Özbəkistan SSR Kommunist Partiyası Mərkəzi Şurasının 22 yanvar 1927-ci il tarixli fərmanı ilə Özbəkistan SSR-in paytaxtı — Səmərqənddə Özbək Pedaqoji İnstitutu təşkil edildi (1925–1930-cu illərdə Özbəkistan SSR-in paytaxtı Səmərqənd idi). Bu təhsil ocağı Sovet Orta Asiyadakı ilk ali təhsil müəssisələrindən biri idi. İnstitutun təşkili və inkişafı üçün Səmərqəndə, əsasən Moskva, Leninqrad və Kiyevdən SSRİ-nin Avropa hissəsindən professor və müəllimlər göndərildi. Universitetin qurucuları Sədrəddin Ayni, K. Abdullayev, V. L. Vyatkin və başqaları var idi.

İnstitutun ilk direktoru Nikolay Alekseyeviş Merkuloviç idi. Növbəti rektorlar A. Mustokayev, A. V. Kozırev olmuşdular.

1930-cu ildə təhsil müəssisəsi Özbəkistan Dövlət Pedaqoji Akademiyası adlandırıldı və bir qədər genişləndirildi. İlk rektoru, sonradan Stalin repressiyalarının qurbanı olan Qazaxıstanın Karnak kəndinin vətəndaşı Kərim Abdulaev (1931–1935) idi. 1933-cü ildə Pedaqoji Akademiyanın və Özbəkistan Dövlət Tibb İnstitutunun bazasında Sovet Orta Asiyanın ən böyük universitetlərindən birinə çevrilən Özbəkistan Dövlət Universiteti təşkil edildi.

1930–1940-cı illərdə cədidçilik hərəkatının Əbdürrauf Fitrət, Qazi Alim Yunusov, Sıddıkiy Adjzi, Saidrasul Said Azizi kimi qabaqcıl nümayəndələri və eyni zamanda aspiranturanı bitirən M. Abdulkasymov, V. Abdullaev, M. Muminov, M. Sobirov, U. Tursunov, İbrahim Muminov, S. Umerov, R. İskəndərov, A. Yakubov, C. Kabilov universitetin müəllim-professor heyətinin tərkibinə daxil oldular.

1941-ci ildə 1460-cı illərdə Səmərqənd mədrəsəsində oxuyan dahi türk şairi, filosofu, Teymurilər Xorasanının dövlət xadimi — Əlişir Nəvainin 500 illiyi ilə əlaqədar olaraq Özbəkistan Dövlət Universitetinin adı verildi. Elə 1941-ci ildə də Böyük Vətən müharibəsinin başlaması səbəbindən universitet bağlandı. 1941–1944-cü illərdə de-fakto Səmərqənd Universiteti müvəqqəti olaraq Daşkənd Dövlət Universiteti ilə birləşdirildi.

1944-cü ildə Musa Muminovun təşəbbüsü və İosif Stalinin dəstəyi ilə universitet bərpa edildi. 1944–1951-ci illərdə M. Muminov görkəmli alimləri: S. Ayni, U. Tursunov, İ. Kukles, R. İskəndərov, İ. İ. Umnyakov, və başqaları kimi aparıcı alimləri universitetə cəlb edən rektor idi. O, həmçinin universitetin müəllim-professor heyətini Moskva və Leninqrad kimi elm mərkəzlərinə ezamiyyətə göndərilməsini təşkil edirdi.

1950-ci illərdən başlayaraq, universitetdə təhsil özbək dilində aparılmağa başlandı. 1961-ci ildə Özbəkistan Dövlət Universiteti Səmərqənd Dövlət Universiteti adlandırıldı. Həmçinin unuversitet Əlişir Nəvainin adını daşıyırdı.

Müxtəlif illərdə universitetin divarlarından onlarla böyük dövlət, mədəniyyət və elm xadimi, yazıçı və şair çıxmışdır. Bunlardan ən məşhurları Şərəf Rəşidov, Həmid Alimcan, Akademik İbrahim Muminov, Uyğun, Akademik Yəhya Gülyamov, Məhəmməd Asimi, Abdullo Qani, Mirtemir, Usman Nəsir, Manzura Sobirova, Xabib Yusufi, Vyaçeslav Skvortsov, Əbulikas Tixonov, Ayaçeslav Skvortsov, Narzikulov, Andrey Pak, Şakir Səlim, Maqalim Sübxankulov, Zarema Katuşeva, Həsən Pulat, Utkir Rəşid, Əlişir Xodjaev, Rano Uzakova, Ədhəm Həmdam, Şükür Sadullo, Amin Umarov və başqalarıdır.

Səmərqənd Dövlət Universitetinin "SamDU-nun Elmi Bülleteni" adlı jurnal şəklində öz nəşri var. Jurnal ildə 6 dəfə rus və özbək dillərində nəşr olunur. 2016-cı ilin may ayında Əlişir Nəvainin adı universitetin adından çıxarıldı. Bu qərar yeni bir universitetin — Əlişir Nəvai adına Daşkənd Dövlət Özbək Dili və Ədəbiyyatı Universitetinin açılışı ilə əlaqədar qəbul edildi.

1994-cü ildə SamDU-nun Xarici Fakültəsinin bazasında ilk rektoru Yu. N. Abdullayev olan Səmərqənd Dövlət Xarici İnstitutu yaradıldı.

Hazırda Səmərqənd Dövlət Universiteti 10 fakültədən ibarətdir:

• Təbii Elmləri;
  • Biologiya;
  • Kimya;
  • Coğrafiya;
• Tarix;
• Mexanika və Riyaziyyat;
• Pedaqoqika;
• Peşə təhsili;
• Sosial-iqtisadi;
• Özbək filologiyası;
• Fiziki;
• Bədən tərbiyəsi;
• Filologiya;
  • Rus filologiyası;
  • Tacik filologiyası.

• 1944–1951 — Rektor Musa Muminoviç Muminov
• 1972–1985 — Rektor Akademik Əkbər Kasımoviç Ataxodjayev
• 1985–1987 — rektor akademik Şavkat Alimov
• 1987–1992 — Rektor Prof. Mavlon Dzurakulov
• 1992–1995 — Rektor Akademik Tolib Musayeviç Muminov
• 1995–1996 — və. haqqında. Rektor M. Nuşarov
• 1996–1999 — Rektor Akademik C. Səttarov
• 2004–2011 — Rektor Prof. T. Ş. Şirinov
• 2011–2015 — Rektor professor Uluqbek Taşkenbayev
• 2015–2016 — Rektor Prof. Alimcan Xolmuhammedov
• 2016-cı ilin payızından universitetin rektoru texnika elmləri doktoru, professor — 1999–2003-cü illərdə də bu universitetə ​​rəhbərlik edən Rüstəm Xolmuradovdur.

• Səmərqənd Dövlət Universitetinin Zoologiya Muzeyi
• Səmərqənd Dövlət Universitetinin Tarix Muzeyi
• Səmərqənd Dövlət Universitetinin Arxeologiya Muzeyi
• Səmərqənd Dövlət Universitetindəki Əlişir Nəvai Muzeyi
• Səmərqənd Dövlət Universitetinin Nəbatat bağı
• Səmərqənd Dövlət Universitetinin Oranjireyası