XX əsrin əvvəllərində Azərbaycana böyük sayda rus mənşəli insanların gəlməsi və onların dini həyatlarının tənzimlənməsi ilə əlaqədar 1905-ci ildə yaradılan bu idarə ilk vaxtlar Bakı arxiyerey kafedrası adını daşımış, daha sonra ona "Bakı və Xəzəryanı" statusu verilmişdir. Çar Rusiyası dövründə Bakı və Xəzəryanı Yeparxiyanın səlahiyyəti Xəzər dənizinin qərb sahilində yerləşmiş pravoslav təsisatları ilə məhdudlaşırdı. Bu idarənin ilk yepiskopu təyin edilmişdir. Qısa müddət yeparxiyaya rəhbərlik etmiş bu din xadimi ilahiyyat və xristianlıq sahəsində dərin biliyi ilə seçilmiş, yüksək idarəçilik qabiliyyətinə və natiqliq məharətinə malik olmuşdur.

Bu yepiskoplar arasında Mitrofan Polikarpov yeparxiyanın tarixində xüsusi rol oynamışdır. Repressiya illərində idarəyə başçılıq etmiş həmin şəxs çətin dövrdə yeparxiyanın fəaliyyətini istiqamətləndirmi, bu işdə bir çox çətinliklərlə üzləşmişdir. Sovet hakimiyyəti tərəfindən bir neçə dəfə həbs edilmiş, təqiblərə məruz qalmış yepiskop Mitrofan 1931-ci ildə Bakıya gələrək, Bakı və Xəzəryanı yeparxiyanın rəhbərliyini öz üzərinə götürmüş və patriarx Tixonun tutduğu yolu davam etdirmişdir. Həbsxana həyatı onun sağlamlığını zəiflətmiş və o, 1934-cü il dekabrın 16-da vəfat etmişdir. O, Bakı şəhər qəbirstanında dəfn edilmişdir. Onun qəbir daşında bu cümlələr həkk olunmuşdur: "Burada 1871-ci ildə dünyaya gəlmiş və 16 dekabr 1934-cü ildə vəfat etmiş Bakı və Xəzəryanı yeparxiyanın yepiskopu Mitrofan dəfn edilmişdir".

Yepiskop Mitrofandan sonra yeparxiyaya bir neçə ay rəhbərlik etmişdir. 1934-cü ildə onun vəzifədən uzaqlaşması ilə Bakı və Xəzəryanı yeparxiyanın fəaliyyəti dayanmışdır.

Azərbaycan xalqının yenidən azadlığa qovuşması, müstəqilliyini bərpa etməsi və öz dövlətçilik ənənəsini dirçəltməsi Bakı və Xəzəryanı yeparxiyanın ikinci dəfə həyat qazanmasına səbəb olmuşdur. 1998-ci il dekabrın 28-də Moskva və Ümumrusiya Patriarxı və Müqəddəs Sinodunun qərarı ilə Bakı və Xəzəryanı yeparxiya bərpa edilmişdir.

Bərpa edilmiş yeparxiyanın səlahiyyyətləri daha da genişləndirilmiş, Azərbaycan və Dağıstan Respublikalarının ərazilərində yerləşən pravoslav təsisatları onun idarəçiliyinə verilmiş və Aleksandr İşein buranın yepiskopu təyin edilmişdir.

Hazırda yeparxiyanın tərkibində 4 blaqoçınni, yəni şöbə fəaliyyət göstərir. Onlardan ikisi Azərbaycanda (Bakı və Azərbaycan rayonlarının blaqoçinnilərı), ikisi isə Dağıstanda (Mahaçkala və Qızlar blaqoçinnilərı) yerləşir. Burada otuzdan artıq keşiş və rahib dindarlara xidmət göstərir. Onlar arasında müxtəlif kilsə rütbələrinə mənsub ruhanilər var.

Bundan başqa, Bakı və Xəzəryanı yeparxiyanın tərkibində iyirmidən artıq məbəd var ki, onlardan üçü Bakıda, digərləri isə Sumqayıt (Serafim Sarovski məbədi), Gəncə (Aleksandr Nevski kilsəsi) və Xaçmaz (Möcüzə göstərən Nikolay kilsəsi) şəhərlərində fəaliyyyət göstərirlər. Eyni zamanda, Dağıstanın müxtəlif şəhər və qəsəbələrində yeparxiyanın ondan artıq məbədi var.

Bakı viqariyası

• (19 may — 2 iyun 1905)
• Petr Qonçuev (iyul 1905 – 6 aprel 1907)
• (9 may 1907 – 31 dekabr 1910)
• (13 fevral 1911 – 13 dekabr 1912)
• (13 dekabr 1912 – 13 noyabr 1917)

Bakı yeparxiyası

• (yanvar 1919–1923)
• Dmitri Dobroserdov (iyun–sentyabr 1923)
• (yanvar–avqust 1924)
• (27 avqust 1924 — dekabr 1928)
• Serafim Protopopov (6 dekabr 1928 – 16 aprel 1930)
• Nikon Purlevski (16 aprel — 24 oktyabr 1930)
• (11 noyabr 1930 – 29 sentyabr 1931)
• Mitrofan Polikarpov (1931 — fevral 1933)
• (16 fevral — 11 avqust 1933)

Bakı viqariyası

• Valentin Mişuk (26 fevral 1994 – 17 iyul 1995)

Bakı yeparxiyası

• Aleksandr İşein (14 yanvar 1999 – 10 iyun 2021)
• (13 iyun 2024 - bu günə kimi)