1679-cu ildə İstanbulda dünyaya gəldi. Atası Sultan Əhməd səltənətində şeyxülislam olan Əbu İshaq Əfəndi, babası isə Rumelinin müxtəlif əyalətlərində qazı olaraq xidmət göstərmiş Alanyalı Qara İbrahim Əfəndidir. İlk təhsilini atasından aldıqdan sonra Ankaralı Mehmed Əfəndidən məzun oldu və 1699-cu ildə şeyxülislam Seyid Feyzullah Əfəndinin də iştirak etdiyi imtahanın nəticəsi olaraq müdərrisliyə yüksəldi. İstanbulun müxtəlif mədrəsələrində xidmət göstərdikdən sonra öncə İzmir, ardından Ədirnə və Məkkə qazılığına gətirildi. 1723-cü ildə yaxın dostu Salim Əfəndinin yerinə İstanbul qazısı təyin olundu. Onun bu vəzifədə qaldığı müddət Sultan Əhməd səltənətinə və Nevşəhərli İbrahim Paşanın sədarət dönəminə təsadüf edir. Sədrəzəmin ətrafına topladığı alim, şair və ədiblərdən ibarət məclislərdə iştirak edən İshaq Əfəndi, şəxsən sədrəzəmin istəyilə bir çox önəmli kitabları Osmanlı türkcəsinə çevirməyə başladı. Bundan başqa Osmanlı mətbəəsinin qurulmasını dəstəkləyən İshaq Əfəndi, burada baş tutan ilk kitab nəşrində də vəzifələndirildi. 1729-cu ilin mayında Anadolu qazəsgərliyinə gətirildi.

Yaxın münasibət qurduğu, şərəfinə qəsidələr yazdığı və tərənnüm etdiyi Sultan Əhmədin taxtdan endirilməsi və sədrəzəm Nevşəhərli İbrahim Paşanın edamı ilə nəticələnən Patrona Xəlil üsyanından sonra İshaq Əfəndi bütün vəzifələrindən uzaqlaşdırıldı. Sultan Mahmud dönəmində şeyxülislam Kürəkənzadə Əhməd Əfəndi ilə anlaşmazlıq yaşayan İshaq Əfəndi, ənənəyə uyğun olaraq Rumeli qazəsgərliyinə təyin edilməli olduğunu bildirmiş, nəticədə sultanın da təsdiqiylə şeyxülislam tərəfindən Kütahyaya sürgün edilmişdi. Ancaq İshaq Əfəndinin günahsız olduğu anlaşıldı və xüsusi icazəylə əvvəlcə İzmitə gətirildi, ardından Rumeli qazəsgəri təyin olundu. Bir ay sonra isə Kürəkənzadə Əhməd Əfəndi yaşlılığı və xəstəliyi səbəbilə vəzifədən alındı və yerinə İshaq Əfəndi şeyxülislam oldu (22 oktyabr 1733). Bir ildən artıq davam edən şeyxülislamlığı ərzində Sultan Mahmud tərəfindən hörmətlə qarşılandı və ona İstanbul yaxınlığında bir saray hədiyyə edildi. Yenə Sultan Mahmudu tərənnüm edən qəsidələr yazmış, öz divanını yeniləyərək sultana hədiyyə etmişdir.

31 oktyabr 1734-cü ildə İstanbulda vəfat edən İshaq Əfəndi atası tərəfindən inşa edilən həyətindəki ailə məzarlığına dəfn edildi. Özü kimi şeyxülislam olan Başmaqçızadə Əli Əfəndinin qızı ilə evlənmiş, bu evlilikdən Zeynəddin Əhməd və Yəhya Şərif adlı 2 oğlu dünyaya gəlmişdir. Böyük oğlu Zeynəddin Əhməd Əfəndi Saloniki qazısı ikən 1776-cı ildə vəfat etmiş, kiçik oğlu Yəhya Şərif Əfəndi isə Anadolu qazəsgərliyinə qədər yüksəlmişdir.

• Şeyhî, Vekāyiu’l-fuzalâ, I, 257; II, 291;
• Râşid, Târih, V, 192;
• Sâlim, Tezkire, İstanbul 1315, s. 65;
• Çelebizâde Âsım, Târih, İstanbul 1282, s. 358–359, 555;
• Subhî, Târih, vr. 63;
• Müstakimzâde, Devhatü’l-meşâyih, Millet Ktp., Ali Emîrî, Tarih, nr. 721, s. 85;
• Fatîn, Tezkire, s. 8;
• Ahmed Refik [Altınay], Lâle Devri (1130–1143), İstanbul 1912, s. 24–28;
• a.mlf., Hicrî On İkinci Asırda İstanbul Hayatı (1100–1200), İstanbul 1930, s. 96–97;
• Adıvar, Osmanlı Türklerinde İlim, s. 140;
• Danişmend, Kronoloji, III, 452;
• Ahmet Hamdi Tanpınar, XIX. Asır Türk Edebiyatı Tarihi, İstanbul 1956, s. 44;
• Sedit Yüksel, Şeyh Galip: Eserlerinin Dil ve Sanat Değeri, Ankara 1980, s. 64–65, 179;