Fətəli xanın vəfatından sonra böyük oğlu Əhməd xanlıq taxtına çıxdı (1789-1791). Əhməd atası kimi bacarıqlı deyildi. Fətəli xanın hakimiyyətinin son illərində Quba xanlığı münasibəti yaxşılaşmış Şəki xanlığı ilə ixtilaf yenidən gücləndi və Məhəmməd Həsən xan öz bibisi oğlu olan Əhməd xana qarşı qalxdı. Əhməd xana qarşı təkbaşına mübarizə aparmağın çətinliyini anlayan Şəki xanı bu işdə şamaxılılardan istifadə etməyi qərara aldı. Keçmiş Şamaxı xanı Məhəmməd Səidin Osmanlı torpağlarında olan oğlanları Əsgər bəy və Qasım bəy, Ağası xanın oğlu Mustafa bəy Fətəli xanın ölümünü eşidərək geri qayıtdılar,əvvəlcə Qarabağa,oradan isə Şamaxıya gəldilər. Şəkili Məhəmmədhəsən xan onları silahlandırdı, bir vaxtlar Yeni Şamaxının hakimi olmuş Hacı Məhəmmədəli xanın oğlu Manaf bəyi də onlara qoşub Şamaxıya hücum etdilər. Əhməd xan onların qarşısını almaq iqtidarında olmadığı üçün Qubaya çəkildi. Məhəmməd Həsən xan Şamaxıda sərkərlərin hakimiyyətini bərpa etdi. Yeni Şamaxının idarəsi isə Manaf bəyə həvalə olundu. Bir həftə sonra sərkərlər Yeni Şamaxını aldılar, zəif və qabiliyyətsiz Manaf bəyi öldürdülər. Məhəmməd Səid xanın oğlu Əsgər Şamaxı xanı elan olundu. Ağası xanın oğlu Mustafa bəy isə Əlvənddə Kotev adlı yerdə möhkəmləndi.1791-ci ildə Əhməd xanla bakılı II Mirzə Məhəmməd xan arasında narazılıq yarandı. Beləliklə, vaxtı ilə Fətəli xanın birləşdirilmiş Azərbaycan xanlıqları arasında ixtilaflar yarandı. 1791-ci ildə Əhməd xan Qubada vəfat etdi. Onun 13 yaşlı qardaşı, Salyanda naib olan Şeyxəli xan tələsik Qubaya gəlib xan taxtına əyləşdi və öz yerinə 7 yaşlı qardaşı Həsən ağanı Salyan naibi təyin etdi.