2000-ci il parlament seçkiləri yekunlaşdıqdan sonra seçki nəticələri Mərkəzi Seçki Komissiyası tərəfindən açıqlanmışdır. Mərkəzi Seçki Komissiyası seçki ilə yekun nəticələri açıqlamış və 4 seçki dairəsində — 6 noyabr tarixində 42/172 saylı qərarla 10 saylı Xətai ikinci, 8 noyabr tarixində 43/172 saylı qərarla 38 saylı Sumqayıt birinci, 9 noyabr tarixində 44/173 saylı qərarla 51 saylı Ağsu-Kürdəmir və 13 noyabr tarixində 46/175 saylı qərarla 67 saylı İmişli seçki dairələri üzrə seçki nəticələrinin ləğv edildiyini elan etmişdir. Komissiya yekun protokolları Azərbaycan Respublikası Konstitusiya Məhkəməsinə göndərmişdir. Azərbaycan Respublikası Konstitusiya Məhkəməsinin 22 noyabr 2000-ci il tarixində iclası keçirilmiş və iclasda 7 seçki dairəsinin — 7 saylı Yasamal ikinci seçki, 9 saylı Xətai birinci, 53 saylı Astara, 56 saylı Bərdə şəhər, 64 saylı Qusar, 94 saylı Hacıqabul-Salyan və 98 saylı Şəmkir şəhər seçki dairələrinin seçki nəticələri ləğv edilmişdir.

Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyev 25 noyabr 2000-ci il tarixində 7 saylı Yasamal ikinci seçki, 9 saylı Xətai birinci, 10 saylı Xətai ikinci, 38 saylı Sumqayıt birinci, 51 saylı Ağsu-Kürdəmir, 53 saylı Astara, 56 saylı Bərdə şəhər, 64 saylı Qusar, 67 saylı İmişli, 94 saylı Hacıqabul-Salyan və 99 saylı Şəmkir şəhər seçki dairələri üzrə Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisinin deputatlarının təkrar seçkilərinin 4 yanvar 2001-ci il tarixinə təyin edilməsi ilə bağlı 577 nömrəli sərəncam imzalamışdır. Lakin daha sonra Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisinə bəzi seçki dairələri üzrə təkrar seçkilər zamanı beynəlxalq müşahidəçilərin iştirakını daha dolğun təmin etmək məqsədi ilə, bu barədə Avropa Şurasının və ATƏT-in İnsan Hüquqları və Demokratik Təsisatlar Bürosunun tövsiyəsini nəzərə alaraq Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyev 18 dekabr 2000-ci il tarixində seçki tarixinin 7 yanvar 2001-ci il olaraq təyin olunması ilə bağlı 586 nömrəli sərəncam imzalamışdır.

2000-ci il parlament seçkilərindən öncə səhhəti pisləşən Azərbaycan Xalq Cəbhəsi Partiyasının sədri, sabiq prezident Ankarada müalicə almağa başlamışdır. Bu dövrdə partiyanın proporsional seçki üçün vahid namizədlər siyahısının tərtibatı mübahisələrə və problemlərə səbəb olmuşdur. Belə ki, partiya faktiki olaraq sədrin birinci müavini Əli Kərimli rəhbərliyində "islahatçılar" və sədrin müavini Mirmahmud Mirəlioğlu rəhbərliyində "klassiklər" qanadına bölünmüşdür. 22 avqust 2000-ci il tarixində Əbülfəz Elçibəyin ölümündən sonra bu mübahisə kəskinləşmiş hər iki qanad digər tərəfi tanımayaraq özünü "əsl" partiya elan etmişdir.

2000-ci il parlament seçkilərinin nəticələri açıqlandıqdan sonra müxalif Azərbaycan Demokrat Partiyası, Azərbaycan Milli İstiqlal Partiyası və Müsavat Partiyası bütün müxalifəti seçki nəticələrini tanımamağa və seçkiləri boykot etməyə səsləmişdir. 6 mandat almış Azərbaycan Xalq Cəbhəsi Partiyası, hər biri 2 mandat almış Azərbaycan Milli İstiqlal Partiyası, Müsavat Partiyası və Vətəndaş Həmrəyliyi Partiyası da bu çağırışa cavabsız qalmamışdır. 14 noyabr 2000-ci il tarixində 6 müxalif partiya — Azərbaycan Demokrat Partiyası, Azərbaycan Xalq Cəbhəsi Partiyası, Azərbaycan Liberal Partiyası, Azərbaycan Milli İstiqlal Partiyası, Müsavat Partiyası və Vətəndaş Həmrəyliyi Partiyası yeni parlamenti boykot edən və yeni seçkilər keçirilməsini tələb edən saziş imzaladılar. Ardınca müxalifət təyin etdi.

Azərbaycan Xalq Cəbhəsi Partiyasının o dövrkü sədr müavini, hazırkı Bütöv Azərbaycan Xalq Cəbhəsi Partiyasının sədri Qüdrət Həsənquliyevin 2019-cu ildə verdiyi müsahibədə sədr Əli Kərimlinin boykot sazişini partiya daxili yekdil dəstək olmamasına baxmayaraq imzaladığını iddia etmişdir. Eyni tarixdə dövrün Azərbaycan Xalq Cəbhəsi Partiyası Ali Məclisinin sədri, hazırkı Aydınlar Partiyasının sədri Qulamhüseyn Əlibəyli isə təkrar seçkilərdə iştiraka baxmayaraq boykot qərarının bir müddğt tətbiq olunduğunu, daha sonra Vətəndaş Həmrəyliyi Partiyasının parlamentin işinə qatılma qərarını da nəzərə alaraq Azərbaycan Xalq Cəbhəsi Partiyası Ali Məclisinin iclas keçirərək partiya sədrinin qərarını ləğv etdiyini söyləmişdir. Beləliklə, partiya 2001-ci ilin yazında parlamentin işinə qatılmağa başlamışdır.

Təkrar seçkilərin elanından sonra boykotçu siyasi partiyalardan Azərbaycan Milli İstiqlal Partiyası, Azərbaycan Xalq Cəbhəsi Partiyası (islahatçılar) və Vətəndaş Həmrəyliyi Partiyası seçkilərdə iştirak qərarı almışdır. Azərbaycan Demokrat Partiyası, Azərbaycan Xalq Cəbhəsi Partiyası (klassiklər), Azərbaycan Liberal Partiyası və Müsavat Partiyası isə seçkiləri boykot etmişdir.

Azərbaycan Milli İstiqlal Partiyası 2000-ci il parlament seçkilərində 112,727 (3.89%) səs alaraq Yeni Azərbaycan Partiyası, Azərbaycan Xalq Cəbhəsi Partiyası, Vətəndaş Həmrəyliyi Partiyası, Azərbaycan Kommunist Partiyası və Müsavat Partiyasının ardından 6-cı sırada tamamlamış və seçki həddini keçə bilməmişdir. Azərbaycan Milli İstiqlal Partiyasının Salyan Rayon Təşkilatının sədri Rifət Ağalarov majoritar üsulla 84 saylı Salyan seçki dairəsindən deputatlığa namizəd olmuş və deputat seçilmişdir. O, partiyanın deputatlıqdan istefa çağırışını qəbul etmədiyi üçün 2000-ci il tarixində Siyasi Şura qərarı ilə partiya sıralarından xaric edilmişdir.

1999-cu ildə Ayaz Mütəllibov rəhbərliyində təsis edilən Vətəndaş Birliyi Partiyasında 2000-ci il parlament seçkilərindən sonra mübahisələr yaranmışdır. Partiya partiya katibi İqbal Ağazadə və partiya qurucusu Ayaz Mütəllibov rəhbərliyində iki qola bölünmüşdür. Vətəndaş Birliyi Partiyasının o dövrdə rəsmi dövlət qeydiyyatı olmadığı üçün İqbal Ağazadə seçkilərdə bitərəf namizəd olaraq mübarizə aparmışdır.

Azərbaycan Milli İstiqlal Partiyası əvvəlcə iştirak qərarı almış və 8 nəfərin deputatlığa namizədliyini irəli sürmüşdür. Partiya 2 yanvar 2001-ci il tarixində seçkiləri boykot qərarı alaraq namizədlərini geri çağırmışdır. Lakin Azərbaycan Milli İstiqlal Partiyası Ağdaş Rayon Təşkilatının sədri Hidayət Qulamov 51 saylı Ağsu-Kürdəmir seçki dairəsi üzrə deputatlığa namizəd olmuş və seçkilərdə qalib olaraq deputat seçilmişdir. Partiya qərarına riayət etmədiyi üçün daha sonra Hidayət Qulamov da partiya sıralarından xaric edilmişdir.

Milli Məclisə təkrar seçkilərdə birmandatlı seçki dairələri üzrə 147 vətəndaş deputatlığa namizədliyinin irəli sürülməsi üçün dairə seçki komissiyalarından imza vərəqələri almış, onlardan 111 nəfəri bildiriş sənədlərini (o cümlədən, doldurulmuş imza vərəqələrini) komissiyalara təqdim etmişdir. Bunlardan 90 nəfərin namizədliyi dairə seçki komissiyalarında qeydə alınmış, 14 nəfər isə sonradan namizədliyini geri götürmüşdür. Təkrar seçkilərdə adları seçki bülletenlərinə daxil edilmiş 76 namizəddən 34 nəfəri bitərəf, 37-si 9 siyasi partiyanın nümayəndəsi idi.

Azərbaycan Respublikasının Mərkəzi Seçki Komissiyası 7 saylı Yasamal ikinci seçki, 9 saylı Xətai birinci, 10 saylı Xətai ikinci, 38 saylı Sumqayıt birinci, 51 saylı Ağsu-Kürdəmir, 52 saylı Astara, 55 saylı Bərdə şəhər, 64 saylı Qusar, 67 saylı İmişli, 93 saylı Hacıqabul-Salyan və 99 saylı Şəmkir şəhər seçki dairələri üzrə Azərbaycan Respublikası Milli Məclisi deputatlarının təkrar seçkilərilə bağlı səsvermənin yekun nəticələri haqqında iclas keçirmiş, iclasda seçkilərin yekun nəticələri təsdiqlənmiş və nəticələrin təsdiqi üçün protokol Azərbaycan Respublikası Konstitusiya Məhkəməsinə göndərilmişdir. Azərbaycan Respublikası Konstitusiya Məhkəməsi 22 yanvar 2001-ci il tarixində qərarlara və protokollara baxaraq seçki nəticələrini təsdiq etmişdir. Nəticələrə əsasən 7 saylı Yasamal ikinci seçki dairəsi üzrə Azərbaycan Xalq Cəbhəsi Partiyası Rəyasət Heyətinin üzvü Əliməmməd Mali oğlu Nuriyev, 9 saylı Xətai birinci seçki dairəsi üzrə Azərbaycan Yurddaş Partiyasının sədri Mais İsmayıl oğlu Səfərli, 10 saylı Xətai ikinci seçki dairəsi üzrə bitərəf siyasətçi İqbal Fehruz oğlu Ağazadə, 38 saylı Sumqayıt birinci seçki dairəsi üzrə Yeni Azərbaycan Partiyası üzvü Fikrət Məmməd oğlu Sadıqov, 51 saylı Ağsu-Kürdəmir seçki dairəsi üzrə Azərbaycan Milli İstiqlal Partiyası Ağdaş Rayon Təşkilatının sədri Hidayət Həmid oğlu Qulamov, 53 saylı Astara seçki dairəsi üzrə Yeni Azərbaycan Partiyası üzvü İsgəndər Həsən oğlu Quliyev, 56 saylı Bərdə şəhər seçki dairəsi üzrə Ana Vətən Partiyasının sədr müavini Zahid Məhərrəm oğlu Oruc, 64 saylı Qusar seçki dairəsi üzrə Yeni Azərbaycan Partiyası üzvü , 68 saylı İmişli seçki dairəsi üzrə Yeni Azərbaycan Partiyası üzvü Famil Hüseyn oğlu Məmmədov, 94 saylı Hacıqabul-Salyan seçki dairəsi üzrə Yeni Azərbaycan Partiyası üzvü və 99 saylı Şəmkir şəhər seçki dairəsi üzrə isə Azərbaycan Naminə Alyans Partiyasının sədri Abutalıb Qənbər oğlu Səmədov deputat seçilmişdir.

8 yanvar 2001-ci il tarixində seçkilərin ilkin nəticələri Mərkəzi Seçki Komissiyası tərəfindən aşağıdakı şəkildə açıqlanmışdır: