Əminə Sultan 1696-cı ildə Ədirnə sarayında dünyaya gəlmişdir. Anasının kim olduğu bilinmir. O əsnada atası II Mustafa Belqrad üzərinə səfərə çıxmışdı. Taxta yeni çıxan atasının üçüncü övladı idi. Böyük bacıları Əminə və Ayşə Sultan kimi, 7 mart 1702-ci ildə uşaq yaşlarında Mərzifonlu Mustafa Paşanın oğlu və Adana sancaqbəyi olan Maktulzadə Əli Paşa ilə nişanlandı. Tamamilə siyasi səbəblərdən baş tutan bu evlilik planı, o əsnada atasının taxtdan endirilməsi və bir müddət sonra vəfat etməsi səbəbilə təxirə salındı. Toy mərasimi 8 may 1710-cu ildə baş tutdu. Bu evlilikdən bir oğlu dünyaya gəldi. Ancaq 1 ay sonra Əli Paşa Diyarbəkir bəylərbəyi oldu və əyalətə göndərildi. Əli Paşanın 1723-cü ildə vəfat etməsiylə Safiyə Sultan 1726-cı ildə Mirzə Mehmed Paşa ilə evləndi. Ancaq 2 il sonra Mehmed Paşa da vəfat etmiş, Safiyə Sultan ikinci dəfə dul qalmışdır.

Kiçik qardaşı Sultan Mahmudun səltənətində 1740-cı ildə son evliliyini Hacı Əbubəkr Paşa ilə etdi və bu evlilik paşanın 1759-cu ildəki ölümünə qədər davam etdi. Bu evlilikdən bir qızı oldu. Son evliliyindən sonra bir daha evlənməyən Safiyə Sultan 15 may 1778-ci ildə vəfat etdi. Cənazəsi Sultan Süleyman türbəsində dəfn edilib.

Qızı Zahidə xanım Sultan (ö. 1790) Hacı Süleyman Paşa ilə evlənmişdir.

• Mustafa Çağatay Uluçay (2011). Padişahların kadınları ve kızları. Ankara, Ötüken
• Duindam, Jeroen; Artan, Tülay; Kunt, Metin (August 11, 2011). Royal Courts in Dynastic States and Empires: A Global Perspective. BRILL. ISBN 978-9-004-20622-9
• Sakaoğlu, Necdet (2008). Bu mülkün kadın sultanları: Vâlide sultanlar, hâtunlar, hasekiler, kadınefendiler, sultanefendiler. Oğlak Yayıncılık. ISBN 978-9-753-29623-6