29 sentyabr 1991-ci ildə Azərbaycan Prezidenti Ayaz Mütəllibov 357 nömrəli fərmanı ilə Azərbaycan Respublikasının Müdafiə Şurasını təsis etmişdir. Fərmana əsasən quruma rəhbərlik Ayaz Mütəllibova həvalə edilir və 8 nəfər üzv təyin olunur. Fərmana əsasən Azərbaycan Respublikası Müdafiə Şurasının üzvləri daimi əsasda işləyirlər və digər idarələrdə, təşkilatlarda və müəssisələrdə işləyə bilməzlər.

16 oktyabr 1991-ci ildə Azərbaycan Ali Sovetinin gündəliyinə Azərbaycan Respublikasının Müdafiə Şurasının Əsasnaməsi salınmışdır.

3 yanvar 1992-ci ildə Azərbaycan Prezidenti Ayaz Mütəllibov 542 nömrəli fərmanı ilə "əhalinin təhlükəsizliyinin möhkəmləndirilməsi sahəsində fəaliyyətin əlaqələndirilməsini təmin etmək üçün Azərbaycan Respublikasının ayrı-ayrı yerlərində prezident idarə üsulunun tətbiq edilməsi ilə əlaqədar olaraq, habelə Müdafiə Şurasının ona həvalə edilmiş vəzifələri əsasən həyata keçirdiyini, Şuranın əksər-üzvlərinin dövlət hakimiyyət və idarə etmə strukturlarında tutduq-ları vəzifələrdə respublikanın təhlükəsizliyini və müdafiəsini təmin etmək funksiyalarını yerinə yetirdiklərini nəzərə olaraq. hərbi dəstələrin idarə edilməsində təkbaşçılıq prinsipini rəhbər tutularaq" Azərbaycan Respublikasının Müdafiə Şurası ləğv edilmişdir.

3 oktyabr 1991-ci ildə Azərbaycan Respublikasının Müdafiə Şurasında onun əsasnaməsi təsdiqlənmiş və Ali Sovetə göndərilmişdir. 1 noyabr 1991-ci ildə Ali Sovetin iclasında əsasnamənin "ümunmən bəyənilməsi" ilə bağlı qərar çıxmışdır. Əsasnamə aşağıdakı kimi olmuşdur:

1. Azərbaycan Respublikasının Müdafiə Şurası Azərbaycan Respublikasının müdafiəsini, onun təhlükəsizliyini və ərazi bütövlüyünü təmin etmək, habelə müdafiə quruculuğu sahəsində siyasət hazırlamaq və həyata keçirmək məqsədilə yaradılan daimi dövlət orqanıdır.
2. Azərbaycan Respublikasının Müdafiə Şurası:
   • müdafiə quruculuğu sahəsində Azərbaycan Respublikasının siyasətinin əsas istiqamətlərini müəyyən edir;
   • müdafiə quruculuğu sahəsində Azərbaycan Respublikasının siyasətinin həyata keçirilməsi, Azərbaycan Respublikasının ərazi bütövlüyünün qorunması, onun sərhədlərinin toxunulmazlığının təmin edilməsi üçün tədbirlər hazırlayıb həyata keçirir;
   • Azərbaycan Respublikasının müdafiəsinə rəhbərliyi həyata keçirir;
   • səfərbərlik işinin aparılmasını təmin edir;
   • müdafiə sənayesi yaradılması işinə rəhbərlik edir;
   • hərbi qulluqçuların kadr tərkibinin formalaşdırılmasına nəzarət edir.
3. Müdafiə Şurası öz fəaliyyətini Azərbaycan Respublikası Prezidentinin rəhbərliyi altında həyata keçirir.
4. Müdafiə Şurasının üzvləri Azərbaycan Respublikasının Prezidenti tərəfindən təyin olunur və vəzifədən azad edilirlər. Müdafiə Şurasının üzvləri öz vəzifə borclarını daimi əsasda yerinə yetirirlər və eyni vaxtda başqa idarələrdə, təşkilatlarda və müəssisələrdə işləyə bilməzlər.
5. Müdafiə Şurasının fəaliyyətinin təşkilat forması onun lazım gəldikcə keçirilən iclaslarıdır. Azərbaycan Respublikasında müdafiə quruculuğunun ön mühüm məsələləri bu iclasların müzakirəsinə verilir. Müzakirə edilən məsələlər barədə qərarlar iclasın Azərbaycan Respublikasının Prezidenti tərəfindən imzalanan protokolu ilə rəsmiləşdirilir və mütləq icra edilməlidir. Müdafiə Şurasının qəbul etdiyi qərarların həyata keçirilməsi üçün Şura üzvlərinin verdikləri tapşırıqlar nazirliklər, dövlət komitələri, baş idarələr və birliklər, müəssisə, təşkilatlar, idarələr tərəfindən mütləq icra edilməlidir.
6. Müdafiə Şurasının üzvləri məsələlərin öyrənilməsi və hazırlanması üçün nazirliklərin, baş idarələrin, digər dövlət idarəetmə orqanlarının rəhbərlərini, nümayəndələrini, mütəxəssisləri və ekspertləri cəlb edə bilərlər. Müdafiə Şurası müdafiə məsələləri ilə əlaqədar bütün dövlət idarə orqanlarının fəaliyyətinə nəzarət edir.
7. Öz işlərini təşkilati cəhətdən təmin etmək üçün Müdafiə Şurası üzvlərinin Azərbaycan Respublika Prezidentinin sərəncamı ilə təyin edilən köməkçiləri olur.
8. Azərbaycan Respublikasının Müdafiə Şurası hüquqi şəxsdir və üzərində Azərbaycan Respublikası Dövlət gerbinin təsviri və öz adı olan möhürə malikdir.

Azərbaycan Respublikasının Müdafiə Şurasının üzvləri aşağıdakı kimi olmuşdur: