Qurumun qurucusu Salman Xan, ABŞ-nin Nyu-Orlean şəhərində bir benqallı ata və bir hind anasının övladı olaraq doğulub böyüdü. Massaçusets Texnologiya İnstitutunda üç fərqli sahə üzrə təhsil aldıqdan sonra dörd il ərzində biznes idarəetməsi fakültəsi üzrə magistratura pilləsini qazandı.

2004-cü ilin sonlarına yaxın əmisi oğlu Nadiaya riyaziyyat tədris edərkən, bənzər kurs istəkləri tələbi ilə Youtube videolarını hazırlamağa başlayan Salman Xan, hazırladığı dərsləri yüksək qiymətləndirənlərin sıx marağına görə 2009-cu ildə işini tərk etmiş və 2010-cu ildən bəri "Khan Academy" adlı qeyri-kommersiya təşkilatı yaratmış və dərslər hazırlamağa başlamışdır. Məlumatın ehtiyacı olan hər kəs üçün sərbəst olacağına inanan Xan, maliyyə sektorunda uğurlu bir karyeradan imtina edərək, ən dəyərli bir şey olduğuna inandığı biliklərini paylaşmağı seçir. Khan Academy, qazanc üçün deyil, ianə ilə dəstəklənən və təhsil sahəsindəki sosial sahibkarlığın nümunəsidir., Ann və John Doerr, Lemann Vəqfi və Google kimi böyük təşkilatlardan ianələr alaraq, texnologiyaya əsaslanan və insanlara yönümlü təhsil anlayışının yayılmasına və dünyada təhsildə bərabər imkanlara töhfə verməyi hədəfləyir. 2010-cu ildə Google, dərsləri artırmaq və bütün əsas ifadələri fərqli ortaq dillərə tərcümə etmək üçün, 10^100 Layihəsi çərçivəsində Khan Academy təşkilatına 2 milyon dollar verdiyini açıqladı. 2020-ci ildə saytın azərbaycanca versiyası açılmışdır.