Hicri 937-ci ildə (1530/31) İstanbulda dünyaya gəlmişdir. Şeyxülislam Çivizadə Muhiddin Mehmed Əfəndinin oğludur. 1543-cü ildə atası ilə birlikdə həccə getdi və döndükdən sonra Pərviz Əfəndi, Daşkörpülüzadə Əhməd Əfəndi, Malul Əmir Əfəndidən dərslər alaraq 1552-ci ildə mədrəsə təhsilini bitirdi. 1557–1564-cü illərdə Qasımpaşa, Mihrimah Sultan, Sahn-ı səman, Ayasofya və Süleymaniyə mədrəsələrində müdərris oldu. Daha sonra qazı olaraq 1569-cu ildə Dəməşq, bir il sonra Misir, 1572-ci ildə Bursa, ardından Ədirnə və 1575-ci ildə İstanbul qazısı oldu. Həmin il Anadolu başqazılığına, 1577 və 1581-ci illərdə iki dəfə Rumeli başqazılığına gətirildi. 21 yanvar 1582-ci ildə Malulzadə Mehmed Əfəndinin yerinə şeyxülislam oldu. 5 il 3 ay bu vəzifədə qaldıqdan sonra 6 may 1587-ci ildə vəba xəstəliyinə tutularaq vəfat etdi və Əyyubsultanda atasının yanına dəfn edildi.

Güclü siyasi iradəsi olan Çivizadə Hacı Mehmed Əfəndinin şeyxülislamlığı dövründə adı müxtəlif siyasi və ictimai hadisələrə qarışmış, bunlara dair verdiyi fətvalar nümunəvi xarakter daşımışdır. Sədarətə gətirilən vəzirlərin şeyxülislamı ziyarət etməsi ənənəsi ilk dəfə 1584-cü ildə sədrəzəm Özdəmiroğlu Osman Paşanın Sultan Muradın istəyilə Çivizadəni ziyarət etməsiylə başlamış və daha sonra dövlət ənənəsi halına çevrilmişdir. Qızı Ümmügülsüm Xatun Çivizadə məscidini inşa etdirmiş, özü də orada dəfn edilmişdir.

• Selânikî, Târih (İpşirli);
• Atâî, Zeyl-i Şekāik, s. 292–294;
• Keşfü’z-zunûn, I, 99; II, 1227;
• Naîmâ, Târih, I, 109;
• Müstakimzâde, Tuhfe, s. 444;
• Devhatü’l-meşâyih, s. 31–32;
• İlmiyye Salnâmesi, s. 402–403;
• Ayvansarâyî, Hadîkatü’l-cevâmi‘, I, 72;
• "Çivizâde Mescidi", İst.A, VIII, 4041;
• M. Cavid Baysun, "Çivi-zâde", İA, III, 439;
• V. L. Ménage, "Ciwi-zāde", EI² (İng.), II, 56–57.