Tarixi mənbələrdə Əfqanıstan Türküstanı, Kokça çayının Amudərya ilə birləşməsindən şimal-şərqdən, cənub-qərbə Herat əyalətinə qədər olan uzunluğu təxminən 500 mil (800 km) olan ərazi daxil edilir. Əfqanıstanın şimal sərhədi olan Hindukuşa qədər 114 mil (183 km) də Cənubi Türküstan ərazisi sayılır. Beləliklə, bu əraziyə təxminən 57.000 kvadrat mil (150.000 km2) və ya müasir Əfqanıstan ərazisinin təxminən 2/9 hissəsi daxil edilir. Cənubi Türküstana keçmiş Özbək xanlıqlarının əraziləri də daxildir:

• Çar vilayəti
  • Akçı xanlığı
  • Andxoy xanlığı
  • Sarı-pul xanlığı
  • Şibirxan xanlığı
• Bədəxşan xanlığı
• Bəlx xanlığı
• Qurzivan xanlığı
• Darzab xanlığı
• Künduz xanlığı
• Meymen xanlığı
• Hulum xanlığı

Cənubi Türküstanın əhalisinin əsas hissəsini özbəklər və türkmənlər təşkil edir. 2018-ci il məlumatlarına görə Əfqanıstan ərazisində 3,843,000 min özbək,1,1 milyon türkmən vardır. Lakin bölgədə xeyli sayda həzaralar, taciklər və puştun da yaşayır.

Qədim Bəlx və ya Baktriya, Baqtriya-Margiana arxeoloji kompleksinin ayrılmaz hissəsi idi və hindi-iranlılar tərəfindən işğal edilmişdir. Eramızdan əvvəl V əsrdə Əhəmənilər imperiyasının bir vilayətinə çevrilmiş və daha sonra Selevkilər imperiyasının bir hissəsi olmuşdur. Eramızdan əvvəl təqribən 250-ci ildə Selevkilər dövründə Baktriya hökmdarı I Diodot müstəqilliyini elan etdi. Bununla burada yunan-baktiriya sülaləsinin hökmranlığı başladı. Yunan-baktiriya sülaləsinin hökmranlığı eramızdan əvvəl 126-cı illərə qədər, Parfiya və köçəri tayfaların hücumlarına qədər davam etdi. Bu ildən etibarən yunan-baktriya sülalələrinin tarixi sona çatdı. Bundan sonra Bamyandakı nəhəng heykəllərdə və qayaya həkk olunmuş Xaybaka məbədinin binalarında izlərini qoyan Buddizm dövrü başladı.

Bölgə Çingiz xan tərəfindən viran qoyuldu və o vaxtdan bəri əvvəlki inkişaf və çiçəklənmə kimi heç vaxt tam bərpa olunmadı. Monqollardan sonra bölgə Teymurilərə və XVI əsrdən Buxara xanlığına mənsub oldu. Cənubi Türküstan XVIII əsrdə Dürranilər imperiyasının tərkibinə daxil idi. Əvvəlcə ərazi Əhməd-şah Durraninin (1747–1772), ondan sonra oğlu Timur şah Durraninin (1772–1793) Əfqan mülklərinin bir hissəsinə aid olmuşdur. Timur şahın oğullarının arasında davam edən daxili müharibələr, bölgəyə sahib olmağa çalışan müxtəlif özbək tayfa başçılarının müstəqillik əldə etməsinə şərait yaradırdı. 1785-ci ildə Narin dairəsinin əmiri əslən Əndicandan olan Kuvat xan Timur şahın Sind və Pəncabda olan çətinliklərindən istifadə edərək Künduz şəhərini ələ keçirdi. Kuvat xan da Künduz şəhərini ələ keçirdikdən sonra müstəqil dövlət yaratdığını elan etdi. Bunun ardınca digər özbək xanları da müstəqilliklərini elan etdilər.

XIX əsrin ortalarında bütün Cənubi Türküstan Buxara əmirliyinin nəzarəti altında idi. Lakin daimi daxili müharibələr və xarici müdaxilələr bölgədə yerli xanların zəifləməsinə gətirib çıxarırdı. Bölgədə əsas mübarizə yerli sakinlər ilə əfqan tayfaları arasında gedirdi. Əfqanlar bu əraziləri Şimali Əfqanıstan hesab etdiklərindən, buraya sahib olmağa çalışırdılar. Yerli xanlar Buxara əmirliyi tərəfindən dəstəklənirdi. Əfqanlar isə britaniyalılardan kömək alırdı. Xüsusən Əfqanıstan əmiri Dost Məhəmməd xanın dövründə bu müdaxilələr güclənməyə başladı. Əfqanıstanda mərkəzləşmiş dövlət yaratmağa çalışan Dost Məhəmməd xanın rəhbərliyi ilə əfqanlar 1850-ci ildə Bəlx və Taşqurqanı, 1855-ci il Akça daxil olmaqla daha dörd qərb xanlığını əla keçirdilər. Bununla əfqanlar Günduzə təhlükə yaratmağa başladılar. 1859-cu ildə Dost Məhəmməd xan tərəfindən Günduz fəth edildikdən sonra bütün Cənubi Türküstan işğal olundu.

Cənubi Türküstan əhalisinin müstəqillik uğrunda mübarizəsi uzun müddət davam etdi. Buxara xanlığı əmiri Müzəffər əfqanlara qarşı mübarizədə yerli əhaliyə dəstək göstərməsinə baxmayaraq, bu mübarizə uğusuzluqla bitdi. Buxara əmirliyi ilə Əfqanıstan hökuməti arasında mübarizə əsasən Andxan, Sarı-pul, Şibirxan, Meymenə nəzarət uğrunda gedirdi. Bu mübarizə 1873-cü ildə imzalanmış İngilis-Rusiya müqaviləsi ilə bitdi. Belə ki, Rusiya və Britaniya imperiyaları bütün Cənubi Türküstanı Əfqanıstan ərazisi kimi tanıdı. Əbdürrəhman xanın (1880–1901) sərt siyasəti ilə bu uzaq əyalət bütünlüklə Kabula tabe edildi. Həbibulla xanın taxta çıxmasından sonra Əfqan Türküstanında mərkəzi hakimiyyət yenidən zəiflədi. 1890-cı ildə Kataqan və Bədəxşan Cənubi (Əfqan) Türküstanından ayrıldı və yeni Kataqano-Bədəxşan vilayəti yaradıldı.

• Монография. Гамильтон А. Афганистан. Перевод с английского С. П. Голубинова. Спб.: Издательство В. Березовского, 1908. — 342 с.