1954-cü il avqustun 12-də Kürdəmir şəhərində anadan olmuşdur. 1971-ci ildə burada 2 saylı şəhər orta məktəbini bitirmişdir. 1971–1976-cı illərdə Azərbaycan Dövlət Universitetinin şərqşünaslıq fakültəsində fars fılologiyası ixtisası üzrə təhsil almışdır. Əmək fəaliyyətinə 1976-cı ildə təyinatla göndərildiyi Azərbaycan Elmlər Akademiyası Fəlsəfə və Hüquq İnstitutunun fəlsəfə tarixi şöbəsində başlamışdır, 1978-ci ilədək burada çalışmışdır. O, 1978–1982-ci illərdə Azərbaycan Elmlər Akademiyasının Şərqşünaslıq İnstitutunun İran filologiyası şöbəsində kiçik elmi işçi, 1982–1988-ci illərdə isə həmin institutun Orta əsrlər şərq yazılı mənbələrinin tədqiqi və nəşri şöbəsində baş elmi işçi vəzifəsində çalışmışdır. 1980-ci ildə namizədlik dissertasiyası müdafiə etmişdir. Nizami adına Ədəbiyyat muzeyində şöbə müdiri işləmişdir. Hazırda muzeyin direktorudur.

Rafael Hüseynov 1987–1989-cu illərdə Azərbaycan Dövlət Universitetində, 1990–1991-ci illərdə Konservatoriyada "Mədəniyyət tarixi", 1995-cınildə isə "Xəzər" Universitetində "Azərbaycan ədəbiyyatı" və "Azərbaycan mədəniyyəti" fənlərindən dərs demişdir. O, 1995–1998-ci illərdə Xəzər Universitetində "Azərbaycan filologiyası və şərqşünaslıq" kafedrasının müdiri vəzifəsində çalışmışdır.

2024-cü il oktyabrın 8-də Azərbaycan - İsveç parlamentlərarası əlaqələr üzrə işçi qrupunun rəhbəri seçilib.

2024-cü ilin oktyabrında Azərbaycanın İslam Əməkdaşlıq Təşkilatına üzv dövlətlərin Parlament İttifaqındakı nümayəndə heyətinin rəhbəri təyin olunub.

Rafael Hüseynov ədəbi fəaliyyətə 1975-ci ildə Kürdəmir rayonunda çıxan "İrəli" qəzeti səhifələrində dərc olunan şeirləri ilə başlamışdır. Dövri mətbuatda vaxtaşırı çıxış etmişdir. Azərbaycan xalq musiqisi və onun görkəmli ifaçıları haqqında hazırladığı "Nəğməli ömürlər" və "Axşam görüşləri" adlı həftəlik verilişlər silsiləsi efirdə səslənmişdir.

"Qobustan" incəsənət toplusunda "Görməyən gözlərin aydınlığı", "Əsas odur ki, xalq sizi sevir", "Həsrət qatarı" və s. publisistik yazıları çap olunmuşdur.

1992-ci ildə "Baba Tahir Üryan və onun poetik irsi" mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. Məhsəti Gəncəvinin rübailərini, Rəsul Rza və Nigar Rəfibəyli haqqında "İki ömrün işığı" (1987) adlı xatirələr kitabını tərtib etmişdir.

07 avqust 2024-cü ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev tərəfindən Azərbaycanda ədəbiyyatşünaslıq elminin inkişafında böyük xidmətlərinə və uzunmüddətli səmərəli ictimai-siyasi fəaliyyətinə görə "Şərəf" ordeni ilə təltif edilib.

• Vaxtdan uca. Bakı: İşıq, 1987, 363 səh.
• 1002-ci gecə. Bakı: İşıq, 1988, 408 səh.
• Məhsəti necə varsa. Bakı: Yazıçı, 1989, 336 səh.
• Millətin zərrəsi. Bakı, "Azərbaycan", 2001
• Məhsəti Gəncəvi-özü, sözü, izi. Bakı, "Nurlan", 2005
• Əbədi Cavid. Bakı, "Nurlan", 2007
• Cavidlər. Tehran: Dorsa, 2009.- 288 s.
• Söz məbədi. Nizami Gəncəvi adına Milli Azərbaycan Ədəbiyyatı Muzeyi. Bakı, "Araz", 2009
• Госпожа Луна – Мехсети Гянджеви. Баку, "Элм", 2010
• Yurdun adındakı can. Bakı, Elm, 2010
• Hamısı ulduz. Musiqi tariximizin səhifələri. Bakı, "Elm və Təhsil", 2012
• Söz heykəli. Bakı, "Elm və Təhsil", 2012
• İmzamız. Sənət düşüncələri. Bakı, "Elm və Təhsil", 2012
• Şirvan şairləri. Bakı, "Elm və Təhsil", 2012
• Söz tək gözəl. Məhsəti haqqında monoqrafiya. Bakı, Şərq-Qərb" nəşriyyatı, 2013
• Царица державы рубаи. Məhsəti haqqında monoqrafiya. Bakı, Şərq-Qərb" nəşriyyatı, 2013
• Məhsəti Gəncəvi. Portret-oçerk. (21 dildə kitab — Azərbaycan, Azərbaycan dilində ərəb əlifbası ilə, rus, ingilis, türk, fransız, alman, italyan, ispan, tacik, fars, ərəb, koreya, yapon, indoneziya, norveç, yunan, hind, polyak, çex, ivrit, urdu dillərində). Bakı, "Şərq-Qərb", 2013
• Sözün meracı (Azərbaycan ədəbiyyatının klassikləri haqqında). Bakı, 2014 "Elm və təhsil" (Rus dilində)

• Baba Tahir Üryan. Dübeytlər. Bakı: Yazıçı, 1988, 112 səh. (Farscadan)

• Ocaq başı (film, 1990)
• Qayıdış (film, 1992)
• Cavid ömrü (film, 2007)
• Əbədiyyət (veriliş, 2007)
• Ömrün rəngləri. Xalq rəssamı Oqtay Sadıqzadə (film, 2007)
• Maestro Niyazi (film, 2007)
• Rəfibəylilər (film, 2009)
• İşıqla yazılan tarix (film, 2020)