Orta əsrlərdə Cənubi Türkistanın ən iri şəhərlərindən olan Künduz uzun müddət müstəqillik uğrunda mübarizə aparmışdır. Bir neçə uğursuz cəhddən sonra nəhayyət künduzlular müstəqil dövlət kimi Künduz xanlığını yaratmağı bacarırlar. Belə ki, XVIII əsrdə Künduz ərazisi bütün Cənubi Türkistanla birlikdə Dürranilər imperiyasının tərkibinə daxil idi. Timur şahın oğullarının arasında davam edən daxili müharibələr, bölgəyə sahib olmağa çalışan müxtəlif özbək tayfa başçılarının müstəqillik əldə etməsinə şərait yaradırdı. 1785-ci ildə Narin dairəsinin əmiri əslən Əndicandan olan Kuvat xan Timur şahın Sind və Pəncabda olan çətinliklərindən istifadə edərək Künduz şəhərini ələ keçirdi. Kuvat xan da Künduz şəhərini əla keçirdikdən sonra müstəqil dövlət yaratdığını elan etdi.

Kuvat xan məşhur özbək qəbiləsi olan Kataqanın nümayəndəsi idi. Bu səbəbdən xanlıqda mühüm vəzifələri bu tayfanın nümayəndələri tuturdular.

1832-ci ildə Künduzun hökmdarı Məhəmməd Murad-Bəy Kabadian, Qulab, Kurqan-Tubeni tutdu. 1842-ci ildə Murad-Bəyin ölümündən sonra Kabadian müstəqilik əldə etdi. Künduz əmirliyi Kokand xanlığı ilə dostluq münasibətləri saxlayırdı. Xüsusən Məhəmməd Əli xanın (1822-1842) dövründə xanlıqlar arası müttəfiqlik münasibətləri var idi. Məhəmməd Əli xan Künduz xanlığına hər cür dəstək göstərirdi.

Xanlığın iqtisadiyyatı kənd təsərrüfatı yönümlü olmuşdur. Ən iri şəhəri paytaxt Künduz idi. Xanlıq ərazisində pambıq, əncir, buğda qarpız və yemiş əkilirdi. Heyvandarlıq xüsusən qoyunçuluq geniş inkişaf etmişdir. Yerli yemişlər xanlıqdan kənarda da məşhur idi. Sənətkarlıq, xüsusən xalçaçılıq və dulusçuluq inkişaf etmişdir.

Xanlığın əhalisi əsasən köçəri və yarımköçəri həyat sürürdü. Özbəklər, türkmənlər xanlığın əsas əhalisi sayılırdı. Lakin buna baxmayaraq, xanlıqda köçəri puştunlar və taciklər də yaşayırdılar.

XIX əsrin ortalarında bütün Cənubi Türkistan Gündüz xanlığı da daxil olmaqla Buxara əmirliyinin nəzarəti altında idi. Lakin daimi daxili müharibələr və xarici müdaxilələr xanlığın məhvinə gətirib çıxarırdı. Xanlıqda əsas mübarizə yerli sakinlər ilə əfqan tayfaları arasında gedirdi. Əfqanlar bu əraziləri Şimali Əfqanıstan hesab etdiklərindən, buraya sahib olmağa çalışırdılar. Künduz xanlığı Buxara xanlığı tərəfindən dəstəklənirdi. Əfqanlar isə britaniyalılardan kömək alırdı. Xüsusən Əfqanıstan əmiri Dost Məhəmməd xanın dövründə bu müdaxilələr güclənməyə başladı. Əfqanıstanda mərkəzləşmiş dövlət yaratmağa çalışan Dost Məhəmmədin rəhbərliyi ilə əfqanlar 1850-ci ildə Bəlx və Taşqurqanı, 1855-ci il Akça daxil olmaqla daha dörd qərb xanlığını əla keçirdilər. Bununla əfqanlar Günduzə təhlükə yaratmağa başladılar.

1859-cu ildə Dost Məhəmməd xan tərəfindən Günduz fəth edildi.

Künduz əhalisinin müstəqillik uğrunda mübarizəsi uzun müddət davam etdi. Buxara xanlığı əmiri Müzəffər künduzlulara əfqanlara qarşı mübarizədə dəstək göstərməsinə baxmayaraq, bu mübarizə məğlubiyyətlə nəticələndi. Belə ki, 1873-cü ildə imzalanmış İngilis-Rusiya müqaviləsi ilə Künduz daxil olmaqla, bütün Cənubi Türkistan Əfqanıstanın nəzarətinə keçdi. Əbdürrəhman xanın (1880-1901) sərt siyasəti ilə bu uzaq əyalət bütünlüklə Kabula tabe edildi.

• 1505 - 1706-ci illərdə Bədaxşana tabe idi.
• Mahmud Bəy (təqribən 1706).
• Yusif Bəy (təxminən 1720).
• Kubat xan (təqribən 1768).
• Məhəmməd Murad-Bəy xan (təqribən 1820 - 40).
• Rüstəm Bəy, oğul (təqribən 1840 - 50).
• Mir Atalık, qardaşı (1850 - 65).
• Sultan Murad, oğul (1865 - 87).
• Əli Bardi xan, oğul (1887 - 1919).
• 1919-cu ildə Əfqanıstana (1869-cu ildən etibarən vassal şəklində).

• Национальная энциклопедия Узбекистана. Ташкент, 2000.
• Бурхан-уд-Дин-хан-и Кушкеки, Каттаган и Бадахшан, пер. с перс., под ред., с предисловием А. А. Семенова, Таш., 1926
• Lord, A memoir on the Uzbek State of Kunduz and the power of its present ruler Mypad Beg, L., 1839.
• Мулла Мухаммад Сангин. Тарих-и Бадахшан. Москва: Наука, 1997. (на Востлите: , , , ).