1645-ci ildə İstanbulda dünyaya gəlmişdir. Bir çox şeyxülislam, qazəsgər, qazı, müdərris, alim və şair yetişdirən bir ailəyə mənsubdur. Atası Alanyadan İstanbula gələrək təhsil almış və öncə müdərris və qazı, 1657-ci ildə isə Qahirədə qazı naibi olan Qara İbrahim Əfəndidir. Atasından aldığı təhsilin ardından qazəsgər Qədir Əfəndi tərəfindən məzun edildi və İstanbulun müxtəlif mədrəsələrində müdərris olaraq fəaliyyət göstərdi. Bununla eyni zamanda saray üçün məktubdar və təzkərəçi kimi vəzifələri də icra etmişdir. 1692-ci ilədək dərəcələri artırıldı və ən yüksək müdərrislik dərəcəsi hesab edilən Süleymaniyyə Darülhədisinə təyin edildi.

Həmin ilin ortalarında qazı olaraq təyinat aldı və öncə Hələbə, ardından 1698-ci ildə Məkkə qazılığına gətirildi. Ertəsi il Ədirnə və Bolu qazılığını da alan İsmayıl Əfəndi 1708-ci ildə İstanbul qazısı, 1711-ci ildə Anadolu qazəsgəri, 1712-ci ilin yanvarında isə Rumeli qazəsgəri seçildi. Ancaq son vəzifəsində çox qalmadan həmin ilin ortalarında vəzifədən alınsa da, 3 il sonra yenidən Rumeli qazəsgərliyinə gətirildi və Mentəşzadə Əbdürrəhim Əfəndinin vəfatıyla boşalan şeyxülismalığa gətirildi (4 dekabr 1716). Bu vəzifədə qaldığı 2 ilə yaxın müddət ərzində İsmayıl Əfəndinin bəzi davranışları, övladlarının və yaxın ətrafının onun tutduğu vəzifəyə yaraşmayan hərəkətləri, xüsusilə də saraydakı təyinat məsələlərinə tez-tez qarışması onun gözdən düşməsinə səbəb oldu. Nəticədə Nevşəhərli İbrahim Paşanın da təkidiylə 7 may 1718-ci ildə vəzifədən alınaraq Sinopa sürgün edildi. 3 il sonra bağışlanaraq İstanbula geri çağırıldı və Rumeli hisarı yaxınlığındakı köşkündə yaşamağına icazə verildi. Burada vaxtını elm və ibadətlə keçirən İsmayıl Əfəndi uzun sürən xəstəliyinin ardından 8 avqust 1725-ci ildə vəfat etdi. Ertəsi gün doğulduğu səmtdə öz adına inşa etdirdiyi və inşaatı bir il öncə tamamlanan məscidin həyətinə dəfn edildi.

İsmayıl Əfəndinin şeyxülislamlıqdan alındığı əsnada inşasına başladığı və günümüzədək gəlib çatmış məscidin planı Kəbənin ölçülərinə uyğun şəkildə hazırlanmışdır. Məscidin ana qapısının üzərindəki mənzum kitabə, məscidin ətrafındakı mədrəsə və darülhədis isə özü kimi şeyxülislam olan oğlu Əsad Əfəndi tərəfindən əlavə edilmişdir. Övladları İshaq, Əsad, Lütfullah, Şeyx Mehmed və Məsud Əfəndilərin də məzarı buradadır.

• Şeyhî, Vekāyiu’l-fuzalâ, III, 589–593.
• Râşid, Târih, V, 192.
• Devhatü’l-meşâyih, s. 85.
• İlmiyye Salnâmesi, s. 506–507.
• Danişmend, Kronoloji, V, 137.
• Uzunçarşılı, Osmanlı Tarihi, IV/2, s. 464–466.
• Konyalı, Alanya, s. 424.
• a.mlf., İshak Efendi ve Divanından Seçmeler, İstanbul 1990, s. 3–8.