II Kalbalı xanın digər oğlu Cəfərqulu xan Naxçıvanski 1860-cı il fevralın 17-də Naxçıvanda anadan olmuşdur. İlk təhsilini çarın Paj korpusunda almışdır. Hərbi xidməti dövründə 1877-ci il iyunun 10-dan ulan alayının leyb-qvardiyasında kornet, sonra isə 15-ci Tver alayında poruçik rütbəsində qulluq etmişdir. O, Mərkəzi Asiya, Ərzurum və Ahaltəkədə hərbi əməliyyatlarda yaxından iştirak etdiyinə görə 1881-ci ildə ştabs-kapitan rütbəsi almışdır. Hərbi xidmətlərinə görə III dərəcəli "Müqəddəs Stanislav", IV dərə- cəli "Müqəddəs Vladimir", III dərəcəli "Müqəddəs Anna", II dərəcəli "Mü- qəddəs Stanislav" ordenləri ilə təltif edilmişdir

Cəfərqulu Xan Naxçıvanski Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti dövründə Naxçıvan bölgəsinin ictimai-siyasi həyatında və bölgənin qarşılaşdığı problemlərin həllində mühüm rol oynamışdır. Cümhuriyyətin yaranması ərəfəsində və onun fəaliyyətinin ilk çağlarında Naxçıvan Milli Komitəsinin sədri kimi bölgənin erməni təcavüzündən müdafiəsində, əhalinin daşnakların törətdikləri qırğınlardan xilas edilməsində fəal iştirak etmişdir. Araz-Türk Cümhuriyyətinin süqutundan sonra Kalbalı xan və Kərim xan Irəvanski ilə birlikdə mahalda yeni qurum–Müvəqqəti hökumət yaratmış və onun sədri olmuşdur.

Naxçıvandakı ingilis general-qubernatoruna ünvanladığı 1919-cu il 26 fevral tarixli məktubda Osmanlı qoşunlarının getməsindən sonra ermənilərin bölgə üçün təhlükə yaratmasından və mahalın Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətindən aralı düşməsindən ciddi narahatlıq, diyarın ana torpaqla – Azərbaycanla birləşə bilməsi üçün şəraitin təmin olunması istəyi ifadə olunmuşdur. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti rəhbərliyinin razılığı və Irəvan quberniyası müsəlmanları həmyerlilər cəmiyyətinin tapşırığı ilə 1919-cu ilin fevralında Bakıdan Naxçıvana gələn və yerli hökumətin silahlı dəstəsinin komandanı Kalbalı xanla birlikdə mahalın erməni-daşnak silahlı dəstələrindən müdafiəsi və onun tezliklə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinə qatılması məsələlərini ingilis general-qubernatoru ilə müzakirə etmişdir. Naxçıvan bölgəsində 1919-cu ilin may–iyun aylarında ingilislərin dəstəyi ilə elan olunan "erməni idarəçiliyi"nin ləğvinə, bununla da mahalın daşnaklar tərəfindən işğalının əngəllənməsinə çalışmışdır

Mahalın sovetləşdirilməsi prosesinin ilk çağlarında Naxçıvan Milli Şurasının sədri kimi yenə də bölgənin türk-müsəlman əhalisinin ermənilərdən müdafiəsi işində fəallıq göstərmiş, lakin tezliklə sovet hökuməti tərəfindən təqib olunmağa başlamış, "qardaş qırğınlarının təşkilatçısı" və "antisovet təbliğatçısı" damğaları ilə 1920-ci il avqustun sonlarında Naxçıvan Inqilab Komitəsi tərəfindən həbs edilərək, Bakıya göndərilmişdir. 1920-ci il oktyabrın 5-də qardaşı Rəhim xan Naxçıvanski ilə birlikdə Azərbaycan Müvəqqəti Inqilab Komitəsinin rəhbərliyinə ərizə ilə müraciət edərək, haqsız repressiyaya məruz qaldığını bildirsə də, azadlığa buraxılmamış, sonralar Şuşa həbsxanasına göndərilmiş və orada da vəfat etmişdir.