Hicri 881-ci ildə (1476/77) dünyaya gəlmişdir. Mentəşəli müdərris və xəttat Çivi İlyas Əfəndinin oğludur. Kiçik yaşlarında atası vəfat etmiş, bu səbəbdən İstanbula gələrək burada əmisinin himayəsində böyümüşdür. İlk təhsilini Molla Bali, Tacizadə Sədi Çələbi və Fənərizadə Muhiddin Əfəndidən aldı. Ardından Qara Bali Əfəndinin müridi oldu. Bir müddət sonra dərs verməyə başlayan Çivizadə Ədirnədə Bəylərbəyi, Bursada Əhməd Paşa və Fərhadiyyə mədrəsələrində müdərrislik etdi və bu illərdə diqqətləri öz üzərinə çəkdi. Əhməd Paşanın yeni inşa etdirdiyi Çorlu mədrəsəsinə baş müdərris olaraq seçilsə də, qısa müddət sonra Misir bəylərbəyi seçilən Əhməd Paşanın burada üsyan başlatması səbəbilə paşanın Çorludakı mədrəsəsində dərs verməkdən imtina etdi və İstanbula qayıtdı. İstanbulda Mahmud Paşa mədrəsəsində, Ədirnədə Üç şərəfəli mədrəsə və İstanbulda Sahn-ı Səman mədrəsəsində müdərris oldu. Sonuncu vəzifə yerində ikən o illərdə edam edilən Oğlan şeyx olaraq tanınan İsmayıl Məşuqinin ələ keçirilərək mühakimə olunmasında önəmli rol oynadı.

Çivizadə Muhiddin Əfəndi daha sonra qazı olaraq 1527-ci ildə Misirə göndərildi. Burada bir çox məscid və mədrəsəni təmir etdirmiş, bu səbəblə yerli əhalinin rəğbətini qazanmışdır. 1537-ci ildə Anadolu qazəsgəri olan Çivizadə, Sadullah Sədi Əfəndinin vəfatının ardından 21 fevral 1539 tarixində şeyxülislamlığa gətirildi. 3 il 9 ay davam edən şeyxülislamlığının ardından 1542-ci ildə 200 axca təqaüdlə vəzifədən alındı və vəzifədən alınan ilk şeyxülislam oldu. Vəzifədən alınmasına isə tarixçilər müxtəlif səbəblər göstərir. Bu səbəblər arasında ən tutarlıları isə İbn əl-Ərəbi, Mövlanə Cəlaləddin Rumi kimi İslam dünyasının ən tanınmış şəxsiyyətlərini ciddi şəkildə tənqid etməsi və pulun vəqf edilməsi məsələsinə qarşı çıxmasıdır. Belə ki, bu məsələlər səbəbilə üləma zümrəsində güclü qarşıdurmalar baş vermiş, başda Əbusuud Əfəndi olmaqla bir çox alimlə fikir ayrılığına düşmüşdür. Hətta Rumeli qazəsgəri olan Əbusuud Əfəndi fikirlərinə qarşı olduğu şeyxülislamın bu məsələlərə dair fətvalarından bəzilərini divan məclisinə təqdim edərək bu mübahisəni dövlət məsələsi halına çevirmişdir. Bütün bu hadisələri yaxından izləyən dövrün padşahı Sultan Süleyman Qanuni isə üləmaların və vəzirlərin toplanmasını və bu məsələnin həll edilməsini əmr etdi. Nəticədə Çivizadə Muhiddin Əfəndinin səhv fikirdə olduğuna qərar verilmişdir.

Vəzifədən alındıqdan sonra oğlu Mehmed Əfəndi ilə birlikdə 1543-cü ildə həcc ziyarətinə gedən Çivizadə qayıtdıqdan sonra ikinci dəfə Sahn-ı Səman mədrəsəsinə müdərris təyin edildi. 1545-ci ildə Əbusuud Əfəndinin şeyxülislam olmasıyla onun yerinə Rumeli qazəsgəri seçildi. Ancaq bu vəzifədə ikən sabiq şeyxülislamlardan olan İbn-i Kamal Əfəndini bəzi fikirləri səbəbilə tənqid etməsi üləma zümrəsindən olan bir çox insanı narazı saldı. Bu məsələ şeyxülislam Əbusuud Əfəndiyə bildirildi və bu məsələ haqqında padşaha məlumat verməsi istənildi. Sultan Süleyman Qanuni isə Çivizadənin şeyxülislam tərəfindən mühakimə edilməsini əmr etmiş, nəticədə edam edilməyindən qorxan Çivizadə çavuşlarından birinin evində gizləndi. Nəhayət, çavuşun vasitəçiliyi ilə gedən müzakirələrdə Çivizadə bağışlandı və vəzifəsində qaldı. Ancaq günorta saatlarında keçirilən divan məclisində halı pisləşdi və oradaca vəfat etdi (19 sentyabr 1547). Fateh məscidində Əbusuud Əfəndi tərəfindən qılınan cənazə namazının ardından Əyyub Sultan türbəsi yaxınlığına dəfn edildi.

• Fetâvâ
• Risâle fi’l-hudûd ve’t-ta‘zîr
• Risâle fî vakfi’d-derâhîm ve’d-denânîr alâ Risâleti Ebi’s-Suûd
• Risâle fi’l-mesh ale’l-huffeyn
• Risâle fî hakkı’d-deverân

• Lutfî Paşa, Tevârîh-i Âl-i Osmân, İstanbul 1341, s. 390–392;
• Taşköprizâde, eş-Şekāǿik, s. 446–447;
• Mecdî, Şekāik Tercümesi, s. 446–448;
• Atâî, Zeyl-i Şekāik, s. 89, 292;
• Peçuylu İbrâhim, Târih, I, 49;
• Keşfü’z-zunûn, I, 848, 1229;
• Devhatü’l-meşâyih, s. 19–21;
• Sicill-i Osmânî, IV, 344–345;
• İlmiyye Salnâmesi, s. 361–363;
• Brockelmann, GAL Suppl., II, 642;
• Danişmend, Kronoloji, V, 112–113;
• Şerafettin Tuncay, Çivizâde Ailesi (lisans tezi, 1950), İÜ Ktp., nr. 1872;
• R. C. Repp, The Muftī of Istanbul, Oxford 1986, s. 244 vd.;
• E. Mandaville, "Usurious Piety: The Cash Waqf Controversy in the Ottoman Empire", IJMES, X (1979), s. 291 vd.;
• M. Cavid Baysun, "Çivi-zâde", İA, III, 438–439;
• V. L. Ménage, "Ciwi-zāde", EI² (İng.), II, 56–57.