Əsas məqalə: Naxçıvan tarixi

Naxçıvan qəzasının relyefi əsasən dağlıq olub, ovalığın böyük hissəsi Araz çayı boyunca yerləşirdi. Qəzanın 3,410 metr (11,190 ft) yüksəklikdə olan Kəmbil, 3.380 metr (11.09 ft) yüksəklikdə olan Damaradağ və 3.918 metr (12.85 ft) yüksəklikdə olan Qapıcıq dağı kimi ən yüksək zirvələri Yelizavetpol quberniyası ilə şərq sərhədini təşkil edən Qarabağ silsiləsində yerləşirdi. Şimaldan Şərur-Dərələyəz qəzasında 3,134 metr (10,282 ft) yüksəklikdə olan Küküdağ yerləşirdi. Qəza ərazisindən Arazın sol qolları olan Naxçıvançay, Əlincəçay və Gilançay keçirdi. Qəza əhalisi ilk növbədə, xüsusilə Ordubad ərazisində maldarlıq və bağçılıqla məşğul olurdu. Qəza ərazisində demək olar ki, heç bir sənaye zavodu və ya fabrik yox idi, lakin burada ildə təxminən 250,000 funt (110,000 kq) duz istehsal edən duz plantasiyaları fəaliyyət göstərirdi.

1912-ci ildə Naxçıvan qəzasının ("sahə") aşağıdakı kimi idi:

Mərkəzi Naxçıvan şəhəri olan Naxçıvan qəzası ilk növbədə, 1828–1840-cı illərdə region 1828-ci il Türkmənçay müqaviləsinə əsasən Rusiya imperiyasına birləşdirildikdən sonra yaradılmış Erməni vilayətinin inzibati ərazi vahidlərindən biri olmuşdur. Qəza ərazisi təqribən süqut etmiş Naxçıvan xanlığına uyğun gəlirdi. Rusiya hakimiyyəti dövründə buraya Araz çayının cənubundan – İrandan çoxlu sayda erməni köçürülmüşdür.

1844-cü ildə Qafqaz canişinliyi bərpa edilmiş, Naxçıvan qəzası Tiflis quberniyasının bir hissəsini təşkil etmişdir. Qəza 1849-cu ildə yeni yaradılmış İrəvan quberniyasının tərkibinə verilmişdir. Bu yeni quberniyaya Naxçıvandan başqa İrəvan, Aleksandropol, Yeni Bəyazid və Ordubad qəzaları daxil idi. Buna baxmayaraq, Ordubad qəzası 1868-ci ildə ləğv edilərək Naxçıvan və Zəngəzur qəzalarının cənub hissələrinə birləşdirilmişdir, Zəngəzur qəzası isə şərqdən Naxçıvan qəzası ilə sərhədini qorumuşdur. Sonrakı inzibati islahatlar nəticəsində, 1870-ci ildə Naxçıvan qəzasının indiki Azərbaycanın Şərur rayonuna və Ermənistanın Vayots Dzor mərzinə uyğun gələn şimal hissəsi Naxçıvanla şimaldan həmsərhəd olacaq Şərur-Dərələyəz qəzasının yaradılması məqsədilə yeni qəzanın tərkibinə verilmişdir.

Osmanlı imperiyası 1878-ci ildən "Elviyə-yi Səlasə" adlandırdıqları Qars və Batum vilayətlərini Rusiya imperiyasına itirməkləri ilə barışmamışdı. Odur ki, 3 mart 1918-ci ildə Brest-Litovsk müqaviləsinə əsasən, Rusiya SFSR bu əraziləri Osmanlı imperiyasına güzəştə getmişdir. Brest-Litovsk müqaviləsini əvvəlcə inkar edən Zaqafqaziya Demokratik Federativ Respublikasının bu dəyişikliklərə müqavimət göstərməsinə baxmayaraq, Osmanlının 3-cü Ordusu həmin vilayətləri zəbt etməkdə müvəffəq olmuş, hətta nəzarət dairəsini İrəvan və Tiflis quberniyalarının qərb hissələrinə, o cümlədən Naxçıvan qəzasına qədər genişləndirmişdir. Osmanlı imperiyası əldə etdiyi bu əlavə ərazilər üzərində nəzarəti ayrı-ayrı Cənubi Qafqaz respublikaları tərəfindən Batum konfransında təsdiqlətmişdir.

  Əsas məqalə: Azərbaycan–Ermənistan müharibəsi (1918–1920)

Mudros müqaviləsində nəzərdə tutulduğu kimi, Osmanlı imperiyası öz qoşunlarını İrəvan və Tiflis quberniyalarından çıxarmağa, bununla da Brest-Litovsk müqaviləsində müəyyən etmiş sərhədlərə çəkilməyə məcbur olmuşdur. Osmanlı ordusunun sərkərdələrindən biri olan Yaqub Şevki İrəvan quberniyasının Osmanlı nəzarətində olmuş qəzalarında Araz Cümhuriyyətinin yaradılmasına himayədarlıq etmiş, onu mənəvi dəstək, silah-sursat və təlimatçılar ilə təmin etmişdir.

2 həftə davam etmiş Ermənistan–Gürcüstan müharibəsi başa çatdıqdan sonra Ermənistan Araz Respublikasının ərazilərini ələ keçirmək üçün öz qüvvələrini yeni mövqelərə yerləşdirmişdir. Buna baxmayaraq, ermənilərin hücumu 18 yanvar 1919-cu ildə ingilis kapitan F. E. Loton tərəfindən dayandırılmışdır. O, bu regionda yerli Britaniya hərbi qubernatorluğunu qurmuşdur. 26 yanvar 1919-cu ildə qubernatorluğun səlahiyyətləri Tiflisdə yerləşən Britaniya hərbi qərargahı tərəfindən erməni qoşunları ilə yerli müsəlmanlardan ibarət "on minə qədər yaxşı silahlanmış adam" arasında etnik toqquşmaların qarşısını almaq üçün bir vasitə kimi təsdiq edilmişdir.

Britaniyanın Araz Respublikasına rəğbəti sonradan general-mayor Vilyam Montqomeri Tomsonun Cənubi Qafqazda ən yüksək rütbəli zabit olmasından sonra tərsinə çevrilmişdir. O, xüsusilə də Azərbaycan generalı Səməd bəy ilə Osmanlı polkovniki Xəlil bəyin fəaliyyətlərini nəzərə alaraq, pantürkizmin regionda təsirli bir qüvvə olduğuna inanırdı. Tomson hesab edirdi ki, onlar "Osmanlı imperiyası ilə Azərbaycan arasında və nəticədə, milliyyətçi Türkiyə ilə Sovet Rusiyası arasında körpü qurmaq" üçün hiylə işlədirdilər. Britaniya imperiyasının qubernatorluğu ləğv etməsi və onun ərazisinin Ermənistana birləşdirilməsi planlarının açıqlanmasından sonra Gevorq Varşamyan Naxçıvanın ilk qubernatoru seçilmişdir.

3 may 1919-cu ildə Ermənistanın Naxçıvanı rəsmi olaraq ilhaq etməsi elan edilmişdir. Bundan sonra Drastamat Kanayanın komandanlığı və Britaniya nümayəndəsi general K. M. Devinin müşayiəti ilə erməni qoşunları dəmiryolu vasitəsilə Naxçıvanın cənub hissələrinə doğru irəliləməyə başlamışdır. Qüvvələr Davalıya (indiki Ararat şəhəri) çatanda Tomson onlara dayanmağı əmr etmişdir. Zəngəzurdakı erməni qüvvələri Britaniya–Azərbaycan səlahiyyətlilərinə tabe olmaqdan imtina etmişdi, Tomson isə düşünüdürdü ki, Ermənistan hakimiyyəti Zəngəzurda itaətsizliyi təşviq edərək "inamı ciddi şəkildə pozmuşdu". Tomsonun qoyduğu məhdudiyyət sonradan Aleksandr Xatisyanın Tiflisdə onunla görüşündən sonra ləğv edilmişdir. Xatisyan Tomsonu əmin etmişdi ki, Zəngəzur erməniləri Ermənistan hökumətindən müstəqil şəkildə fəaliyyətlərini davam etdirirlər. 13 may 1919-cu ildə erməni qoşunları Baş-Noraşenə (indiki Şərur) irəlilədiyi zaman Xatisyan Naxçıvana gəlmiş və Araz Respublikasının hərb naziri Kəlbəli xan Naxçıvanski ilə görüşmüşdür, bundan sonra isə Araz Respublikası faktiki olaraq Ermənistana təslim olmuşdur.

  Əsas məqalə: Qars və Naxçıvanda müsəlman üsyanları

Osmanlı imperiyasının aşkar məğlubiyyətinə baxmayaraq, Türk Milli Hərəkatına bağlı casusların Naxçıvanda yaşayan müsəlmanlar arasında üsyanı təşviq etdiyi iddia olunur. Bu proses, nəhayət, 1919-cu ilin iyulunda işğalçı Ermənistan administrasiyasına qarşı genişmiqyaslı üsyana səbəb olmuşdur. Könüllü ordunun Ermənistan tərəfindən çıxış edəcəyindən ehtiyatlanan Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti hökuməti Naxçıvandan olan üsyançılara açıq şəkildə yardım etməkdən imtina etmişdir, lakin artıq 14 iyulda üsyançılara gizli yardım göstərirdilər. 20 iyulda Naxçıvan şəhərində döyüşlər başlamışdır. Bir neçə gün ərzində şəhərdəki Ermənistan administrasiyası tamamilə devrilmiş və onun erməni əhalisi qovulmuşdur. Üsyan bütün Naxçıvan qəzasına yayıldığı üçün Cuğa (Gülüstan) erməniləri Araz çayını keçərək Qacar İranına qaçmağa məcbur olmuşdular. Naxçıvan qəzasının Ağrı vadisi hissəsində yaşayan 6,000-ə yaxın erməni Dərələyəz, Yeni Bəyazid (indiki Geğarkunik) və Zəngəzura (indiki Sünik) qaça bilmişdir. Üsyan zamanı Osmanlı hərbi komandanı Xəlil bəyin başçılığı altında olan qüvvələr Naxçıvanda 45 erməni kəndini məhv etmiş, onların 10 min nəfərlik əhalisinə qarşı qətliam törətmişdir. Bura əsasən ermənilərin yaşadığı Əylis qəsəbəsinin (indiki Yuxarı Əylis) və onun 1,400 nəfərlik əhalisinin qırğına verilməsi də daxildir. 1919-cu ilin sonlarında Səməd bəy Naxçıvandan olan qaçqınları İrana aparmağa çalışan Qacar casuslarının fəaliyyətlərindən Azərbaycan hökumətinə şikayət etmişdir.

Azərbaycanda sovet hakimiyyətinin qurulmasından bir neçə ay sonra, 18 iyun 1920-ci ildə Ermənistan İrəvan şəhərinin 15 kilometr (9.3 mil) cənub-qərbində yerləşən Zəngibasardakı (Masis) üsyançı qüvvələrə Ermənistan hakimiyyətinə tabe olmaq ilə bağlı ultimatum vermişdir. Ultimatumun cavablandırılacağını gözləməyən Ermənistan ordusu 19 iyunda üsyançıların fəaliyyət göstərdiyi ərazilərə hücum etmişdir. Zəngibasar uğrunda gedən döyüşdə Ermənistanın birinci baş naziri Hovanes Kacaznuninin oğlu leytenant Aram Kacaznuni həlak olmuşdur. Buna baxmayaraq, 21 iyunda baş tutan döyüşdə ermənilər qalib gəlmiş, əsasən tatarlardan (sonradan "azərbaycanlı" adını almışdılar) ibarət yerli müsəlmanlar qonşu Sürməli qəzasında yerləşən Aralığa qaçmışdılar. Döyüşdən sonra əslən Azərbaycanın Ərəş və Nuxa qəzalarından olan erməni qaçqınlarından ibarət könüllü dəstələr tərk edilmiş evləri qarət etmişdilər.

Ermənistan hökumətindəki militaristlərin nüfuzu Zəngibasarda əldə olunan qələbədən sonra güclənmiş, bununla da Ermənistan ordusu Vedibasar (indiki Ararat mərzinin cənubu) və Naxçıvandakı üsyançılara qarşı əməliyyatlara hazırlaşmağa başlamışdılar. 11 iyulda Vedibasar istiqamətində əməliyyatlara start verilmiş və ertəsi gün Ermənistan qüvvələri bölgəni ələ keçirmiş, "Volçi vorota" (rus. Волчьи ворота, Qurd qapısı) adlanan dağ keçidində İrəvan və Şərur-Dərələyəz qəzalarının sərhəddinə çatmışdılar. Bu səbəbdən yerli müsəlmanlar Şərura doğru qaçmağa məcbur qalmışdılar. 14 iyulda ermənilər hücuma "Volçi vorota"dan keçərək Şərur mahalına doğru davam etmiş və 2 gün sonra oranı ələ keçirdilər. Mahalın yerli müsəlman əhalisi Araz çayını keçərək İrana qaçmalı olmuşdur. Ermənilər Naxçıvan qəzasının hüdudlarına çatan zaman Naxçıvan Milli Şurası sülh çağırışı etmişdir, lakin danışıqlar yalnız Ermənistanın əməliyyatlarını ləngitməyə xidmət edirdi. Bundan sonra Naxçıvandan 40 kilometr (25 mil) şimal-qərbdə yerləşən Şahtaxtı qəsəbəsi işğal edilmişdir. Bundan başqa, daha əvvəl Azərbaycanaı işğal etmiş Sovet Rusiyasına bağlı XI Qızıl Ordu kamalçı Türkiyə ilə quru sərhədi qurmaq məqsədilə Naxçıvanın cənubunu işğal etmişdi. "Naxçıvandakı Sovet Rusiyası və Qızıl Türkiyənin birləşmiş qoşunları"nın komandanı polkovnik V. Tarxov Şahtaxtıda yaşayan ermənilərə müraciət edərək mahalın qalan hissəsində sovet hakimiyyətinin bərqərar olduğunu elan etmiş, bununla da Ermənistanın hücum əməliyyatlarına son qoymuşdur.

1920-ci ilin sentyabrında başlayan Ermənistan–Türkiyə müharibəsində general Kazım Qarabəkirin komandanlığı altındakı Türkiyə qüvvələri Ermənistana hücuma keçmişdir. Müharibə nəticəsində, 1921-ci ildə Qars və Moskva müqavilələri ilə təsdiqləndiyi kimi, Ermənistan Naxçıvan üzərindəki hakimiyyətini rəsmi şəkildə itirmiş, region Sovet Azərbaycanının muxtar protektoratına çevrilmişdir. Naxçıvan qəzası Şərur-Dərələyəz qəzasının Şərur nahiyəsi ilə birləşdirilmiş, Naxçıvan MSSR-in tərkibində təşkil edilmişdir. Qəzanın ucqar cənub-şərq hissələri, müvafiq olaraq indiki Sünik və Vayots Dzor mərzlərində yerləşən Kərçivan və Paşalı əraziləri bir hissəsi 1929–1934-cü illərdə, hər iki müttəfiq respublika Zaqafqaziya SFSR-nin tərkibində olduğu vaxtda Sovet Ermənistanına verilmişdir.