II Mirzə Məhəmməd Xan 1770-ci ildə Məlik Məhəmməd xan və Quba xanı Fətəli xanın bacısı ailəsində anadan olmuşdur. Bakı xanlığının qurucusu olan babası Mirzə Məhəmməd xanın adıyla adlandırıldı. Atası həcc ziyarətinə getdiyi və taxt-taca anası tərəfindən naibə olduğu zaman taxta çıxdı. Fətəli xan rus qarnizonunu Mirzə Məhəmmədin yerinə 1785-ci ildə Bakıda yerləşməyə dəvət etdi,nəticədə onun hakimiyyəti xanlığın Qubaya tam qoşulmasının şahidi oldu. Lakin Fətəli xan sonrakı hərbi kampaniyalardan əvvəl 22 mart 1789-cu ildə Bakıda vəfat etdi.

1791-ci ildən sonra Qubalı Əhməd xanlə Mirzə Məhəmməd arasında münasibətlər gərginləşdi. Fətəli xanın vəfatından sonra Mirzə Məhəmmədin əmisi olan Məhəmmədqulu ağa həm Əhməd xanın, həm də Mirzə Məhəmmədin təcrübəsizliyindən istifadə edərək Bakı xanlığını qəsb etməyə çalışdı. Əhməd xanı xanlığına layiq olacağı təqdirdə sədaqətinə əmin etdi. Əhməd xan Məhəmmədqulu ağanı taxta çıxartmaq üçün Bakıya bir ordu göndərdi. Bakı xanlığının ordusu cəmi 500 nəfərdən ibarət olduğundan əmisinin xeyrinə imtina etdi.

Mirzə Məhəmməd həyat yoldaşı və anası da daxil olmaqla ailəsi ilə birlikdə Qubaya qaçdı. Məhəmmədqulu müqavilələrə xəyanət etdi və müstəqilliyini elan etdi. Buna cavab olaraq Əhməd xan qoşunları səfərbər edərək Mirzə Məhəmmədin hakimiyyət bərpası üçün Bakıya getdi. Ancaq Məhəmmədqulu tərəfindən məğlub oldu. Əhməd xan 1791-ci ilin mart ayında vəfat etdi və onun yerinə 13 yaşlı qardaşı Şeyxəli xan gəldi. Mirzə Məhəmmədə yenidən Bakıya yürüş etmək üçün bir ordu verildi. Şeyxəli xan daha sonra qraf İvan Qudoviçdən Bakını mühasirəyə almasını istədi. Məhəmmədqulu tez kömək istəyərək məktubunu Rusiyaya göndərdi. Çaşqın olan Qudoviç, kontr-admiral Pyotr Şişkinə problemi Rusiyanın xeyrinə həll etməyi tapşırdı. Ancaq bilinməyən səbəblərə görə sifariş gecikdi və Bakı bombardman edildi. Məhəmmədqulu xan Şeyxəli xan ilə barışdı, tezliklə xəstələndi və vəfat etdi.

1792-ci ildə Şeyxəli xan tərəfindən yenidən xan təyin edildi. Bununla birlikdə Qasım bəy Səlimxanov başda olmaqla şəhər zadəganları Mirzə Məhəmmədin əmisi oğlu Hüseynqulu xanı yeni xan elan etdilər. Məğlub olan Mirzə Məhəmməd yenidən Qubaya qaçdı. Sonra Bakını mühasirəyə aldı və Hüseynqulu xanı xanlığın gəlirlərini bölməyə məcbur etdi. Hüseynqulu xan 1795-ci ildə Şirvandan yeni dəstək qüvvələri ilə Balaxanıya gecə hücumu etdi və Mirzə Məhəmmədi yenidən Qubaya sığınmağa məcbur etdi.

Mirzə Məhəmməd Şeyxəli xandan yeni hərbi dəstələr aldı və ticarət və təchizat yollarına maneə törətməklə Abşeronda yerləşdi. Hüseynqulu xan Manaf Səlimxanovu Qudoviçdən kömək istəməsi üçün göndərdi. Mirzə Məhəmmədə pusqu qurub ailəsi ilə birlikdə əsir götürdü. Kiçik qardaşı Hüseyn ağa döyüşdən qaçaraq Qubaya gedib hadisəni danışacaq yeganə adam idi. Tezliklə Mustafa xanın köməyi ilə əmiuşağılar barışdılar və Mirzə Məhəmməd Bakı neft yataqlarından qazancını qoruyaraq Qubaya qayıtdı.

Hüseynqulu xan 1797-ci ildə Ağa Məhəmməd şah tərəfindən Qarabağda tutuldu. Hadisələrdən xəbər tutan Mirzə Məhəmməd Bakını ələ keçirməyə başladı. Lakin Ağa Məhəmmədin öldürülməsi və Hüseynqulu xanın tez gəlişi onun planlarını pozdu. Yeni müqavilədən sonra o, vitse-xan kimi fəaliyyət göstərərək Maştağada yerləşdi.

1803-cü ildə Mustafa xanın köməyi ilə yenidən Maştağada Hüseynqulu xan tərəfindən hücum edildi. Qubaya qaçdı və qoşun toplamaq üçün bir yol axtarmağa başladı.

1806-cı ilin iyulunda rus generalı Sergey Bulqakovun ordusuna qoşuldu. Birlikdə 6 oktyabr 1806-cı ildə Bakını tutdular.

1809-cu ildə Qubanın müvəqqəti valisi oldu.

Üç xanımı vardı: Fətəli xanın qızı - Xanbikə xanım (e. 1800, ö. 1806) ; Bəhram bəyin qızı hesab edilən gürcü xanımı - Sofiya xanım; Xınalıqlı Rza Əfəndinin qızı - Xeyirnisə xanım.

Nəsillər:

Sofiyadan olan (e. 1791, ö. 1836):

• Abbasqulu ağa Bakıxanov  (1794–1847)
• Cəfərqulu ağa Bakıxanov  (1796–1867)

Xeyirnisədən olan (e. 1807, ö.1861):

• Cavad Bakıxanov (1808–1866)
• Qadir Bakıxanov (d. 1817)
• Mustafaqulu Bakıxanov (d. 1822)
• Abdulla ağa Bakıxanov (1824–1879)

II Mirzə Məhəmməd 1836-cı ildə Qubada vəfat etdi.