi tərəfindən satışa çıxarılmışdır. Donanma həyətinin bir hissəsi olan bu tikililər satıldıqdan sonra kilsə tək başına, yalnız sakinlərin evləri ilə əhatəsində qalmışdır. Satılan binalar sonradan şəhərin daşınmaz əmlakına çevrilmiş, sonralar onlarda kilsədən divarla ayrılmış jandarm dəstəsinin kazarmaları yerləşdirilmişdir. 1875-ci ildə kilsənin idarə olunması Xəzər yeparxiyasının tabeliyinə verilmişdir.

Xristian keşişi Kozma Fyodoroviç Spasski-Avtonomovun 1877-ci ildə verdiyi məlumata görə, Donanma kilsəsinin günbəzi sökük idi və kilsənin təmirə ehtiyacı var idi. Kilsədə ibadətlərin aparılması 1890-cı ilə qədər Bakı hərbi limanının keşişlərindən birinə tapşırılımış və həmin vaxta qədər batalyon kilsəsi adına Bakı limanı kilsəsinə aid edilmişdir. 1873-cü ildən 1890-cı ilə qədər batalyon kilsəsində tamştatlı keşiş yox idi. 1890-cı ildə batalyon 12-ci Qafqaz ehtiyat batalyonuna çevrildikdən sonra onun heyətinə bir keşiş də daxil edilmişdir. Bu vəzifəni 15 iyul 1890-cı ildən 1914-cü ilə qədər vəzifədə olan keşiş İoann Vissarionoviç Liadze icra etmişdir. 1891-ci ilin noyabrından 1892-ci ilin noyabrına qədər binada vəsaiti hesabına 22,000 rubl dəyərində təmir işləri aparılmışdır. Kilsədə yeni çar qapıları və gurbangah quraşdırılmışdır, həmçinin məbədin digər yerləri də dəyişdirilmişdir. Bütün nəqqaşlıq işləri rəssam Ems tərəfindən görülmüşdü.

1 noyabr 1892-ci ildə yenicə bərpa edilmiş məbəddə Nikolay kilsəsinin protoiyereyi və baş keşişi Aleksandr Vasilyeviç Yuniski tərəfindən ruhanilər məclisi ilə birgə Müqəddəs Arxangel Mixailin şərəfinə müqəddəsləşdirilmə mərasimini həyata keçirilmişdi. Kilsədə bir çox ikonalar var idi, amma onların arasında daha çox Müqəddəs Mitropolit Moskvalı Aleksi və Yaşayan İlahi Ana ikonaları seçilirdi. Bu ikonalar Salyan alayına Afonda yerləşən hədiyyə kimi göndərilmişdi. Kilsədə Müqəddəs Mixail adına yalnız bir var idi. Həmin ilin 8 noyabr tarixində, Arxangel Mixailin günündə kilsə öz himayədarlıq bayramını qeyd etmiş və həmin gün həmişəki kimi ümumi batalyon paradı təyin olunmuşdur.

1893-cü ildə keşiş İoann Liadzenin məlumatına görə, kilsə təmirdən əvvəl daşdan hazırlanmış binaya sahib idi. Onun daxili uzunluğu 199 metr (653 ft) və eni 85 metr (279 ft) idi. Kilsənin zəngi taxta sütunlar üzərində, kilsənin yanında yerləşən binanın yastı damında yerləşdirilmişdi. Kilsədə müqəddəs Arxangel Mixailin şərəfinə təqdis edilmiş bir taxt yerləşirdi. Xorun saxlanması kilsəyə ildə 600 rubla başa gəlirdi. Kilsənin yanında dövlət binasında keşiş üçün otaqlar yerləşirdi və kilsə kitabxanasında 120-yə qədər müxtəlif adda oxumaq üçün kitablar var. Kilsənin bərpasından sonra onun günbəzi taxta ilə hazırlanmışdır. Onun daxili uzunluğu 206 metr (676 ft), eni isə 85 metr (279 ft) metr olmuşdur. Taxta ikonostas dəyişdirilmiş və rəsm 1892-ci ildə yenilənmişdir. Sonrakı illərdə kilsənin damı dəmirlə örtülmüşdür.

Bu dövrdə onun ziyarətçiləri Salyan ehtiyat alayının məmurları, o cümlədən Bakı jandarm idarəsinin, yerli xəstəxananın, rayon hərbi komandirinin idarəsinin rütbəliləri və şəhər əhalisindən olan dindarlar idi. 1894-cü ildə Donanma kilsəsində əvvəllər Bayılda yerləşən liman kilsəsində xidmət etmiş regentin rəhbərliyi ilə "Müzəffərlər" progimnaziyasının tələbələrindən, təlim alay komandasının uşaq musiqiçiləri və yerli müəssisələrin məmurlarından ibarət yeni kilsə xoru təşkil edilmişdir. 8 noyabr 1899-cu ildə kilsəyə müqəddəs Arxangel Mixail adına ikona bağışlanmışdır. Bu ikona Salyan polkunun himayəçisi sayılırdı.

1905-ci ildə Xəzər dəniz batalyonunun yaradılmasının yüzilliyi münasibətilə Salyan alayının komandiri komandiri polkovnik Mamvriyski şəhər merindən kilsədə yenidənqurma işlərinin aparılmasını istəmişdir, lakin bu, qəbul edilməmişdir. 1907-ci ildə 206-cı Salyan piyada alayının kilsəsi kimi başqa bir Arxangel Mixail kilsəsi yaradılmışdır, lakin bu kilsə 1920-ci ildə bağlanmışdır. 1990-cı illərdə bərpa edilən kilsə indi Müqəddəs Mürdaşıyan Zənənlər Kafedralı kimi tanınır.

Bu dövrdə Salyan alayı üçün yeni hərbi şəhərciyin tikintisinə başlanılmışdır. Yeni Salyan kazarmasının tikintisi 1909-cu ildə başa çatdırılmış, elə həmin vaxtda da Arxangel Mixailin şərəfinə təqdis olunmuş yeni alay məbədinin tikintisi başa çatdırılmışdır. Köhnə alay və Donanma kilsəsi bu məbədə təhkim olunmuşdur. Onun yanında keşiş üçün dövlət hesabına mənzil var idi. Ştat üzrə Salyan alayına bir keşiş nəzərdə tutulmuşdu, buna görə də İoann Liadze Salyan kazarmasında yeni alay kilsəsində xidmət edirdi. Köhnə alay kilsəsində 1909-cu ildən sonra ibadətləri şəhər məktəblərinin hüquq müəllimi ata Aleksandr Levintsov (1911), daha sonra isə keşiş Vasili Xidaşeli (1913) yerinə yetirmişdir. 1919–1920-ci illərdə P. Davidov köhnə donanma Arxangel Mixail kilsəsinin keşişi idi. 1918-ci ildən 1923-cü ilə kimi Mixail Arxangel kilsəsinin baş keşişi protoiyerey olmuşdu. Sonradan o, Novosibirsk şəhərinin mitropoliti olmuşdur.

Kilsə 1936-cı ildə kilsə bağlanmış və orada yataqxana yaradılmışdır. İkinci Dünya müharibəsi başa çatdıqdan sonra Nasist Almaniyasının məğlub edilməsində dinin rolunu qiymətləndirən sovet hökuməti binanı Rus Pravoslav Kilsəsinə qaytarmışdır. 1946-cı ildə məbəd yenidən ibadət üçün açılmış və o vaxtdan bəri heç vaxt bağlanmadı.

1966-cı ildə Milad bayramı zamanı kilsədə yanğın baş vermişdir. O vaxt Bakıda Müqəddəs Mixail Arxangel kilsəsində keşiş işləmiş Novosibirsk yeparxiyasının ruhani atası protoiyerey İoann Kolodi təmir üçün Moskvaya getməli olmuşdu. Burada o, seminariyada sinif yoldaşı yepiskop Hermogen (Orexov) ilə görüşmüşdü. Yepiskop Ata İoann və o vaxt Tallin və Estoniya arxiyepiskopu olan patriarx arasında görüş təşkil edə bilmişdi. Moskvadan palex sənətkarlarına aid üçyaruslu oyma ikonostas, müqəddəs Kiril və Mefodinin və knyaz Vladimirlə knyaginya Olqanın ikonaları ilə iki kiot hədiyyə edilmişdir. Həmin vaxt Azərbaycan SSR Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsinin sədri vəzifəsində çalışan Heydər Əliyevin dəstəyi ilə 1967-ci ildə kilsə yenidən fəaliyyətə başlamış, onun şifahi göstərişinə əsasən zəruri tikinti materialları zədələnmiş kilsənin prixod mənsubu olan Mərkəzi Komitənin işçilərindən birinə verilmişdir.

Azərbaycan 1991-ci ildə Sovet İttifaqından müstəqillik əldə etdikdən sonra Birinci Qarabağ müharibəsinin baş verməsi ilə ölkədə ağır iqtisadi vəziyyət yaranmışdı. Kilsəyə düzgün qulluq etmək, onun istilik sistemlərini işə salmaq və ya müntəzəm təmir işləri aparmaq mümkün olmamışdı. Nəticədə kilsədəki rəsmlər tədricən dağılmağa başlamış, dam, günbəz və s. yararsız hala düşmüşdür. 1990-cı illərin birinci yarısında təmir işləri aparmağa cəhd edilmişdir, lakin vəsait yalnız bütün divarları boya qatı ilə örtməyə kifayət etmişdi, nəticədə divar rəsmləri tamamilə məhv olmuşdur.

25 may 2001-ci ildə Moskva və Ümumrusiya Patriarxı II Aleksey Mixail Arxangel kilsəsinə baş çəkmiş və burada dua mərasimini həyata keçirmişdi. 2000-ci ildə Bakı yeparxiyasının arxiyepiskopu Aleksandr İşeinin təşəbbüsü ilə məbədin aşağı mərtəbəsində müqəddəs həvari Varfolomey adına prixodun (aşağı kilsə təşkilatına mənsub üzvlərinin yaşadığı yer) tikintisinə başlanmış və bu, 2006-cı ildə yekunlaşmışdır. Kilsə kompleksində Apostol Varfolomeyin adı verilmiş aşağı kilsə də mövcuddur.

2013-cü ildə 4 mərtəbəli kilsə binasının tikintisinə başlanılmışdır. 2015-ci ildə "VTB Bank-Azərbaycan" ASC-nin İdarə Heyətinin sədri Yuri Dmitriyeviç Yakovlevin dəstəyi sayəsində məbədin dam örtüyü tamamilə dəyişdirilmişdir. 2018-ci ildə yerli əhalinin dəstəyi sayəsində yeni günbəz quraşdırılmış və qızılı xaç qoyulmuşdur. 2019-cu ildə məbədin ərazisində "Lukoyl-Azərbaycan" QSC-nin dəstəyi ilə həyata keçirilən yeraltı kommunikasiyaların abadlaşdırılması tam başa çatdırılmışdır. Həmçinin, memar Sabir Məhərrəmovun təmənnasız təqdim etdiyi layihəsi çərçivəsində yeni pəncərələr və dekorativ barmaqlıqlar, istilik sistemi quraşdırılmış, köhnə kilsə binasının dam örtüyü dəyişdirilmiş, məbədin küçə fasadları bərpa edilmiş və yeni darvazalar salınmışdır. Layihənin maliyyələşdirilməsi ianələr əsasında həyata keçirilmişdir.

2020–2021-ci illərdə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin sərəncamı ilə Mixael Arxangel kilsəsi kompleksi dövlət fondu və xeyriyyəçilərin vəsaiti ilə tamamilə yenidən qurulmuş və bərpa edilmişdir. Bu prosesdə kilsənin fasadı bərpa edilmiş, zərli günbəz quraşdırılmış, zəng qülləsi tikilmiş, interyeri abadlaşdırılmış, kilsə tağlarının tarixi rəsmləri yenilənmiş, qurbangah, günbəz, divarlar və narteks tamamilə rənglənmişdir. Bu, peşəkar ikon rəssamları tərəfindən icra edilmişdir. Yenidənqurma işi "ArchiSO" tikinti şirkətinə həvalə edilmişdir. 2022-ci ilin aprelində kilsə fəaliyyətinə davam etməyə başlamışdır.

Kilsədə kimsəsizlər üçün xeyriyyə yeməkxanası fəaliyyət göstərir. 2020-ci ildə burada 15-ə yaxın nəfər müntəzəm olaraq həftə içi günlərdə isti yemək alırdı, həftə sonları və bayram günlərində isə onların sayı 30–40 nəfərə çatırdı. Yataq xəstəsi deyilən xəstələrin evlərinə isti yeməklər də verilir və xüsusi qablarda isti yeməklər verilirdi. Azərbaycanda COVID-19 pandemiyası səbəbilə tətbiq edilmiş karantin rejimi ərzaq qıtlığı ilə bağlı çətinliklər yaratmış, xeyriyyə yeməkxanasının fəaliyyətini də müvəqqəti olaraq dayandırılmışdır. "VTB Bank-Azərbaycan" və "Yelo Bank"ın dəstəyi sayəsində 2020-ci ilin mart ayından kilsənin sosial şöbəsi ehtiyacı olan ailələrə yardım üçün xeyriyyə proqramına başlaya bilmişdir. Bu proqram çərçivəsində ehtiyacı olanlara ərzaq bağlamaları çatdırılmış, 200-ə yaxın insana lazımi ərzaq yardımı edilmişdir. 2018-ci ildən bəri İsanın doğulması ərəfəsində ianələrin dəstəyi ilə sosial cəhətdən imkansız ailələrin uşaqları üçün tədbirlər keçirilir. 2020-ci ildə Azərbaycan animatoru Tatyana Dolivetsin iştirakı ilə 54 uşaq üçün bayram şənliyi təşkil olunmuşdur. Kilsə İkinci Dünya müharibəsi veteranları üçün də tədbirlər təşkil edir.

Kilsənin sosial şöbəsi kilsə rektorunun rəhbərliyi ilə Azərbaycanın penitensiar müəssisələri ilə qarşılıqlı əlaqədə olur. Mövcud müqaviləyə əsasən, kilsədə xidmət edənlər islah müəssisələrinə baş çəkirlər, burada azadlıqdan məhrumetmə növündə cəza çəkən şəxslərlə görüşlər və xidmətlər keçirilir, bəzən vəftizetmə mərasimləri baş tutur. Bundan başqa, İyoxsul insanlara tibbi məsləhətlər verilməsi üçün prixod mənsubu şəxslər arasından ixtisaslı həkimləri cəlb edilir. Kilsədə hər bazar günü uşaqlar üçün ödənişsiz din məktəbi fəaliyyət göstərir. Məktəbdə həftədə bir dəfə ibadətdən sonra uşaqlara "Bibliya", xor və ikonoqrafiya dərsləri tədris edilir. Məktəb müəyyən şəraitə görə Azərbaycan dilini bilməyən və buna görə də sosial, siyasi, mədəni və iqtisadi tədbirlərdə iştirak etməkdə çətinlik çəkən Azərbaycan cəmiyyətinin rusdilli təbəqəsi üçün Azərbaycan dilinin öyrənilməsi üzrə pulsuz kurslar təşkil etmişdir. Bu proqram Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Bilik Fondunun iştirakı ilə həyata keçirilmişdir. Fondun ləğv edilməsindən sonra kurslar dayandırılmışdır. Kilsə 2019-cu ildə könüllülərin iştirakı ilə 10–11-ci sinif şagirdləri üçün kompüter savadlılığı kursları və orta məktəbin həm kiçik, həm də yuxarı sinif şagirdləri üçün ədəbiyyat kursları layihəsinə start vermişdir. 2020-ci ildə karantin rejimi ilə əlaqədar olaraq dərslər müvəqqəti olaraq dayandırılmışdır.

23 iyun 2023-cü il tarixində Kazan və Tatarıstan mitropoliti Kirill və Bakı yeparxiyasını müvəqqəti idarə edən Pyatiqorsk və Çərkəzistan arxiyepiskopu Feofilakt Arxangel Mixail kilsəsini ziyarət etmişdilər. 19 avqust 2024-cü ildə Rusiya Prezidenti Vladimir Putin və Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev Bakıda Müqəddəs Mirra Daşıyan Qadınlar Katedralini ziyarət ediblər, RİA Novosti-nin müxbiri xəbər verir.

Kilsənin tarixi keşişləri bunlar olmuşdur:

• 1845-ci ildən sonra — Vasili Kudryaşev
• 1868 — Aleksandr Preobrajenski;
• 1868–1871 — protoiyerey Dmitri Bordyujo;
• 1869 — Pavel Puzanov;
• 1869 — İoann Kostyanski;
• 1889 — iyerey Qreçko;
• 1890-cı ilə qədər — Nikolay Mirolyubov;
• 1890–1914 — İoann Vissarionoviç Liadze;
• 1909–1911 — Aleksandr Levintsov;
• 1911–1913 — Vasili Xidaşeli;
• 1919–1920 — P. Davidov;
• 1920–1923 — Sergey Qorodtsev.

• Əlizadə, Anar. Azərbaycanda xristianlıq: keçmişdən bu günə (az.). Bakı: Elm və təhsil. 2016. ISBN 978-9952-8305-4-5.