Qara Yusifin sərkərdələri Əmir Qara və Qədəmpaşa Əlincəyə gələrək oğlu İsgəndəri 2 iyul 1421-ci ildə Qaraqoyunlu taxtına gətirdi və Şahrux Təbrizi tərk etdikdən sonra şəhərə daxil oldu. 1421-ci ildə Alaşkert vadisindəki İsgəndərlə Şahruxun qoşunları arasında döyüş İsgəndərin məğlubiyyəti ilə nəticələnmişdir. Azərbaycan feodalları tərəfindən öz üstünlüyünün etiraf olunmasından razı qalan Şahrux 1421-ci ilin payızında qoşunları ilə birlikdə Azərbaycanı tərk etdi. İsgəndər tezliklə öz mövqeyini bərpa etdi və qardaşı Şahməhəmməd sayəsində qoşun toplaya bildi.

Lakin İsgəndər bir neçə dəfə Şahruxa kömək göstərən Şirvana basqın etsə də, Şəki və Şirvan öz müstəqilliklərini qoruyub saxladılar. İsgəndərin 1425-ci ildə Şirvana basqını zamanı Şirvanşah Xəlilüllahın qardaşları Keyqubad, İshaq və Haşım onun əleyhinə çıxdılar. Şirvanşah yardım üçün Şahruxa müraciət etdi və onun köməyilə qardaşlarına divan tutdu. İsgəndər Şahruxla müharibəyə başladı və 1427-ci ildə Şirvana hücum edərək Şirvan dövlətini tabe etdirməyə cəhd göstərdi.Şamaxı İsgəndərin qoşunları tərəfindən dağıdıldı və talan edildi.1428-ci ildə Şahrux sərkərdə Əliyə Kükəltaşın başçılığı ilə Azərbaycana qoşun göndərdi. 1429-cu ilin mayında isə Şahrux tərkibində Şirvan qoşunları da olan 100 minlik süvari qoşunla İsgəndərin üzərinə yeridi və onun qoşunlarını Cənubi Azərbaycandakı Salmasın həndəvərində darmadağın etdi. O, Əlincə qalasını aldıqdan sonra Qarabağa qışlamağa getdi və Qaraqoyunlu dövlətinin idarə olunmasını İsgəndərin vassallığı qəbul edən qardaşlarından birinə – Əbu Səidə həvalə etdi. Beləliklə , İsgəndər birinci dəfə 1429-cu ilə qədər hakimiyyətini saxlaya bildi.

Şahrux 1430-cu ildə Azərbaycanı tərk edərək Xorasandakı paytaxtı Herata qayıtdıqdan sonra İsgəndər onun olmamasından istifadə edib, Azərbaycanda yenidən ara müharibələrinə başladı və 1431-ci ildə Əbu Səidi öldürərək yenidən Qaraqoyunlu dövlətinin hakimi oldu. Bəzi mənbələrdə 1434-cü il qeyd olunur.

İsgəndərin Şirvana sonuncu basqını daha dağıdıcı olmuşdur. Münaqişəyə İsgəndərin atasından küsmüş və 1432-cı ildə 2 min süvari döyüşçü ilə Şirvana qaçıb Şirvanşah Xəlilüllaha pənah aparan oğlu Yar Əli səbəb olmuşdur.

Şirvanşah İsgəndərin Yar Əlini tələb etməsinə rədd cavabı vermiş, onu öz döyüşçüləri ilə Bakı limanında gəmiyə mindirib dəniz yolu ilə Herata, Şahruxun yanına göndərmişdir. İsgəndər Yar Əlinin xəyanətindən Şirvana soxulmaq üçün istifadə etdi. məlumatına görə, o, böyük süvari qoşunla Şirvanşah üzərinə hərəkət edərək Şamaxıya daxil oldu və burada Xəlilüllahla onun arasında vuruşma baş verdi.

Mənbələrin məlumatına görə İsgəndər Şamaxını 1427-ci ildə və sonralar, 1433-ci ildə dağıtmışdır. Həm də, sonuncu dəfə o, təkcə Şamaxını deyil, bütün Şirvan əyalətlərini amansızcasına viran etmişdir. İsgəndərin qoşunları yolları üstündəki Şirvanın iqtisadiyyatının əsasını təşkil edən bağları, tut ağaclarını qırıb tökərək ölkənin şəhərlərinə və kənd təsərrüfatına böyük ziyan vurdular. Mənbələr xəbər verirlər ki, ölkədə olduğu bir il ərzində İsgəndər 300 Şirvan danişməndinin başını vurdurmuşdur. Sonra o, Dərbənd istehkamlarına keçərək geri qayıtmışdır.Şahrux 1434-cü ilin payızında qoşunla Heratdan Azərbaycana doğru hərəkət etdi. Bu vaxt Xəlilüllah qızı və ilahiyyatçılarla birlikdə dəniz yolu ilə Reyə Şahruxun yanına gələrək, İsgəndərin Şirvandakı cinayətlərini ona xəbər verdilər. Şahrux fəqihlərin yığıncağında İsgəndərin əməllərini təkfir etdi və onlar İsgəndərin ölümünə fitva verdilər. Sonra Şahrux İsgəndərlə mübarizə üçün Cənubi Azərbaycana yollandı. İsgəndər Şahruxun yaxınlaşdığını eşidib, təcili surətdə qoşunlarını Şirvandan çıxardı. Şirvanşahın öz qoşunları ilə iştirak etdiyi bu müharibədə İsgəndər məğlubiyyətə uğradı və qaçıb Naxçıvan yaxınlığındakı Əlincə qalasında gizləndi.Cahanşah da qardaşına qarşı çıxış edir. İskəndər birləşmiş qoşunların təzyiqinə davam gətirməyərək, Şirvandan baş götürüb qaçır. 1435-ci ildə İskəndərin məğlubiyyətindən sonra Şahrux Azərbaycan hakimliyini Cahanşaha tapşırır.

O, 1436-cı ildə öz oğlu tərəfindən öldürüldü. Övladları:

1. Əlvənd
3. Məlik Qasim
4. Həsən bəy
5. Şah Qubad

• Prof. Dr. Faruk Sümer. Kara Koyunlular (Başlangıçtan Cihan-Şah’a kadar). I. cilt Türk Tarih Kurumu Basım Evi — Ankara - 1967
• Həsən bəy Rumlu. "Əhsənüt-təvarix (Tarixlərin ən yaxşısı)". Kastamonu: Uzanlar, 2017, 661 s.

• . . Liman.az (az.). 2024-10-19. İstifadə tarixi: 2024-10-19.