Doğum yeri haqqında dəqiq məlumat olmasa da, atasının adının Yusif olduğu məlumdur. Təhsil almaq üçün İstanbula gələn Əhməd Əfəndi Xınalızadə Fəhmi Mehmed Əfəndidən dərslər almış, təhsilini bitirdikdən sonra onun köməkçisi kimi xidmət göstərmişdir. Buna görə də tarixi mənbələrdə Muid (yəni köməkçi, yardımçı) Əhməd Əfəndi olaraq qeyd olunur. 1595-ci ilin fevral ayından başlayaraq müxtəlif mədrəsələrdə müdərris kimi fəaliyyət göstərdi. 1612-ci ilin dekabrında Əhməd Paşa, 1614-cü ilin iyununda Mahmud Paşa, 1618-ci ilin dekabr ayında Qəzənfər ağa, 1620-ci ilin martında Sahn-ı Səman, 1622-ci ilin iyun ayında Hasəki sultan, 1623-cü ilin mayında Yavuz Sultan Səlim, 1624-cü ilin aprelində isə Süleymaniyyə mədrəsələrində xidmət göstərmişdir.

Ardından 1626-cı ilin mart ayında Dəməşq qazısı, 1629-cu ilin oktyabr ayında Qahirə qazısı, 1633-cü ilin sentyabr ayında Ədirnə və 1635-ci ilin dekabr ayında İstanbul qazısı təyin olundu. 1637-ci ilin aprel ayında Anadolu başqazısı təyin olunan Əhməd Əfəndi IV Muradın Bağdad səfərinə qatılmaq üzrə hazırlıq görsə də, baş verən bəzi hadisələr səbəbilə bu səfərə qatıla bilmədi. Şeyxülislam Yəhya Əfəndi ilə aralarında yaranan bir məsələyə IV Murad qarışmış, ancaq Əhməd Əfəndi padşahın müsahibi Hüseyn Paşaya sərt cavab verərək geri çevirmişdir. Bunun ardından vəzifəsindən azad edilən Əhməd Əfəndi Belqrada sürgün edildi.

1640-cı ilin martında yenidən Anadolu başqazısı və 1641-ci ilin avqustunda Rumeli başqazısı təyin olundu. 1644-cü ilin may ayında təqaüdə çıxarıldı. Ancaq təqaüdə çıxdığı illərdə baş verən bir hadisə Əhməd Əfəndini şeyxülislamlığa qədər yüksəltdi. Belə ki, hansısa məclisdə Anadolu başqazısının ondan daha yuxarı başda oturmağına əsəbləşən Əhməd Əfəndi əvvəlcə sədrəzəm Sultanzadə Mehmed Paşaya 70 kisə qızıl, Silahdar Yusif Paşaya isə 30 kisə rüşvət verərək şeyxülislam olmağı istəmiş, nəhayət 16 yanvar 1646 tarixində şeyxülislamlığa gətirilmişdir. Ancaq bu vəzifədə çox qalmamış, 1 il 3 ay sonra — 25 aprel 1647-ci ildə vəfat etmişdir.