1533-cü ildə dünyaya gəlmişdir. Atası Sultan Süleyman dövrünün qazəsgərlərindən Malul Mehmed Əmin Əfəndidir. Naqibüləşraf olaraq xidmət göstərdiyi üçün Naqib ləqəbi ilə anılır. Uzun müddət dayısı Əbussuud Əfəndinin müridi olmuş, daha sonra qızıyla evlənərək kürəkəni olmuşdur. Əvvəlcə Bursada Qasımpaşa mədrəsəsində, ardından İstanbulda Piri Paşa mədrəsəsində müdərris oldu. 1561-ci ilin dekabrında Müftizadə Əhməd Çələbinin yerinə Sahn-ı səman, 1563-cü ilin fevralında Sultan Səlim mədrəsəsinə müdərris təyin edildi. Ardından qazılığa keçərək sırayla Hələb (may 1566), Dəməşq (iyun 1567), Misir (iyul 1569), Bursa (noyabr 1570) və Ədirnə (fevral 1572) qazısı oldu. 1573-cü ilin mayında Anadolu başqazısı oldu ancaq 1575-ci ilin oktyabrında bu vəzifəsindən öz istəyilə ayrıldı və dərviş həyatına keçdi. 1576-cı ilin iyulunda Bağdadizadə Həsən Çələbinin yerinə naqibüləşraflığa, 1579-cu ilin aprelində Rumeli başqazlığına gətirildi. Bir il sonra da Qazızadə Əhməd Şəmsəddin Əfəndinin vəfatının ardından şeyxülislam oldu (25 may 1580). Ancaq bilinməyən səbəblə 21 yanvar 1582 tarixində vəzifədən ayrıldı. Bəzi mənbələr bu istehfanın Malulzadənin öz istəyilə olduğunu, İbrahim Peçəvi başda olmaqla digər məşhur tarixçilər isə bu istehfanın pəırdə arxasında Xoca Sadəttin Əfəndinin olduğunu qeyd edir.

Şeyxülislamlıqdan ayrıldıqdan sonra naqibüləşraflığa davam edən Malulzadə Mehmed Əfəndinin səhhəti 1584-cü ilin yanvarında oğlu İshaq Əfəndinin vəfat etməsindən sonra pisləşdi. Nəticədə 14 yanvar 1585-ci ildə vəfat etdi və cənazəsi atasının Ədirnəqapıdakı məzarının yanına dəfn edildi.

• Selânikî, Târih (İpşirli), I, 67, 85, 135, 155, 428–429;
• Atâî, Zeyl-i Şekāik, s. 281–282;
• Peçuylu İbrâhim, Târih, II, 32;
• Devhatü’l-meşâyih, s. 29–30;
• Sicill-i Osmânî, IV, 125;
• İlmiyye Salnâmesi, s. 399–401;
• Danişmend, Kronoloji2, V, 116–117;
• Abdülkadir Altunsu, Osmanlı Şeyhülislâmları, Ankara 1972, s. 39.