SSRİ dağıldıqdan sonra Ağdamda yerləşən nəhəng hərbi anbar Azərbaycan ordusuna dövr edilir.Qarabağ müharibəsi zamanı hərbi baza Azərbaycan Ordusu tərəfindən hərbi istinadgah kimi istifadə edilmişdir.

Xankəndində Ağdamın əhəmiyyətini anlayır və onu "düşmən yuvası" adlandırırdılar. Münaqişənin ilk mərhələlərində və hərbi əməliyyatların qızışmasına qədər ermənilər Ağdamın sakinlərini "ermənilərin hər kəsdən yaxşı istifadə etdiyi silah" olan terrorizmdən istifadə etməklə ruhdan salmağa çalışırdılar. Bu strategiyanı reallaşdırmaq üçün Ağdam ətrafında erməni millətçiləri tərəfindən bir neçə terror aktı həyata keçirilmişdir. Məsələn, 1990-cı ilin avqustunda erməni terrorçuları Tbilisi-Ağdam marşrutu ilə gedən avtobusu partlatdılar və nəticədə 20 dinc vətəndaş həlak oldu. 1991-ci ilin sentyabrında Ağdam-Xocavənd və Ağdam-Qaradağlı marşrutlarında müvafiq olaraq 5 və 8 sərnişinin həlak olduğu avtobus hücumları həyata keçirdilər. Nəhayət, 28 yanvar 1992-ci ildə ermənilər Ağdamdan Şuşaya uçan mülki helikopteri vurdular, nəticədə 41 dinc sakin, həmçinin 3 ekipaj üzvü həlak oldu.

Ağdamın işğalı Ermənistan rəhbərliyi üçün strateji vəzifə idi. Ağdamın Əsgəran, Ağdərə və Xankəndidəki erməni mövqelərinə yaxınlığını nəzərə alaraq, Mərkəzi Azərbaycanın bu böyük şəhərinin işğalı və etnik təmizlənməsi, Ağdamdan şərqə yerləşən digər şəhərlərə doğru hücuma qədər müharibənin bütün gedişini dəyişməli idi. Ağdamın işğalına dair əməliyyatın 1993-cü ildə erməni ordusunun strateji hücumundan xeyli əvvəl planlaşdırıldığı yaxud Kəlbəcərin işğalından sonra başlanan hücum momentinin davam etdirilməsi üçün başlandığı hələ də məlum deyil. İstənilən halda, Ağdam işğalı əməliyyatı 1993-cü ilin fevralında başlanan irimiqyaslı hücumun bir hissəsi oldu.

Ermənistan ordusu 1993-cü ilin aprel ayında Kəlbəcər rayonunu işğal etdikdən sonra aktiv şəkildə yay hücum kampaniyasına hazırlaşmağa başladı. Bu məqsədlə Ermənistandan Dağlıq Qarabağa böyük həcmdə silah-sursat və canlı qüvvə gətirilirdi. Kəlbəcərin işğalından sonra sülh danışıqları başlansa da, danışıqların getdiyi bir vaxtda Ermənistan ordusu yeni bir hücuma hazırlaşırdı. 15 may 1993-cü il tarixində Moskva şəhərində, Ermənistanın Rusiyada yerləşən səfirliyində Azərbaycan Baş naziri Pənah Hüseynov və Azərbaycanın Rusiyadakı səfiri Hikmət Hacızadə ilə Ermənistan rəhbərliyinin üzvləri arasında danışıqlar keçirildi. Bu danışıqlarda tərəflər Qarabağ münaqişəsinin sülh yolu ilə tam həllinə dair anlaşdılar. Danışıqlarda Azərbaycan və Ermənistanın Baş nazirləri Pənah Hüseynov və iştirak edirdi. Onlar erməni qoşunlarının Qarabağdan çıxarılması və keçmiş DQMV-dəki erməni icmasının Azərbaycan daxilində muxtar respublika statusu alması barədə anlaşdılar. Ancaq bu anlaşma sonradan pozuldu.

Razılaşmaya əsasən Ermənistan ordusu aprel ayında işğal etdiyi Kəlbəcər rayonunu könüllü olaraq tərk edir, bunun əvəzində Azərbaycan keçmiş Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayətinə (DQMV) yüksək statuslu muxtariyyət təklif edirdi. Bakıdakı AXCP hökuməti 1993-cü ilin fevral-mart aylarında Ağdərədəki döyüşlərdə məğlubiyyət və 1993-cü il aprelin əvvəlində Kəlbəcərin işğalından sonra artıq müharibənin davam etməsinə maraq göstərmirdi. Azərbaycan prezidenti Əbülfəz Elçibəy sülh müqaviləsinin imzalanması ilə müharibəni bitirəcəyinə inanırdı. Lakin Ermənistan hakimiyyətinin Elçibəydən fərqli olaraq tamam başqa planları var idi. Robert Köçəryan öz kitabında bu planları belə təsvir edirdi:

Biz ölüm və qalım mübarizəsi aparırdıq. Kəlbəcərin qaytarılması bizim üçün intihar ola bilərdi. Bir sözlə biz Kəlbəcəri ona görə götürməmişdik ki, sonra da Azərbaycana təhvil verək. BMT-də əleyhimizə çıxarılan qətnamədən sonra Ermənistana heç bir sanksiyanın tətbiq olunmayacağına əmin idim. SSRİ-nin dağılması o qədər sürətlə baş verdi ki, dünyanın aparıcı dövlətləri Cənubi Qafqazdakı maraqlarını müəyyənləşdirməyi bacarmamışdı. Vaxtımız az idi. Buna görə də SSRİ-nin dağılmasının geosiyasi cəhətdən hamı tərəfindən həzm ediləcəyi vaxta qədər hərbi uğurları möhkəmləndirməyə və maksimum üstünlük əldə etməyə tələsirdik. Samvel Babayan və mən artıq növbəti addımımız olan “Ağdam əməliyyatı”nı müzakirə edirdik. Ağdamdan daimi olaraq şəhərlərimiz və kəndlərimiz atəşə tutulurdu. Bu səbəblə Ağdamın ələ keçirilməsi Qarabağ ətrafında təhlükəsizlik sahəsi yaratmaq planımızın bir hissəsi idi. Bundan başqa Ağdamın götürüləcəyi təqdirdə vasitəçilərin dərhal diqqətinin ona yönəldəcəyini və Kəlbəcəri unudacağını ümid edirdik.

Əvvəlcə Gəncədə qiyam baş verdi. 1993-cü ilin yay aylarında Azərbaycan ordusu üçün hərbi əməliyyatların gedişatına mənfi təsir göstərən ən ciddi amil ölkədə baş verən və getdikcə böyüyən ciddi daxili siyasi böhran və xaos idi. 4 iyun 1993-cü ildə Gəncədə qiyama başlamış, Surət Hüseynova bağlı hərbi hissələrə qarşı keçirilmiş cəza əməliyyatı uğursuzluqla başa çatdı. Hökumət qüvvələrinin bir hissəsi keçmiş Surət Hüseynovun qüvvələrinə təslim oldu, bir hissəsi Gəncədən qaçdı. S.Hüseynov nəzarətində olan hərbi birliklərlə Bakı istiqamətində hücuma keçməyə başladı. Azərbaycanda vətəndaş müharibəsi baş verməsi təhlükəsi yaranırdı. Qiyamçıların qarşısını almaqda aciz olduğunu anlayan AXCP hökuməti çıxış yolu kimi Heydər Əliyevə kömək üçün müraciət etdi. H.Əliyev 15 iyun 1993-cü ildə Ali Sovetin Sədri seçildi. 17 iyun 1993-cü ildə Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin Ali Komandanı Əbülfəz Elçibəy Bakıdan Kələki kəndinə getməyə məcbur olur. Konstitusiyaya uyğun olaraq hakimiyyət Heydər Əliyevə keçir. Hakimiyyətə gələr-gəlməz Əliyevin qarşılaşdığı ilk böyük problem erməni qoşunlarının cəbhədə genişmiqyaslı hücuma keçməsi idi. H.Əliyevin hakimiyyətinin ilk dövrlərində Azərbaycanda xaos hökm sürürdü. Mərkəzdənqaçan qüvvələr ölkənin şimalında və cənubunda separatçı hərəkatlar yaratmışdı. Demək olar ki, ölkədəki hər siyasi qrupun özünə aid, hakimiyyətə tabe olmayan silahlı dəstəsi var idi. Orduda vahid komandanlıq yox idi, anarxiya və özbaşınalıq hökm sürürdü. Nəticədə Azərbaycan Ordusunun Baş Qərargah rəisi, general-mayor Nurəddin Sadıqov 5 iyun 1993-cü ildə, Müdafiə naziri Dadaş Rzayev isə 16 iyun 1993-cü ildə istefa verdi. S.Hüseynova sadiq qüvvələrin cəbhədən çıxarılaraq qiyama cəlb edilməsi nəticəsində Qarabağdakı cəbhə xəttinin müdafiəsini təşkil etmək üçün kifayət qədər qüvvə və vasitə qalmamışdı. H.Əliyev yeni hakimiyyətə gəldiyi üçün ölkədəki anarxiyanı aradan qaldırmaq və orduda intizam yaratmaq üçün ona vaxt lazım idi. Ölkənin müdafiə qabiliyyətini gücləndirmək və cəbhəyə lazımi ehtiyatları toplamaq üçün Heydər Əliyev Ermənistan tərəfinə atəşkəs təklif etdi. Azərbaycan tərəfinin zəiflədiyini bilən Ermənistan rəhbərliyi 1-2 gün davam edən atəşkəsi pozurdu. Erməni hərbi rəhbərliyi cəbhədə uğurlu genişmiqyaslı hücum üçün fürsət tapdığını, Azərbaycandakı qarışıqlığın gec-tez sona çatacağını və bir müddət sonra daha mütəşəkkil bir ordu ilə qarşılaşacaqlarını başa düşürdü. Buna görə də fürsətdən istifadə edib mümkün qədər çox ərazini işğal etmək məqsədini güdürdülər. Robert Köçəryan öz kitabında bu barədə belə deyirdi:

Vəziyyət bizim üçün işləsə də, bunun əbədi olmayacağını başa düşürdük. Bu səbəbdən üstünlüyə sahib olduğumuz andan istifadə etməli və irəliləməyə davam etməliydik.

Bakıdakı Elçibəy hökuməti yaxın vaxtlarda Kəlbəcərin erməni qoşunları tərəfindən könüllü şəkildə azad olunacağını gözləyərkən Ermənistan hərbi rəhbərliyi Ağdamı işğal etmək üçün plan hazırlayırdı. Bu plana əsasən 1993-cü ilin iyun ayında Ağdam istiqamətində erməni ordusu hücuma keçdi. Hücum başladıqdan sonra da Elçibəy hökuməti erməni qoşunlarının atəşkəs razılığını pozduğuna inanmırdı. 708-ci briqadasının 2-ci motoatıcı taborunun komandiri bu barədə belə deyir“:

O günlərdə Ağdam istiqamətində aktiv döyüş əməliyyatları yox idi. lakin tezliklə bizə Əsgərandan ermənilərin hücuma keçdikləri bildirildi. Briqadamız hücumun qarşısını almaq üçün tədbirlər gördü. Tezliklə bu hücumun manevredici bir həmlə olduğunu anladıq. Ermənilər böyük qüvvələrlə Novruzlu-Mərzili istiqamətində hücuma başladılar. Bu istiqamətdə əsgər sayımız az idi, bu səbəblə canlı qüvvəni təxliyə etdik. Hər iki kənd ermənilər tərəfindən tutuldu. 708-ci briqadanın komandiri Talıb Məmmədov prezident Elçibəyə zəng edərək ermənilərin atəşkəs razılığını pozduqlarını və genişmiqyaslı hücuma keçdiklərini söylədi. Elçibəy dərhal Ter-Petrosyanla əlaqə saxladı. Petrosyan hücum barədə məlumatların həqiqətə uyğun olmadığını bildirdi. Elçibəy Petrosyanın sözlərini briqada komandirinə çatdıranda Talıb Məmmədov qəzəblə ona ermənilərə aid tankın gözünün qarşısında yandığını dedi və dəstəyi asdı.

Azərbaycan tərəfi 1993-cü ilin yayında cəbhədə komandanlığı yenidən təşkil edildi. 1-ci və 2-ci ordu korpusları əvəzinə Qarabağ cəbhəsinin komandanlığı yaradıldı. Müdafiə nazirinin müavini olan general-mayor Zadir Rzayevə bu cəbhənin komandiri, general-mayor Nəcməddin Sadıqov isə cəbhənin qərargah rəisi təyin edildi.

1993-cü ilin iyun ayının ilk günləri üçün Qarabağ cəbhəsindəki Azərbaycan qoşunlarının təşkilati quruluşu aşağıdakı kimi idi:

• Murovdağ silsiləsi boyunca rəhbəri İlqar Əliyev olan 701-ci motoatıcı briqada və komandiri Rasim Əkbərov olan 157-ci motoaatıcı polk;
• Tərtər rayonunda yerləşən, rəhbəri Altay Mehdiyev olan 703-cü motoatıcı briqada;
• Ağdam rayonunda yerləşən, rəhbəri Talıb Məmmədov olan 708-ci briqada;
• Xocavənd rayonunda yerləşən, rəhbəri olan 704-cü motoatıcı briqada;
• Füzuli rayonunda yerləşən, rəhbəri Heydər Piriyev olan 702-ci motoatıcı briqada;
• Cəbrayıl rayonunda yerləşən, rəhbəri olan 896-cı motoaatıcı polk;
• Qubadlı rayonunda və Laçın rayonunun cənubunda yerləşən, rəhbəri Rasim Muxtarov olan 706-cı motoatıcı briqada;
• Zəngilan rayonunda yerləşən, rəhbəri olan 865-ci motoaatıcı polk.

1993-cü ilin yanvar-fevral aylarında Ağdamın müdafiəsi ilə bağlı iki briqada məşğul idi. Onlardan biri xalq arasında Ağdam briqadası kimi tanınan, general-leytenant Talıb Məmmədovun rəhbərlik etdiyi 708-ci briqada idi. Ağdamın Aran hissəsinin müdafiəsi isə Müdafiə Nazirliyi tərəfindən Surət Hüseynovun sağ əli sayılan polkovnik Eldar Əliyevin rəhbərik etdiyi 709-cu motoatıcı briqadaya həvalə edilmişdir. 709-cu briqadanın üç batalyonu Ağdamda yerləşdirilmişdi. Lakin 1993-cü il may ayının sonu və 1, 2 və 3 iyun tarixlərində 709-cu briqadanın Ağdam rayonunun müdafiəsi üçün lazım olan Artileriya və Qrad qurğuları təlim–məşq adı altında Seyfəli təlim poliqonuna aparıldı.

Cəbhədə olan erməni qoşunları isə aşağıdakı regionlarda yerləşirdi:

• Ağdərə regionu qoşunları, komandiri ;
• Şuşa regionu qoşunları, komandiri ;
• Mərkəzi regionu qoşunları, komandiri ;
• Xocavənd regionu qoşunları, komandiri Monte Melkonyan;
• Hadrut regionu qoşunları, komandiri ;
• Şaumyan regionu qoşunları, komandiri .

Erməni qoşunlarının Dağlıq Qarabağdakı ümumi komandanlığını Samvel Babayan həyata keçirirdi. Seyran Ohanyan isə ordunun Baş Qərargah rəisi idi.

Erməni birlikləri şəhəri dörd dəfə götürmək üçün hücum təşkil etmişlər: 12 iyun, 15-18 iyun, 3 iyul və 15-23 iyul. Şəhərin kifayət qədər iri olması və resurslarının böyüklüyü şəhərin qorunmasını asanlaşdırırdı.

12 iyun 1993-cü ildə Qarabağdakı Ermənistan ordusu Ağdam və Ağdərə şəhərləri istiqamətində şiddətli bir hücuma başladı. Hücum əməliyyatında ümumilikdə 6000-dən çox hərbçi, yüzlərlə hərbi texnika, haubitsa və özüyeriyən artilleriya, həmçinin Mi-24 döyüş vertolyotları iştirak edirdi. Erməni ordusunun qarşısında qoyulan əsas vəzifə Azərbaycan bölmələrinin müdafiə xəttini yarmaq, ardından Ağdam şəhərinin mühasirəyə alınması və orada cəmləşmiş qüvvələrin, silah-sursat anbarlarının, zirehli texnika təmir bazasının məhv edilməsi idi. Ermənistanın həyata keçirdiyi ilk hücum uğursuzluqla nəticələnir. Lakin Azərbaycan tərəfi sonradan bu hücum aldadıcı manevr olduğunu anlayır. İlkin olaraq hücuma keçən erməni ordusuna qarşı Azərbaycan tərəfdən şəxsi heyəti sayca 11 min nəfərdən ibarət olan 708-ci briqada və ona daxil olan DİN qoşunları müqavimət göstərməli idi. Ümumi komandanlığı Talıb Məmmədov həyata keçirirdi. Lakin prezident Elçibəyin əmrilə 1-2 iyun 1993-cü ildə Gəncədə Surət Hüseynova sadiq qiyamçı ordu birliklərinə qarşı döyüşmək üçün Ağdamdan 12 ədəd D-30 haubitsası və 21 ədəd “Qrad”, həmçinin canlı qüvvənin bir hissəsini çıxarıldığı üçün cəbhədəki Azərbaycan qüvvələrinin gücü xeyli zəifləmişdi. Ağdam istiqamətində hücumda Ermənistan ordusu tərəfdən Əsgəran, Xocavənd və Ağdərə müdafiə bölgələri adları verdikləri qoşunlar iştirak edirdi. Erməni qoşunları Ağdama əsas zərbəni cənub tərəfdən Mərzili – Yusifcanlı kəndləri istiqamətində, mərkəz tərəfdən Əhmədavar – Şelli kəndləri istiqamətində və şimal tərəfdən Əlimədədli – Qalayçılar kəndləri istiqamətində endirdi. Hücumun ilk 3 günündə erməni birlikləri Azərbaycan ordusunun Ağdam cəbhəsinin şimal və cənub istiqamətində müdafiə xəttini yarmağa müvəffəq oldular. Cənub istiqamətindəki hücumlarda Mərzili, Novruzlu, Yusifcanlı və Qiyaməddinli kəndləri, şimal tərəfdən isə Qalayçılar, Əliağalı, Əlimədədli, Kürdlər kəndləri işğal altına düşdülər. Yalnız mərkəzi istiqamətdə erməni qoşunlarının bütün hucumlarını dəf etmək mümkün oldu.

Cəbhədə gedən ağır döyüşlərlə paralel olaraq Azərbaycanda hakimiyyət böhranı da dərinləşir və Surət Hüseynova bağlı qiyamçılar daha kəskin tələblər qoyurdular. İyunun 15-17-də hakimiyyət dəyişikliyi başa çatdırıldı, Heydər Əliyev və Surət Hüseynov hakimiyyətə nəzarəti öz üzərlərinə götürdülər. Hakimiyyət dəyişikliyi, silahlı qüvvələrin idarə olunması sisteminin iflic vəziyyətinə salınması Milli Ordunun döyüş qabiliyyətinə, mənəvi psixoloji durumuna ağır zərbə vurdu. İyulun 19-da müharibənin gedişində sınaqdan çıxmış korpuslar sistemi ləğv edildi və əvəzində Səhra cəbhəsi deyilən bir qurum yaradıldı, üstəlik döyüş təcrübəsinə malik olan könüllülərdən ibarət 33 tabur buraxıldı. Döyüşlərin davam etdiyi bir dövrdə və tələm-tələsik həyata keçirilən bu və digər tədbirlər özünü doğrultmadı. Ölkənin cənub rayonlarında daha bir qiyam ocağının yaranması ilə vəziyyət daha da gərginləşdi. Əlikram Hümbətovun rəhbərlik etdiyi bir qrup qiyamçı "Talış-Muğan respublikası"nın yarandığını elan edərək cənub bölgəsinin bəzi rayonlarını öz nəzarətləri altına götürdülər. Regionda yerləşən 704-cü motopiyada briqadası və 4-cü Sərhəd dəstəsinin iyul-avqust ayları ərzində qiyamçıların tərəfinə keçməsi vəziyyəti böhranlı həddə çatdırdı. Bu şəraitdə Azərbaycan rəhbərliyi cəbhəyə göndərilməli olan bəzi hərbi birlikləri qiyamçılara qarşı göndərmək məcburiyyətində qaldı.

Hücum zamanı erməni qüvvələri ilkin olaraq müəyyən uğurlar qazansalar da, Azərbaycan ordusu onlara inadkar müqavimət göstərməyə davam etdi. Ordunun əsas müdafiə mövqelərini qorumağı bacardı, düşmən isə canlı qüvvə və hərbi texnika sarıdan xeyli itki verdi. İlkin hücumu dəf edən Azərbaycan ordusunun əsgərləri əks-hücuma keçməklə Ağdamın şimalındakı Kürdlər, Mollalar və Əlimədədli kəndlərini azad etdi, Ağdamın cənubunda isə ermənilər tərəfindən hücum zamanı işğal edilmiş bütün kəndlər – Mərzili, Novruzlu, Yusifcanlı və Qiyaməddinli azad edildi. Məhz bu döyüşlərin birində, 12 iyun tarixində Mərzili kəndi uğrunda gedən döyüşlər zamanı Xocavənd müdafiə bölgəsinin komandiri, Ermənistanın Milli Qəhrəmanı Monte Melkonyan və kəşfiyyat rəisi Saribek Martirosyan öldürüldü. Xətai Baxışov yazısında Melkonyanın məhv edilməsini belə təsvir edir:

Top atışından sonra Mərzilidəki erməni mövqelərinə hücuma başladıq, əsgərlərimiz böyük şücaət göstərirdi. Briqada artilleriya divizonunun komandiri baş leytenant Vüqar Qurbanov bu döyüşlərdə xüsusilə fərqləndi. Piyada döyüş maşınlarımızdan biri düşmən piyadaların döyüş maşınlarını və canlı qüvvə ilə dolu olan Kamazını vurdu. Təzyiqimizə dözə bilməyən düşmən Mərzilini tərk etməyə başladı. BMP-1 heyəti Şaiq Kəlbiyev, Asif Mütəllimov və Əhliman Muxtarov (Monte Melkonyanı öldürən bu əsgərin adı daha sonra dəyişdirildi. Bu şəxs hələ də Azərbaycan Silahlı Qüvvələrində xidmət edir) geri çəkilən düşmən qüvvələrini atəşə tutmağa davam etdi. Bu anda atəş xəttində bir UAZ avtomobili peyda oldu. BMP həmin maşını nişan aldı, bu zaman avtomobildə və onun yanındakı ermənilər səpələnərək qaçdılar. İkinci atəşdən sonra altı erməni başını qaldırmadı. Bu anda Şaiq və Asif düşmənin tərk etdiyi BMP-ni ələ keçirərək kənara çəkməyə başladı. Bunu görən ermənilər öz BMP-lərini tankla vurdular. Şaiq və Asif yerindəcə həlak oldu. BMP-də tək qalan Əhliman UAZ istiqamətində intensiv atəşi davam etdirdi. Ermənilərin onu susdurmaq cəhdləri isə baş tutmadı.

İyunun 18-dək Azərbaycan qoşunları praktiki olaraq hücuma keçən düşməni Ağdam bölgəsinin bütün ətrafı boyunca əvvəlki mövqelərinə geri çəkilməyə məcbur etməyə nail olur. Ermənistan ordusu Ağdərə şəhərinə də bir neçə dəfə hücumlar təşkil etsə də, hər dəfə uğursuzluğa düçar olaraq geri çəkilir. Ermənilər Ağdərə ətrafındakı Dəmirli, Nerkin Oratağ, Canyataq və Gülyataq kəndlərini işğal etməyi bacarsalar da Ağdərəni ələ keçirə bilmirlər. Azərbaycan ordusu müqavimət göstərərək müdafiə xəttinin cəbhə boyu qırılmasının qarşısını alır. Ağdamda uğursuzluğa düçar olan erməni hərbi komandanlığı ordunun əməliyyat istiqamətini Ağdərəyə tərəf çevirir. Ağdərəni şimaldan Akop–Kamari kəndləri, cənubdan isə Papravənd–Boyəhmədli kəndləri istiqamətində iki hücumla mühasirəyə almaq üçün yeni əməliyyat başlanır. 20 iyun tarixində Ermənistan ordusu Ağdam istiqamətində yenidən hücuma keçir. Bunun üçün Ağdamın mərkəzi və cənub hissəsində olan Azərbaycan qüvvələrini sıxışdırmaq üçün Ağdam istiqamətinin mərkəzinə manevredici hücum edilir. Hücumun əsas zərbəsi isə Papravənd və Boyəhmədli kəndləri qovşağına endirildi. Mühüm yüksəklikləri ələ keçirən ermənilər Qalayçılar kəndi yaxınlığında cəbhəni yararaq 25 iyunda Kürdlər, Mollalar, Papravənd, Boyəhmədli, Qarapirimli, Sofulu kəndlərini işğal edirlər. Bununla da Ağdam-Ağdərə yolu Azərbaycan qüvvələri üçün kəsilir. Bu səbəbdən Ağdam şəhərinin təchizatında problemlər yaranmağa başlayır. Bu kəndləri aldıqdan sonra Ermənistan ordusu və separatçı birliklər Ağdərə şəhərinə müdafiə olunmayan cənub istiqamətdən çata və şəhəri mühasirəyə ala bilərdi. 24 iyun 1993-cü ildə Ermənistan ordusu Akop Kamari kəndini tutaraq Çiləbürt kəndinə doğru irəlilədi. Bu isə Ağdərə şəhərinin şimal və cənub istiqamətlərindən mühasirəyə alınması təhlükəsini yaradırdı. Azərbaycan komandanlığı bu səbəbdən Ağdərədən geri çəkilməyə və boyunca müdafiə mövqeləri qurmağa başladı. 27 iyunda Ağdərə şəhəri işğal edilir, Ağdərənin itirilməsi Azərbaycan komandanlığı üçün Ağdamın müdafiəsində çətinliklər yaradır. Ağdərə işğal edilən ərəfədə Ermənistan ordusunun vacib komandanlarından biri, “Səlibçilər” batalyonunun komandiri Karo Kaxkedjyan öldürüldü. 1993-cü il iyun ayında Ağdərə istiqamədindəki cəbhə xətti Suqovuşan-Levonarx xətti və Tərtər kanalı boyunca sabitləşdi. Ağdərəni işğal etməklə Ağdam bölgəsinin şimalında möhkəmlənən erməni komandanlığı yenidən qüvvələrini toplayırdı. Ağdam şəhərinə hücum üçün 1993-cü il iyul ayının əvvəllərinə qədər erməni komandanlığı bu istiqamətində böyük qüvvələr cəmləşdirdi. Bu qüvvələrə dörd piyada alayı (6000-ə qədər hərbçi), iki tank batalyonu (60 tank), beş top diviziyası (120 top), 10 Mi-24 helikopteri daxil idi.

Erməni ordusunun planı Ağdərənin işğalında olduğu kimi şəhərə birbaşa hücumdan imtina edərək onu mühasirəyə almağı düşünürdü. Erməni bölmələri ərazi şəraitindən istifadə edərək şimaldan və cənubdan Ağdamı mühasirəyə almağa başladı. Azərbaycan ordusunun mövqelərində istehkamların olmaması ermənilərin lehinə idi. Erməni bölmələrindən biri Ağdama suvarma kanalı istiqamətindən yaxınlaşdı, lakin şəhər istiqamətində mühasirəni tamamlaya bilmədi. Bunun üçün ermənilərdə kifayət resurs çatışmırdı. Lakin ermənilər əhalidə şəhərin mühasirəyə alındığı təəssüratı yaratmağa çalışdılar və buna nail oldular. Əhali tələm-tələsik şəhəri tərk etməyə başladı. Bu da şəhərin müdafiəçilərində ciddi ruh düşkünlüyü yaratdı və müqavimətlərini zəiflətdi. Azərbaycan komandanlığının diqqətini Ağdamdan yayındırmaq üçün erməni qoşunları 2 iyul 1993-cü ildə Füzuli və Cəbrayıl rayonlarına doğru manevr hücumu təşkil etdilər. Ermənilər təkcə Füzuli istiqamətində ən azından 35 ədəd T-72 tankından istifadə edirdilər. Bu ərazilərdə iki gün davam edən döyüşlərdə Azərbaycan qoşunlarının müdafiə xətti yarıldı. İyulun 4-də Füzuli rayonunun Arış, Qoçəhmədli, Qaracalı, Xatınbulaq, Gorazıllı kəndləri işğal olundu. Lakin az müddət sonra Azərbaycan tərəfi cəbhənin bu istiqamətinə əlavə qüvvələr gətirdikdən sonra əks hücuma keçərək itirilmiş mövqeləri bərpa etdi. 3 iyul 1993-cü ildə Ağdam istiqamətində Azərbaycan qüvvələrinin bir az da zəifləməsindən istifadə edən erməni qüvvələri Ağdam şəhərini mühasirəyə almaq məqsədi ilə üçüncü dəfə hücuma keçdilər. Bu dəfə əsas hücum istiqaməti Ağdam rayonunun şimalından Qızıl Kəngərli, Maqsudlu kəndləri istiqamətində və cənubdan Muğanlı, Saybalı, Novruzlu istiqamətində idi. Ermənilərin planı Ağdam-Bərdə magistral yolunu kəsməklə Ağdam istiqamətindəki Azərbaycan qoşunlarını mühasirəyə almaq idi. Ermənilər ağır toqquşmalardan sonra Ağdamın şimalındakı Qızıl Kəngərli, Salahlı Kəngərli, Maqsudlu, Muğanlı, Şıxbabalı, Saybalı, Bağbanlar, İsmayılbəyli, Novruzlu, Mərzili, Yusifcanlı kəndlərini işğal etdilər. 4 iyul 1993-cü ildə ermənilər eyni zamanda Ağdamın cənub istiqamətindən hücuma keçərək Ağdam-Bərdə magistral yoluna yaxınlaşmağa başladılar. Ağdamda gedən ağır döyüşlər fonunda Azərbaycan hərbi komandanlığı polkovnik-leytenant Eldar Əliyevin rəhbərliyi altında 709-cu motoatıcı briqadasını Ağdam istiqamətinə göndərdi. Bu briqadaya Ağdamın şimalında Xıdırlı kəndi yaxınlığında və şəhərin cənubunda Muradbəyli kəndi yaxınlığında hücuma keçən erməni ordusuna qarşı əks-hücuma keçməklə onları məhv etmək tapşırığı verilmişdi. 709-cu motoatıcı briqadanın üç batalyonu Ağdamda yerləşdirildi. Yeni gələn qoşunlara 1-ci motoatıcı batalyon (komandir Dostəli Hacıyev), 3-cü batalyon (komandir Tacir Adıgözəlov), 4-cü tabor (komandir Bahadur Zeynalov) və tank batalyonu (komandir Altay Bayramov) daxil idi. 709-cu motoatıcı briqadanın bölmələri şəhərə çatdıqdan dərhal Xıdırlı kəndini və Yeddixırman yüksəkliyini nəzarətə götürdülər. 5 iyulda 709-cu və 708-ci briqadanın bölmələri erməni qoşunlarının hücumunu dəf edərək əks-hücuma başladılar.

5-7 iyul 1993-cü il tarixində başlayan əks-hücum zamanı Azərbaycan ordusu Ağdam şəhərinin şimalındakı Qızıl Kəngərli, Maqsudlu kəndlərini və həmçinin şəhərin cənubundakı Muğanlı, Şıxbabalı, Saybalı, Bağbanlar, Novruzlu kəndlərini işğaldan azad etdi. Ermənistan ordusu ciddi itkilərə məruz qaldı və şəhərin cənubundakı mövqelərə çəkilməyə məcbur oldular. 3-4 iyul tarixlərində erməni qoşunlarının Ağdama hücumunun qarşısının alınması və 5-7 iyul tarixlərində həyata keçirilmiş əks-hücumların uğurlu olması Azərbaycan komandanlığında erməni qoşunlarının ciddi itkilər verdiyinə və bundan sonra hücuma keçə bilməyəcəklərinə dair fikir yaratdı və onları arxayınlaşdırdı. Bu yalnışlıq daha sonra Azərbaycan tərəfinə baha başa gələcəkdi. 8 iyuldan sonra ATƏT-in Minsk Qrupunun bölgəyə səfəri öncəsi Ağdam cəbhəsində sakitlik hökm sürürdü, aktiv döyüş əməliyyatları dayandırılmışdı. 12 iyul 1993-cü ildə Mario Rafaellinin başçılığı altında ATƏT-in Minsk Qrupunun bir komissiyası münaqişə bölgəsində vəziyyəti yoxlamaq və dəyərləndirmək üçün regiona səfər etdi. Komissiya Ağdamın özünü və ətraf kəndləri bir az gəzdikdən sonra geri qayıtdı. Komissiyanın səfəri zamanı tərəflər atəşkəs elan etdilər və bundan istifadə edən erməni qüvvələri şəhərə son əsas həmlə üçün qüvvələri səfərbər etməyə başladı. Ağdamın taleyinin həll edildiyi bu günlərdə şəhərdə hakimiyyət uğrunda mübarizə başladı. 15 iyul 1993-cü ildə Ağdam tikinti materialları kombinatının direktoru Qasım Kərimovun rəhbərliyi altındakı silahlı qrup güc tətbiq edərək Ağdam rayon icra hakimiyyətinin başçısı Nadir İsmayılovu devirdi və rayon rəhbərliyinin binasını ələ keçirərək özbaşına şəkildə Qasım Kərimovu Ağdam rayon icra hakimiyyətinin yeni başçısı elan etdi. Bu hadisədə Surət Hüseynovun rəhbərlik etdiyi 709-cu motoatıcı briqadanın hərbçiləri də daxil olmaqla, Azərbaycan ordusunun bəzi zabitlərinin iştirak etməsi orduda anarxiyanın olmasını göstərirdi.

15-16 iyul 1993-cü il tarixlərində ATƏT-in Minsk qrupunun komissiyası bölgəni tərk etdikdən sonra qüvvələrini yenidən gücləndirən erməni ordusu şəhərə dördüncü dəfə hücuma keçdi və Ağdamın şimalında itirdikləri mövqelərini yenidən geri ala bildi. Bu hücum zamanı ermənilər şəhər ətrafındakı Qızıl Kəngərli, Maqsudlu, Şahbulaq, Tarnöyüt kəndlərini, həmçinin Çobandağ, Yeddixırman və Bozdağ yüksəkliklərini işğal etdilər. Nəticədə Azərbaycan qoşunları şəhər yaxınlığında əsas mövqeləri əlində saxlaya bilsələr də, şəhər ətrafında olan bütün yüksəkliklər erməni qoşunlarının əlində olması nəticəsində Ermənistan ordusu Azərbaycan ordusunun əməliyyat sahəsini maksimum daraltmışdı. Bu isə faktiki mühasirə şəraiti idi. Erməni qüvvələrini şəhərin ətrafındakı yüksəkliklərdən çıxarmadan Ağdamın müdafiəsini təşkil etmək mümkün deyildi. Azərbaycan ordusu üçün vəziyyəti yalnız qəfil əks-hücum əməliyyatı xilas edə bilərdi, lakin belə əməliyyat üçün orduda əlavə qüvvələr artıq qalmamışdı. İyulun 21-də başlayan güclü artilleriya atəşindən sonra erməni ordusu Şahbulaq, Əsgəran və Xocavənd istiqamətindən Ağdam şəhərinə doğru yeni bir hücuma başladılar. Hücumun ilk günü düşmən şəhərin cənubundakı Muğanlı və Saybalı kəndlərini tutmağı bacardı. 22 iyul 1993-cü ildə isə şəhərin şimalında yerləşən Qiyaslı kəndi, şəhərin qərbindəki Xıdırlı, Qasımlı və Şelli kəndləri və şəhərin cənubundakı Sarıcalı, Muradbəyli, Novruzlu və Yusifcanlı kəndləri Ermənistan ordusu tərəfindən işğal olundu. Ağdam şəhəri faktiki olaraq mühasirəyə düşdüyü üçün 23 iyulda Ağdam briqadasının az sayda sağ qalmış döyüşçüləri axşam Göytəpə–Eyvazxanbəyli və Zəngişalı–Afətli kəndləri istiqamətində şəhəri tərk etməyə başladı. Həmin gün saat 17 radələrində Ağdam və ona bitişik kəndlər erməni qüvvələri tərəfindən güclü atəşə tutulmağa başladılar və ardınca şəhərə daxil oldular. Şəhərdə qalmış bəzi kiçik qruplar bundan sonra da bir neçə gün ərzində küçə döyüşlərini davam etdirirdilər. Ermənilər Ağdamı tam nəzarətə götürmək üçün qorxu içərisində bir müddət də çalışmalı oldular.

43 gün davam edən ağır döyüşlərdən sonra Ermənistan ordusu və separatçı qüvvələr Ağdam şəhərini və ətraf kəndləri işğal etməyə müvəffəq oldular. Şəhərin işğalı zamanı beynəlxalq qanunlar kobud şəkildə pozulur. Şəhər talandıqdan sonra tamamən yandırılır. Azərbaycan ordusunun bəzi birlikləri Ağdamı geri almaq üçün əks-hücum əməliyyatı təşkil edirlər. Həmin birliklər avqustun 8-də Novruzlu kəndi istiqamətində əks-hücuma keçərək aeroport yolunadək irəlilədi. Lakin ordunun ümumi olaraq ruhdan düşməsi və əməliyyatın lazımi səviyyədə təşkil olunmaması onun uğursuzluğu ilə nəticələndi. Əks-hücum zamanı geri alınmış ərazilər də sonradan yenidən itirildi. Nəticədə Azərbaycan üçün Ağdamı geri qaytarmaq planı tamamilə iflasa uğradı.

Ermənilərin şəhəri zəbt etməsi və iyun-iyul ayındakı uğurlu əməliyyatlar keçirməsi Gəncə qiyamı ilə əlaqədar olmuşdur. Belə ki Sürət Hüseynov və AXC arasında baş vermiş konflik vətəndaş müharibəsi həddinə çatmışdı. Ağdamın işğalı nəticəsində Azərbaycan tərəfi DQMV-nin mərkəzi Xankəndiyə strateji baxımdan ən yaxın əhəmiyyətli şəhərə nəzarətini itirdi. Ümumilikdə Ağdam rayonu uğrunda bütün müharibə dövründə erməni tərəfi 1500, Azərbaycan isə 5000-ə yaxın hərbçi itirdi. Müharibə dövründə Azərbaycan ordusunun ən çox itki verdiyi rayon məhz Ağdam idi. Azərbaycan tərəfi Ağdamı azad etmək üçün bir neçə dəfə şəhərə əks-hücum təşkil etsə də, bütün hücumlar uğursuzluqla nəticələndi. Əvəzində erməni ordusu hücumlara davam edərək və yeni ərazilər tutmaqla Azərbaycan ordusunu Ağdam şəhərindən 6 km məsafəyə qədər uzaqlaşdırdı. Ağdamın işğalı Azərbaycanda baş verən xaosun nəticəsi idi. Ağdamın işğalından az sonra həmin dövrdə Azərbaycanın Müdafiə naziri vəzifəsini icra edən Səfər Əbiyev ATƏT-in Minsk qrupunun rusiyalı həmsədri Kazimirov vasitəsi ilə hərbi əməliyyatların dayandırılması üçün Qarabağdakı erməni qoşunlarının rəhbəri Samvel Babayana müraciət etdi. İyulun 25-dən 28-dək olan müddətdə Azərbaycan və Ermənistan arasında Rusiyanın vasitəçiliyi ilə atəşkəs haqqında razılaşma imzalandı. Lakin razılaşmanın müddəti başa çatar-çatmaz Ermənistan ordusu yeni hücum əməliyyatına başladı. Köçəryanın da qeyd etdiyi kimi Ermənistan ordusu Azərbaycanda siyasi qarışıqlıqdan maksimum istifadə etməyə çalışırdı. Onların növbəti hədəfi Qarabağın cənubunda yerləşən rayonların işğalı idi.

Ağdam şəhərinin və rayonun bir çox kəndlərinin işğalı nəticəsində Ağdam rayonunun 153 min nəfər əhalisinin 128.584 nəfəri öz ölkəsinin daxilində məcburi köçkün vəziyyətinə düşdü. Ağdamın müdaifəsinə rəhbərlik edənlərdən polkovnik Eldar Əliyev Ağdamın müdafiəsi əvəzinə 4 iyun qiyamına dəstək verdiyi üçün sonradan "Vətənə xəyanət" ittihamı ilə həbs olundu.

Minsk qrupunun məruzəçisi Mario Rafaellinin məlumatında erməni tərəfinin Ağdamın işğal etməyəcəklərinə təminat verməsi ilə bağlı vədlərin və konfliktin sülh yolu ilə həll ediləsinin tərəfdarı olması fikirlərinə tamamən zidd olduğu vurğulanır.

Həmçinin Mario Rafaellinin iyulun 6-da regiona olan səfərini təxirə salması Heydər Əliyevi qəzəbləndirmişdi. Əliyev ümid edirdi ki, Raffaellinin səfəri Ermənistanın hücumunu dayandıracaq və səfərin təxirə salınması xəbərinə məyus olduğunu bildirərək deyib: "Minsk qrupu sədrinin münaqişənin həlli planlarının həyata keçirilməsindən çəkinməsi sübut edir ki, ATƏT münaqişəni sülh yolu ilə həll etmək əvəzinə Azərbaycanı güc üsullarına üstünlük verən Ermənistanla üz-üzə qoyaraq kənara çəkilir".

• 4 iyun Gəncə qiyamı
• Yay əməliyyatları (1993)

• . 2022-03-25 tarixində . İstifadə tarixi: 2021-09-07.