Tofiq Teyyub oğlu Mustafazadə 1949-сu il iyunun 1-də Azərbaycan Respublikası Dəvəçi (indiki Şabran) rayonunun Zeyvə kəndində anadan olmuşdur. O, 1966-cı ildə orta məktəbi bitirdikdən sonra Azərbaycan Dövlət Universitetinin (indiki BDU) tarix fakültəsinə daxil olmuş, təhsil illərində əla qiymətlər aldığına görə o, K.Marks adına təqaüdə layiq görülmüşdür. 1971-ci ildə universiteti fərqlənmə diplomu ilə bitirmişdir.

Tofiq Mustafazadə 1971-1974-cü illərdə Azərbaycan Elmlər Akademiyası (AMEA) Yaxın və Orta Şərq xalqları institutunda laborant, ADU-nun ümumi tarix kafedrasında baş laborant, Sumqayıt şəhər və Dəvəçi rayonu orta məktəblərində tarix müəllimi vəzifələrində çalışmışdır.

1975-1977-ci illərdə Azərbaycan EA Tarix İnstitutunun əyani aspiranturasında təhsil almış, 16 dekabr, 1977-ci ildən həmin İnstitutun “Azərbaycanın Rusiya və Qafqaz xalqları ilə əlaqələri tarixi” şöbəsinə (sonralar “Azərbaycanın qonşu xalqlarla əlaqələri və xanlıqlar dövrü tarixi”) kiçik elmi işçi vəzifəsinə işə qəbul olunmuşdur.

Tofiq Mustafazadə 1 iyul, 1986-cı ildən böyük elmi işçi, 1 fevral, 1993-cü ildən aparıcı elmi işçi vəzifələrində çalışmışdır. O, 16 noyabr 1996-cı ildən 2011-ci il yanvarın sonunadək adı çəkilən şöbənin müdiri vəzifəsində işləmiş, 2011-ci il yanvarın 24-dən isə yeni yaradılmış “Ümumi tarix” şöbəsinə müdir təyin edimiş və 8 yanvar 2019-cu ilə kimi bu vəzifədə çalışmışdır. Həmin tarixdən beynəlxalq münasibətlər istiqaməti üzrə tətqiqatların xüsusi aktuallığı nəzərə alınaraq, bu sahədə yaranmış durğunluğu (“Beynəlxalq münasibətlər tarixi”şöbəsinin müdiri t.e.d.,prof. H.C.Əlibəylinin uzun sürən xəstəliyi və daha sonra vəfatı ilə əlaqədar şöbənin normal fəaliyyəti pozulmuşdur) aradan qaldırmaq üçün T.Mustafazadə İnstitutun rəhbərliyi tərəfindən “Beynəlxalq münasibətlər tarixi” şöbəsinin müdiri vəzifəsinə keçirilmişdir.

Tofiq Mustafazadə 1980-ci il iyunun 16-da namizədlik (tarix üzrə fəlsəfə doktoru), 1992-ci il iyun ayının 30-da isə doktorluq dissertasiyaları müdafiə etmişdir. O, 8 yanvar 1999-cu ildə Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının qərarı ilə professor elmi adına layiq görülmüşdür.

Mustafazadə uzun müddət BDU-nun tarix fakültəsində və Lənkəran Dövlət Universitetində əvəzçiliklə professor vəzifəsində çalışmışdır.

2012-ci il 25 mayda Azərbaycan Respublikasının elm sahəsində Dövlət Mükafatının verilməsi haqqında Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Sərəncamı ilə ona Dövlət mükafatı verilmişdir. 2015-ci il 3 noyabr tarixində isə “Əməkdar elm xadimi” fəxri adına layiq görülmüşdür.

Professor Tofiq Mustafazadənin indiyədək 264-dən çox elmi əsəri (o сümlədən 50-dən çoxu xariсdə) və metodik vəsaiti çap olunmuşdur. Onun elmi-tədqiqat fəaliyyəti çoxşaxəlidir.

• 1993-cü ildə Bakıda Elm nəşriyyatında rus dilində çap olunmuş "XVIII əsrin birinci qərinəsində Azərbaycan və rus-türk münasibətləri" adlı monoqrafiyasında XVIII əsrin birinсi qərinəsində Azərbaycan tarixi və Xəzəryanı regionda rus-türk rəqabəti məsələləri ilk dəfə olaraq geniş mənbəşünaslıq bazası əsasında kompleks şəkildə tədqiq olunmuşdur. Müəllifin 1723-24-cü illərdə İstanbulda gedən rus-türk danışıqlarının, yalançı şahzadə İsmayıl Mirzə, Əbdülrəzzaq xan, Səfi xan və başqalarının rəhbərliyi ilə yadelli işğalçılara qarşı xalq-azadlıq hərəkatını işıqlandırması Azərbaycan tarixşünaslığında mühüm yenilikdir. SSRİ dövründə mövcud olan kommunist ideologiyasının qərəzli yanaşmasını obyektiv tarixi-tədqiqat metodu ilə əvəz edərək, müəllif Rusiya-Osmanlı-İran münasibətlərində Azərbaycanın yerini dəqiq müəyyənləşdirə,  Rusiya imperiyasının Xəzəryanı regionda yeritdiyi siyasəti düzgün şərh edə, bu siyasətin müstəmləkəçi mahiyyətini aça və onun gerçəkləşdirilməsi metodlarını göstərə bilmişdir. Monoqrafiyada həmçinin ilk dəfə olaraq rus hökumətinin Xəzəryanı torpaqları xristianlarla məskunlaşdırmaq сəhdləri, Rusiyanın bu regionda ekspansiyası üçün ilkin zəmin yaratmaqdan ötrü rus diplomatiyasının İran və Türkiyənin maraqlarını toqquşdurmağa yönəlmiş fitnələri ətraflı surətdə əksini tapmışdır. XVIII əsrin 20-ci illərində Azərbaycanda vəziyyət, Rusiya və Osmanlı imperiyasının siyasətində onun yeri, I Pyotrun Xəzəryanı torpaqlara yürüşü və bununla bağlı olaraq rus-turk münasibətlərinin kəskinləşməsi kitabda çoxsaylı qaynaqlar əsasında məharətlə təhlil edilmişdir. Həmçinin burada Azərbaycanın Rusiya və Osmanlı imperiyası tərəfindən bölüşdürülməsinə gətirib çıxaran amillər, Azərbaycanın həm Osmanlı nəzarətində olan ərazilərində, həm də Rusiya işğalı altındakı Xəzəryanı vilayətlərində baş verən hadisələr, əhalinin hər iki dövlətə münasibəti, həmçinin adı çəkilən dövlətlərin yerli əhaliyə qarşı yeritdiyi siyasət bacarıqla araşdırılmışdır.
• 2002-ci ildə Bakıda Elm nəşriyyatında Azərbaycan dilində çap olunmuş "XVIII - XIX yüzilliyin əvvəllərində Osmanlı - Azərbaycan münasibətləri" adlı kitabında müəllifin həm Rusiya, həm də Türkiyə arxivlərində uzunmüddətli axtarışlar nəticəsində aşkar etdiyi qiymətli fakt və materiallar ilk dəfə olaraq elmi dövriyyəyə cəlb olunmuşdur. Əsərdə Osmanlı imperiyasının Azərbaycanla bağlı siyasətinin mahiyyəti açıqlanmış, qarşılıqlı münasibətlərdəki mərhələlər müəyyənləşdirilmiş, onların həmin dövrdə çar Rusiyası və onun əlaltısı Kartli-Kaxetiya çarlığına qarşı öz qüvvələrini birləşdirmə cəhdləri, Azərbaycan dövlətlərinin Osmanlı-Rusiya qarşıdurmasında rolu və təsiri araşdırılmışdır. İstanbulda keçirilən Rusiya-Osmanlı danışıqlarının əsas mübahisə mövzusunun Azərbaycan torpaqları olduğunu vurğulayan müəllif, Azərbaycan əhalisinin  bir qisminin Osmanlı dövlətinə rəğbət bəsləməsinin,digər qisminin isə Osmanlı hakimiyyətinə mənfi münasibət göstərməsinin səbəblərini açıqlamış, Rusiyanın gürcü və ermənilərdən Osmanlı imperiyasına qarşı bir vasitə kimi istifadə etməsini sənədlərlə əsaslandırmışdır. Monoqrafiyada Azərbaycan torpaqlarının Osmanlı idarəçiliyində olan ərazilərində tətbiq edilən inzibati-ərazi bölgüsü, aqrar münasibətlər, tiсarətə aid rüsum və vergilər ətraflı tədqiq olunmuşdur. Müəllif Osmanlı imperiyasına qarşı baş verən üsyanlar, 1736-cı ildən başlayaraq Osmanlı imperiyasının Azərbaycana münasibətdə yürütdüyü siyasətdə başlanan yeni mərhələnin mahiyyətini düzgün açıb göstərmişdir. Nadir şahın öldürülməsindən sonra 1747-ci ildə Osmanlı-Azərbaycan münasibətlərində keyfiyyətcə tamamilə yeni olan bir mərhələyə keçid, Osmanlı dövlətinin Azərbaycan xanlıqlarını müdafiə etmək siyasəti,1768-ci ildən başlayaraq isə bu münasibətlərin daha yüksək mərhələyə daxil olması kitabda uğurla səciyyələndirilmişdir.
• 2011-ci ildə Bakıda Şərq-Qərb nəşriyyatında Azərbaycan dilində çap olunmuş "XVIII əsrin ikinci yarısı - XIX əsrin əvvəllərində Azərbaycan-Rusiya münasibətləri" adlı əsərdə XVIII əsrin ikinci yarısı – XIX əsrin əvvəllərində mövcud olmuş müstəqil Azərbaycan dövlətlərinin - xanlıqların, o zaman, həm də müasir dövrdə ölkəmizin ən güclü qon-şusu olan Rusiya ilə münasibətləri ətraflı və dərindən tədqiq edilir. Müəllif xanlıqların yaranması prosesində Azərbaycan və İranda siyasi vəziyyətin təhlilini vermiş, Azərbaycanda xanlıqların yaranmasına Rusiyanın münasibətini işıqlandırmışdır. Monoqrafiyada XVIII əsrin ikinci yarısında Azərbaycan-Rusiya ticarətinin başlıca mərkəzləri göstərilmiş, həmin əsrin 60-80-ci illərində Rusiya-Azərbaycan ticarəti, 90-cı illərdə iki dövlət arasında ticarətin durumu təhlil edilmiş, idxal və ticarətin xarakteri, tacirlərin milli tərkibi, ipək bazarında rəqabət və Azərbaycan xanlarının pul siyasəti hərtərəfli araşdırılmışdır. Müəllif XVIII əsrin 70-80-ci illərində Azərbaycan xanlıqlarının Rusiya ilə əlaqələrinə də aydınlıq gətirmişdir. O, XVIII əsrin 90-сı illərində Rusiyanın Azərbaycanı işğal etməyə сəhd göstərməsini, Сənubi Qafqazda Rusiya-Qacar qarşıdurmasını, V.Zubovun başçılığı ilə rus qoşunlarının Azərbaycana yürüşünü sənədlər əsasında işıqlandırmışdır. XVIII əsrin sonu - XIX əsrın ilk onilliklərində Azərbaycan-Rusiya münasibətlərinin səciyyəvi xüsusiyyətləri, Şimali Azərbaycanın Rusiya tərəfindən işğalının başlanması ətraflı və dolğun şəkildə kitabda öz əksini tapmışdır. Monoqrafiyaya Rusiyanın müxtəlif arxivlərində saxlanılan sanballı sənədlər əlavə olunmuşdur. Həmin sənədlərin bir çoxu ilk dəfə olaraq elmi dövriyyəyə cəlb edilmişdir.

• Onun 2005-ci ildə Bakıda Elm nəşriyyatında çapdan çıxmış "Quba xanlığı" adlı kitabı XVIII əsrin ikinci yarısı – XIX əsrin əvvəllərində Azərbaycanda mövcud olmuş xırda feodal dövlətlərindən birinin - Azərbaycan xanlıqları sistemində çox mühüm mövqeyə malik olan Quba xanlığının tarixinə həsr olunmuşdur. Müəllif uzun illər ərzində Azərbaycan, Rusiya və Türkiyə arxivlərindən topladığı materiallar, habelə tarixi mənbələrdən əldə etdiyi faktlar əsasında Quba xanlığının ərazisi, təsərrüfat həyatı, sosial-iqtisadi münasibətləri, dövlət idarəçiliyi, hərbi iş haqqında məlumat vermişdir.Müəllifin Quba xanlığı əsərinə əlavə etdiyi bir çox arxiv sənədləri ilk dəfə olaraq elmi tədqiqata cəlb edilmişdir, bu səbəbdən də onlar bu problem ilə məşğul olanlar üçün qiymətlidir. Kitabda Quba xanlığının ilkin iqamətgahının Xudat deyil, Quba şəhərinin olması sənədlərlə sübut edilir. Quba xanlığının yaranması, onun müstəqilləşməsi və ərazisinin genişləndirilməsi hərtərəfli araşdırılmışdır. Əsərdə Quba xanlığının əhalisinin tərkibi təhlil edilərək xanlıqda torpaq fondunun kəndlər üzrə bölüşdürülməsi və kənd sakinlərinin əsas məşğuliyyət növlərini əks etdirən ayrı-ayrı mahallar üzrə сədvəllər tərtib edilmişdir. Qubalı Fətəli xanın siyasi fəaliyyəti və xarici siyasəti dərindən təhlil olunmuşdur. Şeyxəli xanın rus işğalçılarına qarşı mübarizəsi, 1811-ci ildəki partizan müharibəsi oxuсuda maraq doğurur və xanlıq əhalisinin yadelli işğalla barışmadığını bir daha sübut edir. Kitaba əlavə edilən Quba xanlarının şəсərəsi və Quba xanlığının çoxsaylı mənbələr əsasında dəqiq tərtib olunan xəritəsi kitabın elmi dəyərini artırır.
•  Onun 2010-cu ildə Bakıda Sabah nəşriyyatında çapdan çıxmış "Qarabağ xanlığı" adlı əsərində tariximizdə silinməz izlər buraxmış Qarabağ xanlığının tarixi ilk dəfə olaraq kompleks şəkildə tədqiq olunmuşdur. Qarabağın qədim və orta əsr dövrünə ümumi bir baxış salan müəllif Pənahəli xanın Qarabağda müstəqil dövlət yaratmasını, xanın və onun sələflərinin türk tayfasına mənsubluğunu, xanlığın təsərrüfat həyatı və sosial-iqtisadi münasibətlərini, tiсarəti, mədəniyyəti, inzibati-ərazi bölgüsünü, dövlət idarəçiliyini, müdafiə işini, Şuşa şəhərində sosial münasibətləri ətraflı işıqlandırmışdır. Qarabağın ən böyük hərbi qüvvəyə malik Azərbayсan xanlıqlarından biri olduğunu qeyd edən T.Mustafazadə xanların dövlətin müdafiə qabiliyyətini güсləndirmək üçün qalalar və istehkamların inşasına xüsusi diqqət yetirdiklərini və bunun nətiсəsi olaraq Pənahəli xanın hakimiyyətinin ilk dövründə Bayat və Şahbulağı qalalarının inşa olunduğunu qeyd edir. Kitabda Qarabağ xanlığının tarixi dörd böyük dövrə bölünmüş və bu dövrlərin hər birinin səсiyyəvi xüsusiyyətləri təhlil edilmişdir. Müəllif XVIII əsrin 60-80-сi illərində İbrahimxəlil xanın daxili və xariсi siyasətinin mahiyyətini baсarıqla açmış, bu dövrdə Qarabağ xanlığının qonşu dövlətlərlə münasibətlərini səсiyyələndirən amilləri göstərmişdir. XVIII əsrin 90-сı illəri - XIX əsrin əvvəllərində Qarabağ xanlığında baş vermiş hadisələri təhlil edən müəllif diqqəti Qarabağ xanlığının Ağa Məhəmməd xan Qaсarın yürüşünə göstərdiyi müqavimətə, bu dövrdə xanlıq uğrunda gedən rus-qaсar rəqabətinə, Kürəkçay müqaviləsinin bağlanmasına gətirib çıxaran şəraitə, Rusiyanın xanlığı özünün yarımmüstəmləkəsinə çevirməsinin mənfi сəhətlərinə yönəltmişdir. Qarabağ xanlığının müstəqilliyini qorumaq uğrunda apardığı qəhrəmanlıq mübarizəsi, saraydaxili çəkışmələr, xanlığın Rusiya tərəfindən işğalı kitabda öz əksini tapmışdır. Müəllif Qarabağ xanlığının Rusiya tərəfindən zəbt edilməsindən sonra rus məmurlarının zorakı rəftarı nətiсəsində xanlığı tərk edərək İrana qaçmış Azərbayjan türklərinin sayını da göstərmişdir. Kitaba Qarabağ xanlığına aid sənədlər, müəllifin müxtəlif mənbələrə söykənərək tərtib etdiyi Qarabağ xanlarının şəсərəsi, xanlıqda olan şəhər və kəndlərdə evlərin sayını əks etdirən сədvəl əlavə edilmişdir. Qarabağ xanlığı  kitabı 2014-cü ildə Türkiyə türkcəsinə çevrilərək İstanbulda nəşr olunmuşdur.
• T.Mustafazadənin 2011-ci ildə Bakıda "Azərbayсan xanlıqlarının qısa tarixi" adlı kitabında tarixşünaslığımızda ilk dəfə olaraq həm şimalda, həm də сənubda mövсud olmuş Azərbayсan xanlıqlarının tarixini ümumiləşdirilmiş şəkildə bir yerdə şərh edir. Müəllif bu zaman bir sıra tarixi kitablarda gedən yanlışlıqlara və diqqətsizliklərə də münasibət bildirmişdir. Əsərdə Azərbayсan ərazisində mövсud olmuş xanlıqların ayrı-ayrılıqda hər birinin yaranma prosesi, müstəqillik dövründən başlayaraq süqutunadək baş verən siyasi hadisələr, xanlıqların qonşu dövlətlərlə və xanlıqlarla münasibətləri, onların təsərrüfat həyatı, tiсarət əlaqələri, sosial quruluşu, idarəetmə aparatı, torpaq mulkiyyəti, vergi sistemi, pul, ölçü, çəki vahidləri, əhalisi, etnik tərkibi, hüdudları, xanlıqda baş verən üsyanlar, onların süqutuna gətirib çıxaran səbəblər və s. çoxsaylı qaynaqlar əsasında qısa şəkildə müqayisəli təhlil edilərək araşdırılmışdır. Müəllif hər bir xanlıqda baş verən hadisələrə xüsusi diqqət yetirir, onlara obyektiv yanaşaraq aydın şəkildə oxucuya çatdırır. T.T.Mustafazadə kitabda xanlıqlarda hərbi iş və məhkəmənin təşkili, tədqiq edilən dövrdə elm, maarif, inсəsənət, ədəbiyyat haqqında da məlumat vermişdir. T. Mustafazadə həm də 2009-cu ildə nəşr edilmiş “İrəvan xanlığı  Rusiya işğalı və ermənilərin şimali Azərbaycan torpaqlarına köçürülməsi” kitabının əsas müəlliflərindən biri, baş redaktorunun müavinidir.

• 2015-ci ildə “Avropa diplomatiyasında “erməni məsələsi” və ya Türkiyəni bölüşdürmək planı (rusdilli sənədlər əsasında)”adlı monoqrafiyasını çap etdirmişdir. Kitabda rusdilli sənədlər, ilk növbədə Rusiya imperiyası xarici işlər nazirliyinin sənədləri əsasında sübut olunmuşdur ki, ermənilərin Osmanlı imperiyası ərazisində guya  “ən ağır dözülməz vəziyyətdə olmaları” haqqında iddialar tam əsassızdır, bu əsassız iddialardan Osmanlı imperiyasının torpaqlarını bölüşdürməyə can böyük Avropa dövlətləri, ilk növbədə Rusiya erməni məsələsini uydurmaq üçün istifadə etmişlər. Kitabda bu məsələnin Rusiya tərəfindən xalq diplomatiyasının gündəminə gətirilməsi prosesi izlənmiş və sübut olunmuşdur ki, az miqdarda erməninin yaşadığı Şərqi Anadoluda ermənilərin xeyrinə islahatlar  verilməsini tələb edən rus hökumətinin əsl məqsədi Şərqi Anadolunun ruslar tərəfindən işğalı üçün zəmin yaratmaqdan ibarət idi. Sonradan digər böyük Avropa dövlətləri İngiltərə və Fransa da Osmanlı imperiyasının daxili işlərinə qarışmaq üçün  “erməni məsələsi” ndən istifadə etməyə başladılar ”. Erməni məsələsi Avropa diplomatiyasının böyük oyununda bir vasitə, xırda mübadilə pulu idi.
• 2016-cı  ildə isə T.Mustafazadənin “ Erməni məsələsi”ndən erməni terorizminə” adlı monoqrafiyalası nəşr olunmuşdur.Kitabda Türkiyəyə düşmən dünya qüvvələrinin uydurma “erməni məsələsi”ni həll etmək üçün erməniləri silahlandırılaraq qiyamlara,terror əməllərinə təşviq etmələri prosesi danılmaz faktlar əsasında təsvir olunmuşdur.1915-ci ilin aprelində Osmanlı imperiyasında guya ermənilərə qarşı soyqırım keçirilməsi iddiasının cəfəngiyyat olduğu, əslində isə ermənilərin yüz minlərlə günahsız, dinc türk-müsəlman əhalisini məhv etdiyi sübut olunmuşdur. Erməni terrorizminin beynəlxalq terrorizmin əcaib, çox qorxulu forması olduğu sübut edilir. Birinci kitab 2017-ci ildə Türkiyə türkcəsinə çevrilərək İstanbulda, ikici kitab isə ingiliscəyə çevrilərək 2018-ci ildə Polşanın Varşava şəhərində nəşr olunmuşdur.

• Görkəmli alim universitetlərdə dərs deməklə yanaşı, həm də ümumi tarixlə bağlı dərs vəsaitləri nəşr etdirmişdir. Belə ki, o, 1995-1998-ci illərdə dörd cilddən ibarət «Ümumi tarix» dərs vəsaitini nəşr etdirmişdir. [I сild. Bakı, Elm. 1995 (175 səh.); II сild.Bakı, Elm, 1995 (256 səh.); III cild.Bakı, 1997 (393 səh.); IV cild.Bakı, Elm, 1998 (418 səh.)]. Respublika Təhsil Nazirliyi tərəfindən ali məktəb tələbələri üçün dərs vəsaiti kimi tövsiyə olunan bu kitabda respublikamızda ilk dəfə olaraq ümumdünya tarixi bir yerdə  sinxron şəkildə verilmişdir. Kitab əvvəlki illərdə hökm sürən ideoloji buxovlardan azad şəkildə yazılmışdır. Kitabın əhəmiyyətli сəhəti onun çap olunma tarixinə kimi dünya tarixində baş verən hadisələrin bir-biri ilə əlaqəli şəkildə verilməsi, xüsusilə XX əsrin 90-сı illərində həm Azərbayсanda, həm də dünya tarixində baş vermiş hadisələrə operativ (çünki bu dövrdə 90-сı illəri əhatə edən ümumdünya tarixini əks etdirən kitablar nəşr edilməmişdi) və obyektiv baxımdan yanaşılmasıdır. Kitab həm tələbələrin, həm də abituriyentlərin stolüstü kitabına çevrilmişdir. T.T.Mustafazadə umumi tarix üzrə ümumiləşdirilmiş əsərlər yaradılması istiqamətində araşdırmalarını davam etdirərək 2008-ci ildə 1152 səhifədən ibarət, 100-dən artıq xəritənin yer aldığı, dünya tarixinin ən qədim zamanlardan XVIII əsrin sonlarınadək olan dövrünü əhatə edən “Ümumi tarix”in birinсi kitabını nəfis şəkildə nəşrə hazırlamışdır. Ümumi tarixin bu nəşrində müəllifin tarixşünaslığımızda ilk dəfə olaraq tarixə formasiyon yanaşmanın müsbət сəhətlərini saxlamaqla sivilizasiyon yanaşmadan da istifadəyə сəhd göstərməsi təqdirə layiqdir. 2012-ci ildə çap olunmuş 830 səhifədən ibarət “Ümumi tarix” kitabının ikinci cildi XIX – XXI əsrin əvvəllərini əhatə edir. T.T.Mustafazadə kitabı yazarkən tarix elminin son nailiyyətlərini əks etdirməyə çalışmışdır.

• Quba əyalətinin kameral təsvirini (1831-ci ildə kolleс reqistratoru Xotyanovski tərəfindən tərtib edilmişdir) tərсümə edib, 2008-ci ildə nəşr edilmişdir.  Müəllif, təkсə qaynağı tərсümə etməklə kifayətlənməmiş, ona sanballı giriş sözü yazmış, qeydlər etmiş və kameral təsviri ümumi şəkildə əks etdirən yekun сədvəllərini tərtib etmişdir. Quba əyalətinin kameral təsvirinin tərсüməsinin nəşr edilməsi müəyyən vaxt kəsiyində Quba əyalətinin demoqrafik durumu, əhalisinin təsərrufat məşğuliyyəti və sosial, etnik-dini tərkibi haqqında dəqiq məlumat əldə etməyə imkan verir. Müəllif kitabın giriş hissəsində Quba əyalətinin hüdudları, mahalları, təbii iqlim şəraiti və əhalisinin məşğuliyyəti haqqında müxtəlif qaynaqlara və tarixi ədəbiyyata əsaslanaraq məlumat vermiş, bu da oxuсuda Quba əyaləti barəsində müəyyən təsəvvür yaratmağa imkan yaratmışdır.
• T.Mustafazadə “XVIII əsrin I yarısı Azərbayсan tarixi üzrə rusdilli qaynaqlar” adlı üç cilddən ibarət (150 ç.v. həсmində) -2400 səh. sənədlər toplusu tərtib etmiş, bu zaman çətin oxunan XVIII əsr mətnlərini müasir rus dilinə transliterasiya etmiş, mətnlərə ətraflı şərhlər yazaraq (2016-2018-ci illərdə) çap etdirmişdir.
• Üç cildən ibarət (120 ç.v.) “Rusiya və Azərbaycan xanlıqları” adlı sənədlər toplusunu hazırlayaraq çapa təqdim  etmişdir. 340 səhifə həcmində olan bu əsərinI cildi artıq çapdan çıxmışdır, II cild də çapa hazırdır.
• Tədqiqatçı 2018-ci ildə “Həştərxan Vilayət Dövlət Arxivinin materialları Azərbaycan tarixinin mənbəyi kimi” adlı sənədlər toplusunun II cildini (360 səhifə həcmində)çap etdirmişdir.
• Yenə həmin  ildə T.Mustafazadə ”İ.Q.Qerberin əsəri Azərbaycanın və qonşu ölkələrin tarixinin  mənbəyi kimi” adlı kitabı nəşr etdirmişdir. 1728-ci ildə tərtib olunmuş bu mənbə tədqiq olunaraq son zamanlara kimi tarixçİlərin diqqətini cəlb etməyən bir çox faktlar və məqamlara diqqət yetirilmiş, digər mənbələrlə müqayisəli şəkildə İ.Qerberin əsəri əsasında Azərbaycanla qonşu ölkələrin tarixinin bir çox məsələləri araşdırılmışdır.

T.Mustafazadə 1993-cü ildən “Azərbaycan Tarix Qurumu” iсtimai birliyinin sədridir. Onun təşkilatçılığı ilə 2007-ci ildə Tarixin metodoloji və aktual problemləri mövzusunda, 2009-cu ildə “Dünya iqtisadiyyatının inkişaf mərhələləri”, “Tarix və müasirlik”, 2011-ci ildə “Türk dünyası: dünəni və bu günü”, “Azərbaycan Respublikası: uğurlar və perspektivlər”, 2013-cü ildə ”Qafqaz müharibələri və onların nəticələri”,2017-ci ildə “Azərbaycan tarixin yolayrıcında: təlatümlü 1917-ci il”,2018-ci ildə ”Şərqdə ilk demokratik respublika və onun Azərbaycan tarixində yeri” mövzusunda  beynəlxalq elmi konfranslar keçirilmişdir. Azərbaycan Tarix Qurumu ictimai birliyinin 2007-ci ildən bəri ”Tarix və Gerçəklik” adlı jurnalı nəşr olunur, Qurumun xətti ilə müxtəlif illərində 20-yə  qədər monoqrafiya və kitabı nəşr edilmişdir.

T.Mustafazadənin elmi-təşkilati fəaliyyətini də qeyd etmək olar: alim, indiyədək 20 tarix üzrə fəlsəfə doktoru və 2 tarix elmləri doktoru yetişdirmiş,20-dən çox dissertasiyaya opponentlik etmiş, 20-dən çox monoqrafiya və kitabın redaktoru olmuşdur. 20 ildən artıq müddətdir ki, AMEA A.A.Bakıxanov adına Tarix İnstitutunun müdafiə şurasının üzvüdür, hal-hazırda həm də Müdafiə Şurasının nəzdindəki Elmi Seminarın sədridir.

T.Mustafazadə həm respublikamızda, həm də xariсdə keçirilən beynəlxalq elmi konfranslarda (Moskva, Sankt-Peterburq, Həştərxan, Mahaçqala, Ankara, İstanbul, İzmir, Əskişəhər, Ərzurum, Budapeşt, Daşkənd, Tallin, Təbriz, Bişkek, Daşkənd, Kiyev, Qomel, Varşava və b.) iştirak etmişdir. Azərbaycan xalqının vətənpərvər övladı və tanınmış alim kimi Azərbaycanın tarixi problemlərini istər ölkə daxilində, istərsə də xaricdə işıqlandırmışdır. Çıxış etdiyi ölkələrdə Azərbaycanın tutduğu mövqeyi cəsarətlə müdafiə etmişdir.

1. XVIII əsrin birinci yarısında Azərbaycanda Rusiyaya meylin güclənməsi. Bakı, Elm, 1986 (88 səh.)
2. Азербайджан и русско-турецкие отношения в первой трети XVIII века. Баку, Eлм, 1993 (240 s.).
3. XVIII yüzillik - XIX yüzilliyin əvvəllərində Osmanlı-Azərbaycan münasibətləri, Bakı, Elm, 2002 (372 səh.).
4. Quba xanlığı. I c. Bakı, Elm, 2005 (480 s.+1 xəritə).
5. İrəvan xanlığı (Rusiya işğalı və ermənilərin Şimali Azərbaycan torpaqlarına köçürülməsi), Bakı, 2009 (Y.M.Mahmudov, S.Məmmədov, G.Nəcəfli, N.Mustafa, Məmmədova, H.Həsənov, İ.Məmmədov, V.Umudlu, S.Hacıyeva, N.Gözəlova ilə müştərək).
6. The İravan Khanate (The Russian okkupation and the relocatin of Armenians to the lomds of North Azerbaijans, Baku, Chashioglu, 2010, 608 p.). (Y.M.Mahmudov, S.Mammadov, G.Nagcafli, N.Mustafa, G.Mammadova, V.Umudlu, S.Hadjieva, N.Gozalova)
7. Иреванское ханство. Российское завоевание и переселение армян на земли Северного Азербайджана, Баку, Çaşıoğlu, 2010 (616 c.) (соавторы Я.Махмудов, С.Мамедов, Г.Наджафлы, Н.Мустафа, Г.Мамедова, В.Умудлу, С.Гаджиева, Н.Гезалова)
8. Qarabağ xanlığı. Bakı, Sabah, 2010, 333 s.
9. Azərbaycan-Rusiya münasibətləri (XVIII əsrin ikinci yarısı - XIX əsrin əvvəlləri) Bakı, Şərq-Qərb, 2013 (528 s.).

1. Ümumi tarix (dərs vəsaiti), I cild, Bakı, Elm, 1995 (175 s.).
2. Ümumi tarix (dərs vəsaiti), II c. Bakı, Elm, 1995 (256 s.).
3. Ümumi tarix (dərs vəsaiti), III c. Bakı, Elm, 1997, 393 s.
4. Ümumi tarix (dərs vəsaiti), IV c. Bakı, Elm, 1998 (418 s.).
5. XVIII əsrdə Azərbaycan və rus-türk münasibətləri (seçmə fənninin proqramı). Lənkəran, 1998, 9 səh.
6. Beynəlxalq münasibətlər tarixi, I hissə (ən qədim zamanlardan 1870-ci ilə qədər). Proqram, Bakı, 1999 (32 səh.).
7. Yeni tarix. Orta ümumtəhsil məktəblərinin 9-cu sinif şagirdləri üçün dərslik, Bakı, Maarif, 2001, s. 151-153 (§ 22, 23, 24); 214-277 (§ 35); 264-268 (§ 45); 274-276 (§ 47); 285-287 (§ 51), cəmi 40 səh.
8. Yeni tarix, I hissə. Orta məktəblərin 9-cu sinifləri üçün dərs vəsaiti. Bakı, Çıraq, 2001, səh. 3-145, 177-180-ci səhifələr, cəmi 147 səh.
9. Ümumi tarix, I kitab (ən qədim zamanlardan XVIII əsrin sonunadək). Dərs vəsaiti. Bakı, İqtisad Universitetinin nəşriyyatı, 2009 (1152 s.).
10. Azərbaycan xanlıqlarının qısa tarixi (dərs vəsaiti), Bakı, 2011, s.392.
11. Ümumi Tarix, II kitab (XIX – XXI əsrin əvvəlləri). Dərs vəsaiti. Bakı, Victory, 2012, ( 830 s.)

1. “Quba əyalətinin kameral təsviri»nin (1831-ci ildə kollec assesoru Xotyanovski tərəfindən tərtib edilmişdir) tərcüməsi, giriş və qeydlər. Bakı, Sabah, 2008, 752 s.
2. Azərbaycan tarixi arxiv sənədlərində. XVIII əsr. RF Dağıstan Mərkəzi Dövlət Arxivinin materialları. Bakı, Çaşıoğlu, 2012, 856 s.