Mikotoksinlər (yun. μύκης, mykes, mukos — "göbələk"; τοξικόν, toxikon — "") — kiflər (kif göbələkləri) tərəfindən sintez olunan və zərərli təsirlərə malik olan ikincili metabolitlər.

Mikotoksinlərin təsiri ilə yaranan zəhərlənmələrə mikotoksikozislər deyilir. Mikotoksinlər bir çox əlamətlərinə görə antibiotiklərə oxşayırlar. Bu baxımdan onları ayırd etmək çox çətindir. Məs: bəzi mikotoksinlər də antibiotiklər kimi mikroorqanizmlərin inkişafının qarşısını alır. Ümumi götürdükdə isə mikroorqanizmlərə qarşı təsirli olanlar antibiotiklər, yüksək orqanizmlərə qarşı təsirli olanlar isə mikotoksinlər adlanırlar.

Mikotoksinləri sintez edən göbələkləri növlərinə və cinslərinə görə ayırd etmək çox çətindir. Beləki, bir mikotoksin müxtəlif göbələk növləri tərəfindən sintez oluna bilər. Eyni zamanda bir göbələk növü də müxtəlif mikotoksinlər sintez edə bilər. Məs: Patulin toksini — Byssochlamys nivea, Bys.fulva , Aspergillus clavatus, Asp.terreus , Asp.giganteus, Penicillium patulum , Pen.claviforme ,Pen.expansum və digərləri tərəfindən sintez edilir.Eyni zamanda Penicillium aurantiogriseum göbələyi — okratoksin A,tremortin A və B ,tsiklopiazonit turşusu sintez edir.

Mikotoksinlər yüksək temperatura qarşı dözümlüdürlər və bu mikotoksinlərin növündən də asılıdır.Mikotoksinlərin temperatura həssaslığı mikotoksinin növündən,temperaturun dərəcəsindən ,temperaturun vaxtından və digər amillərdən asılıdır.Bir çox mikotoksinlər mitselidən substrata doğru diffuziya edir.Buna görə də kifli qida və yemlərdən mitselilər uzaqlaşdırılsa belə ərzaqın mikotoksin təhlükəsi aradan qalxmır.Əsasən geniş yayılmış mikotoksinlər aflatoksinlər, okratoksinlər,fumonisinlər,trixotesenlər və .